单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 29530 篇文献，本页显示第 1261 - 1280 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1261 | 2025-06-18 |
Identification of biomarkers associated with exhausted CD8 + T cells in the tumor microenvironment of intrahepatic cholangiocarcinoma based on Mendelian randomization and bioinformatics analysis
2025-Jun-13, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02970-w
PMID:40514625
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research paper | 本研究通过多种生物信息学方法识别与肝内胆管癌肿瘤微环境中耗竭CD8+T细胞相关的生物标志物 | 整合BayesPrism去卷积、WGCNA和SMR方法，结合单细胞RNA测序数据，发现与耗竭CD8+T细胞相关的关键基因 | 研究结果需要进一步实验验证，且样本来源和数量未明确说明 | 寻找肝内胆管癌肿瘤微环境中的生物标志物和治疗靶点 | 肝内胆管癌肿瘤微环境中的细胞亚群，特别是耗竭CD8+T细胞 | 生物信息学 | 肝内胆管癌 | scRNA-seq, WGCNA, Mendelian randomization, BayesPrism | NA | 基因表达数据 | NA |
| 1262 | 2025-06-18 |
Development of a circadian-related prognostic signature highlights RBM17 as a stemness regulator in liver cancer
2025-Jun-13, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-025-03843-6
PMID:40514677
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研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了肝癌中肝脏昼夜节律基因的广泛失调，并开发了一个基于四个关键基因的预后预测模型 | 首次将昼夜节律基因失调与肝癌进展联系起来，并发现RBM17通过促进癌症干细胞表型影响肝癌进展和顺铂耐药性 | 未明确说明样本量大小，且机制研究可能还不够全面 | 阐明昼夜节律失调影响肝癌进展的分子机制，并开发预后预测模型 | 肝癌及其与昼夜节律基因的关系 | 癌症研究 | 肝癌 | 多组学分析、单细胞转录组、空间转录组、机器学习算法 | 预后预测模型 | 转录组数据 | NA |
| 1263 | 2025-06-18 |
MatriCom: a scRNA-Seq data mining tool to infer ECM-ECM and cell-ECM communication systems
2025-Jun-12, Journal of cell science
IF:3.3Q3
DOI:10.1242/jcs.263927
PMID:40501363
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research paper | 介绍了一个名为MatriCom的scRNA-Seq数据挖掘工具，用于推断ECM-ECM和细胞-ECM通信系统 | 开发了一个独特的数据库MatriComDB，包含超过25,000个经过整理的相互作用，用于从表达数据中推断相互作用 | NA | 推断ECM组件之间以及不同细胞群体与ECM之间的通信 | scRNA-Seq数据集 | 生物信息学 | NA | scRNA-Seq | NA | 基因表达数据 | 46个健康成人组织的scRNA-Seq数据集 |
| 1264 | 2025-06-18 |
TORC: Target-Oriented Reference Construction for supervised cell-type identification in scRNA-seq
2025-Jun-10, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03614-6
PMID:40495172
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research paper | 本文提出了一种名为TORC的策略，用于构建单细胞RNA测序（scRNA-seq）监督细胞类型识别的参考数据 | 开发了目标导向的参考数据构建方法（TORC），解决了参考数据与目标数据之间数据分布和细胞类型组成的差异问题 | 未提及具体局限性 | 提高单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的准确性和效率 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | NA | RNA测序数据 | 模拟和真实数据分析 |
| 1265 | 2025-06-18 |
UDA-seq: universal droplet microfluidics-based combinatorial indexing for massive-scale multimodal single-cell sequencing
2025-Jun, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02586-y
PMID:39833568
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research paper | 介绍了一种名为UDA-seq的通用工作流程，通过液滴微流控技术提升单细胞多模态测序的通量和适应性 | UDA-seq通过后索引步骤增强通量，并系统性地适配现有的基于液滴的单细胞多模态方法，解决了现有方法需要针对单个模态定制协议的问题 | NA | 开发一种通用的单细胞多模态测序工作流程，以平衡成本、可扩展性、鲁棒性和可访问性 | 各种组织和细胞类型，包括临床活检标本 | 单细胞测序 | 癌症 | 液滴微流控技术，单细胞多模态测序 | NA | 单细胞RNA、VDJ、染色质和CRISPR扰动数据 | 超过100,000个高质量单细胞数据集，来自36个冷冻临床活检标本 |
| 1266 | 2025-06-18 |
Exploring the Mechanisms of Microenergy Acoustic Pulse Therapy for the Treatment of Female Stress Urinary Incontinence-Part II
2025-Jun, Neurourology and urodynamics
IF:1.8Q3
DOI:10.1002/nau.70048
PMID:40338807
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研究论文 | 本研究探讨了微能量声脉冲（MAP）疗法在阴道分娩损伤诱导的压力性尿失禁（SUI）大鼠模型中的治疗机制 | 首次在单细胞分辨率下探索MAP疗法对SUI的治疗机制，揭示了其对细胞增殖、肌肉再神经支配及细胞衰老的调控作用 | 研究基于动物模型，结果可能无法直接外推到人类 | 探索MAP疗法治疗SUI的分子机制 | 阴道分娩损伤诱导的SUI大鼠模型 | 生物医学 | 压力性尿失禁 | 单细胞测序、漏尿点压力测量、肌电图、电生理研究 | SUI大鼠模型 | 单细胞转录组数据、生理功能数据 | 未明确说明样本数量（SUI大鼠模型） |
| 1267 | 2025-06-18 |
Pioneer factor ETV2 safeguards endothelial cell specification by recruiting the repressor REST to restrict alternative lineage commitment
2025-Jun, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-025-00660-y
PMID:40495012
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research paper | 本研究探讨了ETV2在人类诱导多能干细胞来源的中胚层祖细胞中高效指定内皮细胞的机制 | 揭示了ETV2通过招募转录抑制因子REST来抑制非内皮细胞谱系基因的创新机制 | 研究主要基于体外实验，未涉及体内验证 | 阐明内皮细胞谱系定向分化的分子机制 | 人类诱导多能干细胞来源的中胚层祖细胞 | developmental biology | NA | CUT&RUN, scRNA-seq, scATAC-seq | NA | 单细胞测序数据 | NA |
| 1268 | 2025-06-16 |
Integrating spatial transcriptomics and single-cell RNA-seq dissects immune microenvironment in fatty liver regeneration
2025-Jun, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70365
PMID:40515443
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1269 | 2025-06-18 |
[Single-cell transcriptomics combined with bioinformatics for comprehensive analysis of macrophage subpopulations and hub genes in ischemic stroke]
2025-Jun, Xi bao yu fen zi mian yi xue za zhi = Chinese journal of cellular and molecular immunology
PMID:40525338
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和生物信息学方法分析缺血性卒中中巨噬细胞亚群及其关键基因 | 首次结合scRNA-seq和hdWGCNA技术鉴定缺血性卒中特异性巨噬细胞亚群(MSM)，并发现CCL6-CCR1信号轴在神经炎症中的潜在作用 | 未进行实验验证关键基因的功能机制，样本来源和数量未明确说明 | 探究缺血性卒中后巨噬细胞亚群的特征及其在疾病中的作用 | 缺血性卒中患者的巨噬细胞亚群 | 生物信息学 | 缺血性卒中 | scRNA-seq, hdWGCNA, 细胞间通讯分析, 伪时间轨迹分析 | NA | 单细胞转录组数据, 微阵列数据 | NA |
| 1270 | 2025-06-18 |
Identification of an Immune-Related Gene Signature for Prognostic Prediction in Glioblastoma: Insights from Integrated Bulk and Single-Cell RNA Sequencing
2025-May-28, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers17111799
PMID:40507280
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研究论文 | 本研究通过整合批量和单细胞RNA测序数据，识别并表征了与胶质母细胞瘤预后和免疫调节相关的免疫相关基因特征 | 开发了一个五基因特征的Macrophage-Associated Prognostic Signature (MAPS)，为胶质母细胞瘤的免疫生物学提供了新的见解，并识别了潜在的生物标志物和治疗靶点 | 研究未明确说明样本量大小及具体基因名称，可能影响结果的普适性 | 识别与胶质母细胞瘤预后和免疫调节相关的免疫相关基因特征 | 胶质母细胞瘤的免疫微环境 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 批量和单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA |
| 1271 | 2025-06-18 |
Barcoded monoclonal embryoids are a potential solution to confounding bottlenecks in mosaic organoid screens
2025-May-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.23.655669
PMID:40475436
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研究论文 | 本文探讨了使用条形码标记的单克隆胚胎体（EBs）作为解决嵌合体器官筛选中的混杂瓶颈问题的潜在方案 | 开发了一种可扩展的方案，通过单克隆来源和遗传条形码技术，提高了转录因子（TF）扰动效果的量化能力，并减少了EB分化过程中的克隆复杂性损失 | 研究结果在生物重复中不可重现，表明存在细胞瓶颈效应，限制了统计功效和嵌合体筛选的解释 | 加速基因组学与发育生物学交叉领域的发现，改进嵌合体器官筛选方法 | 小鼠胚胎干细胞（mESCs）和胚胎体（EBs） | 发育生物学 | NA | CRISPR筛选、单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 1272 | 2025-06-18 |
TLR7 responses in glomerular macrophages accelerate the progression of glomerulonephritis in NZBWF1 mice
2025-05-21, International immunology
IF:4.8Q2
DOI:10.1093/intimm/dxaf005
PMID:40401698
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研究论文 | 本研究探讨了TLR7在肾小球巨噬细胞中的反应如何加速NZBWF1小鼠肾小球肾炎的进展 | 揭示了TLR7信号通过促进肾小球巨噬细胞中IL-1β的产生和狼疮相关基因的表达，加速肾小球肾炎的进展 | 研究仅限于NZBWF1小鼠模型，未在人类患者中进行验证 | 探究巨噬细胞TLR7反应在肾小球肾炎中的作用机制 | NZBWF1小鼠及其肾小球巨噬细胞 | 免疫学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NZBWF1小鼠及其肾小球巨噬细胞 |
| 1273 | 2025-06-18 |
Single-cell transcriptome of retinal myeloid cells in response to transplantation of human neurons reveals reversibility of microglial activation
2025-May-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.16.654622
PMID:40475635
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了视网膜髓系细胞在人类神经元移植后的微胶质细胞激活可逆性 | 首次展示了视网膜髓系细胞在移植后的双向激活轨迹，揭示了微胶质细胞激活的可逆性 | 研究仅观察了移植后3天的短期反应，缺乏长期追踪数据 | 探究视网膜移植后宿主微胶质细胞/巨噬细胞的激活机制和异质性 | 人类胚胎干细胞分化的视网膜神经节细胞(RGC)和宿主视网膜髓系细胞 | 数字病理学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序(scRNAseq)，10X Genomics Chromium平台，RNA Velocity分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 每样本多达10,000个活细胞，使用3-6月龄knock-in小鼠 |
| 1274 | 2025-06-18 |
Circadian clock-gated cell renewal controls time-dependent changes in taste sensitivity
2025-May-13, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2421421122
PMID:40339128
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研究论文 | 研究探讨了生物钟调控细胞周期进程对小鼠舌头味觉细胞更新的影响 | 揭示了生物钟通过调控细胞周期影响味觉细胞更新的机制，并发现味觉敏感性的时间依赖性变化 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证 | 探索生物钟调控细胞周期对味觉细胞更新的影响及其生理意义 | 小鼠舌头上皮细胞和味蕾类器官 | 细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 小鼠舌头上皮细胞和味蕾类器官 |
| 1275 | 2025-06-18 |
scValue: value-based subsampling of large-scale single-cell transcriptomic data for machine and deep learning tasks
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf279
PMID:40515392
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scValue的新方法，用于大规模单细胞转录组数据的基于价值的子采样，以优化机器学习和深度学习任务的表现 | scValue通过随机森林模型的袋外估计对单个细胞进行'数据价值'排名，优先考虑高价值细胞，并更有效地保留子样本中的关键生物信号 | NA | 优化大规模单细胞RNA测序数据的子采样方法，以提高下游机器学习和深度学习任务的性能 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | 随机森林 | 单细胞转录组数据 | 16个公共数据集，从数万到数百万个细胞不等 |
| 1276 | 2025-06-18 |
An abnormal increase in CD26(-)CD28(-) cytotoxic effector CD4 and CD8 T cell populations in patients with systemic lupus erythematosus
2025-02-04, International immunology
IF:4.8Q2
DOI:10.1093/intimm/dxae062
PMID:39383111
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research paper | 该研究探讨了系统性红斑狼疮(SLE)患者中CD26(-)CD28(-)细胞毒性效应CD4和CD8 T细胞群体的异常增加 | 揭示了SLE患者中CD26(-)CD28(-)细胞毒性T细胞亚群的异常扩增及其与自然杀伤T细胞的相似性 | 样本量相对较小(57名SLE患者和31名健康志愿者)，且糖皮质激素治疗效果存在个体差异 | 阐明CD26 T细胞表面表达减少在SLE病理中的作用 | 系统性红斑狼疮(SLE)患者和健康成人的外周血单个核细胞 | 免疫学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序分析 | NA | 细胞数据 | 57名SLE患者和31名健康成人志愿者 |
| 1277 | 2025-06-18 |
SpatialSNV: A novel method for identifying and analyzing spatially resolved SNVs in tumor microenvironments
2025-Jan-06, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giaf065
PMID:40515555
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研究论文 | 本研究开发了一种名为SpatialSNV的新方法，用于在肿瘤微环境中识别和分析空间解析的单核苷酸变异（SNVs） | SpatialSNV方法首次利用空间转录组学平台在肿瘤切片中识别有效的SNVs，揭示了SNVs与肿瘤微环境动态的关系 | 未提及具体的技术限制或样本量不足的问题 | 探索SNVs在肿瘤微环境中的作用，并识别潜在的 therapeutic targets | 肿瘤微环境中的单核苷酸变异（SNVs） | 数字病理学 | 结直肠癌 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA |
| 1278 | 2025-06-18 |
Enhanced Spatial Transcriptomics Analysis of Mouse Lung Tissues Reveals Cell-Specific Gene Expression Changes Associated with Pulmonary Hypertension
2025, Journal of respiratory biology and translational medicine
DOI:10.70322/jrbtm.2025.10004
PMID:40502298
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研究论文 | 本文提出了一种高分辨率空间转录组学协议，用于分析小鼠肺组织中的细胞特异性基因表达变化，特别是在肺动脉高压模型中 | 开发了一种固定冷冻小鼠肺组织切片的方法，结合10X Genomics Xenium平台，实现了高保真度的空间转录组学数据 | 仅使用了预设计的379基因小鼠面板，可能未涵盖所有相关基因 | 研究肺动脉高压（PH）模型中肺组织的细胞特异性基因表达变化 | 小鼠肺组织 | 数字病理学 | 肺动脉高压 | 空间转录组学、荧光原位杂交（FISH）、高通量成像 | NA | 空间转录组数据 | NA |
| 1279 | 2025-06-18 |
Cell signaling characterization for spatial transcriptomics (ST) data using network analysis
2025, Complex networks & their applications XIII : proceedings of the thirteenth International Conference on Complex Networks and Their Applications: COMPLEX NETWORKS 2024. Volume 1. International Conference on Complex Networks and Their Appl...
DOI:10.1007/978-3-031-82435-7_32
PMID:40510773
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research paper | 提出了一种基于网络分析的空间转录组数据细胞间通讯方法 | 构建了一个全连接、有向且加权的网络模型来量化配体-受体相互作用的信号活性，并强调了使用低维基因数据嵌入构建网络模型的重要性 | 仅在三种相互作用上进行了验证，样本量有限 | 开发一种新的方法来表征空间转录组数据中的细胞信号传导 | 空间转录组数据中的配体-受体相互作用 | digital pathology | NA | Spatial Transcriptomics (ST) | network model | gene expression data | 一个真实ST数据集上的三种相互作用 |
| 1280 | 2025-06-18 |
Survey of transcriptome analyses of hippocampal neurogenesis with focus on adult dentate gyrus stem cells
2025, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2025.1605116
PMID:40519263
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综述 | 本文综述了关于海马神经发生的转录组分析，重点关注成年齿状回干细胞的研究 | 通过单细胞RNA测序和克隆研究揭示了成年齿状回中神经干细胞异质性群体的存在，包括长寿命和早期快速耗竭的群体 | 关于人类成年神经发生的研究较少，且存在物种间神经发生过程动态差异的问题 | 探讨海马神经发生的分子机制及其在学习和记忆中的作用 | 成年齿状回神经干细胞及其发育轨迹 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |