单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
12901	2024-08-07	Monocyte state 1 (MS1) cells in critically ill patients with sepsis or non-infectious conditions: association with disease course and host response 2024-03-19, Critical care (London, England) DOI:10.1186/s13054-024-04868-5 PMID:38504349	研究论文	本研究探讨了单核细胞状态1（MS1）细胞在重症监护病房（ICU）中患有脓毒症或非感染性疾病的患者中的分布及其与疾病进程和宿主反应的关系	首次使用转录组反卷积方法（CIBERSORTx）评估MS1细胞在脓毒症患者中的比例，并研究其与疾病严重程度和宿主反应失调的关系	研究未区分MS1细胞在幸存者和非幸存者之间或二次感染患者之间的差异	确定MS1细胞特征与疾病表现、预后和宿主反应特征之间的关联	脓毒症患者和ICU中无感染的患者	NA	脓毒症	单细胞RNA测序	NA	RNA	332名脓毒症患者和215名无感染的ICU患者
12902	2024-08-04	Phylogenomic position of eupelagonemids, abundant, and diverse deep-ocean heterotrophs 2024-Jan-08, The ISME journal DOI:10.1093/ismejo/wrae040 PMID:38457644	研究论文	本研究探讨了深海异养原生生物Eupelagonemids的系统发育位置	研究通过单细胞转录组技术揭示了Eupelagonemids的多样性及其与其他分类群的关系	目前对Eupelagonemids的培养和研究仍然有限，数据主要来自光学显微镜图像和部分基因序列	确定Eupelagonemids在真核生物树中的位置，并填补其生物学信息的缺失	研究对象为两种Eupelagonemid细胞	NA	NA	单细胞转录组学	NA	基因序列	两个Eupelagonemid细胞
12903	2024-08-04	Single-cell Sequencing Data Reveals Aggressive CD68-type Macrophages and Prognostic Models in Bladder Cancer 2024, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0929867331666230824093312 PMID:37622699	研究论文	本研究揭示了膀胱癌中激进CD68型巨噬细胞及其预后模型	研究首次利用单细胞测序数据鉴定了膀胱癌中的预后生物标志物，并构建了膀胱癌预后风险指导系统	研究主要基于公共数据库的数据，可能存在样本选择偏差	研究膀胱癌中相关免疫细胞类型与侵袭性之间的关系以及建立预后管理系统	以膀胱癌为研究对象，分析与其侵袭性相关的CD68型巨噬细胞	数字病理学	膀胱癌	单细胞测序	COX回归分析	基因表达数据	使用了来自GEO和TCGA数据库的膀胱癌细胞测序数据，具体样本数量未注明
12904	2024-08-04	Identification of Key Genes in Angiogenesis of Breast and Prostate Cancers in the Context of Different Cell Types 2024, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0929867330666230331101458 PMID:36999716	研究论文	这篇文章识别了在乳腺癌和前列腺癌的不同细胞类型中，与血管生成相关的关键基因	文章揭示了不同细胞类型中血管生成相关基因模块的过表达模式	没有具体提到研究的局限性	研究不同细胞类型如何影响血管生成过程	前列腺癌和乳腺癌样本中的血管生成相关基因	数字病理学	乳腺癌, 前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	分析了乳腺癌和前列腺癌样本中的单细胞RNA-Seq数据
12905	2024-08-07	Penile cavernous sinusoids are Prox1-positive hybrid vessels 2024-Jan-01, Vascular biology (Bristol, England) DOI:10.1530/VB-23-0014 PMID:38051669	研究论文	本文鉴定了阴茎海绵体窦状血管为表达淋巴内皮细胞身份基因Prox1、Vegfr3和Lyve1的新型混合血管床	发现了阴茎海绵体窦状血管作为新的混合血管床，并揭示了其在糖尿病相关勃起功能障碍中的转录变化	NA	详细描述混合阴茎海绵体窦状血管的分子特征，并为治疗失调的阴茎血管疾病提供分子靶点	阴茎海绵体窦状血管的混合特性及其在勃起功能障碍中的作用	NA	勃起功能障碍	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	人类阴茎海绵体组织
12906	2024-08-07	Inflammasome signaling is dispensable for ß-amyloid-induced neuropathology in preclinical models of Alzheimer's disease 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1323409 PMID:38352874	研究论文	本文评估了在阿尔茨海默病（AD）的ß-淀粉样蛋白诱导的神经病理学模型中，炎症小体信号在体内的作用	研究结果质疑了炎症小体激活在预临床淀粉样蛋白模型中的普遍作用	研究仅限于特定的鼠标模型，可能不适用于所有AD模型	探讨炎症小体信号在ß-淀粉样蛋白诱导的AD神经病理学中的作用	APP/PS1和AppNL-G-F鼠标模型中的微胶质细胞和全身炎症小体信号	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个鼠标模型
12907	2024-08-04	It is better to light a candle than to curse the darkness: single-cell transcriptomics sheds new light on pancreas biology and disease 2023-06, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2022-329313 PMID:36997301	综述	本文回顾了单细胞转录组学如何改变我们对胰腺生物学和疾病进展的理解	引入了单细胞转录组学，揭示了胰腺的细胞组成和分子机制	本文没有具体提及研究的样本量和实验限制	探讨单细胞转录组学在胰腺生物学和疾病中的应用	胰腺及相关细胞类型和状态	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	细胞类型和状态	NA
12908	2024-08-07	Characterization of transcript enrichment and detection bias in single-nucleus RNA-seq for mapping of distinct human adipocyte lineages 2022-02, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.275509.121 PMID:35042723	研究论文	本研究比较了从人类白色和棕色脂肪细胞系中分离的单核细胞和成熟脂肪细胞的转录组景观与全细胞转录组，展示了单核RNA测序（snRNA-seq）在识别脂肪生成各阶段广泛细胞类型的能力	提出了针对snRNA-seq技术检测偏差的归一化策略，并展示了scRNA-seq和snRNA-seq数据集的成功整合	snRNA-seq存在固有的转录本富集和检测偏差，可能不足以映射脂肪组织中的重要转录特征	探讨snRNA-seq在脂肪组织细胞多样性表征中的应用	人类白色和棕色脂肪细胞系的单核细胞和成熟脂肪细胞的转录组	单细胞测序	NA	单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	转录组数据	人类白色和棕色脂肪细胞系的单核细胞和成熟脂肪细胞
12909	2024-08-07	Universal prediction of cell-cycle position using transfer learning 2022-01-31, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-021-02581-y PMID:35101061	研究论文	本文介绍了tricycle包，利用细胞周期生物学特征、周期函数主成分分析的数学性质和迁移学习，预测单细胞RNA-seq数据的细胞周期位置	提出了一种新的方法tricycle，通过固定参考数据集的细胞周期嵌入，克服了数据集依赖嵌入的局限性	NA	开发一种通用方法，以高分辨率从单细胞RNA-seq数据中推断细胞周期位置	单细胞RNA-seq数据的细胞周期位置	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	迁移学习	RNA-seq数据	多个细胞类型、跨组织、物种和测序方法的数据集
12910	2024-08-07	iMyoblasts for ex vivo and in vivo investigations of human myogenesis and disease modeling 2022-01-25, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.70341 PMID:35076017	研究论文	研究使用无转基因的人类诱导多能干细胞（iPSCs）生成骨骼肌成肌细胞（iMyoblasts），并探讨其在体外和体内对人类肌生成和疾病模型的应用	iMyoblasts具有胎儿样转录组特征，与成人肌肉活检成肌细胞（bMyoblasts）和iPSC诱导的肌肉前体细胞不同，能够稳定传代并保持肌管分化和储备细胞再生的双重承诺	NA	探索iMyoblasts在人类肌生成和疾病发病机制研究中的应用，以及肌肉干细胞治疗药物的开发	iMyoblasts在体外和体内的应用，以及其在疾病模型中的分子病理学和治疗响应	数字病理学	肌肉疾病	免疫荧光、流式细胞术、qPCR、数字RNA表达谱分析、scRNA-Seq	NA	RNA	多个iMyoblasts样本，包括来自不同肌肉疾病患者的细胞
12911	2024-08-07	Characterization of the COPD alveolar niche using single-cell RNA sequencing 2022-01-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-28062-9 PMID:35078977	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了晚期慢性阻塞性肺病（COPD）患者和对照组的肺组织，并通过多种方法验证了发现，揭示了COPD病理生物学中的细胞特异性机制。	首次鉴定出COPD中存在转录证据显示细胞代谢异常和细胞应激耐受性降低的肺泡上皮II型细胞亚群，并预测COPD中的毛细血管内皮细胞通过增加CXCL-基序趋化因子信号而发炎。	NA	深入理解COPD病理生物学中细胞特异性的机制。	晚期COPD患者和对照组的肺组织，以及暴露于香烟烟雾中的小鼠肺组织。	数字病理学	慢性阻塞性肺病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	涉及晚期COPD患者和对照组的肺组织样本，以及暴露于香烟烟雾10个月的小鼠肺组织样本。
12912	2024-08-07	Uncovering emergent phenotypes in endothelial cells by clustering of surrogates of cardiovascular risk factors 2022-01-25, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-022-05404-7 PMID:35079076	研究论文	本文通过分析人冠状动脉内皮细胞的全基因表达，研究了化学性低氧、氧化脂质、IL-1β诱导的炎症、振荡流及其组合刺激对内皮细胞功能障碍的影响。	发现风险因素的聚类与单独刺激的总和不同，导致内皮细胞中出现如细胞增殖等新表型。	NA	揭示内皮细胞中风险因素的聚类如何影响内皮功能障碍的分子基础。	人冠状动脉内皮细胞及其在不同风险因素刺激下的基因表达和细胞过程。	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	人冠状动脉粥样硬化斑块样本
12913	2024-08-07	Integration of single-cell transcriptomes and chromatin landscapes reveals regulatory programs driving pharyngeal organ development 2022-01-24, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-28067-4 PMID:35075189	研究论文	本文通过整合单细胞转录组和染色质可及性数据，揭示了驱动咽器官发育的调控程序。	本文首次应用单细胞转录组和染色质可及性测序技术，生成涵盖咽内胚层模式化至发育中胚胎器官特异性上皮出现的多组学发育资源。	NA	旨在填补对咽内胚层发育分子基础和基因调控网络的全面和整合性理解的空白。	咽内胚层的发育及其在人类发育综合征中的作用。	基因组学	发育障碍	单细胞测序	NA	转录组数据，染色质可及性数据	涉及发育中的小鼠胚胎样本
12914	2024-08-07	Dynamics and Pathways of Chromosome Structural Organizations during Cell Transdifferentiation 2022-Jan-24, JACS Au IF:8.5Q1 DOI:10.1021/jacsau.1c00416 PMID:35098228	研究论文	研究细胞转分化过程中染色体结构组织的动态变化和路径	开发了一种非平衡景观切换模型，用于研究人成纤维细胞和神经元细胞之间状态转换过程中染色体结构的动态变化	NA	揭示细胞转分化的分子机制	人成纤维细胞和神经元细胞的染色体结构	NA	NA	非平衡景观切换模型	NA	染色体结构数据	NA
12915	2024-08-07	Expression of the transcription factor PU.1 induces the generation of microglia-like cells in human cortical organoids 2022-01-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-28043-y PMID:35058453	研究论文	本文开发了一种在人皮质类器官（hCOs）中生成功能性小胶质细胞的方法，并研究了小胶质细胞在由淀粉样β（Aβ）诱导的炎症中的作用。	通过过表达髓系特异性转录因子PU.1，在hCOs中生成小胶质细胞样细胞，并将其移植到小鼠大脑中，利用单细胞转录组学分析其功能。	NA	研究小胶质细胞在神经发育和神经退行性疾病中的作用。	人皮质类器官（hCOs）中的小胶质细胞。	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	NA
12916	2024-08-07	Developmental single-cell transcriptomics of hypothalamic POMC neurons reveal the genetic trajectories of multiple neuropeptidergic phenotypes 2022-01-19, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.72883 PMID:35044906	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和翻译核糖体亲和纯化结合RNA测序（TRAP-seq）技术，探讨了下丘脑弓状核中的POMC神经元在发育过程中的转录组和翻译组特征	本研究首次揭示了POMC神经元在发育过程中多样化的遗传轨迹，以及这些神经元在成熟过程中形成的多种神经肽能表型	NA	探究下丘脑POMC神经元的发育转录程序，以及这些程序如何指定神经元的身份和功能	下丘脑弓状核中的POMC神经元	生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），翻译核糖体亲和纯化结合RNA测序（TRAP-seq）	NA	转录组数据	多个发育阶段的下丘脑POMC神经元
12917	2024-08-07	Deep learning tackles single-cell analysis-a survey of deep learning for scRNA-seq analysis 2022-01-17, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbab531 PMID:34929734	综述	本文综述了25种深度学习算法在单细胞RNA测序分析中的应用，并探讨了它们在单细胞RNA测序处理流程中特定步骤的适用性	本文建立了变分自编码器、自编码器、生成对抗网络和监督深度学习模型的统一数学表示，并比较了这些模型的训练策略和损失函数	NA	旨在为读者提供选择适合其特定目标的算法，并启发深度学习在多组学和空间单细胞测序中的创新应用	深度学习算法在单细胞RNA测序分析中的应用	机器学习	NA	深度学习	变分自编码器、自编码器、生成对抗网络、监督学习模型	单细胞RNA测序数据	NA
12918	2024-08-07	SIGNET: single-cell RNA-seq-based gene regulatory network prediction using multiple-layer perceptron bagging 2022-01-17, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbab547 PMID:34962260	研究论文	本文介绍了SIGNET框架，利用深度学习方法从单细胞RNA测序数据中预测基因调控网络	SIGNET框架能够捕捉复杂的非线性或非单调的基因调控关系，并在多种真实和模拟的单细胞RNA测序数据集中显示出更高的敏感性	NA	旨在从单细胞RNA测序数据中推断复杂的基因调控关系	单细胞RNA测序数据中的基因调控网络	机器学习	NA	单细胞RNA测序	多层感知器	RNA测序数据	多种真实和模拟的单细胞RNA测序数据集
12919	2024-08-07	A deep generative model for multi-view profiling of single-cell RNA-seq and ATAC-seq data 2022-01-12, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-021-02595-6 PMID:35022082	研究论文	本文介绍了一种多模态深度生成模型scMVP，用于处理同时测量基因表达和染色质可及性的单细胞测序数据	scMVP能够生成共同的潜在表示进行降维、细胞聚类和发展轨迹推断，并生成单独的插补用于差异分析和顺式调控元件识别	NA	开发一种新的深度生成模型，用于处理多视角的单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据	单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据	机器学习	NA	深度生成模型	深度生成模型	测序数据	多个真实数据集
12920	2024-08-07	Phiclust: a clusterability measure for single-cell transcriptomics reveals phenotypic subpopulations 2022-01-10, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-021-02590-x PMID:35012604	研究论文	本文介绍了一种名为phiclust（ϕ）的聚类性度量方法，该方法基于随机矩阵理论，用于识别具有非随机子结构的细胞聚类，有助于发现先前被忽视的表型亚群。	提出了基于随机矩阵理论的phiclust（ϕ）聚类性度量方法，用于识别具有非随机子结构的细胞聚类。	NA	旨在通过无监督聚类方法发现新的细胞表型。	单细胞转录组数据中的细胞聚类。	生物信息学	NA	随机矩阵理论	NA	转录组数据	NA