单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27747 篇文献，本页显示第 12761 - 12780 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 12761 | 2024-08-05 |
Transcriptional heterogeneity and tightly regulated changes in gene expression during Plasmodium berghei sporozoite development
2021-03-09, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2023438118
PMID:33653959
|
研究论文 | 这篇文章研究了疟原虫孢子虫发育过程中的转录异质性和基因表达变化 | 首次使用单细胞RNA测序技术揭示孢子虫发育中的基因表达调控及其异质性 | 尚未深入研究环境因素对孢子虫发育的具体影响 | 探讨疟原虫孢子虫在蚊子中的发育机制 | 研究了从中肠包囊到唾液腺发育过程中的16038个孢子虫的基因表达谱 | 数字病理 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 16038个孢子虫样本 |
| 12762 | 2024-08-05 |
Investigation of Drosophila fruitless neurons that express Dpr/DIP cell adhesion molecules
2021-02-22, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.63101
PMID:33616528
|
研究论文 | 研究表达Dpr/DIP细胞粘附分子的果蝇fruitless神经元的功能和特征 | 通过对基因组研究的重新分析，发现对性别特异性行为的神经元形态和细胞数量存在性别二态性 | 未详细介绍实验样本和研究方法的局限性 | 探讨fruitless神经元在果蝇交配行为中的作用 | Drosophila的fruitless神经元 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | NA |
| 12763 | 2024-08-05 |
Integration of single-nucleus and exosome RNA sequencing dissected inter-cellular communication and biomarkers in pancreatic ductal adenocarcinoma
2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2024.04.021
PMID:38689717
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研究论文 | 本研究通过snRNA-seq和外泌体小RNA测序构建了胰腺癌的细胞间通讯网络 | 结合miRNA追踪与配体-受体分析，提供了一种新方法来揭示胰腺癌微环境中的细胞间复杂互动 | 虽然使用了多种技术，但可能未能捕捉到所有类型的细胞间通讯 | 研究胰腺导管腺癌中的细胞间通讯及潜在生物标志物 | 胰腺导管腺癌（PDAC）组织及其外泌体 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序（snRNA-seq）、小RNA测序 | NA | RNA序列 | 胰腺导管腺癌组织样本 |
| 12764 | 2024-08-05 |
Galectin-3 inhibition ameliorates alveolar epithelial cell pyroptosis in phosgene-induced acute lung injury
2024-May-10, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.111965
PMID:38583242
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研究论文 | 本研究探讨了Galectin-3抑制对磷酸酯引发的急性肺损伤中的肺泡上皮细胞焦亡的改善作用 | 首次提出Galectin-3通过抑制Gal3/caspase-8/GSDMD信号通路来改善肺泡上皮细胞焦亡的机制 | 该研究主要在小鼠模型中进行，临床应用的转化需要进一步验证 | 探究Galectin-3在磷酸酯引发的急性肺损伤中的作用及其机制 | 磷酸酯引发的急性肺损伤模型中的肺泡上皮细胞和肺泡巨噬细胞 | 数字病理学 | 急性肺损伤 | scRNA-seq | NA | 细胞 | 小鼠模型，未具体说明样本数量 |
| 12765 | 2024-08-05 |
Establishment and validation of a tumor-infiltrating γδT cell related prognostic gene signature in head and neck squamous cell carcinoma
2024-May-10, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.112054
PMID:38608477
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研究论文 | 本文建立并验证了与肿瘤浸润γδT细胞相关的预后基因特征在头颈部鳞状细胞癌中的应用 | 首次提出γδT细胞基因特征作为头颈部鳞状细胞癌患者的独立预后指标 | 本研究仅使用了TCGA HNSCC数据库及100个肿瘤样本，样本数量可能限制了结果的广泛适用性 | 评估γδT细胞在头颈部鳞状细胞癌中的浸润及其与临床病理因素的关联 | 头颈部鳞状细胞癌患者的肿瘤样本和相应的基因特征 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | scRNA-seq | Cox回归模型 | 基因组数据 | 100个头颈部鳞状细胞癌患者的肿瘤样本 |
| 12766 | 2024-08-05 |
CXCR6 defines therapeutic subtypes of CD4+ cytotoxic T cell lineage for adoptive cell transfer therapy in pediatric B cell acute lymphoblastic leukemia
2024-May-10, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.111972
PMID:38569429
|
研究论文 | 本研究探讨CXCR6作为新生儿B细胞急性淋巴细胞白血病中细胞毒性CD4 T细胞的治疗亚型的作用 | 提出CXCR6可以作为小儿B-ALL患者骨髓中细胞毒性CD4 Trm细胞的标志 | 需要更多的临床数据验证CXCR6在其他患者群体中的作用 | 研究CXCR6在小儿B细胞急性淋巴细胞白血病患者中细胞毒性CD4 T细胞的影响 | 小儿B细胞急性淋巴细胞白血病患者及健康供体的骨髓和外周血样本 | 数字病理学 | B细胞急性淋巴细胞白血病 | 流式细胞术 (FCM), 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | 集成机器学习算法 | 血液样本 | 包括小儿B-ALL患者和健康供体的样本，具体数量未说明 |
| 12767 | 2024-08-05 |
The skin circadian clock gene F3 as a potential marker for psoriasis severity and its bidirectional relationship with IL-17 signaling in keratinocytes
2024-May-10, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.111993
PMID:38565044
|
研究论文 | 本研究探讨了皮肤生物钟基因F3与牛皮癣严重程度及其与IL-17信号传导之间的双向关系 | 揭示了皮肤生物钟基因F3与IL-17信号通路之间的双向联系，指出F3可能通过激活JAK-STAT信号在角质形成细胞中引发异常细胞内炎症 | 关于F3和IL-17信号通路关系的机制需要进一步研究 | 研究皮肤生物钟基因F3与牛皮癣病理机制之间的关系 | 牛皮癣病灶与健康对照组 | 数字病理 | 牛皮癣 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 生物信息学数据 | GSE121212的牛皮癣病灶和健康对照样本，以及多个数据集进行验证 |
| 12768 | 2024-08-05 |
Living in Syn: T Cell Antigen Identification Based on Synapse Sequencing
2024-May-02, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0239
PMID:38557780
|
研究论文 | 本文介绍了一种基于突触测序的T细胞抗原识别新平台Tsyn-seq | 提出了一种新的抗原发现平台Tsyn-seq，利用TCR-肽-HLA诱导的突触进行全基因组表位筛选 | 文章没有提及具体的局限性 | 研究T细胞抗原的识别机制 | 聚焦于通过突触测序识别T细胞表位 | 数字病理 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |
| 12769 | 2024-08-04 |
TENET: Triple-enhancement based graph neural network for cell-cell interaction network reconstruction from spatial transcriptomics
2024-May-01, Journal of molecular biology
IF:4.7Q1
DOI:10.1016/j.jmb.2024.168543
PMID:38508302
|
研究论文 | 本文提出了一种新的图神经网络方法TENET，用于从空间转录组数据重构细胞-细胞相互作用网络 | TENET采用三重增强机制来改善细胞-细胞相互作用网络的重构精度，尤其在稀疏连接和噪声数据的情况下表现出色 | 可能在特定类型的噪声数据或极端稀疏的连接情况下依然存在准确性挑战 | 旨在提升细胞-细胞相互作用网络的重构准确性 | 重构细胞-细胞相互作用网络 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 图神经网络 | 真实和合成空间转录组数据 | NA |
| 12770 | 2024-08-05 |
High-Frequency Spinal Stimulation Suppresses Microglial Kaiso-P2X7 Receptor Axis-Induced Inflammation to Alleviate Neuropathic Pain in Rats
2024-May, Annals of neurology
IF:8.1Q1
DOI:10.1002/ana.26898
PMID:38450773
|
研究论文 | 本研究探讨了高频脊髓刺激对神经病理性疼痛的减轻效果及其机制 | 揭示了HF10 SCS通过抑制小胶质细胞的Kaiso-P2X7受体病理轴来减少免疫反应，从而提供持久的疼痛缓解 | 仅在动物模型中进行试验，尚需在人类临床研究中验证结果 | 探讨10kHz HF SCS在疼痛缓解中的作用机制 | 以神经病理性疼痛大鼠模型为研究对象 | 数字病理学 | 神经病理性疼痛 | RNA测序 | NA | 生物样本 | 使用大鼠模型进行测试，具体样本数量未提及 |
| 12771 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptomic landscape of peripheral blood cells provides insights into adaptation of red-eared sliders (Trachemys scripta elegans)
2024-May, Integrative zoology
IF:3.5Q1
DOI:10.1111/1749-4877.12725
PMID:37226359
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研究论文 | 本研究描绘了红耳龟外周血细胞的单细胞转录组图谱，探讨了其环境适应机制 | 首次使用单细胞RNA测序技术对红耳龟外周血细胞进行转录组分析，发现新的免疫信号类型 | 目前的研究主要集中在外周血细胞的转录组分析，未深入探讨其功能和机制 | 研究红耳龟在环境压力下的适应机制，主要通过血液学角度进行探索 | 红耳龟外周血细胞的多种细胞类型 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 12772 | 2024-08-05 |
Novel Phosphate Transporter-B PvPTB1;1/1;2 Contribute to Efficient Phosphate Uptake and Arsenic Accumulation in As-Hyperaccumulator Pteris vittata
2024-Apr-30, Environmental science & technology
IF:10.8Q1
DOI:10.1021/acs.est.3c09335
PMID:38624169
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研究论文 | 本研究揭示了低亲和力磷转运体-B 1家族介导的新型磷/砷运输系统在As-超积累植物中的作用 | 首次在维管植物中识别出两种膜蛋白基因，并确认其在磷摄取和砷积累中的作用 | 未提供关于其他植物转运体的对比分析数据 | 研究磷和砷在As-超积累植物中的摄取机制 | As-超积累植物Pteris vittata及其低亲和力磷转运体-B 1家族 | 植物生理学 | NA | 功能补偿实验和转基因分析 | NA | 基因表达数据和细胞转录组数据 | NA |
| 12773 | 2024-08-05 |
Cauchy hyper-graph Laplacian nonnegative matrix factorization for single-cell RNA-sequencing data analysis
2024-Apr-29, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-024-05797-4
PMID:38684942
|
研究论文 | 本文提出了一种Cauchy超图拉普拉斯非负矩阵分解方法用于单细胞RNA测序数据分析 | 使用Cauchy损失函数替代传统非负矩阵分解中的欧几里得距离，大大降低噪声影响，并结合超图约束。 | 至于模型的训练和优化过程的复杂性，具体应用于更大规模数据时的表现尚未讨论 | 探讨和改善单细胞数据分析中的聚类准确性 | 七个单细胞RNA测序数据集 | 数字病理学 | NA | 非负矩阵分解 | Cauchy超图拉普拉斯非负矩阵分解 | RNA测序数据 | 七个数据集 |
| 12774 | 2024-08-05 |
A novel defined programmed cell death related gene signature for predicting the prognosis of serous ovarian cancer
2024-Apr-29, Journal of ovarian research
IF:3.8Q1
DOI:10.1186/s13048-024-01419-y
PMID:38685095
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研究论文 | 本研究探讨了差异表达的程序性细胞死亡基因在浆液性卵巢癌中的作用及其作为临床预后预测因子的潜力 | 该研究通过单细胞RNA测序鉴定了48个与凋亡信号和氧化应激通路显著相关的差异表达程序性细胞死亡基因，并发现GNA15作为独立预后标志物 | 研究的局限性在于主要依赖于公开数据库的数据，可能存在样本偏差或数据不完整的情况 | 研究旨在探讨程序性细胞死亡基因在浆液性卵巢癌异质性中的贡献以及其作为预后标志的潜力 | 研究对象为浆液性卵巢癌患者的细胞和基因数据 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | Cox模型 | 基因表达数据 | 研究涉及的样本数量未具体说明，主要利用两组大型社会数据集进行验证 |
| 12775 | 2024-08-05 |
scCompressSA: dual-channel self-attention based deep autoencoder model for single-cell clustering by compressing gene-gene interactions
2024-Apr-29, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-024-10286-2
PMID:38684946
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研究论文 | 提出了一种基于自注意力的深度自编码器模型scCompressSA，用于单细胞聚类，通过压缩基因间相互作用来增强聚类精度 | 该研究提出的双通道自注意力块能够有效整合拓扑特征，从而提高单细胞聚类的准确性 | 对于RNA测序数据的高随机性仍然是细胞类型检测面临的挑战 | 研究单细胞聚类的分子机制并提高细胞类型的检测精度 | 利用scRNA-seq数据中的基因间相互作用来提取特征进行细胞聚类 | 机器学习 | NA | RNA-seq | 深度自编码器 | 基因表达数据 | 多个基准scRNA-seq数据集 |
| 12776 | 2024-08-04 |
Targeting nucleotide metabolic pathways in colorectal cancer by integrating scRNA-seq, spatial transcriptome, and bulk RNA-seq data
2024-Apr-10, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-024-01356-5
PMID:38594466
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研究论文 | 该研究通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和大规模RNA测序数据，对结直肠癌中的核苷酸代谢途径进行分析 | 通过不同的实验方法识别出新的结直肠癌治疗靶点ACO1和CPT2，并建立了以核苷酸代谢相关基因为基础的预后模型 | 研究主要依赖于数据分析和体外实验，临床应用需要进一步验证 | 探索结直肠癌中核苷酸代谢的特征及其对预后的影响 | 结直肠癌（CRC）及其相关的核苷酸代谢基因 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序，空间转录组测序 | 风险预后模型 | 基因表达数据 | 涉及多个结直肠癌样本，具体样本量未详细说明 |
| 12777 | 2024-08-05 |
Ranking of cell clusters in a single-cell RNA-sequencing analysis framework using prior knowledge
2024-Apr, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1011550
PMID:38635836
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研究论文 | 本文提出了一种新的方法，通过结合先验知识和用户经验信息来对单细胞RNA测序中的细胞类型进行排名 | 本研究的创新点在于引入先验知识和药物信息，以增强对细胞类型的排名，这在之前的研究中未曾尝试 | 现有的细胞排名技术存在缺陷和局限性，需要更好的新方法来改善细胞排名 | 旨在改进单细胞RNA测序分析中的细胞类型排名 | 研究的对象为在特定疾病下的单细胞类型 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | NA |
| 12778 | 2024-08-04 |
Miracula polaris - A New Species of Miracula from the East Fjords of Iceland
2024, Mycobiology
IF:1.6Q4
DOI:10.1080/12298093.2024.2333611
PMID:38690034
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research paper | 本研究在冰岛东峡湾发现了一种新物种Miracula polaris。 | 发现了新的寄生生物Miracula polaris，扩展了对早分支卵菌类多样性的理解。 | 研究未深入探讨与已知物种之间的关联性，可能存在未知物种。 | 调查冰岛东峡湾的早分支卵菌类的多样性。 | 研究了寄生在海洋硅藻属中的新寄生物种。 | NA | NA | 分子系统发育学和形态特征分析 | NA | 环境测序数据 | 在冰岛东峡湾的研究站进行了取样，具体样本数量未说明 |
| 12779 | 2024-08-05 |
Coupled scRNA-seq and Bulk-seq reveal the role of HMMR in hepatocellular carcinoma
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1363834
PMID:38633247
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研究论文 | 本研究揭示了HMMR在肝细胞癌中的作用，强调其作为诊断和治疗标志物的潜力 | 首次表明HMMR在肝细胞癌中的高表达与肿瘤免疫微环境和预后相关 | 研究主要基于生物信息学分析和体外实验，临床应用尚需进一步验证 | 探讨HMMR在肝细胞癌中的角色及其作为潜在分子标志物的可行性 | HMMR在肝细胞癌组织与正常组织的表达及其对HCC细胞增殖和迁移的影响 | 数字病理学 | 肝癌 | qRT-PCR, 流式细胞术, 递归分割分析, 体外实验 | NA | RNA测序 | 多个队列研究和HCC组织微阵列 |
| 12780 | 2024-08-05 |
PAGER-scFGA: unveiling cell functions and molecular mechanisms in cell trajectories through single-cell functional genomics analysis
2024, Frontiers in bioinformatics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fbinf.2024.1336135
PMID:38690527
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研究论文 | 本文介绍了一种用于单细胞功能基因组分析的新工具 PAGER-scFGA，旨在揭示细胞功能和分子机制。 | PAGER-scFGA 将细胞功能注释和基因集富集分析整合到流行的单细胞分析流程中，以提供细胞轨迹的深入理解。 | 尽管 PAGER-scFGA 在揭示细胞发育过程中的功能上表现出色，但可能存在样本特异性和模型可扩展性的局限性。 | 本研究的目的是开发一个工具以支持单细胞功能基因组学分析，揭示细胞运动轨迹中的分子机制。 | 研究对象为小鼠自然杀伤细胞及其成熟过程中的不同细胞群体。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 使用了小鼠自然杀伤细胞的不同细胞簇 |