单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
12741	2024-08-07	A reference profile-free deconvolution method to infer cancer cell-intrinsic subtypes and tumor-type-specific stromal profiles 2020-02-28, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-020-0720-0 PMID:32111252	研究论文	开发了一种名为DeClust的计算去卷积方法，用于从肿瘤转录组数据中推断癌症细胞内在亚型和肿瘤类型特异性基质 profiles，无需参考表达 profiles 或特征矩阵	DeClust方法直接将实体瘤的分子分型纳入去卷积过程，并输出分子亚型特异性的肿瘤参考 profiles，而不是单个肿瘤 profiles	DeClust识别的亚型在总体上与生存率没有更显著的关联	开发一种新的去卷积方法，用于从肿瘤转录组数据中推断癌症细胞内在亚型和肿瘤类型特异性基质 profiles	实体瘤的分子亚型和肿瘤类型特异性基质 profiles	数字病理学	NA	转录组数据分析	去卷积方法	转录组数据	13个实体瘤数据集来自癌症基因组图谱(TCGA)
12742	2024-08-07	Tailless/TLX reverts intermediate neural progenitors to stem cells driving tumourigenesis via repression of asense/ASCL1 2020-02-19, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.53377 PMID:32073402	研究论文	本文研究了Tailless/TLX通过抑制asense/ASCL1将中间神经前体细胞逆转为干细胞，从而驱动肿瘤发生的过程。	本文首次展示了Tailless通过逆转中间神经前体细胞为干细胞来启动肿瘤发生，并通过重新表达Asense来完全阻止肿瘤形成。	NA	旨在理解导致癌症的一系列事件，特别是胶质母细胞瘤的早期疾病进展。	研究对象包括神经谱系细胞、胶质细胞以及Tailless和Asense在肿瘤发生中的作用。	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	人类胶质母细胞瘤样本
12743	2024-08-07	High-complexity extracellular barcoding using a viral hemagglutinin 2020-02-11, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1919182117 PMID:31988118	research paper	本研究利用流感病毒血凝素开发了一种遗传编码的细胞表面蛋白条形码系统，以解决混合细胞库中细胞克隆的解析问题	开发了一种基于血凝素的指数级蛋白条形码系统，能够使用七种抗体标记128个克隆	NA	提供一种在体内追踪克隆种群的策略	细胞克隆的追踪和解析	NA	NA	NA	NA	NA	使用七种抗体标记128个克隆
12744	2024-08-04	Symbiotic symphony: Understanding host-microbiota dialogues in a spatial context 2024 Sep-Oct, Seminars in cell & developmental biology IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.semcdb.2024.03.001 PMID:38564842	综述	本研究探讨了宿主与微生物组之间在空间背景下的对话	提出同时分析宿主和微生物的遗传信息，以更全面地理解它们的相互作用	有限的早期生命微生物影响分析常常在减少的生物量框架内进行	旨在获得宿主与微生物组相互作用的全貌，尤其是在临床背景下	主要研究宿主和微生物的遗传信息及其空间组织	数字病理学	局部感染和炎症	空间转录组学	NA	NA	NA
12745	2024-08-04	Single-cell sequencing reveals lung cell fate evolution initiated by smoking to explore gene predictions of correlative diseases 2024-May, Toxicology mechanisms and methods IF:2.8Q2 DOI:10.1080/15376516.2023.2293117 PMID:38064719	研究论文	本研究通过单细胞转录组数据揭示了吸烟对肺组织和细胞的影响以及免疫反应的变化	揭示了吸烟导致的肺细胞命运演变及新标志基因的筛选	尚未全面阐明烟雾成分对肺主要细胞的刺激效应和作用机制	探讨吸烟引发的肺细胞命运演变及相关疾病的基因预测	从吸烟者和非吸烟者的肺样本中获取单细胞转录组数据	数字病理学	肺癌	scRNA-seq	UMAP	转录组数据	三份肺样本（吸烟者与非吸烟者）
12746	2024-08-04	Single-cell, single-nucleus, and spatial transcriptomics characterization of the immunological landscape in the healthy and PSC human liver 2024-May, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2023.12.023 PMID:38199298	研究论文	本文对健康和PSC人肝脏的免疫生态进行单细胞、单核和空间转录组特征化。	本研究利用多组学方法生成了PSC肝脏的综合图谱，提供了对PSC细胞复杂性的深入理解。	本研究主要基于样本量有限的PSC患者，可能无法全面代表所有PSC病例。	研究PSC肝脏的细胞组成及其潜在的病理机制。	研究对象为10个PSC患者的肝脏样本及对照组的健康和神经性去世供体肝脏。	数字病理学	原发性硬化性胆管炎	单细胞和单核RNA测序、空间转录组学	NA	细胞数据	10个PSC肝脏样本和24个神经性去世供体肝脏样本
12747	2024-08-07	Single-cell analysis extracted CAFs-related genes to established online app to predict clinical outcome and radiotherapy prognosis of prostate cancer 2024-May, Clinical & translational oncology : official publication of the Federation of Spanish Oncology Societies and of the National Cancer Institute of Mexico IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12094-023-03348-6 PMID:38070051	研究论文	本研究通过单细胞分析提取与癌症相关成纤维细胞（CAFs）相关的基因，并建立在线应用程序，用于预测前列腺癌的临床结果和放疗预后	本研究首次通过单细胞RNA测序和差异基因表达分析，识别出与前列腺癌预后相关的CAFs相关基因，并开发了一个在线预测工具	本研究主要依赖于公共数据库的数据，未来需要更多临床样本验证模型的准确性	旨在通过单细胞分析识别CAFs相关基因，评估其在预测前列腺癌预后和放疗预后中的潜力	前列腺癌及其相关成纤维细胞	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	COX和LASSO分析	转录组数据	训练集257例，测试集129例，GSE70770集199例，GSE116918集248例
12748	2024-08-07	Microenvironmental changes in familial adenomatous polyposis during colorectal cancer carcinogenesis 2024-May-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216822 PMID:38521200	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了家族性腺瘤性息肉病（FAP）患者的正常组织、腺瘤和癌组织的转录组，揭示了FAP在结直肠癌发生过程中的微环境变化	首次通过单细胞RNA测序详细分析了FAP患者的微环境变化，并比较了FAP与散发性结直肠癌的微环境差异	样本量相对较小，仅包括四名FAP患者和40名散发性结直肠癌患者	探究家族性腺瘤性息肉病在结直肠癌发生过程中的微环境变化	家族性腺瘤性息肉病患者的正常组织、腺瘤和癌组织	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	56,225个未分类的单细胞，来自4名FAP患者和26名FAP患者及40名散发性结直肠癌患者的组织样本
12749	2024-08-07	OH2 oncolytic virus: A novel approach to glioblastoma intervention through direct targeting of tumor cells and augmentation of anti-tumor immune responses 2024-May-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216834 PMID:38537773	研究论文	本研究介绍了OH2溶瘤病毒，一种源自单纯疱疹病毒2型（HSV-2）的疗法，用于治疗胶质母细胞瘤（GBM），通过直接靶向肿瘤细胞和增强抗肿瘤免疫反应	OH2溶瘤病毒通过选择性靶向肿瘤细胞复制、诱导细胞毒性DNA损伤应激和激发抗肿瘤免疫反应，显示出显著的抗肿瘤活性	NA	探索OH2溶瘤病毒作为胶质母细胞瘤治疗新方法的有效性	胶质母细胞瘤（GBM）及其治疗	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
12750	2024-08-04	Evaluation of McCauley et al.: A framework for systematic evaluation of tissue signaling responses by single-cell RNA-seq 2024-Apr-17, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2024.03.007 PMID:38636454	评论	对McCauley等人论文的同行评审过程的单次快照	开发了一个系统性评估组织信号响应的框架	没有提供关于具体实验数据或结果的详细信息	评估组织信号反应的系统性方法	人类气道上皮中的信号反应	数字病理学	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA	NA
12751	2024-08-04	Multi-pronged analysis of pediatric low-grade glioma reveals a unique tumor microenvironment associated with BRAF alterations 2024-Apr-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.05.588294 PMID:38645202	研究论文	本研究通过多种方法分析了小儿低级别胶质瘤的肿瘤微环境	揭示了与BRAF变异相关的独特肿瘤微环境和免疫细胞异质性	尚需进一步研究免疫细胞浸润和肿瘤-免疫相互作用	加深对小儿低级别胶质瘤生物学的理解，以识别新型、更有效且毒性较小的治疗方法	小儿低级别胶质瘤及其肿瘤微环境的细胞组成	数字病理学	NA	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	细胞, RNA	小儿低级别胶质瘤样本
12752	2024-08-04	Distinct immune escape and microenvironment between RG-like and pri-OPC-like glioma revealed by single-cell RNA-seq analysis 2024-Feb, Frontiers of medicine IF:3.9Q2 DOI:10.1007/s11684-023-1017-7 PMID:37955814	research paper	通过单细胞RNA-seq分析对26个胶质瘤进行分类，揭示了原始少突胶质细胞样（pri-OPC）和放射胶质细胞样（RG）的肿瘤之间的免疫逃逸和微环境的区别	首次揭示了pri-OPC样和RG样胶质瘤在免疫逃逸程序上的显著差异	样本数量较少，仅涉及26个胶质瘤，可能影响结果的广泛适用性	探讨胶质瘤与神经发生和胶质发生之间的关系	26个胶质瘤样本，分类为pri-OPC样和RG样肿瘤	数字病理学	胶质瘤	单细胞RNA-seq	NA	RNA-seq数据	26个胶质瘤样本
12753	2024-08-07	Tumor-derived exosomes induce initial activation by exosomal CD19 antigen but impair the function of CD19-specific CAR T-cells via TGF-β signaling 2024-Feb, Frontiers of medicine IF:3.9Q2 DOI:10.1007/s11684-023-1010-1 PMID:37870681	研究论文	研究肿瘤来源的外泌体（TEXs）对CD19特异性CAR T细胞功能的影响及其机制	首次揭示了淋巴瘤来源的外泌体通过TGF-β信号通路影响CAR T细胞的功能，并提出了一种新的治疗策略	研究主要集中在体外实验，需要进一步的临床试验验证	探讨肿瘤来源的外泌体对CAR T细胞功能的影响及其潜在机制	CD19特异性CAR T细胞及肿瘤来源的外泌体	免疫学	淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自淋巴瘤患者的血浆外泌体及CAR T细胞
12754	2024-08-07	Noncanonical TRAIL Signaling Promotes Myeloid-Derived Suppressor Cell Abundance and Tumor Growth in Cholangiocarcinoma 2024, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2024.01.006 PMID:38219900	研究论文	本研究探讨了非经典TRAIL信号在胆管癌中促进骨髓来源抑制细胞（MDSCs）丰度和肿瘤生长的机制。	发现非经典TRAIL信号通过激活核因子-κB促进MDSCs的增殖，并揭示了MDSCs对TRAIL介导的凋亡的抵抗机制。	研究主要基于小鼠模型，其结果在人类中的适用性需要进一步验证。	旨在阐明TRAIL+癌细胞如何利用非经典TRAIL信号在骨髓来源抑制细胞（MDSCs）中促进其丰度，从而影响胆管癌的发展。	研究对象包括TRAIL信号、骨髓来源抑制细胞（MDSCs）以及胆管癌。	肿瘤学	胆管癌	单细胞RNA测序和细胞转录组及表位的测序	NA	RNA	使用了多个免疫健全的同基因、原位胆管癌模型的小鼠肿瘤样本
12755	2024-08-07	Telocytes in the Luminal GI Tract 2024, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2024.02.002 PMID:38342300	综述	本文综述了间质细胞（telocytes）在胃肠道腔内的作用及其在干细胞微环境中的角色	探讨了间质细胞通过其长细胞质突起与其他细胞类型连接，形成三维网络，并在肠道中作为干细胞微环境的关键组成部分，提供Wnt蛋白促进干细胞和祖细胞增殖	单细胞RNA测序分析揭示了其他基质群体和微环境组织机制，对间质细胞在干细胞微环境中的作用提出了疑问	探讨间质细胞在胃肠道腔内的当前研究状态、存在的争议及未来研究方向	间质细胞在胃肠道腔内的作用及其在干细胞微环境中的角色	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
12756	2024-08-07	Single-Cell RNA Sequencing of Sox17-Expressing Lineages Reveals Distinct Gene Regulatory Networks and Dynamic Developmental Trajectories 2023-06-15, Stem cells (Dayton, Ohio) DOI:10.1093/stmcls/sxad030 PMID:37085274	研究论文	本研究通过结合双色时间线追踪策略和单细胞RNA测序，分析了Sox17表达谱系中的6934个细胞，揭示了不同的基因调控网络和动态发育轨迹。	开发了一种双色时间线追踪策略，结合单细胞RNA测序技术，深入分析了Sox17在发育中的内胚层和内皮细胞中的功能。	NA	旨在更好地理解Sox17在发育中的内胚层和内皮细胞中的功能。	Sox17表达谱系中的细胞，特别是内胚层和内皮细胞。	基因调控	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	6934个细胞
12757	2024-08-07	Silencing Myeloid Netrin-1 Induces Inflammation Resolution and Plaque Regression 2021-08-20, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.121.319313 PMID:34289717	研究论文	本文研究了通过沉默髓系细胞中的Netrin-1来减少动脉粥样硬化心血管疾病风险，并促进斑块消退的方法。	本文首次探讨了通过靶向Netrin-1来改善动脉粥样硬化炎症和促进斑块消退的新策略。	NA	研究如何通过靶向Netrin-1来改善动脉粥样硬化炎症和促进斑块消退。	研究对象包括转基因小鼠和其动脉粥样硬化斑块。	心血管疾病	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	包括转基因小鼠和对照小鼠，具体数量未详细说明。
12758	2024-08-07	Single cell census of human kidney organoids shows reproducibility and diminished off-target cells after transplantation 2019-11-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-13382-0 PMID:31784515	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了四个人诱导多能干细胞系衍生的肾类器官，共450,118个单细胞，展示了类器官组成和发展与人类胎儿和成人肾脏的相似性，并研究了移植后非目标细胞的减少情况。	首次使用单细胞RNA测序技术评估肾类器官的重复性和质量，并发现移植可以减少非目标细胞的数量。	文章中提到不同iPSC系之间的细胞比例存在变异性，主要由非目标细胞引起。	评估人诱导多能干细胞衍生的肾类器官的重复性和减少非目标细胞的生成。	人诱导多能干细胞衍生的肾类器官及其移植后的细胞组成。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞数据	450,118个单细胞
12759	2024-08-07	TripletCell: a deep metric learning framework for accurate annotation of cell types at the single-cell level 2023-05-19, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad132 PMID:37080771	研究论文	本文提出了一种名为TripletCell的新型深度度量学习框架，用于跨物种、跨协议和跨样本的细胞类型注释	TripletCell利用深度度量学习算法，通过特征提取模块TripletCell-FE，有效地处理了scRNA-seq数据中的批次效应和数据异质性问题	NA	开发一种高效准确的细胞类型注释方法，以克服传统手动注释的局限性	单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释	数字病理学	NA	scRNA-seq	深度度量学习	基因表达矩阵	21个数据集，涵盖九种scRNA-seq协议、两种物种和三种组织
12760	2024-08-07	Genomic characterization and therapeutic utilization of IL-13-responsive sequences in asthma 2023-Jan-11, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2022.100229 PMID:36777184	研究论文	本文利用多种基因组技术在支气管上皮细胞中识别IL-13响应的调控元件，并开发基于CRISPR干扰（CRISPRi）的治疗方法，以细胞类型特异性和IL-13特异性的方式下调引起气道阻塞的基因。	本文首次利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和H3K27ac染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq）在人类支气管上皮细胞中识别IL-13响应基因和调控元件，并通过大规模并行报告分析（MPRAs）验证和优化这些序列的IL-13诱导活性。	NA	研究IL-13在哮喘中的基因组特征及其在治疗中的应用。	支气管上皮细胞中的IL-13响应调控元件。	基因组学	哮喘	单细胞RNA测序（scRNA-seq），H3K27ac染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq），大规模并行报告分析（MPRAs）	CRISPR干扰（CRISPRi）	基因组数据	人类支气管上皮细胞