单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
12741	2024-08-07	Boosting Clear Cell Renal Carcinoma-Specific Drug Discovery Using a Deep Learning Algorithm and Single-Cell Analysis 2024-Apr-08, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25074134 PMID:38612943	研究论文	本文利用单细胞转录组测序数据和深度学习算法，针对透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的肿瘤微环境进行分析，以发现特定的药物化合物	结合深度图神经网络和机器学习算法，从生物活性化合物库中筛选出针对ccRCC的特定化合物	NA	发现针对透明细胞肾细胞癌的特定药物化合物，以改善临床治疗效果	透明细胞肾细胞癌的肿瘤微环境及其特定药物化合物	机器学习	肾细胞癌	单细胞转录组测序（scRNA-seq）	深度图神经网络	基因表达数据	6名患者的单细胞转录组测序数据
12742	2024-08-04	CIRI-Deep Enables Single-Cell and Spatial Transcriptomic Analysis of Circular RNAs with Deep Learning 2024-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202308115 PMID:38308181	研究论文	本文提出了一种深度学习模型CIRI-deep，用于对环状RNA的转录组分析	CIRI-deep通过深度学习方法，解决了现有单细胞和空间转录组技术对环状RNA分析的局限	目前尚未提供具体的局限性信息	研究环状RNA在不同RNA-seq数据中的调控和分析	使用高达2500万的高置信度环状RNA调控事件的数据集	数字病理学	NA	RNA-seq	深度学习模型	RNA-seq数据	2500万
12743	2024-08-04	Single-cell transcriptomics reveal metastatic CLDN4+ cancer cells underlying the recurrence of malignant pleural effusion in patients with advanced non-small-cell lung cancer 2024-04, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.1649 PMID:38629624	研究论文	本研究揭示了在晚期非小细胞肺癌患者中，CLDN4+癌细胞与恶性胸腔积液复发之间的关联	首次通过单细胞转录组学方法识别出与复发性恶性胸腔积液相关的CLDN4+转移性癌细胞	需要在更大样本量的群体中进一步验证CLDN4的临床价值和其生物功能的机制研究	探讨非小细胞肺癌患者中复发性恶性胸腔积液的细胞和基因标志	研究对象为16名合并胸腔积液的非小细胞肺癌患者	数字病理	肺癌	单细胞RNA测序	NA	细胞	16名非小细胞肺癌患者的胸腔积液样本
12744	2024-08-04	Modeling single cell trajectory using forward-backward stochastic differential equations 2024-Apr, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012015 PMID:38620017	研究论文	本文提出了一种利用前向-后向随机微分方程建模单细胞发育轨迹的方法	结合前向-后向随机微分方程与精细化近似程序，以动态方式建模非线性轨迹	现有的SDE方法通常依赖数值近似，可能导致推断不准确，偏离真实轨迹	研究单细胞发育轨迹的动态建模	单细胞转录组测序数据	计算机视觉	NA	随机微分方程	前向-后向随机微分方程	单细胞转录组数据	多个scRNA-seq数据集
12745	2024-08-07	High-throughput RNA isoform sequencing using programmed cDNA concatenation 2024-Apr, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-01815-7 PMID:37291427	研究论文	本文介绍了一种名为MAS-ISO-seq的高通量RNA异构体测序技术，通过编程连接cDNA分子以优化长读长测序，显著提高了测序通量	MAS-ISO-seq技术通过编程连接cDNA，实现了超过15倍的测序通量提升，并能发现更多差异剪接基因	NA	开发一种新的RNA异构体测序技术，以提高测序通量和发现差异剪接基因的能力	肿瘤浸润T细胞的单细胞RNA测序	基因组学	NA	RNA测序	NA	cDNA读取	近4000万cDNA读取每运行
12746	2024-08-07	Itraconazole inhibits tumor growth via CEBPB-mediated glycolysis in colorectal cancer 2024-Apr, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.16082 PMID:38278779	研究论文	研究探讨了伊曲康唑通过CEBPB介导的糖酵解抑制结直肠癌肿瘤生长的效果和机制	发现了伊曲康唑通过CEBPB-ENO1轴抑制结直肠癌糖酵解和肿瘤生长的新机制	NA	探索伊曲康唑在结直肠癌治疗中的潜在疗效及其作用机制	结直肠癌肿瘤及其在伊曲康唑处理下的细胞组成和基因表达变化	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	四只携带肿瘤的小鼠
12747	2024-08-07	NAMPT-Driven M2 Polarization of Tumor-Associated Macrophages Leads to an Immunosuppressive Microenvironment in Colorectal Cancer 2024-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202303177 PMID:38308188	研究论文	本研究探讨了NAMPT在结直肠癌肿瘤微环境中对肿瘤相关巨噬细胞M2极化的作用及其对免疫抑制微环境的影响	首次发现NAMPT在SPP1肿瘤相关巨噬细胞中高表达，并与结直肠癌患者的预后不良相关	研究主要基于小鼠模型和单细胞RNA测序数据，需进一步临床验证	探究NAMPT在结直肠癌肿瘤微环境中对肿瘤相关巨噬细胞的作用及其对患者预后的影响	NAMPT在肿瘤相关巨噬细胞中的表达及其对免疫微环境的影响	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型及结直肠癌患者样本
12748	2024-08-07	Identification of Potent siRNA Delivery Peptides Using Computer Modeling 2024-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202308345 PMID:38311577	研究论文	本文通过计算机建模和单细胞RNA测序（scRNA-seq）的综合程序，筛选出理想的siRNA递送肽	开发了一种基于计算机建模和scRNA-seq的综合程序，用于筛选具有理想组装和递送能力的siRNA递送肽	NA	开发新的siRNA递送肽，用于RNA干扰（RNAi）疗法	siRNA递送肽及其在体内的安全性和有效性	计算机建模	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	序列数据	包含12种氨基酸的肽库
12749	2024-08-07	Pericyte signaling via soluble guanylate cyclase shapes the vascular niche and microenvironment of tumors 2024-Apr, The EMBO journal DOI:10.1038/s44318-024-00078-5 PMID:38528180	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了通过特定删除可溶性鸟苷酸环化酶（sGC）的NO受体，研究了周细胞如何影响肿瘤血管微环境和血管生态位	首次详细探讨了周细胞在肿瘤血管微环境中的作用，并提出针对周细胞sGC的治疗策略	研究主要集中在细胞和分子层面，未来需进一步在动物模型和临床试验中验证	阐明周细胞在肿瘤血管微环境中的作用，并探索新的癌症治疗策略	周细胞、内皮细胞、癌症相关成纤维细胞和肿瘤相关巨噬细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
12750	2024-08-07	Partial label learning for automated classification of single-cell transcriptomic profiles 2024-Apr, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012006 PMID:38578796	研究论文	本文研究了如何利用部分标签学习框架自动分类单细胞转录组数据，并探讨了标签集结构的整合效果	提出了利用部分标签学习框架，而不是完全监督的训练数据集，来分类单细胞转录组数据	文章未明确提及具体的局限性	旨在解决单细胞转录组数据的自动分类问题	单细胞转录组数据的分类及其细胞谱系关系的识别	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNASeq）	SVM, kNN, 基于原型的方法, 逻辑回归, 集成方法	转录组数据	文章未提供具体的样本数量
12751	2024-08-07	Calcified apoptotic vesicles from PROCR+ fibroblasts initiate heterotopic ossification 2024-Apr, Journal of extracellular vesicles IF:15.5Q1 DOI:10.1002/jev2.12425 PMID:38594791	研究论文	本文研究了异位骨化（HO）的异常形成过程，发现钙化的凋亡小体（apoVs）是HO的启动因子。	首次识别出PROCR+成纤维细胞分泌的钙化凋亡小体作为HO的启动因子，并提出其可能作为抑制病理性钙化的治疗靶点。	NA	探讨异位骨化的启动因子及其治疗靶点。	异位骨化过程中的钙化凋亡小体及其作用机制。	NA	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	不同阶段的异位骨化样本
12752	2024-08-07	Cell Heterogeneity Analysis Revealed the Key Role of Fibroblasts in the Magnum Regression of Ducks 2024-Apr-01, Animals : an open access journal from MDPI IF:2.7Q1 DOI:10.3390/ani14071072 PMID:38612311	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序分析了鸭子输卵管中段（magnum）在产蛋和停产后细胞异质性的变化	首次通过单细胞转录组测序揭示了鸭子输卵管中段在产蛋和停产后细胞异质性的差异，特别是涉及蛋白质分泌和细胞外基质（ECM）产生的成纤维细胞的变化	研究仅限于特定年龄的鸭子，且样本数量有限，可能需要进一步扩大样本范围以验证结果的普遍性	探究鸭子输卵管中段在产蛋和停产后分子机制的差异	鸭子输卵管中段的细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	13,708个单细胞样本
12753	2024-08-07	Integration analysis of single-cell transcriptome reveals specific monocyte subsets associated with melanoma brain and leptomeningeal metastasis 2024-Apr, Skin research and technology : official journal of International Society for Bioengineering and the Skin (ISBS) [and] International Society for Digital Imaging of Skin (ISDIS) [and] International Society for Skin Imaging (ISSI) IF:2.0Q3 DOI:10.1111/srt.13710 PMID:38616506	研究论文	本研究通过整合分析单细胞转录组数据，揭示了与黑色素瘤脑和软脑膜转移相关的特定单核细胞亚群	本研究首次详细分析了黑色素瘤脑转移和软脑膜转移中单核细胞亚群的组成和分子表达差异，并发现了与转移相关的特定单核细胞亚群	NA	阐明黑色素瘤中枢神经系统转移的病理机制，为开发针对单核细胞或细胞因子的治疗策略提供依据	黑色素瘤脑转移和软脑膜转移中的单核细胞亚群	数字病理学	黑色素瘤	单细胞转录组	NA	转录组数据	涉及血液、原发肿瘤、脑转移和软脑膜转移组织中的单核细胞
12754	2024-08-07	Effects of Regulating Hippo and Wnt on the Development and Fate Differentiation of Bovine Embryo 2024-Mar-31, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25073912 PMID:38612721	研究论文	本研究探讨了Hippo和Wnt信号通路激动剂LPA和抑制剂DKK1对牛胚胎体外发育的影响	研究首次揭示了LPA和DKK1在牛胚胎分化和胚胎妊娠建立中的作用，并通过单细胞RNA测序深入分析了其对胚胎发育的影响	NA	旨在提高辅助生殖技术的产出，通过调节Hippo和Wnt信号通路改善牛胚胎的体外发育	牛胚胎的体外发育及其细胞命运分化	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	1203个基因在对照组和LPA/DKK1处理组之间表现出差异表达
12755	2024-08-07	Identification and validation of the clinical prediction model and biomarkers based on chromatin regulators in colon cancer by integrated analysis of bulk- and single-cell RNA sequencing data 2024-Mar-31, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-23-1886 PMID:38617504	研究论文	本研究通过综合分析大量和单细胞RNA测序数据，在结肠癌中识别并验证基于染色质调控因子的临床预测模型和生物标志物	首次综合利用大量和单细胞RNA测序数据，构建基于染色质调控因子的结肠癌预后模型，并探讨其在免疫反应和药物敏感性中的作用	研究主要基于TCGA和GEO数据库的数据，可能存在样本选择偏倚；单细胞数据分析仅限于探索CRs在细胞中的表达及其相互作用	寻找可用于临床诊断和治疗的染色质调控因子，并探讨其作为关键CRs的原因	结肠癌中的染色质调控因子及其在临床诊断和治疗中的应用	数字病理学	结肠癌	RNA测序	LASSO-Cox回归模型	RNA测序数据	32个与肿瘤相关的染色质调控因子
12756	2024-08-04	Multi-Omics Profiling Reveals Phenotypic and Functional Heterogeneity of Neutrophils in COVID-19 2024-Mar-29, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25073841 PMID:38612651	研究论文	本研究探讨了COVID-19中中性粒细胞的表型和功能异质性	识别和验证了COVID-19中中性粒细胞的异质性，并分析了不同亚群的功能	关于中性粒细胞表型的可塑性及其在COVID-19发病机制中的相对影响尚未得到充分阐明	识别COVID-19中中性粒细胞的异质性，并评估其各亚群的功能	健康供体和COVID-19患者的中性粒细胞亚群	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序和大规模RNA测序	NA	RNA-seq和蛋白质组数据	来自健康供体和COVID-19患者的多种样本
12757	2024-08-04	Temporal Single-Cell Sequencing Analysis Reveals That GPNMB-Expressing Macrophages Potentiate Muscle Regeneration 2024-Mar-28, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4108866/v1 PMID:38585871	研究论文	这篇文章揭示了GPNMB表达的巨噬细胞在肌肉再生中的作用	研究首次提供了伤后巨噬细胞转录组图谱，并强调了GPNMB巨噬细胞亚群在再生过程中的关键角色	对巨噬细胞亚群的异质性和功能转变的理解仍不够全面	研究巨噬细胞在骨骼肌修复中的作用及其表型多样性	特定时间点的骨骼肌 Injury 诱导后的单细胞RNA测序结果	数字病理学	肌肉损伤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
12758	2024-08-04	Comprehensive Analysis of Lung Adenocarcinoma and Brain Metastasis through Integrated Single-Cell Transcriptomics 2024-Mar-28, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25073779 PMID:38612588	研究论文	本研究通过整合单细胞转录组学分析肺腺癌及其脑转移的肿瘤微环境	探索了肺腺癌脑转移的肿瘤微环境特征及细胞间相互作用的具体机制	本研究仅使用公开数据集，可能存在数据偏倚或样本代表性的限制	深入理解肺腺癌脑转移的肿瘤微环境及其特性	肺腺癌脑转移（LUAD-BM）及其不同阶段的原发肿瘤	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	使用公开数据集中的多个样本，具体样本数量未提及
12759	2024-08-04	SEGCECO: Subgraph Embedding of Gene expression matrix for prediction of CEll-cell COmmunication 2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae160 PMID:38605638	研究论文	本研究提出了一种名为SEGCECO的新方法，用于预测细胞间通信	SEGCECO利用属性图卷积神经网络，从单细胞RNA-seq数据中预测细胞间通信，优于传统方法	高维和稀疏的单细胞RNA-seq数据使得将数据转化为图形格式变得困难，但我们通过SoptSC方法克服了这一限制	研究细胞间互动并提高对细胞通信的预测能力	来自人和小鼠胰腺组织的六个数据集	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	属性图卷积神经网络	数据集	六个数据集
12760	2024-08-04	stDiff: a diffusion model for imputing spatial transcriptomics through single-cell transcriptomics 2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae171 PMID:38628114	研究论文	stDiff是一种通过单细胞转录组学增强空间转录组学的扩散模型	stDiff利用单细胞RNA测序数据中的基因表达丰度关系，通过条件扩散模型来提升空间转录组学的表现	目前未提及具体的局限性	研究旨在提升空间转录组学的补全方法	研究对象为空间转录组学数据和单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	扩散模型	条件扩散模型	转录组数据	16个数据集