单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
12781	2024-08-04	Evaluation of McCauley et al.: A framework for systematic evaluation of tissue signaling responses by single-cell RNA-seq 2024-Apr-17, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2024.03.007 PMID:38636454	评论	对McCauley等人论文的同行评审过程的单次快照	开发了一个系统性评估组织信号响应的框架	没有提供关于具体实验数据或结果的详细信息	评估组织信号反应的系统性方法	人类气道上皮中的信号反应	数字病理学	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA	NA
12782	2024-08-04	Multi-pronged analysis of pediatric low-grade glioma reveals a unique tumor microenvironment associated with BRAF alterations 2024-Apr-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.05.588294 PMID:38645202	研究论文	本研究通过多种方法分析了小儿低级别胶质瘤的肿瘤微环境	揭示了与BRAF变异相关的独特肿瘤微环境和免疫细胞异质性	尚需进一步研究免疫细胞浸润和肿瘤-免疫相互作用	加深对小儿低级别胶质瘤生物学的理解，以识别新型、更有效且毒性较小的治疗方法	小儿低级别胶质瘤及其肿瘤微环境的细胞组成	数字病理学	NA	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	细胞, RNA	小儿低级别胶质瘤样本
12783	2024-08-04	Distinct immune escape and microenvironment between RG-like and pri-OPC-like glioma revealed by single-cell RNA-seq analysis 2024-Feb, Frontiers of medicine IF:3.9Q2 DOI:10.1007/s11684-023-1017-7 PMID:37955814	research paper	通过单细胞RNA-seq分析对26个胶质瘤进行分类，揭示了原始少突胶质细胞样（pri-OPC）和放射胶质细胞样（RG）的肿瘤之间的免疫逃逸和微环境的区别	首次揭示了pri-OPC样和RG样胶质瘤在免疫逃逸程序上的显著差异	样本数量较少，仅涉及26个胶质瘤，可能影响结果的广泛适用性	探讨胶质瘤与神经发生和胶质发生之间的关系	26个胶质瘤样本，分类为pri-OPC样和RG样肿瘤	数字病理学	胶质瘤	单细胞RNA-seq	NA	RNA-seq数据	26个胶质瘤样本
12784	2024-08-07	Tumor-derived exosomes induce initial activation by exosomal CD19 antigen but impair the function of CD19-specific CAR T-cells via TGF-β signaling 2024-Feb, Frontiers of medicine IF:3.9Q2 DOI:10.1007/s11684-023-1010-1 PMID:37870681	研究论文	研究肿瘤来源的外泌体（TEXs）对CD19特异性CAR T细胞功能的影响及其机制	首次揭示了淋巴瘤来源的外泌体通过TGF-β信号通路影响CAR T细胞的功能，并提出了一种新的治疗策略	研究主要集中在体外实验，需要进一步的临床试验验证	探讨肿瘤来源的外泌体对CAR T细胞功能的影响及其潜在机制	CD19特异性CAR T细胞及肿瘤来源的外泌体	免疫学	淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自淋巴瘤患者的血浆外泌体及CAR T细胞
12785	2024-08-07	Noncanonical TRAIL Signaling Promotes Myeloid-Derived Suppressor Cell Abundance and Tumor Growth in Cholangiocarcinoma 2024, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2024.01.006 PMID:38219900	研究论文	本研究探讨了非经典TRAIL信号在胆管癌中促进骨髓来源抑制细胞（MDSCs）丰度和肿瘤生长的机制。	发现非经典TRAIL信号通过激活核因子-κB促进MDSCs的增殖，并揭示了MDSCs对TRAIL介导的凋亡的抵抗机制。	研究主要基于小鼠模型，其结果在人类中的适用性需要进一步验证。	旨在阐明TRAIL+癌细胞如何利用非经典TRAIL信号在骨髓来源抑制细胞（MDSCs）中促进其丰度，从而影响胆管癌的发展。	研究对象包括TRAIL信号、骨髓来源抑制细胞（MDSCs）以及胆管癌。	肿瘤学	胆管癌	单细胞RNA测序和细胞转录组及表位的测序	NA	RNA	使用了多个免疫健全的同基因、原位胆管癌模型的小鼠肿瘤样本
12786	2024-08-07	Telocytes in the Luminal GI Tract 2024, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2024.02.002 PMID:38342300	综述	本文综述了间质细胞（telocytes）在胃肠道腔内的作用及其在干细胞微环境中的角色	探讨了间质细胞通过其长细胞质突起与其他细胞类型连接，形成三维网络，并在肠道中作为干细胞微环境的关键组成部分，提供Wnt蛋白促进干细胞和祖细胞增殖	单细胞RNA测序分析揭示了其他基质群体和微环境组织机制，对间质细胞在干细胞微环境中的作用提出了疑问	探讨间质细胞在胃肠道腔内的当前研究状态、存在的争议及未来研究方向	间质细胞在胃肠道腔内的作用及其在干细胞微环境中的角色	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
12787	2024-08-07	Single-Cell RNA Sequencing of Sox17-Expressing Lineages Reveals Distinct Gene Regulatory Networks and Dynamic Developmental Trajectories 2023-06-15, Stem cells (Dayton, Ohio) DOI:10.1093/stmcls/sxad030 PMID:37085274	研究论文	本研究通过结合双色时间线追踪策略和单细胞RNA测序，分析了Sox17表达谱系中的6934个细胞，揭示了不同的基因调控网络和动态发育轨迹。	开发了一种双色时间线追踪策略，结合单细胞RNA测序技术，深入分析了Sox17在发育中的内胚层和内皮细胞中的功能。	NA	旨在更好地理解Sox17在发育中的内胚层和内皮细胞中的功能。	Sox17表达谱系中的细胞，特别是内胚层和内皮细胞。	基因调控	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	6934个细胞
12788	2024-08-07	Silencing Myeloid Netrin-1 Induces Inflammation Resolution and Plaque Regression 2021-08-20, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.121.319313 PMID:34289717	研究论文	本文研究了通过沉默髓系细胞中的Netrin-1来减少动脉粥样硬化心血管疾病风险，并促进斑块消退的方法。	本文首次探讨了通过靶向Netrin-1来改善动脉粥样硬化炎症和促进斑块消退的新策略。	NA	研究如何通过靶向Netrin-1来改善动脉粥样硬化炎症和促进斑块消退。	研究对象包括转基因小鼠和其动脉粥样硬化斑块。	心血管疾病	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	包括转基因小鼠和对照小鼠，具体数量未详细说明。
12789	2024-08-07	Single cell census of human kidney organoids shows reproducibility and diminished off-target cells after transplantation 2019-11-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-13382-0 PMID:31784515	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了四个人诱导多能干细胞系衍生的肾类器官，共450,118个单细胞，展示了类器官组成和发展与人类胎儿和成人肾脏的相似性，并研究了移植后非目标细胞的减少情况。	首次使用单细胞RNA测序技术评估肾类器官的重复性和质量，并发现移植可以减少非目标细胞的数量。	文章中提到不同iPSC系之间的细胞比例存在变异性，主要由非目标细胞引起。	评估人诱导多能干细胞衍生的肾类器官的重复性和减少非目标细胞的生成。	人诱导多能干细胞衍生的肾类器官及其移植后的细胞组成。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞数据	450,118个单细胞
12790	2024-08-07	TripletCell: a deep metric learning framework for accurate annotation of cell types at the single-cell level 2023-05-19, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad132 PMID:37080771	研究论文	本文提出了一种名为TripletCell的新型深度度量学习框架，用于跨物种、跨协议和跨样本的细胞类型注释	TripletCell利用深度度量学习算法，通过特征提取模块TripletCell-FE，有效地处理了scRNA-seq数据中的批次效应和数据异质性问题	NA	开发一种高效准确的细胞类型注释方法，以克服传统手动注释的局限性	单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释	数字病理学	NA	scRNA-seq	深度度量学习	基因表达矩阵	21个数据集，涵盖九种scRNA-seq协议、两种物种和三种组织
12791	2024-08-07	Genomic characterization and therapeutic utilization of IL-13-responsive sequences in asthma 2023-Jan-11, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2022.100229 PMID:36777184	研究论文	本文利用多种基因组技术在支气管上皮细胞中识别IL-13响应的调控元件，并开发基于CRISPR干扰（CRISPRi）的治疗方法，以细胞类型特异性和IL-13特异性的方式下调引起气道阻塞的基因。	本文首次利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和H3K27ac染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq）在人类支气管上皮细胞中识别IL-13响应基因和调控元件，并通过大规模并行报告分析（MPRAs）验证和优化这些序列的IL-13诱导活性。	NA	研究IL-13在哮喘中的基因组特征及其在治疗中的应用。	支气管上皮细胞中的IL-13响应调控元件。	基因组学	哮喘	单细胞RNA测序（scRNA-seq），H3K27ac染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq），大规模并行报告分析（MPRAs）	CRISPR干扰（CRISPRi）	基因组数据	人类支气管上皮细胞
12792	2024-08-04	Neighbor-specific gene expression revealed from physically interacting cells during mouse embryonic development 2023-01-10, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2205371120 PMID:36595695	研究论文	本文探讨了小鼠胚胎发育过程中物理相互作用细胞的邻特异性基因表达	提出了物理相互作用细胞RNA测序（PIC-seq）技术，以克服单细胞RNA测序中缺失空间信息的局限性，揭示了接触特异的基因调控机制	主要集中于小鼠胚胎的特定发展阶段，未涵盖其他发育阶段或物种	研究胚胎发育过程中邻近细胞之间的相互作用如何影响基因表达	小鼠胚胎发育过程中的物理相互作用细胞	数字病理学	NA	RNA测序	NA	转录组数据	小鼠胚胎在胚胎日7.5到9.5期间产生的相互作用细胞
12793	2024-08-07	Coopted temporal patterning governs cellular hierarchy, heterogeneity and metabolism in Drosophila neuroblast tumors 2019-09-30, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.50375 PMID:31566561	研究论文	本文通过单细胞转录组学、克隆分析和数值建模，研究了果蝇神经母细胞瘤中被重新利用的幼虫期时间模式基因网络，揭示了这些基因如何触发肿瘤细胞的层次性分裂模式并诱导可预测的细胞异质性。	首次揭示了时间模式基因在神经母细胞瘤中的重新利用机制，及其对肿瘤细胞层次结构、异质性和生长特性的调控作用。	NA	探究儿童肿瘤进展的驱动因素，特别是神经母细胞瘤中的细胞层次结构和异质性。	果蝇神经母细胞瘤中的时间模式基因及其在肿瘤发展中的作用。	数字病理学	儿童肿瘤	单细胞转录组学	数值模型	转录组数据	涉及二十个幼虫期时间模式基因
12794	2024-08-07	Evaluation of tools for highly variable gene discovery from single-cell RNA-seq data 2019-07-19, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bby011 PMID:29481632	研究论文	本文比较了六种软件包中的七种高变异基因（HVG）方法，以评估其在单细胞RNA测序数据中发现高变异基因的能力	本文首次系统比较了多种HVG方法的重复性和差异性，并提出了相应的建议	文章指出HVG分析需要比差异表达基因（DEG）分析更大的样本量	评估不同软件工具在单细胞RNA测序数据中发现高变异基因的能力	六种软件包中的七种高变异基因（HVG）方法	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	文章未具体说明样本量大小
12795	2024-08-04	High-dimensional deconstruction of ovarian cancer at single-cell precision reveals HEBP2 that reshape the TIME and drive carboplatin resistance 2024-Jun, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.101917 PMID:38554571	研究论文	该研究利用单细胞测序分析卵巢癌患者的肿瘤免疫微环境，探讨不同巨噬细胞亚群在卵巢癌进展中的作用。	该研究首次揭示了脂肪酸相关基因HEBP2在卵巢癌化疗耐药中的重要作用，且说明了其在改变肿瘤免疫微环境中发挥的作用。	未提及具体的样本量和实验细节，可能对结果的普遍适用性产生影响。	旨在揭示卵巢癌化疗耐药的机制，并研究HEBP2在这一过程中的作用。	研究对象为卵巢癌患者的肿瘤组织及其免疫细胞环境。	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序	NA	肿瘤组织样本	未具体提及
12796	2024-08-07	CCR7 affects the tumor microenvironment by regulating the activation of naïve CD8+ T cells to promote the proliferation of oral squamous cell carcinoma 2024-Jun, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.101924 PMID:38430712	研究论文	本文研究了CCR7通过调节幼稚CD8+ T细胞的激活来影响口腔鳞状细胞癌（OSCC）肿瘤微环境的机制	首次深入研究了CCR7在肿瘤微环境中对幼稚CD8+ T细胞抗肿瘤免疫反应的作用	仅通过CCR7敲除小鼠模型进行研究，可能需要更多临床数据支持	探讨CCR7在口腔鳞状细胞癌中的作用及其作为治疗靶点的潜力	CCR7在口腔鳞状细胞癌肿瘤微环境中的作用及对幼稚CD8+ T细胞的影响	NA	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	CCR7敲除小鼠模型
12797	2024-08-07	Insights into the role of the N6-methyladenosine reader IGF2BP3 in the progression of oral squamous cell carcinoma and its connection to cell-cycle control 2024-Jun, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.101932 PMID:38492500	研究论文	本研究探讨了N6-甲基腺苷阅读器IGF2BP3在口腔鳞状细胞癌进展中的作用及其与细胞周期控制的联系	本研究首次揭示了IGF2BP3在口腔鳞状细胞癌中的过度表达，并发现其与细胞周期G2/M转换阶段的关联	研究主要基于批量测序和单细胞RNA测序数据，可能需要更多实验验证	探究IGF2BP3在口腔鳞状细胞癌中的作用及其对细胞周期的影响	口腔鳞状细胞癌中的IGF2BP3表达及其对细胞周期的影响	数字病理学	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	具体样本数量未在摘要中提及
12798	2024-08-04	Prerequisite endocardial-mesenchymal transition for murine cardiac trabecular angiogenesis 2023-05-08, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2023.03.009 PMID:37023750	研究论文	本文探讨了小鼠心脏内膜细胞如何通过“血管内皮细胞-间充质转化”机制生成小梁血管	首次揭示了小梁血管起源于心室内膜细胞的二步血管内皮细胞-间充质转化机制	研究主要集中于小鼠模型，可能对其他物种的应用有限	研究心脏小梁血管的起源和发育机制	心室内膜细胞及其在小梁血管形成中的作用	数字病理学	冠心病	单细胞转录组学、免疫荧光	NA	NA	NA
12799	2024-08-07	Dhaka: variational autoencoder for unmasking tumor heterogeneity from single cell genomic data 2021-Jul-12, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz095 PMID:30768159	研究论文	本文介绍了一种名为'Dhaka'的变分自编码器方法，用于从单细胞基因组数据中揭示肿瘤异质性	提出了一种新的变分自编码器方法，能够将单细胞基因组数据转换为更有效的降维特征空间，以区分隐藏的肿瘤亚群	NA	旨在通过单细胞测序数据揭示肿瘤内部的异质性	单细胞基因组数据中的肿瘤细胞	机器学习	NA	单细胞测序（scDNA-Seq和scRNA-Seq）	变分自编码器（VAE）	基因组数据	测试数据集包括合成数据和六个单细胞癌症数据集，每个样本的细胞数量从250到6000不等
12800	2024-08-07	Molecular and anatomical organization of the dorsal raphe nucleus 2019-08-14, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.46464 PMID:31411560	研究论文	本文通过单细胞RNA测序、原位杂交、解剖追踪和空间相关性分析，研究了小鼠背侧缝核的转录和空间细胞特征	揭示了至少18种不同的神经元亚型和5种血清素能神经元亚型，其中包括一种优先支配基底神经节的血清素能神经元亚型	NA	阐明背侧缝核的分子组织结构	小鼠背侧缝核的细胞	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	39,411个单细胞