单细胞与空转测序相关文章

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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量
12881 2024-08-05
Single-cell RNA sequencing reveals cellular and molecular immune profile in a Pembrolizumab-responsive PD-L1-negative lung cancer patient
2021-Aug, Cancer immunology, immunotherapy : CII
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序揭示了一例Pembrolizumab反应的PD-L1阴性肺癌患者的细胞和分子免疫特征 首次在PD-L1阴性患者中识别与PD-1阻断相关的新细胞特征和潜在的预测标记 样本量有限,可能不足以广泛推广发现的应用 探索PD-L1阴性肺癌患者在Pembrolizumab治疗中的细胞及分子特征 PD-L1阴性肺癌患者的外周血单核细胞 数字病理学 肺癌 单细胞RNA测序 NA 基因数据 16个细胞簇中的3423个细胞
12882 2024-08-05
Cryopreservation of microglia enables single-cell RNA sequencing with minimal effects on disease-related gene expression patterns
2021-Apr-23, iScience IF:4.6Q1
研究论文 本文研究了冷冻保存小胶质细胞对单细胞RNA测序的影响 探索了冷冻保存小胶质细胞的使用,证明其在单细胞RNA测序中具有良好的适用性 未明确指出冷冻保存对其他细胞类型的影响 研究冷冻保存小胶质细胞对疾病相关基因表达模式的影响 冷冻保存的小胶质细胞 数字病理学 神经退行性疾病 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) NA 基因表达数据 使用了配对的新鲜和冷冻保存的小胶质细胞样本
12883 2024-08-05
Integrated analysis of single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq unravels tumour heterogeneity plus M2-like tumour-associated macrophage infiltration and aggressiveness in TNBC
2021-Jan, Cancer immunology, immunotherapy : CII
研究论文 本研究分析了三阴性乳腺癌中的肿瘤异质性和M2型肿瘤相关巨噬细胞浸润及其侵袭性 结合单细胞和整体组织转录组分析揭示了肿瘤异质性和免疫微环境与临床结果之间的关联 研究的局限性未在摘要中明确提及 探索三阴性乳腺癌中肿瘤异质性及M2型肿瘤相关巨噬细胞的作用 三阴性乳腺癌患者的肿瘤细胞和肿瘤浸润的免疫细胞 数字病理学 三阴性乳腺癌 单细胞RNA测序和整体RNA测序 随机森林和支持向量机(SVM),深度学习神经网络 转录组数据 具体样本数量未在摘要中提及
12884 2024-08-05
Dynamics of peripheral T cell clones during PD-1 blockade in non-small cell lung cancer
2020-Dec, Cancer immunology, immunotherapy : CII
研究论文 本文探讨了在非小细胞肺癌中PD-1阻断期间外周T细胞克隆的动态变化 通过Smart-seq2单细胞RNA测序分析,首次对T细胞克隆在免疫治疗中的动态进行了全面监测 研究样本仅限于非小细胞肺癌患者,可能影响结果的普遍适用性 研究PD-1阻断患者外周T细胞克隆的功能状态和动态变化 分析了3,110个非小细胞肺癌患者的外周T细胞 数字病理学 非小细胞肺癌 Smart-seq2单细胞RNA测序 NA RNA测序数据 3,110个外周T细胞
12885 2024-08-05
Tumor-infiltrating CD39+CD8+ T cells determine poor prognosis and immune evasion in clear cell renal cell carcinoma patients
2020-Aug, Cancer immunology, immunotherapy : CII
研究论文 该研究评估了肾透明细胞癌患者中肿瘤浸润CD39+CD8+ T细胞的临床价值 首次展示了CD39+CD8+ T细胞积累与肾透明细胞癌差预后的相关性 研究基于回顾性队列,缺乏前瞻性验证 探究CD39+CD8+ T细胞在肾透明细胞癌中的预后价值及其作为潜在治疗靶点 243例肾透明细胞癌患者的肿瘤微环境及其免疫细胞功能 数字病理学 肾癌 免疫组化分析,流式细胞术,生物信息学分析 Kaplan-Meier分析,COX回归模型 样本 243例肾透明细胞癌患者,48个新鲜肿瘤样本
12886 2024-08-05
Interpretable factor models of single-cell RNA-seq via variational autoencoders
2020-06-01, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 本文提出了一种基于变分自编码器的可解释单细胞RNA-seq因子模型 提出了一种修改过的变分自编码器框架,为大规模数据集中的基因程序识别提供可解释性 由于论文中未详细描述具体的限制,故此处为NA 探索单细胞RNA-seq中基因表达变异和细胞类型依赖的统计推断方法 通过对大规模数据集的分析,识别基因程序 数字病理学 NA 变分自编码器 因子模型 基因表达数据 NA
12887 2024-08-05
Linking single-cell measurements of mass, growth rate, and gene expression
2018-11-27, Genome biology IF:10.1Q1
研究论文 本文介绍了一种微流体平台,可直接测量单细胞质量和生长速率。 创新之处在于将单细胞质量和生长速率的测量与高倍单细胞分析技术结合起来 未提及特定的局限性 研究单细胞生理特征与转录特征之间的关系 研究L1210和FL5.12细胞系及激活的CD8+ T细胞 数字病理学 NA 微流体平台 NA NA 涉及的细胞系包括L1210、FL5.12和患者来源的胶质母细胞瘤细胞系
12888 2024-08-04
NIFK, a Potential Prognostic and Immunological Biomarker in Pan-- Cancer Analysis, Significantly Regulates Proliferation and Metastasis of Colorectal Cancer
2024-Apr-24, Recent patents on anti-cancer drug discovery IF:2.5Q3
研究论文 该研究系统分析了NIFK在全癌种中的表达及其在结直肠癌中的作用 揭示了NIFK在大多数肿瘤中过表达,并显示出显著的预后效能和与免疫特征的相关性 目前缺乏对NIFK在其他癌种的系统分析,如在非结直肠癌中的具体作用 探讨NIFK作为潜在预后和免疫生物标志物在癌症中的作用 研究NIFK在多种癌症中表达、突变及其在结直肠腺癌中的免疫特征 数字病理学 结直肠癌 单细胞测序 NA 基因组数据 通过TCGA进行的大规模分析,具体样本数量未提供
12889 2024-08-07
Single-cell RNA sequencing of human lung innate lymphoid cells in the vascular and tissue niche reveals molecular features of tissue adaptation
2023, Discovery immunology
研究论文 本研究利用人源化小鼠模型,通过单细胞RNA测序技术,揭示了人体肺部血管和组织微环境中先天淋巴细胞(ILCs)的基因特征及其组织适应性的分子机制 首次在人源化小鼠模型中定义了肺部血管和组织微环境中人体ILCs的基因特征,并揭示了微环境信号对ILCs分子程序的塑造作用 NA 研究人体肺部不同解剖微环境中先天淋巴细胞(ILCs)的分子特征及其组织适应性 人体肺部的先天淋巴细胞(ILCs)及其在血管和组织微环境中的适应性 数字病理学 NA 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 人源化MISTRG小鼠模型中的肺部ILCs和NK细胞
12890 2024-08-04
Co-expression of immune checkpoints in glioblastoma revealed by single-nucleus RNA sequencing and spatial transcriptomics
2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2
研究论文 本研究揭示了胶质母细胞瘤中的免疫检查点的共表达及其分子特征 通过单细胞RNA测序和空间转录组分析,首次揭示了胶质母细胞瘤中免疫检查点表达模式及其潜在的免疫逃逸机制 本研究基于未治疗的胶质母细胞瘤样本,可能无法完全反映治疗后的情况 为了更好地理解胶质母细胞瘤的肿瘤微环境及其免疫逃逸机制 未治疗的胶质母细胞瘤样本 数字病理学 胶质母细胞瘤 单细胞RNA测序和空间转录组 NA RNA数据 180名胶质瘤患者用于预后验证
12891 2024-08-04
Comprehensive single-cell transcriptomic profiling reveals molecular subtypes and prognostic biomarkers with implications for targeted therapy in esophageal squamous cell carcinoma
2024-Jun, Translational oncology IF:4.5Q1
研究论文 这篇文章揭示了食道鳞状细胞癌的分子亚型和预后生物标志物。 本研究通过单细胞转录组分析揭示了食道鳞状细胞癌的分子异质性和新的预后生物标志物。 该研究可能未涵盖所有可能的分子亚型和标志物,需进一步实验验证。 本研究旨在识别食道鳞状细胞癌中与DNA复制压力相关的生物标志物,以改善预后风险分层。 研究对象为食道鳞状细胞癌(ESCC)样本。 数字病理学 食道癌 单细胞RNA测序 NA 转录组数据 ESCC样本(具体样本数未提供)
12892 2024-08-07
Optimizing cryopreservation of nasal polyp tissue for cellular functional studies and single-cell RNA sequencing
2024-May, International forum of allergy & rhinology IF:7.2Q1
研究论文 研究优化鼻息肉组织冷冻保存方法,以进行细胞功能研究和单细胞RNA测序 探讨了不同冷冻保存方法对鼻息肉组织中肥大细胞数量和上皮细胞增殖率的影响 NA 优化鼻息肉组织的冷冻保存方法,以适应不同的研究目标和细胞类型 鼻息肉组织中的肥大细胞和上皮细胞 NA 鼻息肉 单细胞RNA测序 NA 细胞 NA
12893 2024-08-07
Transcriptomic and Proteomic Characterization of the Immune Response to Elective Spinal Reconstructive Surgery: Impact of Aging and Comparison with Traumatic Injury Response
2024-May-01, Journal of the American College of Surgeons IF:3.8Q1
研究论文 研究了选择性脊柱重建手术对不同年龄组患者的免疫反应的影响,并与创伤患者的反应进行了比较 首次详细比较了选择性脊柱重建手术与创伤在免疫反应上的差异,并探讨了年龄因素的影响 样本量较小,可能影响研究结果的普遍性 探讨选择性脊柱重建手术与创伤在免疫反应上的差异,并评估年龄对这些反应的影响 选择性脊柱重建手术患者和创伤患者 NA NA 单细胞RNA测序,双平台蛋白质组分析 NA 血液样本 老年组5例,年轻组6例,创伤患者8例
12894 2024-08-07
Single-Cell RNA Sequencing Reveals an Immune Landscape of CD4+ T Cells in Coronary Culprit Plaques With Acute Coronary Syndrome in Humans-Brief Report
2024-May, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
简报 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了急性冠状动脉综合征患者冠状动脉罪犯斑块中CD4+ T细胞的免疫景观 首次在单细胞水平上揭示了急性冠状动脉综合征患者中CD4+ T细胞的特征 样本量较小,仅包括4例慢性冠状动脉综合征和3例急性冠状动脉综合征患者 旨在通过单细胞RNA测序技术,分析T细胞在单细胞水平的特征,评估T细胞的克隆扩增,并寻找预防急性冠状动脉综合征的治疗靶点 急性冠状动脉综合征患者的冠状动脉罪犯斑块中的CD4+ T细胞 数字病理学 心血管疾病 单细胞RNA测序 NA RNA 4例慢性冠状动脉综合征和3例急性冠状动脉综合征患者的罪犯斑块样本
12895 2024-08-07
Identification of CNKSR1 as a biomarker for "cold" tumor microenvironment in lung adenocarcinoma: An integrative analysis based on a novel workflow
2024-Apr-30, Heliyon IF:3.4Q1
研究论文 本研究通过综合分析,将CNKSR1鉴定为免疫冷型肺腺癌的新型潜在生物标志物,并探讨了其在调节T细胞浸润中的作用。 本研究开发了一种新的策略来识别针对免疫冷肿瘤的抗PD1/PD-L1免疫治疗局限性的有希望的生物标志物,并首次将CNKSR1鉴定为免疫冷型肺腺癌的生物标志物。 NA 旨在识别对PD1/PD-L1免疫治疗无反应的肺腺癌患者的新型生物标志物,以扩大治疗选择。 肺腺癌(LUAD)患者的RNA-seq数据和临床样本。 数字病理学 肺腺癌 RNA-seq 机器学习方法 RNA-seq数据 使用了来自TCGA数据库的肺腺癌RNA-seq数据,并在三个独立的bulk数据集和一个scRNA-seq数据集中进行了验证。
12896 2024-08-04
scMoresDB: A comprehensive database of single-cell multi-omics data for human respiratory system
2024-Apr-19, iScience IF:4.6Q1
研究论文 本研究介绍了一个针对人类呼吸系统的单细胞多组学数据库平台 scMoresDB scMoresDB 提供了一个用户友好的界面,具有跨组学搜索能力和交互式可视化工具 NA 创建一个方便的数据共享和综合分析的平台,专注于人类呼吸系统的单细胞多组学数据 人类呼吸系统相关的单细胞多组学数据 数字病理学 呼吸系统疾病 单细胞测序 NA 多组学数据 NA
12897 2024-08-04
[Dynamic trajectory and cell communication of different cell clusters in malignant progression of glioblastoma]
2024-Apr-18, Beijing da xue xue bao. Yi xue ban = Journal of Peking University. Health sciences
PMID:38595234
研究论文 本研究深入探讨了胶质母细胞瘤恶性进展过程中的细胞亚群以及免疫细胞亚群之间的通信网络 该研究结合单细胞测序和临床信息,提供了对胶质母细胞瘤动态演变及潜在生物标志物的新见解 本研究未提及样本的地区或具体实验方法的局限性 探讨胶质母细胞瘤恶性进展中的细胞动态和识别关键风险生物标志物 胶质母细胞瘤患者的细胞亚群及免疫细胞亚群 数字病理学 胶质母细胞瘤 单细胞测序 NA 细胞数据 27,151个细胞,包括低级别胶质瘤患者的3,881个细胞、新诊断胶质母细胞瘤患者的10,166个细胞以及复发胶质瘤患者的13,104个细胞
12898 2024-08-04
Spatial and single-cell explorations uncover prognostic significance and immunological functions of mitochondrial calcium uniporter in breast cancer
2024-Apr-17, Cancer cell international IF:5.3Q1
研究论文 本研究探讨了线粒体钙单元蛋白(MCU)在乳腺癌中的预后意义和免疫功能 本研究首次将MCU作为乳腺癌的独立诊断生物标志物,并揭示其与临床状态和总体生存率的相关性 该研究的限制在于基于公共数据集,需进一步验证多个独立样本 研究MCU在乳腺癌临床病理、肿瘤免疫微环境及精准肿瘤学中的潜在作用 分析乳腺癌患者样本中MCU的表达与临床病理特征及预后的关系 数字病理学 乳腺癌 空间转录组学和单细胞RNA测序 NA 基因数据和生物信息学数据 59名乳腺癌患者样本
12899 2024-08-04
Single-cell transcriptomics dissects the transcriptome alterations of hematopoietic stem cells in myelodysplastic neoplasms
2024-Apr-17, Journal of translational medicine IF:6.1Q1
研究论文 本研究通过单细胞转录组分析揭示了骨髓增生异常综合症(MDS)患者造血干细胞的转录组变化 首次通过单细胞RNA测序分析揭示了PLCB1在MDS转化为急性髓性白血病(AML)过程中的关键作用 未详细探讨其他可能影响MDS患者转化的分子机制 研究MDS患者造血干细胞转录组变化及其向急性白血病转化的机制 MDS患者的造血干细胞和祖细胞 数字病理学 骨髓增生异常综合症 单细胞RNA测序 NA 转录组数据 MDS患者的造血干细胞数据
12900 2024-08-04
High-altitude hypoxia exposure inhibits erythrophagocytosis by inducing macrophage ferroptosis in the spleen
2024-Apr-17, eLife IF:6.4Q1
研究论文 该研究探讨了高海拔缺氧通过诱导脾脏巨噬细胞铁死亡抑制红细胞吞噬作用的机制 揭示了高海拔缺氧导致脾脏巨噬细胞铁死亡进而影响红细胞清除的机制 研究主要在小鼠模型中进行,可能无法完全反映人类的情况 研究高海拔多血症的机制及其影响 小鼠模型和体外脾脏巨噬细胞 数字病理学 高海拔多血症 单细胞测序 小鼠模型 生物样本 小鼠和人类外周血单核细胞
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