单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27435 篇文献，本页显示第 12881 - 12900 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 12881 | 2024-08-07 |
NMFClustering: Accessible NMF-based clustering utilizing GPU acceleration
2023-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.06.16.545370
PMID:37398372
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研究论文 | 本文介绍了一种基于非负矩阵分解（NMF）的聚类方法，通过GPU加速提高了计算效率 | 实现了基于NMF的聚类方法在GPU计算节点上的运行，使用Cupy库和消息传递接口（MPI），显著减少了计算时间 | NA | 旨在解决非负矩阵分解在处理大规模基因表达数据时的计算密集问题 | 基因表达数据，特别是单细胞RNA测序（scRNA-seq）计数矩阵 | 生物信息学 | NA | 非负矩阵分解（NMF） | NA | 基因表达数据 | 涉及数万个基因的高维数据集 |
| 12882 | 2024-08-04 |
Cellular states are coupled to genomic and viral heterogeneity in HPV-related oropharyngeal carcinoma
2023-04, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-023-01357-3
PMID:37012457
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序分析HPV阳性和阴性口咽肿瘤，揭示肿瘤内外的细胞多样性。 | 首次揭示了口咽癌细胞状态与基因组和病毒异质性的关系 | 研究中未明确涉及样本的具体数量和来源 | 探索HPV相关的口咽癌细胞的多样性及其对预后影响 | HPV阳性和阴性口咽肿瘤 | 数字病理学 | 其他癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 12883 | 2024-08-04 |
Antigen/HLA-agnostic strategies for Characterizing Tumor-responsive T cell receptors in PDAC patients via single-cell sequencing and autologous organoid application
2024-Apr-28, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2024.216741
PMID:38395378
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研究论文 | 本研究通过超深度单细胞TCR/RNA测序和自体类器官应用，鉴定并验证胰腺导管腺癌患者的抗肿瘤T细胞受体 | 结合超深度单细胞测序和类器官技术，快速特征化肿瘤响应的TCR，对于制定实用个性化TCR-T疗法具有潜在意义 | 仅在两个PDAC患者中进行，结果可能无法代表更广泛的患者群体 | 识别和验证胰腺导管腺癌患者的抗肿瘤TCRs，以促进个性化TCR-T细胞疗法的发展 | 两名代表性的胰腺导管腺癌患者的T细胞受体 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞测序，类器官技术 | NA | 细胞 | 超过82,000个细胞 |
| 12884 | 2024-08-04 |
Characterization of the distinct immune microenvironments between hepatocellular carcinoma and intrahepatic cholangiocarcinoma
2024-Apr-28, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2024.216799
PMID:38479553
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研究论文 | 本研究探讨了肝细胞癌（HCC）和肝内胆管癌（ICC）之间明显不同的肿瘤免疫微环境 | 研究首次系统性评估了HCC和ICC的肿瘤免疫微环境的相似性和差异性 | 未提及研究的局限性 | 旨在揭示HCC和ICC的肿瘤免疫微环境的细胞组成和相互作用 | 研究对象为来自四种不同组织类型的HCC和ICC的41个单细胞RNA-seq样本 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA-seq | NA | RNA序列数据 | 41个单细胞RNA-seq样本 |
| 12885 | 2024-08-04 |
Association of preoperative aspartate aminotransferase to platelet ratio index with outcomes and tumour microenvironment among colorectal cancer with liver metastases
2024-Apr-28, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2024.216778
PMID:38458593
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研究论文 | 本研究旨在探讨可改善结直肠肝转移患者预后预测的生物标志物 | 本研究首次将术前天冬氨酸氨基转移酶与血小板比率指数(APRI)与结直肠肝转移患者的预后及肿瘤微环境关联起来 | 研究可能受到多中心数据的异质性影响，需注意结果的普遍适用性 | 旨在识别可应用的 robust 生物标志物以改善结直肠肝转移患者的预后预测 | 纳入了1323名接受同期切除手术的结直肠肝转移患者 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞 RNA 测序，复合免疫组化/免疫荧光 | IPTW调整的Cox风险回归分析 | 血液样本，肿瘤样本 | 1323名结直肠肝转移患者 |
| 12886 | 2024-08-07 |
CD63+ cancer-associated fibroblasts confer CDK4/6 inhibitor resistance to breast cancer cells by exosomal miR-20
2024-Apr-28, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2024.216747
PMID:38403110
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研究论文 | 本研究揭示了CD63+癌症相关成纤维细胞通过外泌体miR-20赋予乳腺癌细胞对CDK4/6抑制剂的耐药性 | 发现CD63 CAFs通过外泌体miR-20促进乳腺癌细胞对CDK4/6抑制剂的耐药性，并设计合成了cRGD-miR-20海绵纳米粒子以增强CDK4/6抑制剂的治疗效果 | NA | 探讨CDK4/6抑制剂耐药性的机制并寻找新的治疗策略 | 乳腺癌细胞、CD63癌症相关成纤维细胞及外泌体miR-20 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 具体样本数量未提及 |
| 12887 | 2024-08-07 |
Candida albicans-myeloid cells-T lymphocytes axis in the tumor microenvironment of oral tumor-bearing mice
2024-Apr-28, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2024.216814
PMID:38499264
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研究论文 | 本研究报告了口腔肿瘤小鼠模型中由白色念珠菌感染引起的肿瘤微环境变化 | 首次揭示了白色念珠菌感染下口腔肿瘤微环境中髓系细胞与T淋巴细胞轴的作用 | NA | 探讨白色念珠菌如何通过影响免疫微环境促进口腔癌发展 | 口腔肿瘤小鼠模型中的肿瘤微环境 | NA | 口腔癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 12888 | 2024-08-07 |
An effective two-stage NMBzA-induced rat esophageal tumor model revealing that the FAT-Hippo-YAP1 axis drives the progression of ESCC
2024-Apr-28, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2024.216813
PMID:38499266
|
研究论文 | 本文报道了一种有效的两阶段NMBzA诱导的大鼠食管癌模型，并揭示了FAT-Hippo-YAP1轴在食管鳞状细胞癌（ESCC）进展中的作用。 | 使用多激酶抑制剂索拉非尼作为肿瘤促进剂，建立了高效的两阶段NMBzA诱导的大鼠ESCC致癌模型，增加了肿瘤发生率和缩短了肿瘤形成时间。 | 模型仍存在时间消耗较长和恶性肿瘤发生率低的问题。 | 研究食管鳞状细胞癌的起始、进展和新治疗策略。 | NMBzA诱导的大鼠食管鳞状细胞癌模型及其相关分子机制。 | 数字病理学 | 食管癌 | 全基因组测序、三维（3-D）器官培养、单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因组数据、细胞系、组织样本 | 从NMBzA诱导的乳头状瘤和ESCC中生成的肿瘤细胞系，以及三维器官培养和单细胞RNA测序的样本。 |
| 12889 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing explores the evolution of the ecosystem from leukoplakia to head and neck squamous cell carcinoma
2024-04-06, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-58978-9
PMID:38582791
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术探索从白斑病到头颈鳞状细胞癌的生态系统演变过程 | 发现了在白斑病向头颈鳞状细胞癌进展过程中，与预后相关的多个细胞亚群及其不同的命运走向 | NA | 揭示白斑病向头颈鳞状细胞癌进展的分子机制，并为新治疗策略的开发提供理论基础 | 白斑病和头颈鳞状细胞癌的细胞生态系统 | 数字病理学 | 头颈鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 来自基因表达综合数据库和UCSC Xena数据库的样本信息 |
| 12890 | 2024-08-07 |
IRF1 governs the expression of SMARCC1 via the GCN5-SETD2 axis and actively engages in the advancement of osteoarthritis
2024-Mar, Journal of orthopaedic translation
IF:5.9Q1
DOI:10.1016/j.jot.2024.01.002
PMID:38586591
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研究论文 | 本研究分析了IRF1-GCN5-SETD2-SMARCC1轴在骨关节炎（OA）发展中的作用 | 发现IRF1通过GCN5和SETD2调控SMARCC1的表达，进而影响H3K27ac和H3K4me3修饰，促进M1巨噬细胞的极化，推动骨关节炎的进展 | NA | 分析IRF1-GCN5-SETD2-SMARCC1轴在骨关节炎发展中的功能 | IRF1、SMARCC1、GCN5、SETD2以及它们在骨关节炎中的作用 | NA | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 13名骨关节炎患者和7名无骨关节炎的骨折患者 |
| 12891 | 2024-08-04 |
Spatial transcriptomics reveals altered lipid metabolism and inflammation-related gene expression of sebaceous glands in psoriasis and atopic dermatitis
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1334844
PMID:38433843
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研究论文 | 本研究揭示了皮脂腺在银屑病和特应性皮炎中的脂质代谢和炎症相关基因表达的变化 | 首次深入探讨了皮脂腺在银屑病和特应性皮炎中的作用，揭示其与炎症微环境的相互影响 | 未能探讨其他炎症性皮肤疾病对皮脂腺的影响 | 研究皮脂腺在银屑病和特应性皮炎中的作用 | 银屑病和特应性皮炎患者的人类皮肤样本 | 数字病理学 | 银屑病, 特应性皮炎 | 空间转录组学 | NA | 人类皮肤样本 | 涉及银屑病和特应性皮炎患者的皮肤样本 |
| 12892 | 2024-08-07 |
Unveiling macrophage diversity in myocardial ischemia-reperfusion injury: identification of a distinct lipid-associated macrophage subset
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1335333
PMID:38449872
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，在心肌缺血-再灌注损伤中鉴定出一种新型脂质相关巨噬细胞亚型，并探讨了其在心肌重塑中的潜在作用 | 首次在心肌缺血-再灌注损伤中发现并鉴定了一种新型脂质相关巨噬细胞亚型，该亚型具有高表达的Spp1和Trem2等基因 | NA | 旨在识别心肌缺血-再灌注损伤中的巨噬细胞亚型，并探索其对心脏修复和损伤的双重作用 | 心肌缺血-再灌注损伤中的巨噬细胞亚型 | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 使用小鼠和人类的心脏样本进行研究 |
| 12893 | 2024-08-07 |
Integrative analysis identifies oxidative stress biomarkers in non-alcoholic fatty liver disease via machine learning and weighted gene co-expression network analysis
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1335112
PMID:38476236
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研究论文 | 本研究通过机器学习和加权基因共表达网络分析，识别非酒精性脂肪肝病中的氧化应激生物标志物 | 本研究发现了两个与非酒精性脂肪肝病中氧化应激密切相关的关键基因，CDKN1B和TFAM，这些基因可能作为新的诊断和治疗靶点 | NA | 识别非酒精性脂肪肝病中的氧化应激生物标志物，为临床管理提供新的视角 | 非酒精性脂肪肝病中的氧化应激相关基因 | 机器学习 | 非酒精性脂肪肝病 | 加权基因共表达网络分析（WGCNA） | LASSO回归, SVM-RFE, 随机森林 | 基因表达数据 | 涉及31个交集基因和NASH小鼠模型中的肝脏组织 |
| 12894 | 2024-08-07 |
CD81 and CD82 expressing tumor-infiltrating lymphocytes in the NSCLC tumor microenvironment play a crucial role in T-cell activation and cytokine production
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1336246
PMID:38515751
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了非小细胞肺癌肿瘤微环境中表达CD81和CD82的肿瘤浸润淋巴细胞在T细胞激活和细胞因子产生中的重要作用 | 发现四跨膜蛋白家族成员CD81和CD82在激活的T细胞中表达，并与激活和耗竭标记物有强相关性，体外实验证实IL-2刺激的T细胞中CD81和CD82表达增加 | NA | 阐明非小细胞肺癌肿瘤微环境中与T细胞激活相关的分子特征 | 非小细胞肺癌患者的肿瘤组织样本中的T细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 19名非小细胞肺癌患者 |
| 12895 | 2024-08-07 |
SAP-expressing T peripheral helper cells identify systemic lupus erythematosus patients with lupus nephritis
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1327437
PMID:38550577
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研究论文 | 本文研究了SAP表达的T外周辅助细胞在系统性红斑狼疮（SLE）患者中的作用，特别是与狼疮性肾炎（LN）的关系。 | 首次探讨了SAP表达的T外周辅助细胞在狼疮性肾炎发病机制中的作用，并利用单细胞RNA测序数据验证了其在肾浸润T细胞中的表达。 | NA | 探讨SAP表达的T外周辅助细胞在狼疮性肾炎发病机制中的作用。 | 系统性红斑狼疮患者的外周血单个核细胞（PBMC）和肾浸润T细胞。 | 免疫学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序（scRNA seq） | NA | 细胞表面标记和细胞内SAP的表达数据 | 30名SLE患者（包括10名LN患者）和对照组 |
| 12896 | 2024-08-07 |
Identification of potential biomarkers for idiopathic pulmonary arterial hypertension using single-cell and bulk RNA sequencing analysis
2024, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2024.1328234
PMID:38586587
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研究论文 | 本研究利用单细胞和批量RNA测序分析，探索特发性肺动脉高压（IPAH）中的细胞异质性和分子病理，并识别潜在的生物标志物 | 本研究结合单细胞和批量RNA测序数据，首次识别出12个候选生物标志物，并通过RT-qPCR验证了其中5个基因在肺动脉内皮细胞中的表达差异 | NA | 揭示IPAH的潜在诊断标志物和治疗靶点 | 特发性肺动脉高压（IPAH）的细胞异质性和分子病理 | 数字病理学 | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序 | NA | RNA | 涉及三个IPAH数据集和两个额外的PAH数据集 |
| 12897 | 2024-08-07 |
Identification of antigen-presentation related B cells as a key player in Crohn's disease using single-cell dissecting, hdWGCNA, and deep learning
2023-Dec, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-023-01145-7
PMID:37550553
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，结合高维加权基因共表达网络分析和深度学习方法，识别出与克罗恩病发病机制相关的抗原呈递相关B细胞亚群 | 首次揭示了抗原呈递相关B细胞在克罗恩病发病机制中的潜在促进作用，并开发了一种基于基因-免疫卷积神经网络的深度学习模型，有效区分疾病与正常黏膜 | NA | 探究克罗恩病的发病机制及其临床意义 | 克罗恩病中的B细胞亚群及其在疾病中的作用 | 机器学习 | 克罗恩病 | 单细胞RNA测序 | 卷积神经网络 | 基因表达数据 | 未具体说明样本数量 |
| 12898 | 2024-08-07 |
COX5A as a potential biomarker for disease activity and organ damage in lupus
2023-Dec, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-023-01215-w
PMID:37891386
|
研究论文 | 本研究通过综合分析RNA-seq数据和单细胞RNA测序数据，探讨了系统性红斑狼疮（SLE）中的关键通路和驱动基因，并评估了COX5A作为SLE疾病活动和器官损伤的潜在生物标志物的价值 | 本研究首次发现氧化磷酸化（OXPHOS）是SLE中最显著改变的代谢途径，并识别了与OXPHOS相关的酶COX5A，其表达与SLE的疾病活动、器官损伤和皮质类固醇治疗相关 | NA | 旨在深入了解SLE的免疫学途径和预后生物标志物 | SLE的免疫细胞类型、关键通路和驱动基因，以及COX5A作为生物标志物的潜在价值 | 免疫学 | 系统性红斑狼疮 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据, 单细胞RNA测序数据 | 64例SLE患者和62例健康对照 |
| 12899 | 2024-08-07 |
The Poisson distribution model fits UMI-based single-cell RNA-sequencing data
2023-Jun-17, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-023-05349-2
PMID:37330471
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研究论文 | 本文提出了一种基于独立泊松分布（IPD）的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据建模方法，通过引入一种新的数据表示方法——从简单均匀IPD的偏离（DIPD）来捕捉细胞簇生成的每个基因每个细胞的内在异质性 | 本文的创新点在于提出了一种新的数据表示方法DIPD，用于捕捉细胞簇生成的每个基因每个细胞的内在异质性，并展示了该方法在发现新的细胞亚型方面的优势 | NA | 改进单细胞RNA测序数据的建模方法，以更好地支持下游数据分析 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 泊松分布模型 | 基因表达数据 | NA |
| 12900 | 2024-08-07 |
Single cell sequencing revealed the mechanism of CRYAB in glioma and its diagnostic and prognostic value
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1336187
PMID:38274814
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术探讨了CRYAB在胶质瘤中的作用机制及其诊断和预后价值 | 首次通过单细胞测序数据分析CRYAB在胶质瘤中的具体作用和机制，并建立了基于CRYAB的风险模型用于预测胶质母细胞瘤的预后 | 研究主要基于数据库中的数据和体外实验，尚未进行临床试验验证模型的有效性 | 探索CRYAB在胶质瘤中的作用机制及其在诊断和预后中的应用 | 胶质母细胞瘤患者的单细胞分化数据和CRYAB表达 | 数字病理学 | 脑瘤 | 单细胞RNA测序 | LASSO和逐步回归算法 | 单细胞RNA测序数据 | 涉及TCGA和GEO数据库中的数据以及GEO数据库中的胶质瘤患者单细胞测序数据 |