单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 40217 篇文献，本页显示第 12781 - 12800 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 12781 | 2025-10-05 |
Single-cell and spatial transcriptomics identify dihydrolipoic acid succinyltransferase as a promoter of tumor invasion via vascular pathways in cutaneous melanoma
2025-Sep-07, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.147504
PMID:40925436
|
研究论文 | 本研究通过单细胞和空间转录组学技术揭示了二氢硫辛酸琥珀酰转移酶通过血管途径促进皮肤黑色素瘤侵袭的新机制 | 首次发现DLST通过调控组蛋白去甲基化酶KDM4C活性，影响H3K9和H3K27去甲基化，从而促进黑色素瘤进展 | DLST与KDM4C相互作用的具体分子机制仍需进一步验证 | 探究DLST在黑色素瘤进展中的作用机制及其临床意义 | 皮肤黑色素瘤患者样本和黑色素瘤细胞 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,生物信息学分析,siRNA沉默,免疫共沉淀,免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据,空间转录组数据,蛋白质相互作用数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 12782 | 2025-10-05 |
DNA methylation subtypes dictate metastatic heterogeneity of osteosarcoma via distinct tumor-stromal interactions: Multi-omics profiling and decitabine validation
2025-Sep-05, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.147473
PMID:40915448
|
研究论文 | 通过整合DNA甲基化分析和单细胞RNA测序，揭示骨肉瘤转移异质性的表观遗传机制 | 首次发现DNA甲基化亚型通过不同的肿瘤-基质相互作用决定骨肉瘤转移异质性，并验证了地西他滨的治疗潜力 | NA | 阐明骨肉瘤转移异质性的表观遗传驱动机制 | 骨肉瘤细胞和肿瘤微环境中的基质细胞 | 表观遗传学 | 骨肉瘤 | DNA甲基化分析, 单细胞RNA测序, 加权基因共表达网络分析, 假时间轨迹分析 | NA | 甲基化数据, 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量DNA甲基化分析 | NA | NA |
| 12783 | 2025-10-05 |
FmH2ST: foundation model-based spatial transcriptomics generation from histological images
2025-Sep-05, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf865
PMID:40923764
|
研究论文 | 提出基于基础模型的FmH2ST方法，从组织学图像预测空间基因表达 | 采用预训练基础模型和双分支框架，结合多级特征提取和双图策略解决切片间异质性和切片内复杂性 | NA | 从组织学图像预测空间转录组数据 | 组织学图像和空间转录组数据 | 空间转录组学 | 癌症 | 空间转录组学 | 基础模型, Transformer, 图神经网络, 多尺度卷积 | 图像, 基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 12784 | 2025-10-05 |
Persistent and progressive acute lung allograft dysfunction is linked to cell compositional and transcriptional changes in small airways
2025-Sep, The Journal of heart and lung transplantation : the official publication of the International Society for Heart Transplantation
DOI:10.1016/j.healun.2025.03.010
PMID:40293382
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析急性肺移植物功能障碍患者小气道的细胞组成和转录变化 | 首次将急性肺移植物功能障碍的临床进展与单细胞水平的细胞组成和转录变化相关联 | 样本量较小（总样本20例），属于初步研究 | 识别急性肺移植物功能障碍进展为慢性肺移植物功能障碍的分子标志物 | 肺移植受者的小气道细胞 | 单细胞测序分析 | 肺移植相关并发症 | 单细胞RNA测序 | PERMANOVA统计模型 | 单细胞转录组数据 | 20例肺移植受者（8例对照组，4例恢复组，5例持续组，3例进展组） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 12785 | 2025-10-05 |
Pericytes change function depending on glioblastoma vicinity: emphasis on immune regulation
2025-Sep, Molecular oncology
IF:5.0Q1
DOI:10.1002/1878-0261.70095
PMID:40674254
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了胶质母细胞瘤微环境中壁细胞的空间异质性及其免疫调节功能 | 首次发现壁细胞在肿瘤内部和边界区域具有不同的转录组特征和免疫调节功能 | 研究样本量有限，需要进一步验证功能机制 | 探究胶质母细胞瘤微环境中壁细胞的空间异质性及其免疫调节作用 | 小鼠和人类胶质母细胞瘤样本中的壁细胞（包括周细胞和平滑肌细胞） | 单细胞测序分析 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠和人类胶质母细胞瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 12786 | 2025-10-05 |
Correction to 'Immunopipe: a comprehensive and flexible scRNA-seq and scTCR-seq data analysis pipeline'
2025-Sep, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaf126
PMID:40918070
|
更正 | 对先前发表的Immunopipe单细胞数据分析流程文章进行更正 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 12787 | 2025-10-05 |
Single-cell Raman and mass spectrometry analysis to probe cellular heterogeneity in tamoxifen uptake and metabolism
2025-Sep, Analytical and bioanalytical chemistry
IF:3.8Q1
DOI:10.1007/s00216-025-06058-w
PMID:40810750
|
研究论文 | 本研究结合单细胞拉曼光谱和质谱技术探究他莫昔芬在肝癌细胞中的摄取、代谢异质性 | 首次将单细胞拉曼光谱与质谱技术整合，实现细胞状态与药物代谢的同时评估，并采用三种药物浓度进行系统性分析 | 样本量较小且仅使用单一细胞系，缺乏更广泛的生物学验证 | 探究药物在单细胞水平的摄取、代谢异质性及其对细胞的影响 | HepG2肝癌细胞系 | 单细胞分析 | 肝癌 | 单细胞拉曼光谱, 单细胞质谱 | NA | 光谱数据, 质谱数据 | HepG2肝癌细胞系（具体数量未明确） | NA | 单细胞拉曼光谱, 单细胞质谱 | NA | 拉曼-质谱联合分析平台 |
| 12788 | 2025-10-05 |
Role of immune cell subsets in liver fibrosis through single-cell RNA sequencing and array
2025-Sep, Cancer biomarkers : section A of Disease markers
IF:2.2Q3
DOI:10.1177/18758592251374861
PMID:40938627
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序和数据分析揭示免疫细胞亚群在肝纤维化中的作用 | 首次建立肝纤维化免疫细胞图谱，识别24个不同免疫细胞亚群，发现与不良预后相关的特征基因和细胞间相互作用 | 数据主要来源于公共数据库，缺乏实验验证 | 研究免疫细胞亚群在肝纤维化发病机制中的作用 | 肝纤维化患者 | 生物信息学 | 肝纤维化 | 单细胞RNA测序, ssGSEA, Kaplan-Meier分析 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 12789 | 2025-10-05 |
spammR: an R package designed for analysis and integration of spatial multi-omic measurements
2025-Aug-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.26.672472
PMID:40909542
|
研究论文 | 开发了一个用于空间多组学数据分析和整合的R软件包 | 专门针对质谱衍生的空间组学数据集设计，能够处理小样本量、空间稀疏性、大量缺失值且无需先验知识的完全数据驱动分析 | 主要针对质谱平台数据，对其他空间组学技术的适用性可能有限 | 开发空间多组学测量数据的分析和整合工具 | 空间多组学测量数据，特别是质谱衍生的空间组学数据 | 生物信息学 | NA | 质谱分析，空间多组学技术 | NA | 空间多组学数据，质谱数据 | 小样本量数据集 | NA | 空间多组学，质谱分析 | NA | NA |
| 12790 | 2025-10-05 |
Immune dysregulation in the prostates of C57BL/6Aire-/- mice mirrors that seen in human benign prostatic hyperplasia
2025-Aug-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.12.669857
PMID:40832162
|
研究论文 | 本研究通过建立C57BL/6 Aire-/-小鼠慢性前列腺炎症模型，揭示了其免疫失调特征与人类良性前列腺增生相似 | 首次在C57BL/6背景小鼠中建立转录因子缺陷型非消退性慢性炎症模型，并证明其免疫特征与人类BPH高度相似 | 研究仅使用小鼠模型，需要进一步验证在人类中的适用性；样本采集时间点有限（仅21天和35天） | 研究前列腺慢性炎症在良性前列腺增生发病机制中的作用 | C57BL/6 Aire-/-小鼠前列腺组织和人类良性前列腺增生组织 | 单细胞生物学 | 前列腺疾病 | 单细胞RNA测序，流式细胞术，组织学分析 | 动物疾病模型 | 单细胞转录组数据，组织图像数据 | C57BL/6小鼠前列腺组织（21天和35天时间点），人类BPH scRNA-seq数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 12791 | 2025-10-05 |
A hybrid 1DCNN-GRU deep learning framework for classifying caprine granulosa cell fertility potential using single-cell transcriptomics
2025-Jul, Veterinary world
IF:1.7Q2
DOI:10.14202/vetworld.2025.1922-1935
PMID:40926859
|
研究论文 | 开发混合1DCNN-GRU深度学习模型，利用单细胞转录组数据对山羊颗粒细胞生育潜力进行分类 | 首次将深度学习应用于山羊颗粒细胞的生育潜力分类，结合1DCNN和GRU的混合架构 | 需要在更大数据集和跨物种中进行进一步验证 | 开发基于单细胞转录组数据的颗粒细胞生育潜力分类方法 | 山羊颗粒细胞 | 机器学习 | 生殖疾病 | 单细胞RNA测序 | 1DCNN-GRU混合模型 | 基因表达数据 | 公开可用的单胎和多胎山羊scRNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 12792 | 2025-10-05 |
Plasma exosomes from individuals with type 2 diabetes drive breast cancer aggression in patient-derived organoids
2025-Apr-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.13.612950
PMID:39345362
|
研究论文 | 本研究通过患者来源类器官模型揭示2型糖尿病血浆外泌体通过改变肿瘤微环境促进乳腺癌侵袭性的新机制 | 首次开发了保留天然肿瘤浸润淋巴细胞的乳腺癌患者来源类器官模型，并发现2型糖尿病外泌体通过扩增免疫抑制性T细胞和增强肿瘤异质性驱动癌症进展 | 研究样本量有限，外泌体作用的具体分子机制尚未完全阐明 | 探究2型糖尿病血浆外泌体对乳腺癌肿瘤微环境免疫细胞功能的影响 | 乳腺癌患者来源类器官和血浆外泌体 | 肿瘤免疫学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | 患者来源类器官模型 | 单细胞转录组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 12793 | 2025-10-05 |
Polymorphic tandem repeats influence cell type-specific gene expression across the human immune landscape
2025-Apr-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.02.621562
PMID:40291654
|
研究论文 | 本研究通过全基因组和单细胞RNA测序分析串联重复序列对免疫细胞类型特异性基因表达的影响 | 首次在单细胞水平系统分析串联重复序列对免疫细胞类型特异性基因表达的调控作用，发现超过62,000个单细胞表达数量性状串联重复位点 | 研究主要基于血液来源细胞，可能不适用于其他组织类型；串联重复序列的准确识别仍存在技术挑战 | 探索串联重复序列变异对免疫细胞类型特异性基因表达的调控机制 | 1,925名个体的血液来源细胞，涵盖28种不同的免疫细胞类型 | 基因组学 | 免疫介导性疾病，血液系统疾病 | 全基因组测序，单细胞RNA测序 | 数量性状位点分析，精细定位 | 基因组序列数据，单细胞基因表达数据 | 超过540万个血液来源细胞，来自1,925名个体 | NA | 单细胞RNA-seq，全基因组测序 | NA | NA |
| 12794 | 2025-10-05 |
Intercellular signaling reinforces single-cell level phenotypic transitions and facilitates robust re-equilibrium of heterogeneous cancer cell populations
2025-Mar-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.03.631250
PMID:39803530
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序数据和数学模型研究细胞间信号传导如何影响癌细胞表型可塑性和肿瘤内异质性 | 开发了基于多尺度推断的方法，首次系统揭示细胞间信号传导在小细胞肺癌中强化表型转换并维持群体水平异质性的机制 | 研究方法主要基于计算推断和数学模型，需要进一步实验验证 | 探索细胞间通讯在癌症表型可塑性和肿瘤内异质性中的作用机制 | 小细胞肺癌和其他多种癌症类型的癌细胞 | 计算生物学 | 小细胞肺癌 | 单细胞RNA测序 | 多尺度推断模型、动力系统模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 12795 | 2025-10-05 |
Expansion and pathogenic activation of skeletal muscle-resident macrophages in mdx5cv/Ccr2-/- mice
2025-Mar-18, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2410095122
PMID:40067893
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了CCR2缺陷型DMD小鼠模型中骨骼肌驻留巨噬细胞的扩增和致病激活机制 | 首次证明在抑制炎性巨噬细胞浸润条件下，骨骼肌驻留巨噬细胞通过增殖发生扩增并获得致病性激活 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类DMD患者中验证 | 探究Duchenne肌营养不良症中巨噬细胞亚群的动态变化及其致病机制 | mdx5cv/Ccr2-/- DMD模型小鼠的骨骼肌组织 | 单细胞生物学 | Duchenne肌营养不良症 | 单细胞RNA测序，基于Cre-loxP的谱系追踪 | NA | 单细胞转录组数据 | 多种基因型小鼠的骨骼肌样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 12796 | 2025-10-05 |
Integrated 'omics analysis reveals human milk oligosaccharide biosynthesis programs in human lactocytes
2025-Mar-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.17.643803
PMID:40166160
|
研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序数据和HMO浓度测量，揭示人类乳腺细胞中母乳寡糖的生物合成程序 | 首次在单细胞水平识别HMO合成基因的表达模式，发现新的候选基因和转录因子，并揭示HMO合成与乳脂合成基因共表达有限 | 母乳寡糖生物合成途径在哺乳期乳腺中的复杂机制仍未被完全阐明 | 解析人类母乳寡糖在乳腺细胞中的生物合成机制 | 人类乳腺上皮细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据，浓度测量数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 12797 | 2025-10-05 |
Response to anti-angiogenic therapy is affected by AIMP protein family activity in glioblastoma and lower-grade gliomas
2025-Mar-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.13.643116
PMID:40161601
|
研究论文 | 本研究探讨AIMP蛋白家族在胶质瘤血管生成中的作用及其作为抗血管生成治疗反应预测生物标志物的价值 | 首次揭示AIMP蛋白家族与胶质瘤血管生成的关联，发现AIMP2可作为抗血管生成治疗反应的预测生物标志物 | 回顾性研究设计，需要前瞻性验证 | 研究AIMP蛋白家族在胶质瘤血管生成中的作用及其治疗预测价值 | 胶质母细胞瘤和低级别胶质瘤患者样本 | 生物信息学 | 胶质瘤 | 单细胞转录组测序，多组学分析，甲基化分析 | Cox比例风险模型，Kaplan-Meier分析 | 转录组数据，表观遗传数据，蛋白质组数据 | 多个队列的胶质瘤样本（TCGA、CGGA、Rembrandt、Gravendeel、BELOB和REGOMA试验） | NA | 单细胞RNA-seq，bulk RNA-seq | NA | NA |
| 12798 | 2025-10-05 |
Ocular immune privilege in action: the living eye imposes unique regulatory and anergic gene signatures on uveitogenic T cells
2025-Mar-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.01.640701
PMID:40297507
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了眼睛对葡萄膜炎原性T细胞的独特调控机制 | 首次在分子水平揭示了眼内T细胞分化为调节性T细胞和无能细胞的平行分化路径 | 研究基于体内免疫特权模型，临床转化需要进一步验证 | 探究眼内免疫特权对T细胞命运的调控机制 | 视网膜特异性T细胞 | 免疫学 | 自身免疫性葡萄膜炎 | 单细胞转录组测序 | 轨迹分析 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 12799 | 2025-10-05 |
Decoding neuronal wiring by joint inference of cell identity and synaptic connectivity
2025-Mar-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.04.640006
PMID:40093165
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序数据和电子显微镜连接组数据，开发了ConnectionMiner计算工具来解析果蝇腿部运动神经回路发育机制 | 开发了ConnectionMiner工具，首次将scRNAseq数据与电子显微镜连接组数据整合，通过概率方法优化细胞类型注释并识别与突触连接强度相关的基因表达特征 | 研究仅聚焦于果蝇腿部运动神经系统，尚未验证其他神经系统的普适性 | 解析运动神经回路在发育过程中的建立机制 | 果蝇腿部运动神经元和前置运动神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序, 电子显微镜 | 概率模型 | 基因表达数据, 连接组数据 | 多个时间点的腿部运动神经元单细胞数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 12800 | 2025-10-05 |
Single Cell Spatial Transcriptomics of the Murine Embryonic Palate Links Pax9 to Patterning and Organization of Extracellular Matrix Components
2025-Feb-19, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5969552/v1
PMID:40034445
|
研究论文 | 本研究首次在小鼠腭裂模型中应用单细胞空间转录组学技术，揭示了Pax9基因与细胞外基质成分模式化和组织的关联 | 首次在腭裂模型中实施单细胞空间RNA测序研究，采用新兴的Visium HD平台实现真正的单细胞分辨率空间转录组分析 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类样本中验证 | 探索腭裂的基因组基础，识别关键分子靶点以开发有效治疗方法 | 小鼠胚胎腭部组织，在多个发育时间点进行研究 | 空间转录组学 | 腭裂 | 单细胞空间RNA测序，原位mRNA空间分析，RNAscope多重检测 | NA | 空间基因表达数据 | 多个发育时间点的小鼠胚胎腭部组织样本 | 10x Genomics | 单细胞空间转录组学，空间转录组学 | Visium HD, Xenium | Visium HD平台使用2×2 μm空间基因表达数据的自定义分箱，Xenium原位mRNA空间分析 |