单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
12821	2024-08-07	Silencing Myeloid Netrin-1 Induces Inflammation Resolution and Plaque Regression 2021-08-20, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.121.319313 PMID:34289717	研究论文	本文研究了通过沉默髓系细胞中的Netrin-1来减少动脉粥样硬化心血管疾病风险，并促进斑块消退的方法。	本文首次探讨了通过靶向Netrin-1来改善动脉粥样硬化炎症和促进斑块消退的新策略。	NA	研究如何通过靶向Netrin-1来改善动脉粥样硬化炎症和促进斑块消退。	研究对象包括转基因小鼠和其动脉粥样硬化斑块。	心血管疾病	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	包括转基因小鼠和对照小鼠，具体数量未详细说明。
12822	2024-08-07	Single cell census of human kidney organoids shows reproducibility and diminished off-target cells after transplantation 2019-11-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-13382-0 PMID:31784515	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了四个人诱导多能干细胞系衍生的肾类器官，共450,118个单细胞，展示了类器官组成和发展与人类胎儿和成人肾脏的相似性，并研究了移植后非目标细胞的减少情况。	首次使用单细胞RNA测序技术评估肾类器官的重复性和质量，并发现移植可以减少非目标细胞的数量。	文章中提到不同iPSC系之间的细胞比例存在变异性，主要由非目标细胞引起。	评估人诱导多能干细胞衍生的肾类器官的重复性和减少非目标细胞的生成。	人诱导多能干细胞衍生的肾类器官及其移植后的细胞组成。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞数据	450,118个单细胞
12823	2024-08-07	TripletCell: a deep metric learning framework for accurate annotation of cell types at the single-cell level 2023-05-19, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad132 PMID:37080771	研究论文	本文提出了一种名为TripletCell的新型深度度量学习框架，用于跨物种、跨协议和跨样本的细胞类型注释	TripletCell利用深度度量学习算法，通过特征提取模块TripletCell-FE，有效地处理了scRNA-seq数据中的批次效应和数据异质性问题	NA	开发一种高效准确的细胞类型注释方法，以克服传统手动注释的局限性	单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释	数字病理学	NA	scRNA-seq	深度度量学习	基因表达矩阵	21个数据集，涵盖九种scRNA-seq协议、两种物种和三种组织
12824	2024-08-07	Genomic characterization and therapeutic utilization of IL-13-responsive sequences in asthma 2023-Jan-11, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2022.100229 PMID:36777184	研究论文	本文利用多种基因组技术在支气管上皮细胞中识别IL-13响应的调控元件，并开发基于CRISPR干扰（CRISPRi）的治疗方法，以细胞类型特异性和IL-13特异性的方式下调引起气道阻塞的基因。	本文首次利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和H3K27ac染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq）在人类支气管上皮细胞中识别IL-13响应基因和调控元件，并通过大规模并行报告分析（MPRAs）验证和优化这些序列的IL-13诱导活性。	NA	研究IL-13在哮喘中的基因组特征及其在治疗中的应用。	支气管上皮细胞中的IL-13响应调控元件。	基因组学	哮喘	单细胞RNA测序（scRNA-seq），H3K27ac染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq），大规模并行报告分析（MPRAs）	CRISPR干扰（CRISPRi）	基因组数据	人类支气管上皮细胞
12825	2024-08-04	Neighbor-specific gene expression revealed from physically interacting cells during mouse embryonic development 2023-01-10, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2205371120 PMID:36595695	研究论文	本文探讨了小鼠胚胎发育过程中物理相互作用细胞的邻特异性基因表达	提出了物理相互作用细胞RNA测序（PIC-seq）技术，以克服单细胞RNA测序中缺失空间信息的局限性，揭示了接触特异的基因调控机制	主要集中于小鼠胚胎的特定发展阶段，未涵盖其他发育阶段或物种	研究胚胎发育过程中邻近细胞之间的相互作用如何影响基因表达	小鼠胚胎发育过程中的物理相互作用细胞	数字病理学	NA	RNA测序	NA	转录组数据	小鼠胚胎在胚胎日7.5到9.5期间产生的相互作用细胞
12826	2024-08-07	Coopted temporal patterning governs cellular hierarchy, heterogeneity and metabolism in Drosophila neuroblast tumors 2019-09-30, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.50375 PMID:31566561	研究论文	本文通过单细胞转录组学、克隆分析和数值建模，研究了果蝇神经母细胞瘤中被重新利用的幼虫期时间模式基因网络，揭示了这些基因如何触发肿瘤细胞的层次性分裂模式并诱导可预测的细胞异质性。	首次揭示了时间模式基因在神经母细胞瘤中的重新利用机制，及其对肿瘤细胞层次结构、异质性和生长特性的调控作用。	NA	探究儿童肿瘤进展的驱动因素，特别是神经母细胞瘤中的细胞层次结构和异质性。	果蝇神经母细胞瘤中的时间模式基因及其在肿瘤发展中的作用。	数字病理学	儿童肿瘤	单细胞转录组学	数值模型	转录组数据	涉及二十个幼虫期时间模式基因
12827	2024-08-07	Evaluation of tools for highly variable gene discovery from single-cell RNA-seq data 2019-07-19, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bby011 PMID:29481632	研究论文	本文比较了六种软件包中的七种高变异基因（HVG）方法，以评估其在单细胞RNA测序数据中发现高变异基因的能力	本文首次系统比较了多种HVG方法的重复性和差异性，并提出了相应的建议	文章指出HVG分析需要比差异表达基因（DEG）分析更大的样本量	评估不同软件工具在单细胞RNA测序数据中发现高变异基因的能力	六种软件包中的七种高变异基因（HVG）方法	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	文章未具体说明样本量大小
12828	2024-08-04	High-dimensional deconstruction of ovarian cancer at single-cell precision reveals HEBP2 that reshape the TIME and drive carboplatin resistance 2024-Jun, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.101917 PMID:38554571	研究论文	该研究利用单细胞测序分析卵巢癌患者的肿瘤免疫微环境，探讨不同巨噬细胞亚群在卵巢癌进展中的作用。	该研究首次揭示了脂肪酸相关基因HEBP2在卵巢癌化疗耐药中的重要作用，且说明了其在改变肿瘤免疫微环境中发挥的作用。	未提及具体的样本量和实验细节，可能对结果的普遍适用性产生影响。	旨在揭示卵巢癌化疗耐药的机制，并研究HEBP2在这一过程中的作用。	研究对象为卵巢癌患者的肿瘤组织及其免疫细胞环境。	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序	NA	肿瘤组织样本	未具体提及
12829	2024-08-07	CCR7 affects the tumor microenvironment by regulating the activation of naïve CD8+ T cells to promote the proliferation of oral squamous cell carcinoma 2024-Jun, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.101924 PMID:38430712	研究论文	本文研究了CCR7通过调节幼稚CD8+ T细胞的激活来影响口腔鳞状细胞癌（OSCC）肿瘤微环境的机制	首次深入研究了CCR7在肿瘤微环境中对幼稚CD8+ T细胞抗肿瘤免疫反应的作用	仅通过CCR7敲除小鼠模型进行研究，可能需要更多临床数据支持	探讨CCR7在口腔鳞状细胞癌中的作用及其作为治疗靶点的潜力	CCR7在口腔鳞状细胞癌肿瘤微环境中的作用及对幼稚CD8+ T细胞的影响	NA	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	CCR7敲除小鼠模型
12830	2024-08-07	Insights into the role of the N6-methyladenosine reader IGF2BP3 in the progression of oral squamous cell carcinoma and its connection to cell-cycle control 2024-Jun, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.101932 PMID:38492500	研究论文	本研究探讨了N6-甲基腺苷阅读器IGF2BP3在口腔鳞状细胞癌进展中的作用及其与细胞周期控制的联系	本研究首次揭示了IGF2BP3在口腔鳞状细胞癌中的过度表达，并发现其与细胞周期G2/M转换阶段的关联	研究主要基于批量测序和单细胞RNA测序数据，可能需要更多实验验证	探究IGF2BP3在口腔鳞状细胞癌中的作用及其对细胞周期的影响	口腔鳞状细胞癌中的IGF2BP3表达及其对细胞周期的影响	数字病理学	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	具体样本数量未在摘要中提及
12831	2024-08-04	Prerequisite endocardial-mesenchymal transition for murine cardiac trabecular angiogenesis 2023-05-08, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2023.03.009 PMID:37023750	研究论文	本文探讨了小鼠心脏内膜细胞如何通过“血管内皮细胞-间充质转化”机制生成小梁血管	首次揭示了小梁血管起源于心室内膜细胞的二步血管内皮细胞-间充质转化机制	研究主要集中于小鼠模型，可能对其他物种的应用有限	研究心脏小梁血管的起源和发育机制	心室内膜细胞及其在小梁血管形成中的作用	数字病理学	冠心病	单细胞转录组学、免疫荧光	NA	NA	NA
12832	2024-08-07	Dhaka: variational autoencoder for unmasking tumor heterogeneity from single cell genomic data 2021-Jul-12, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz095 PMID:30768159	研究论文	本文介绍了一种名为'Dhaka'的变分自编码器方法，用于从单细胞基因组数据中揭示肿瘤异质性	提出了一种新的变分自编码器方法，能够将单细胞基因组数据转换为更有效的降维特征空间，以区分隐藏的肿瘤亚群	NA	旨在通过单细胞测序数据揭示肿瘤内部的异质性	单细胞基因组数据中的肿瘤细胞	机器学习	NA	单细胞测序（scDNA-Seq和scRNA-Seq）	变分自编码器（VAE）	基因组数据	测试数据集包括合成数据和六个单细胞癌症数据集，每个样本的细胞数量从250到6000不等
12833	2024-08-07	Molecular and anatomical organization of the dorsal raphe nucleus 2019-08-14, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.46464 PMID:31411560	研究论文	本文通过单细胞RNA测序、原位杂交、解剖追踪和空间相关性分析，研究了小鼠背侧缝核的转录和空间细胞特征	揭示了至少18种不同的神经元亚型和5种血清素能神经元亚型，其中包括一种优先支配基底神经节的血清素能神经元亚型	NA	阐明背侧缝核的分子组织结构	小鼠背侧缝核的细胞	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	39,411个单细胞
12834	2024-08-07	Cell Type- and Sex-Dependent Transcriptome Profiles of Rat Anterior Pituitary Cells 2019, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2019.00623 PMID:31620083	研究论文	本文通过单细胞转录组测序技术，分析了6800多个新鲜分散的前叶垂体细胞的转录组，识别并表征了六种特定的垂体细胞类型。	本文揭示了多种新的遗传标记，这些标记有助于垂体细胞类型的识别、性二态性和功能，并指出了激素产生细胞和滤泡星形细胞之间的关系。	NA	研究前叶垂体细胞的生理和病理机制。	前叶垂体细胞的转录组。	数字病理学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	6800多个前叶垂体细胞
12835	2024-08-07	Correction: Single-cell RNA sequencing reveals the lineage of malignant epithelial cells and upregulation of TAGLN2 promotes peritoneal metastasis in gastric cancer 2024-May, Clinical & translational oncology : official publication of the Federation of Spanish Oncology Societies and of the National Cancer Institute of Mexico IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12094-024-03402-x PMID:38492153	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
12836	2024-08-07	Decoding the biology and clinical implication of neutrophils in intracranial aneurysm 2024-Apr, Annals of clinical and translational neurology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/acn3.52014 PMID:38317016	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和外部批量mRNA测序数据，深入探讨了侵入颅内动脉瘤（IA）壁的中性粒细胞的特征和功能异质性	首次详细描述了中性粒细胞在颅内动脉瘤中的生物学特性和潜在临床意义，揭示了中性粒细胞在IA形成和破裂中的不同亚群及其作用机制	NA	阐明中性粒细胞在颅内动脉瘤中的生物学特性和临床意义	中性粒细胞在颅内动脉瘤中的功能和临床意义	NA	颅内动脉瘤	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA测序数据	涉及人和小鼠模型的数据集
12837	2024-08-07	Identification of SARS-CoV-2-specific T cell and its receptor 2024-03-27, Journal of hematology & oncology IF:29.5Q1 DOI:10.1186/s13045-024-01537-6 PMID:38539271	研究论文	本研究开发了一种机器学习模型，能够基于TCR序列特征区分COVID-19患者和健康个体，并识别了与SARS-CoV-2特异性T细胞及其受体相关的TCR库	首次精确识别了疫苗诱导的SARS-CoV-2特异性TCR和T细胞免疫机制，并展示了这些T细胞的高细胞毒性和延长生存期	NA	识别SARS-CoV-2特异性T细胞及其受体，为开发有效的免疫策略提供理论基础	SARS-CoV-2特异性T细胞和TCR，以及疫苗诱导的细胞免疫	机器学习	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq），免疫库测序（IR-seq），流式细胞术	机器学习模型	TCR序列	HLA-A*02疫苗接种个体
12838	2024-08-04	Identification of TMZ resistance-associated histone post-translational modifications in glioblastoma using multi-omics data 2024-03, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.14649 PMID:38448295	研究论文	本文探讨了在多组学数据中识别与 TMZ 耐药性相关的组蛋白翻译后修饰。	研究发现 H3K9ac 可能通过促进 SP1 转录因子的招募来增强 MGMT 转录，从而驱动 GBM 耐药性。	本研究主要分析了 TMZ 处理的少量 GBM 细胞系，可能缺乏临床样本的充分代表性。	探讨 GBM 耐药性机制，特别是与组蛋白翻译后修饰相关的机制。	建立了两个 TMZ 耐药的 GBM 细胞系，并分析了其转录组序列。	数字病理学	胶质母细胞瘤	转录组测序	NA	多组学数据	建立了两个 TMZ 耐药的 GBM 细胞系
12839	2024-08-04	Exosome-transmitted podoplanin promotes tumor-associated macrophage-mediated immune tolerance in glioblastoma 2024-03, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.14643 PMID:38470096	研究论文	本研究探讨了外泌体转运的podoplanin如何促进胶质母细胞瘤相关巨噬细胞介导的免疫耐受。	该研究首次揭示了胶质母细胞瘤细胞来源的外泌体中podoplanin与巨噬细胞功能之间的具体关系，从而为免疫逃逸机制提供了新的理解。	研究依赖于公共数据库中的样本，可能存在样本异质性和数据完整性的问题。	研究胶质母细胞瘤中巨噬细胞浸润模式及podoplanin的作用，探讨其对免疫抑制的影响。	灵长类动物和小鼠的巨噬细胞和T细胞。	数字病理学	胶质母细胞瘤	RNA-seq, 免疫组化	NA	转录组数据, 组织切片	公共数据库中的胶质瘤患者样本以及BALB/c和OT-II小鼠的巨噬细胞和T细胞
12840	2024-08-07	CD8+ T cell infiltration and proliferation in the brainstem during experimental cerebral malaria 2024-03, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.14431 PMID:37697956	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序、流式细胞术和免疫荧光技术，探讨了实验性脑型疟疾（ECM）中脑干内CD8+ T细胞的浸润和增殖情况，并分析了脑内浸润CD8+ T细胞与脑实质细胞的相互作用。	首次在单细胞分辨率下系统研究了ECM期间脑实质区域的细胞变化，发现脑内浸润的CD8+ T细胞高度激活并表达PD-1，脑实质细胞上调PD-L1表达，揭示了PD-1/PD-L1信号通路在ECM治疗中的潜在价值。	NA	探讨实验性脑型疟疾中脑干内CD8+ T细胞的浸润和增殖情况，以及脑内浸润CD8+ T细胞与脑实质细胞的相互作用。	实验性脑型疟疾小鼠的脑干组织	免疫学	疟疾	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、免疫荧光	NA	RNA	健康和实验性脑型疟疾小鼠的脑干组织