单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27366 篇文献，本页显示第 12841 - 12860 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 12841 | 2024-08-07 |
col1a2+ fibroblasts/muscle progenitors finetune xanthophore countershading by differentially expressing csf1a/1b in embryonic zebrafish
2024-Apr-05, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adj9637
PMID:38578990
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研究论文 | 本研究揭示了斑马鱼胚胎中黄素细胞反阴影模式调控的机制 | 首次发现纤维母细胞和肌肉前体细胞通过差异表达CSF1A/1B来调节黄素细胞的分布模式 | NA | 探究动物色素模式适应自然环境的机制 | 斑马鱼胚胎中的黄素细胞反阴影模式 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 12842 | 2024-08-07 |
Targeting pathogenic CD8+ tissue-resident T cells with chimeric antigen receptor therapy in murine autoimmune cholangitis
2024-Apr-05, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-46654-5
PMID:38580644
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研究论文 | 本研究使用Il12bIl2ra小鼠（DKO小鼠）作为自身免疫性胆管炎模型，通过Cd8a敲除或抗CD8α抗体治疗预防/减少胆管免疫病理，并开发针对表达PD-1的CD8 Trm细胞的嵌合抗原受体（CAR）-T细胞疗法。 | 首次描述了针对表达PD-1的CD8 Trm细胞的嵌合抗原受体（CAR）-T细胞的开发，并证明了其在治疗自身免疫性胆管炎中的潜在疗效。 | NA | 研究CD8 Trm细胞在自身免疫性胆管炎中的致病作用及PD-1靶向CAR-T细胞的潜在治疗用途。 | 自身免疫性胆管炎模型小鼠及CD8 Trm细胞。 | 免疫学 | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 使用Il12bIl2ra小鼠（DKO小鼠）作为模型 |
| 12843 | 2024-08-07 |
Metacell-based differential expression analysis identifies cell type specific temporal gene response programs in COVID-19 patient PBMCs
2024-Apr-05, NPJ systems biology and applications
IF:3.5Q1
DOI:10.1038/s41540-024-00364-2
PMID:38580667
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，利用元细胞方法分析COVID-19患者外周血单个核细胞（PBMCs）中的细胞类型特异性时间基因响应程序 | 提出了一种新的计算框架，使用元细胞作为“重复”以增加统计严谨性，并展示了这种方法在保留表达变异性和产生更有生物学意义的差异表达基因（DEGs）方面的优势 | 当前单细胞RNA测序分析存在基因检测数量少、实验成本高导致重复样本不足以及数据分析中将单个细胞视为独立测量导致统计膨胀的问题 | 旨在解决单细胞RNA测序技术在时间序列样本分析中的局限性 | COVID-19患者外周血单个核细胞（PBMCs）中的细胞类型特异性时间基因响应程序 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 时间序列的单细胞RNA测序数据集 |
| 12844 | 2024-08-07 |
Comprehensive analyses of the cancer-associated fibroblast subtypes and their score system for prediction of outcomes and immunosuppressive microenvironment in prostate cancer
2024-Apr-05, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-024-03305-5
PMID:38580966
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研究论文 | 本文通过综合分析癌症相关成纤维细胞（CAFs）的亚型及其评分系统，预测前列腺癌的预后和免疫抑制微环境 | 开发了一种CAF亚型评分系统，作为前列腺癌和其他癌症类型的预后因子，并有助于区分前列腺癌中不同的免疫抑制机制 | NA | 研究CAF亚型在前列腺癌中的生物学和临床意义，并开发一种评分系统来预测预后和免疫抑制微环境 | 前列腺癌细胞、正常成纤维细胞和CAFs | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 从TCGA、MSKCC、CPGEA和GEO数据库收集的序列、基因组和临床数据 |
| 12845 | 2024-08-04 |
GPR65 sensing tumor-derived lactate induces HMGB1 release from TAM via the cAMP/PKA/CREB pathway to promote glioma progression
2024-Apr-04, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-024-03025-8
PMID:38576043
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研究论文 | 本研究揭示了肿瘤衍生乳酸如何影响肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）并促进胶质瘤进展的机制 | 提出了GPR65在TAM上感应乳酸刺激，并通过cAMP/PKA/CREB信号通路促进HMGB1释放，从而促进肿瘤进展的新机制 | 本研究主要集中于体外实验和小鼠模型，缺乏临床样本验证 | 阐明肿瘤衍生乳酸对胶质瘤中TAMs的影响及其调控通路 | 胶质瘤细胞及其相关的肿瘤相关巨噬细胞（TAMs） | 数字病理学 | 胶质瘤 | 单细胞RNA-seq, CCK8, 细胞克隆形成, 创伤愈合, 转移实验, 西方印迹, 免疫荧光染色, RT-PCR, ELISA | 小鼠异种移植肿瘤模型 | 基因表达数据，细胞 assays 数据 | 使用TCGA和CGGA数据集进行的生物信息学分析，以及不同实验中细胞类型的相关检测 |
| 12846 | 2024-08-07 |
Correction for Keum et al., Heterogeneous osteoimmune profiles via single-cell transcriptomics in osteoporotic patients who fail bisphosphonate treatment
2024-Apr-02, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2404416121
PMID:38547069
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 12847 | 2024-08-04 |
[Prediction of prognosis of patients with radical resection of intrahepatic cholangiocarcinoma based on single cell omics]
2024-Apr-01, Zhonghua wai ke za zhi [Chinese journal of surgery]
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研究论文 | 基于单细胞组学分析，旨在评估肝内胆管癌患者根治性切除术后的生存获益 | 探讨了与患者预后相关的上皮细胞群体，并提出了抗氧化型肝内胆管癌组织分类的概念 | 缺乏足够的临床指标及其对预后的影响数据 | 评估肝内胆管癌患者根治性切除术的预后 | 46例接受根治性切除术的肝内胆管癌患者 | 数字病理学 | 肝内胆管癌 | 单细胞测序 | Cox比例风险模型 | 基因表达数据和生存数据 | 共包括146名患者，46名进行根治性切除术，100名用于微阵列数据分析 |
| 12848 | 2024-08-07 |
Osteosarcoma Cells Secrete CXCL14 That Activates Integrin α11β1 on Fibroblasts to Form a Lung Metastatic Niche
2024-Apr-01, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-1307
PMID:38295227
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析了未经治疗的骨肉瘤肿瘤微环境中的细胞群体，发现CXCL14在具有肿瘤细胞启动特性和促转移特性的干细胞样簇中特异性富集，并能通过与纤维母细胞上的整合素α11β1结合，诱导其重编程，形成支持肺转移的微环境。 | 本文首次揭示了骨肉瘤细胞与纤维母细胞之间的相互作用，以及CXCL14-整合素α11β1轴在促进骨肉瘤肺转移中的作用，并提出针对这一轴的治疗策略。 | NA | 研究骨肉瘤细胞与纤维母细胞之间的相互作用及其在肺转移形成中的机制。 | 骨肉瘤细胞、纤维母细胞、肺转移微环境。 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 12849 | 2024-08-04 |
Glutamine antagonist DRP-104 suppresses tumor growth and enhances response to checkpoint blockade in KEAP1 mutant lung cancer
2024-Mar-29, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adm9859
PMID:38536921
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研究论文 | 本文研究了谷氨酰胺拮抗剂DRP-104对KEAP1突变肺癌肿瘤生长的抑制作用及其在免疫检查点抑制剂中的应用 | 提出了DRP-104作为一种新的靶向治疗策略，能够通过抑制谷氨酰胺依赖的核苷酸合成来改善T细胞的抗肿瘤反应 | 目前仅在预临床模型中进行研究，临床试验结果尚未发布 | 探索DRP-104作为治疗KEAP1突变肺癌的新方法 | KEAP1突变肺癌模型，包括患者来源的异种移植模型和抗原性原位肺癌模型 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞测序 | NA | 细胞和组织样本 | NA |
| 12850 | 2024-08-07 |
DELVE: feature selection for preserving biological trajectories in single-cell data
2024-Mar-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-46773-z
PMID:38553455
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research paper | 本文介绍了一种名为DELVE的无监督特征选择方法，用于在单细胞数据中保留生物学轨迹 | DELVE采用自下而上的方法来减少混杂变异源的影响，并基于核心调控复合体从动态基因或蛋白质模块中建模细胞状态 | NA | 旨在识别能够稳健重现细胞轨迹的分子特征子集 | 单细胞数据中的生物学轨迹 | digital pathology | NA | single-cell RNA sequencing, iterative immunofluorescence imaging | NA | single-cell data | NA |
| 12851 | 2024-08-07 |
The remission status of AML patients after allo-HCT is associated with a distinct single-cell bone marrow T-cell signature
2024-Mar-28, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2023021815
PMID:38197505
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了急性髓系白血病（AML）患者在接受异基因造血干细胞移植（allo-HCT）100天后骨髓T淋巴细胞和CD34+细胞的特征，以识别与即将复发（REL）或持续完全缓解（CR）相关的T细胞特征。 | 研究首次揭示了在allo-HCT后，骨髓T细胞的特定单细胞特征与AML患者的缓解状态相关，并识别出ADGRG1/GPR56作为CR CD8+ T细胞的表面标记物。 | 研究样本量较小，仅涉及6名患者，可能影响结果的普遍性。 | 旨在识别与AML患者allo-HCT后缓解状态相关的T细胞特征。 | 急性髓系白血病患者的骨髓T淋巴细胞和CD34+细胞。 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 细胞 | 6名AML患者 |
| 12852 | 2024-08-04 |
HyGAnno: hybrid graph neural network-based cell type annotation for single-cell ATAC sequencing data
2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae152
PMID:38581422
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研究论文 | 本研究提出了一种新的自动化细胞注释方法HyGAnno，适用于单细胞ATAC测序数据 | HyGAnno通过并行图神经网络以半监督方式将细胞类型信息从标记良好的scRNA-seq参考转移到未标记的scATAC-seq目标，并利用全基因组可及性峰特征来促进训练过程 | 在一些数据集上，细胞预测的可靠性可能较低，影响注释的准确性 | 研究开发一种高效的细胞类型注释方法，以提高单细胞ATAC测序数据的细胞注释质量 | 本研究关注的对象是细胞类型注释，特别是针对单细胞ATAC测序数据的未标记样本 | 数字病理 | 肿瘤 | 图神经网络 | 并行图神经网络 | 单细胞ATAC测序数据 | 在多个数据集上评估，具体样本量未给出 |
| 12853 | 2024-08-07 |
Single-cell epigenomic dysregulation of Systemic Sclerosis fibroblasts via CREB1/EGR1 axis in self-assembled human skin equivalents
2024-Mar-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.22.586316
PMID:38585776
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研究论文 | 研究分析了系统性硬化症（SSc）的3D皮肤样组织模型在单细胞分辨率下的转录组（scRNA-seq）和表观遗传（scATAC-seq）特征 | 首次在单细胞水平上分析了SSc皮肤样组织模型的转录组和表观遗传特征，并鉴定了特定的纤维细胞亚群 | NA | 研究系统性硬化症的皮肤纤维化和内部器官受累的分子机制 | 系统性硬化症患者的自体纤维细胞、巨噬细胞和血浆构建的3D皮肤样组织模型 | 数字病理学 | 系统性硬化症 | scRNA-seq, scATAC-seq | NA | 单细胞转录组, 单细胞表观遗传 | 使用了来自系统性硬化症患者和健康对照捐赠者的纤维细胞、巨噬细胞和血浆 |
| 12854 | 2024-08-04 |
Modeling interpretable correspondence between cell state and perturbation response with CellCap
2024-Mar-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.14.585078
PMID:38558987
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研究论文 | 本研究提出CellCap，一种旨在对单细胞扰动实验进行端到端分析的深度生成模型 | CellCap通过稀疏字典学习将细胞状态特异的扰动响应解构为一组转录响应程序，并通过点积交叉注意力来增强模型的解释能力 | 该研究主要评估CellCap在多个模拟场景下的模型可解释性，可能在某些实际应用中表现不佳 | 揭示细胞状态与扰动响应之间的关系，以深入理解细胞行为 | 使用单细胞转录组学和扰动数据集进行分析 | 数字病理学 | NA | 深度生成模型 | 生成模型 | 转录组数据 | 两个真实的单细胞扰动数据集 |
| 12855 | 2024-08-07 |
Heterogeneity of layer 4 in visual areas of rhesus macaque cortex
2024-Mar-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.11.584345
PMID:38559123
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，详细研究了猕猴视觉皮层中五个相邻区域的细胞异质性，并开发了一种新的脑空间存档方法BrainSPACE。 | 开发了一种新的脑空间存档方法BrainSPACE，并首次揭示了猕猴视觉皮层中特定神经元亚型的分布和密度梯度。 | NA | 探索猕猴视觉皮层中相邻区域的细胞异质性和层次结构。 | 猕猴视觉皮层中的V1、V2、V4、MT和TEO区域。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），小分子荧光原位杂交 | NA | 基因表达数据 | 约100,000个来自视觉区域V1和V4的细胞核 |
| 12856 | 2024-08-07 |
[Single-cell transcriptome characterization of oral mucosal fibroblasts]
2024-Feb, Shanghai kou qiang yi xue = Shanghai journal of stomatology
PMID:38583017
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研究论文 | 本研究通过整合口腔黏膜和皮肤组织的单细胞数据库，对成纤维细胞亚群进行了分类和功能分析 | 首次在单细胞水平上统一了口腔黏膜和皮肤组织成纤维细胞亚型的分类，并分析了它们在功能上的异同 | NA | 阐明正常口腔黏膜和皮肤组织中成纤维细胞亚型的组成和功能差异，为组织修复和再生领域的未来应用提供基础 | 口腔黏膜和皮肤组织的成纤维细胞亚群 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组测序 | UMAP | 转录组数据 | 四个单细胞数据库 |
| 12857 | 2024-08-04 |
Direct male development in chromosomally ZZ zebrafish
2024, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2024.1362228
PMID:38529407
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研究论文 | 本文探讨了NA斑马鱼的性别决定和生殖腺发育机制。 | 揭示了NA斑马鱼在性别决定过程中的直接雄性发育机制，以及性腺发育中不同染色体的作用。 | 研究主要集中于特定的斑马鱼品系，可能无法广泛适用于其他物种。 | 了解NA斑马鱼的性腺发育机制。 | 研究对象为NA斑马鱼及其不同性别的发育过程。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 文本和图像 | 19dpf和30dpf的性腺样本 |
| 12858 | 2024-08-07 |
Targeting Monocyte Derived CCL17 Attenuates Murine Crescentic Glomerulonephritis by Affecting Renal CCR4+ Regulatory T-Cell Recruitment
2024, American journal of nephrology
IF:4.3Q1
DOI:10.1159/000534151
PMID:37742620
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了人及小鼠肾炎肾脏中的白细胞，发现CCL17作为免疫介导性肾脏疾病的潜在治疗靶点，并通过小鼠模型探讨了靶向CCL17的效果。 | 首次研究了化学因子受体CCR4及其配体CCL17在免疫介导性新月形肾小球肾炎中的功能重要性及其对白细胞招募的相关性。 | NA | 探讨化学因子受体CCR4及其配体CCL17在免疫介导性新月形肾小球肾炎中的作用及治疗潜力。 | 人及小鼠肾炎肾脏中的白细胞，以及小鼠新月形肾小球肾炎模型。 | NA | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 人及小鼠肾炎肾脏中的白细胞样本 |
| 12859 | 2024-08-07 |
Identification and validation of immune and cuproptosis - related genes for diabetic nephropathy by WGCNA and machine learning
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1332279
PMID:38390317
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研究论文 | 本研究通过WGCNA和机器学习方法，识别并验证了与糖尿病肾病相关的免疫和铜死亡相关基因 | 结合机器学习、WGCNA、免疫细胞浸润和PPI分析，首次识别出与铜死亡、免疫和糖尿病肾病相关的三个关键基因 | NA | 探索糖尿病肾病的早期诊断方法，并识别潜在的诊断标志物 | 糖尿病肾病相关的免疫和铜死亡相关基因 | 机器学习 | 糖尿病肾病 | WGCNA, 机器学习, 蛋白质-蛋白质相互作用网络分析 | NA | 基因表达数据, 单细胞RNA测序数据 | 包括GSE30122和GSE30529两个数据集，以及STZ诱导和db/db糖尿病肾病小鼠模型 |
| 12860 | 2024-08-04 |
Direct Male Development in Chromosomally ZZ Zebrafish
2023-Dec-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.27.573483
PMID:38234788
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研究论文 | 该文章研究了NA斑马鱼的性别决定和生殖腺发展机制 | 揭示了NA斑马鱼在生殖腺发育中直接形成睾丸而非经过幼年卵巢阶段的机制 | 未明确提及该研究的局限性 | 理解NA斑马鱼的性别决定和生殖腺发育机制 | ZZ和ZW斑马鱼的生殖腺发育过程 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 肝脏组织样本 | 涉及19天和30天后生殖腺的样本 |