单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27504 篇文献，本页显示第 12761 - 12780 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 12761 | 2024-08-07 |
Platform Effects on Regeneration by Pulmonary Basal Cells as Evaluated by Single-Cell RNA Sequencing
2020-03-24, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.03.004
PMID:32209482
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序评估了不同平台对肺基底细胞再生的影响 | 开发了计算流程来比较不同平台样本的全局和群体水平差异 | NA | 阐明体外环境中上皮再生结果的环境效应 | 从大鼠气管中分离并培养的药理学扩增的基底细胞 | 数字病理学 | 慢性肺部疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 从大鼠气管中分离的基底细胞样本 |
| 12762 | 2024-08-07 |
Cortical Foxp2 Supports Behavioral Flexibility and Developmental Dopamine D1 Receptor Expression
2020-03-14, Cerebral cortex (New York, N.Y. : 1991)
DOI:10.1093/cercor/bhz209
PMID:31711176
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研究论文 | 本研究通过特异性敲除小鼠皮质中的Foxp2基因，探讨了Foxp2在皮质发育和行为灵活性中的作用。 | 首次揭示了Foxp2在皮质中对多巴胺D1受体表达和行为灵活性的调控作用，并通过单细胞转录组学分析了D1R表达细胞类型的变化。 | NA | 探究Foxp2在皮质发育和行为灵活性中的分子和行为功能。 | 皮质特异性Foxp2条件敲除小鼠。 | 神经科学 | 神经发育障碍 | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 至少五种兴奋性和三种抑制性D1R表达细胞类型 |
| 12763 | 2024-08-07 |
STAT Signaling Modifies Ascl1 Chromatin Binding and Limits Neural Regeneration from Muller Glia in Adult Mouse Retina
2020-02-18, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.01.075
PMID:32075759
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研究论文 | 研究探讨了STAT信号通路对Ascl1染色质结合的影响及其在成年小鼠视网膜Müller胶质细胞神经再生中的限制作用 | 发现STAT信号通路可能引导Ascl1至发育不适宜的目标，使用STAT抑制剂结合重编程范式显著增加了Müller胶质细胞生成神经元的能力 | 新神经元仅从Müller胶质细胞的子集中生成，表明存在限制Ascl1介导的Müller胶质细胞重编程的因素 | 测试损伤诱导的STAT激活是否阻碍Ascl1将Müller胶质细胞重编程为视网膜神经元的能力 | 成年小鼠视网膜中的Müller胶质细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序, Ascl1-ChIPseq, ATAC-seq | NA | RNA, 染色质结合数据 | 未具体说明样本数量 |
| 12764 | 2024-08-07 |
A single-parasite transcriptional atlas of Toxoplasma Gondii reveals novel control of antigen expression
2020-02-17, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.54129
PMID:32065584
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术研究了弓形虫在速殖子和缓殖子阶段的转录组，揭示了其发育过程中的隐藏状态和转录因子 | 发现了AP2IX-1转录因子控制从普遍表达的SAG1到稀有表面抗原的切换，并构建了一个互动的数据浏览器用于可视化资源 | NA | 揭示弓形虫发育过程中的转录调控机制 | 弓形虫的速殖子和缓殖子阶段 | 分子生物学 | 寄生虫病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 超过5,400个弓形虫样本，包括三种广泛研究的菌株 |
| 12765 | 2024-08-04 |
[Current status and prospects of genetic research on IgA nephropathy]
2024-Apr-23, Zhonghua yi xue za zhi
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评论 | 本文讨论了IgA肾病的遗传研究现状和前景 | 提出了基因组医学时代如何通过全基因组测序和多组学研究寻找IgA肾病的易感基因及靶向药物的见解 | 仅讨论了目前的研究进展，未提供新的实验数据或结果 | 探讨IgA肾病的遗传因素及其在发病机制中的作用 | IgA肾病相关的易感基因和临床表型 | 数字病理学 | NA | 全基因组测序（WGS），单细胞测序，表达数量性性状位点（eQTL） | NA | NA | NA |
| 12766 | 2024-08-07 |
Lamin A upregulation reorganizes the genome during rod photoreceptor degeneration
2023-10-25, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-023-06224-x
PMID:37880237
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研究论文 | 研究了核纤层在杆状光感受器退化过程中对基因组组织的作用 | 首次展示了在视网膜色素变性模型中，核纤层蛋白A的异常上调与基因组可及性的增加相关，表明异染色质锚定蛋白对基因组可及性有全局影响 | 研究主要集中在杆状光感受器，未涉及其他类型的光感受器或细胞类型 | 探讨核纤层在神经退行性疾病中对基因组组织的影响 | 杆状光感受器及其在视网膜色素变性中的退化过程 | NA | 视网膜色素变性 | scRNA-seq, ATAC-seq | NA | 基因表达数据, 染色质可及性数据 | 未具体说明样本数量 |
| 12767 | 2024-08-07 |
Comparative analysis of dimension reduction methods for cytometry by time-of-flight data
2023-04-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-37478-w
PMID:37005472
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研究论文 | 本文比较了21种降维方法在110个真实和425个合成CyTOF样本上的性能 | 发现了一些不太知名但表现优异的降维方法，如SAUCIE、SQuaD-MDS和scvis | 选择降维方法应取决于数据结构和分析需求 | 评估和发展适用于CyTOF数据的计算方法 | CyTOF数据的降维方法 | 生物信息学 | NA | CyTOF | NA | 数据 | 110个真实样本和425个合成样本 |
| 12768 | 2024-08-04 |
Compressed Perturb-seq: highly efficient screens for regulatory circuits using random composite perturbations
2023-Jan-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.23.525200
PMID:36747806
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研究论文 | 本文提出了一种压缩的Perturb-seq技术，以提高功能基因组学中干扰电路的筛选效率 | 创新性在于通过算法对随机低维观察进行重新设计，显著降低了成本并提高了学习遗传互作的能力 | 该方法在规模上仍受到一定限制，具体的实验规模未在摘要中明确说明 | 研究旨在提高功能基因组学中基因调控电路筛选的效率 | 研究对象为与细菌脂多糖免疫反应相关的598个基因 | 功能基因组学 | 免疫疾病 | CRISPR筛选 | NA | 基因表达数据 | 涉及598个基因 |
| 12769 | 2024-08-07 |
Deconvolution Tactics and Normalization in Renal Spatial Transcriptomics
2021, Frontiers in physiology
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fphys.2021.812947
PMID:35095570
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综述 | 本文综述了2021年印第安纳州O'Brien显微镜中心研讨会上讨论的各种去卷积策略，并探讨了肾空间转录组学中的归一化和批次效应校正应用。 | 介绍了Seurat转移评分方法、SPOTlight、鲁棒细胞类型分解和BayesSpace等独特的去卷积技术。 | 文中提到的空间基因表达平台尚未达到单细胞分辨率。 | 探讨肾空间转录组学中的去卷积策略和归一化方法。 | 肾组织中的异质细胞群及其在空间转录组学中的表达特征。 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 图像 | NA |
| 12770 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals a heterogeneous response to Glucocorticoids in breast cancer cells
2020-03-13, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-020-0837-0
PMID:32170217
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术探讨了乳腺癌细胞对糖皮质激素的异质性反应 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了乳腺癌细胞对糖皮质激素反应的细胞间转录异质性 | 研究仅限于一种乳腺癌细胞系，可能无法完全代表所有乳腺癌细胞的反应 | 探究乳腺癌细胞对糖皮质激素的个体细胞转录反应 | 乳腺癌细胞对糖皮质激素的反应 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 (scRNAseq) | NA | RNA | 一种人乳腺癌细胞系 |
| 12771 | 2024-08-07 |
Phagocytosis of Wnt inhibitor SFRP4 by late wound macrophages drives chronic Wnt activity for fibrotic skin healing
2020-03, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.aay3704
PMID:32219160
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序比较了半再生性和纤维化伤口诱导的毛发生成（WIHN）伤口，发现晚期伤口中的巨噬细胞通过吞噬皮肤Wnt抑制因子SFRP4来驱动纤维化愈合 | 揭示了巨噬细胞通过吞噬SFRP4来调节Wnt信号通路，从而影响皮肤伤口愈合的命运 | NA | 探讨巨噬细胞在皮肤伤口愈合中的作用及其机制 | 人及小鼠皮肤伤口愈合过程中的巨噬细胞和纤维化过程 | NA | 皮肤疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 12772 | 2024-08-07 |
A reference profile-free deconvolution method to infer cancer cell-intrinsic subtypes and tumor-type-specific stromal profiles
2020-02-28, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-020-0720-0
PMID:32111252
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研究论文 | 开发了一种名为DeClust的计算去卷积方法，用于从肿瘤转录组数据中推断癌症细胞内在亚型和肿瘤类型特异性基质 profiles，无需参考表达 profiles 或特征矩阵 | DeClust方法直接将实体瘤的分子分型纳入去卷积过程，并输出分子亚型特异性的肿瘤参考 profiles，而不是单个肿瘤 profiles | DeClust识别的亚型在总体上与生存率没有更显著的关联 | 开发一种新的去卷积方法，用于从肿瘤转录组数据中推断癌症细胞内在亚型和肿瘤类型特异性基质 profiles | 实体瘤的分子亚型和肿瘤类型特异性基质 profiles | 数字病理学 | NA | 转录组数据分析 | 去卷积方法 | 转录组数据 | 13个实体瘤数据集来自癌症基因组图谱(TCGA) |
| 12773 | 2024-08-07 |
Tailless/TLX reverts intermediate neural progenitors to stem cells driving tumourigenesis via repression of asense/ASCL1
2020-02-19, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.53377
PMID:32073402
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研究论文 | 本文研究了Tailless/TLX通过抑制asense/ASCL1将中间神经前体细胞逆转为干细胞，从而驱动肿瘤发生的过程。 | 本文首次展示了Tailless通过逆转中间神经前体细胞为干细胞来启动肿瘤发生，并通过重新表达Asense来完全阻止肿瘤形成。 | NA | 旨在理解导致癌症的一系列事件，特别是胶质母细胞瘤的早期疾病进展。 | 研究对象包括神经谱系细胞、胶质细胞以及Tailless和Asense在肿瘤发生中的作用。 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | 人类胶质母细胞瘤样本 |
| 12774 | 2024-08-07 |
High-complexity extracellular barcoding using a viral hemagglutinin
2020-02-11, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1919182117
PMID:31988118
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research paper | 本研究利用流感病毒血凝素开发了一种遗传编码的细胞表面蛋白条形码系统，以解决混合细胞库中细胞克隆的解析问题 | 开发了一种基于血凝素的指数级蛋白条形码系统，能够使用七种抗体标记128个克隆 | NA | 提供一种在体内追踪克隆种群的策略 | 细胞克隆的追踪和解析 | NA | NA | NA | NA | NA | 使用七种抗体标记128个克隆 |
| 12775 | 2024-08-04 |
Symbiotic symphony: Understanding host-microbiota dialogues in a spatial context
2024 Sep-Oct, Seminars in cell & developmental biology
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.semcdb.2024.03.001
PMID:38564842
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综述 | 本研究探讨了宿主与微生物组之间在空间背景下的对话 | 提出同时分析宿主和微生物的遗传信息，以更全面地理解它们的相互作用 | 有限的早期生命微生物影响分析常常在减少的生物量框架内进行 | 旨在获得宿主与微生物组相互作用的全貌，尤其是在临床背景下 | 主要研究宿主和微生物的遗传信息及其空间组织 | 数字病理学 | 局部感染和炎症 | 空间转录组学 | NA | NA | NA |
| 12776 | 2024-08-04 |
Single-cell sequencing reveals lung cell fate evolution initiated by smoking to explore gene predictions of correlative diseases
2024-May, Toxicology mechanisms and methods
IF:2.8Q2
DOI:10.1080/15376516.2023.2293117
PMID:38064719
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组数据揭示了吸烟对肺组织和细胞的影响以及免疫反应的变化 | 揭示了吸烟导致的肺细胞命运演变及新标志基因的筛选 | 尚未全面阐明烟雾成分对肺主要细胞的刺激效应和作用机制 | 探讨吸烟引发的肺细胞命运演变及相关疾病的基因预测 | 从吸烟者和非吸烟者的肺样本中获取单细胞转录组数据 | 数字病理学 | 肺癌 | scRNA-seq | UMAP | 转录组数据 | 三份肺样本（吸烟者与非吸烟者） |
| 12777 | 2024-08-04 |
Single-cell, single-nucleus, and spatial transcriptomics characterization of the immunological landscape in the healthy and PSC human liver
2024-May, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2023.12.023
PMID:38199298
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研究论文 | 本文对健康和PSC人肝脏的免疫生态进行单细胞、单核和空间转录组特征化。 | 本研究利用多组学方法生成了PSC肝脏的综合图谱，提供了对PSC细胞复杂性的深入理解。 | 本研究主要基于样本量有限的PSC患者，可能无法全面代表所有PSC病例。 | 研究PSC肝脏的细胞组成及其潜在的病理机制。 | 研究对象为10个PSC患者的肝脏样本及对照组的健康和神经性去世供体肝脏。 | 数字病理学 | 原发性硬化性胆管炎 | 单细胞和单核RNA测序、空间转录组学 | NA | 细胞数据 | 10个PSC肝脏样本和24个神经性去世供体肝脏样本 |
| 12778 | 2024-08-07 |
Single-cell analysis extracted CAFs-related genes to established online app to predict clinical outcome and radiotherapy prognosis of prostate cancer
2024-May, Clinical & translational oncology : official publication of the Federation of Spanish Oncology Societies and of the National Cancer Institute of Mexico
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12094-023-03348-6
PMID:38070051
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研究论文 | 本研究通过单细胞分析提取与癌症相关成纤维细胞（CAFs）相关的基因，并建立在线应用程序，用于预测前列腺癌的临床结果和放疗预后 | 本研究首次通过单细胞RNA测序和差异基因表达分析，识别出与前列腺癌预后相关的CAFs相关基因，并开发了一个在线预测工具 | 本研究主要依赖于公共数据库的数据，未来需要更多临床样本验证模型的准确性 | 旨在通过单细胞分析识别CAFs相关基因，评估其在预测前列腺癌预后和放疗预后中的潜力 | 前列腺癌及其相关成纤维细胞 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | COX和LASSO分析 | 转录组数据 | 训练集257例，测试集129例，GSE70770集199例，GSE116918集248例 |
| 12779 | 2024-08-07 |
Microenvironmental changes in familial adenomatous polyposis during colorectal cancer carcinogenesis
2024-May-01, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2024.216822
PMID:38521200
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了家族性腺瘤性息肉病（FAP）患者的正常组织、腺瘤和癌组织的转录组，揭示了FAP在结直肠癌发生过程中的微环境变化 | 首次通过单细胞RNA测序详细分析了FAP患者的微环境变化，并比较了FAP与散发性结直肠癌的微环境差异 | 样本量相对较小，仅包括四名FAP患者和40名散发性结直肠癌患者 | 探究家族性腺瘤性息肉病在结直肠癌发生过程中的微环境变化 | 家族性腺瘤性息肉病患者的正常组织、腺瘤和癌组织 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 56,225个未分类的单细胞，来自4名FAP患者和26名FAP患者及40名散发性结直肠癌患者的组织样本 |
| 12780 | 2024-08-07 |
OH2 oncolytic virus: A novel approach to glioblastoma intervention through direct targeting of tumor cells and augmentation of anti-tumor immune responses
2024-May-01, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2024.216834
PMID:38537773
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研究论文 | 本研究介绍了OH2溶瘤病毒，一种源自单纯疱疹病毒2型（HSV-2）的疗法，用于治疗胶质母细胞瘤（GBM），通过直接靶向肿瘤细胞和增强抗肿瘤免疫反应 | OH2溶瘤病毒通过选择性靶向肿瘤细胞复制、诱导细胞毒性DNA损伤应激和激发抗肿瘤免疫反应，显示出显著的抗肿瘤活性 | NA | 探索OH2溶瘤病毒作为胶质母细胞瘤治疗新方法的有效性 | 胶质母细胞瘤（GBM）及其治疗 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |