单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
12861	2024-08-04	A Population of Tumor-Infiltrating CD4+ T Cells Co-Expressing CD38 and CD39 Is Associated with Checkpoint Inhibitor Resistance 2023-10-13, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-23-0653 PMID:37505479	研究论文	本研究探讨了一种共表达CD38和CD39的肿瘤浸润CD4+ T细胞人口及其与检查点抑制剂抗性的关系	发现了一种新的人群CD4+ T细胞共同表达CD38和CD39，并关联到检查点免疫治疗抗性	未详细描述具体的机制或治疗干预措施	进一步研究CD38+CD39+ T细胞与转移黑色素瘤患者检查点免疫治疗抗性之间的关系	来自转移性黑色素瘤患者的外周血T细胞	数字病理学	黑色素瘤	RNA测序和流式细胞术	NA	RNA数据及免疫荧光成像数据	来自转移性黑色素瘤患者的外周血和肿瘤组织样本
12862	2024-08-04	Global chromatin landscapes identify candidate noncoding modifiers of cardiac rhythm 2023-02-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI153635 PMID:36454649	研究论文	这篇文章建立了一个全球心脏传导系统的cis调控数据库，以研究心脏节律的非编码调节因子	首次建立了CCS-ATAC数据库，并识别了新型心脏增强子元素	未提及特定细胞类型的功能重要性和潜在影响	研究心脏传导系统的cis调控景观及其与心脏节律相关的人类基因组变异的关系	大鼠心脏传导系统的cis调控元件	数字病理学	心脏病	ATAC-Seq	NA	基因组数据，单细胞RNA-Seq数据	大鼠心脏传导系统相关细胞
12863	2024-08-07	The challenges and opportunities of scRNA-seq in COVID-19 research and clinical translation 2022-12-15, Virology journal IF:4.0Q2 DOI:10.1186/s12985-022-01923-x PMID:36522785	评论	本文讨论了单细胞RNA测序在COVID-19研究中的应用，以及其在加速基础研究和治疗开发方面的挑战和前景	单细胞RNA测序技术在COVID-19研究中提高了对疾病发病机制和免疫特性的理解	讨论了当前利用单细胞RNA测序技术的挑战和局限性	加速COVID-19和其他新兴传染病的基本研究和治疗开发	COVID-19和其他新兴传染病	NA	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	NA
12864	2024-08-04	Comparative analysis of single-cell transcriptome reveals heterogeneity and commonality in the immune microenvironment of colorectal cancer and inflammatory bowel disease 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1356075 PMID:38529274	研究论文	本文分析了结直肠癌（CRC）和炎症性肠病（IBD）免疫微环境的异质性和共性	首次通过单细胞转录组分析深入探讨了CRC和IBD的细胞通信及其与衰老和炎症反应的关系	未详细阐明分子机制，且样本数虽大但仍可能不足以覆盖所有变异	旨在理解衰老、炎症与肿瘤在CRC和IBD中的特征	研究对象为92名CRC患者和24名IBD患者的单细胞转录组数据	数字病理学	结直肠癌	单细胞测序	NA	单细胞转录组数据	432,314个单细胞，来自92名CRC患者和24名IBD患者
12865	2024-08-04	Spatially distinct molecular patterns of gene expression in idiopathic pulmonary fibrosis 2023-Nov-17, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-023-02572-6 PMID:37978501	研究论文	本研究展示了特发性肺纤维化（IPF）中表面正常的肺组织在转录上的差异	应用空间转录组学平台识别了IPF与正常对照组在不同肺区域的转录差异	样本量相对较小，仅包括32个IPF和12个对照受试者	旨在理解IPF肺部的病理异质性及其可能的治疗靶点	研究对象为特发性肺纤维化患者及正常对照的肺组织样本	数字病理学	特发性肺纤维化	空间转录组学 (GeoMx Nanostring Digital Spatial Profiling)	NA	组织样本	32个IPF样本和12个对照样本
12866	2024-08-05	Phylogenomics of novel ploeotid taxa contribute to the backbone of the euglenid tree 2023 Jul-Aug, The Journal of eukaryotic microbiology IF:2.1Q3 DOI:10.1111/jeu.12973 PMID:36912454	研究论文	这篇文章描述了新的ploeotid类群在euglenid谱系中的重要性和演化关系。	该研究通过光学显微镜和单细胞转录组学特征分析新的ploeotid类群，并在多基因系统发育框架中定位它们。	尚有一些taxa未被纳入多基因系统发育的分析，可能影响对谱系的全面理解。	研究ploeotid类群在euglenid演化中的角色和关系。	重点研究了五个新的ploeotid euglena，并将其放入多基因系统发育框架。	生物信息学	NA	光学显微镜和单细胞转录组学	多基因系统发育模型	NA	五个ploeotid euglena
12867	2024-08-07	Estradiol Augments Tumor-Induced Neutrophil Production to Promote Tumor Cell Actions in Lymphangioleiomyomatosis Models 2023-04-17, Endocrinology IF:3.8Q2 DOI:10.1210/endocr/bqad061 PMID:37042477	研究论文	本文研究了雌二醇在淋巴管平滑肌瘤病模型中通过促进中性粒细胞产生来增强肿瘤细胞作用的现象	首次报道了雌二醇通过促进中性粒细胞产生来间接促进肿瘤生长的机制	NA	探究雌二醇在淋巴管平滑肌瘤病中的作用机制	淋巴管平滑肌瘤病模型中的肿瘤细胞和中性粒细胞	数字病理学	淋巴管平滑肌瘤病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	使用TSC2-null小鼠子宫肌细胞系和来自淋巴管平滑肌瘤病患者的单细胞RNA测序数据
12868	2024-08-07	A convolutional neural network for common coordinate registration of high-resolution histology images 2021-11-18, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btab447 PMID:34128955	研究论文	本文介绍了一种新的卷积神经网络（CNN）架构，用于高分辨率组织学图像的通用坐标注册	提出了一种结合局部分类CNN和全局分割CNN的混合网络架构，能够以端到端的方式训练，并在多个数据集上展示了其相对于竞争方法的优势	NA	解决大规模空间组学数据研究中组织学图像从多源注册的紧迫问题	高分辨率组织学图像的注册	计算机视觉	NA	卷积神经网络（CNN）	CNN	图像	参考组织学数据集以及两个已发表的空间转录组数据集
12869	2024-08-07	An Nfil3-Zeb2-Id2 pathway imposes Irf8 enhancer switching during cDC1 development 2019-09, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-019-0449-3 PMID:31406377	研究论文	本文研究了经典类型1树突状细胞（cDC1s）发育过程中的Irf8增强子切换机制	发现了Nfil3-Zeb2-Id2信号通路在cDC1发育中调控Irf8增强子切换的作用	NA	理解cDC1发育过程中的Irf8增强子切换机制	cDC1树突状细胞的发育过程	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	NA
12870	2024-08-07	Single-cell analysis of fate-mapped macrophages reveals heterogeneity, including stem-like properties, during atherosclerosis progression and regression 2019-02-21, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.124574 PMID:30830865	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和遗传命运图谱技术，首次分析了在小鼠动脉粥样硬化进展和消退过程中，由CX3CR1+前体细胞衍生的斑块细胞的特征	研究揭示了比传统M1和M2极化状态更为复杂的巨噬细胞激活状态，并发现了一个意外的增殖性单核细胞簇，具有类似干细胞的特征	NA	探讨动脉粥样硬化进展和消退过程中巨噬细胞的异质性和特征	小鼠动脉粥样硬化斑块中的巨噬细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
12871	2024-08-07	Lung type 3 innate lymphoid cells respond early following Mycobacterium tuberculosis infection 2024-Apr-10, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.03299-23 PMID:38407132	研究论文	研究探讨了肺部类型3先天淋巴细胞（ILC3s）在结核分枝杆菌感染早期的反应机制	揭示了ILC3在结核分枝杆菌感染早期的激活和招募机制，特别是IL-1R信号通路和CXCR5信号通路的作用	NA	研究ILC3在结核分枝杆菌感染早期的反应机制及其作为潜在疫苗靶点的可能性	肺部类型3先天淋巴细胞（ILC3s）及其在结核分枝杆菌感染中的作用	免疫学	结核病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	小鼠模型中的肺部先天淋巴细胞（ILCs）
12872	2024-08-07	Interferon Regulatory Factor 6 Determines Intestinal Epithelial Cell Development and Immunity 2024-Apr-09, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.mucimm.2024.03.013 PMID:38604478	研究论文	研究探讨了干扰素调节因子6（IRF6）在肠道上皮细胞（IEC）发育和免疫中的作用	首次揭示了IRF6在IEC生物学中的作用，包括调节上皮细胞发育和调节先天免疫反应以减少细胞毒性和维持屏障功能	NA	研究IRF6在肠道上皮细胞发育和免疫中的具体作用	肠道上皮细胞（IEC）和IRF6的功能	NA	NA	CRISPR筛选，单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及转化的鼠IEC和IEC类器官
12873	2024-08-04	Deciphering the cellular heterogeneity of the insect brain with single-cell RNA sequencing 2024-Apr, Insect science IF:2.9Q1 DOI:10.1111/1744-7917.13270 PMID:37702319	综述	本文回顾了昆虫大脑的基本结构及其与行为的关联，重点探讨学习和记忆相关的方面	介绍了单细胞RNA测序在昆虫大脑研究中的应用，揭示了细胞亚群的分类及发育轨迹	缺乏关于昆虫大脑功能调节如何具体作用的更深入解析	探讨昆虫大脑的细胞异质性及其对行为的影响	昆虫大脑的不同细胞类型及其连接和功能	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	NA
12874	2024-08-04	Tumor-specific activation of folate receptor beta enables reprogramming of immune cells in the tumor microenvironment 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1354735 PMID:38384467	研究论文	该文章展示了肿瘤特异性激活叶酸受体β如何重编程肿瘤微环境中的免疫细胞	阐明了FRβ在肿瘤微环境中的特定作用以及其对免疫细胞重编程的影响	未明确提及研究的局限性	研究FRβ在肿瘤相关巨噬细胞中的功能及其对肿瘤微环境的重编程作用	主要研究肿瘤微环境中的免疫抑制性巨噬细胞及其功能变化	数字病理学	肿瘤	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
12875	2024-08-07	Decoding the tumor microenvironment and molecular mechanism: unraveling cervical cancer subpopulations and prognostic signatures through scRNA-Seq and bulk RNA-seq analyses 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1351287 PMID:38482016	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和批量RNA测序技术，深入分析宫颈癌的肿瘤微环境和分子机制，识别关键的肿瘤上皮细胞亚群及其对宫颈癌进展的影响	首次识别出C3 PLP2+肿瘤上皮祖细胞作为宫颈癌中的一个重要亚群，并建立了独立的预后指标PLP2+肿瘤EPCs评分	NA	深入理解影响宫颈癌进展的决定因素，提高对宫颈癌肿瘤微环境的认识，并为未来的宫颈癌治疗提供有价值的见解	宫颈癌的肿瘤上皮细胞亚群及其对疾病进展的影响	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（Bulk RNA-seq）	NA	RNA	四份宫颈癌患者样本
12876	2024-08-07	Innovative prognostic modeling in ESCC: leveraging scRNA-seq and bulk-RNA for dendritic cell heterogeneity analysis 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1352454 PMID:38515748	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA分析，深入探讨了食管鳞状细胞癌（ESCC）中树突状细胞的异质性及其对患者预后的影响	本研究通过scRNA-seq和批量RNA分析，揭示了树突状细胞在ESCC中的异质性，并开发了基于树突状细胞相关基因签名的预后模型	NA	深入研究食管鳞状细胞癌中树突状细胞的异质性及其对患者预后的影响	食管鳞状细胞癌中的树突状细胞	数字病理学	食管鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA分析	NA	RNA	GSE53624队列（n = 119）、TCGA-ESCC队列（n = 139）、IMvigor210免疫治疗队列（n = 298）
12877	2024-08-04	Cerebral organoids derived from patients with Alzheimer's disease with PSEN1/2 mutations have defective tissue patterning and altered development 2023-11-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.113310 PMID:37864790	研究论文	本研究创建了一个来自阿尔茨海默病患者的脑类器官模型，探讨了早期事件和病理进程	利用来自具有PSEN1/2突变的阿尔茨海默病患者的诱导多能干细胞创建了特定的脑类器官，并发现了组织模式缺陷和发育改变	研究主要集中在体外模型上，可能不完全反映体内的病理情况	探讨阿尔茨海默病的早期病理事件和进展	利用来自家族性阿尔茨海默病患者的诱导多能干细胞生成的脑类器官	数字病理学	阿尔茨海默病	诱导多能干细胞(iPSC)	脑类器官(CO)	单细胞测序数据	来自三条阿尔茨海默病-iPSC线的样本
12878	2024-08-07	Inverse agonists of retinoic acid receptor/retinoid X receptor signaling as lineage-specific antitumor agents against human adenoid cystic carcinoma 2023-07-06, Journal of the National Cancer Institute DOI:10.1093/jnci/djad062 PMID:37040084	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和异种移植实验，探讨了人腺样囊性癌中两种不同细胞类型的肿瘤起始能力和分化关系，并测试了视黄酸受体/视黄酸X受体信号通路作为特定治疗靶点的潜力。	首次揭示了腺样囊性癌中肌上皮样细胞作为导管样细胞的前体，并发现抑制视黄酸受体/视黄酸X受体信号通路对导管样细胞具有选择性毒性，为治疗提供了新策略。	NA	探索人腺样囊性癌中不同细胞类型的肿瘤起始能力和分化关系，并寻找特定治疗靶点。	人腺样囊性癌中的肌上皮样细胞和导管样细胞。	数字病理学	腺样囊性癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	来自人腺样囊性癌的患者源性异种移植模型。
12879	2024-08-07	Repression of the aryl-hydrocarbon receptor prevents oxidative stress and ferroptosis of intestinal intraepithelial lymphocytes 2023-04-11, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2023.01.023 PMID:36801011	研究论文	研究揭示了芳基烃受体抑制剂（AHRR）对维持肠道上皮内淋巴细胞（IELs）的重要性，以及其缺乏导致的氧化应激和铁死亡	首次展示了AHRR在维持IELs中的关键作用，以及其缺乏如何导致氧化应激和铁死亡	研究主要集中在实验室模型和小鼠实验上，可能需要进一步的人体研究来验证结果	探讨AHRR在调节肠道免疫反应和防止氧化应激及铁死亡中的作用	肠道上皮内淋巴细胞（IELs）和芳基烃受体（AHR）及其抑制剂（AHRR）	NA	炎症性肠病	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及小鼠模型和炎症性肠病患者的组织样本
12880	2024-08-07	Single-Cell Transcriptome Sequencing Reveals Molecular Mechanisms of Renal Injury in Essential Hypertension 2023, Kidney & blood pressure research IF:2.3Q2 DOI:10.1159/000530624 PMID:37062270	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术，探索了原发性高血压肾损伤的分子机制	首次通过单细胞RNA测序揭示了高血压肾损伤早期细胞特异性基因表达的变化	研究仅限于大鼠模型，结果的临床应用需要进一步验证	识别高血压肾损伤的早期生物标志物和信号通路	高血压肾损伤的大鼠肾脏样本	数字病理学	高血压	单细胞RNA测序	NA	转录组	10,602个单细胞转录组来自2个对照组和2个早期高血压肾损伤样本