单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
12721	2024-08-07	Effects of Regulating Hippo and Wnt on the Development and Fate Differentiation of Bovine Embryo 2024-Mar-31, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25073912 PMID:38612721	研究论文	本研究探讨了Hippo和Wnt信号通路激动剂LPA和抑制剂DKK1对牛胚胎体外发育的影响	研究首次揭示了LPA和DKK1在牛胚胎分化和胚胎妊娠建立中的作用，并通过单细胞RNA测序深入分析了其对胚胎发育的影响	NA	旨在提高辅助生殖技术的产出，通过调节Hippo和Wnt信号通路改善牛胚胎的体外发育	牛胚胎的体外发育及其细胞命运分化	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	1203个基因在对照组和LPA/DKK1处理组之间表现出差异表达
12722	2024-08-07	Identification and validation of the clinical prediction model and biomarkers based on chromatin regulators in colon cancer by integrated analysis of bulk- and single-cell RNA sequencing data 2024-Mar-31, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-23-1886 PMID:38617504	研究论文	本研究通过综合分析大量和单细胞RNA测序数据，在结肠癌中识别并验证基于染色质调控因子的临床预测模型和生物标志物	首次综合利用大量和单细胞RNA测序数据，构建基于染色质调控因子的结肠癌预后模型，并探讨其在免疫反应和药物敏感性中的作用	研究主要基于TCGA和GEO数据库的数据，可能存在样本选择偏倚；单细胞数据分析仅限于探索CRs在细胞中的表达及其相互作用	寻找可用于临床诊断和治疗的染色质调控因子，并探讨其作为关键CRs的原因	结肠癌中的染色质调控因子及其在临床诊断和治疗中的应用	数字病理学	结肠癌	RNA测序	LASSO-Cox回归模型	RNA测序数据	32个与肿瘤相关的染色质调控因子
12723	2024-08-04	Multi-Omics Profiling Reveals Phenotypic and Functional Heterogeneity of Neutrophils in COVID-19 2024-Mar-29, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25073841 PMID:38612651	研究论文	本研究探讨了COVID-19中中性粒细胞的表型和功能异质性	识别和验证了COVID-19中中性粒细胞的异质性，并分析了不同亚群的功能	关于中性粒细胞表型的可塑性及其在COVID-19发病机制中的相对影响尚未得到充分阐明	识别COVID-19中中性粒细胞的异质性，并评估其各亚群的功能	健康供体和COVID-19患者的中性粒细胞亚群	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序和大规模RNA测序	NA	RNA-seq和蛋白质组数据	来自健康供体和COVID-19患者的多种样本
12724	2024-08-04	Temporal Single-Cell Sequencing Analysis Reveals That GPNMB-Expressing Macrophages Potentiate Muscle Regeneration 2024-Mar-28, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4108866/v1 PMID:38585871	研究论文	这篇文章揭示了GPNMB表达的巨噬细胞在肌肉再生中的作用	研究首次提供了伤后巨噬细胞转录组图谱，并强调了GPNMB巨噬细胞亚群在再生过程中的关键角色	对巨噬细胞亚群的异质性和功能转变的理解仍不够全面	研究巨噬细胞在骨骼肌修复中的作用及其表型多样性	特定时间点的骨骼肌 Injury 诱导后的单细胞RNA测序结果	数字病理学	肌肉损伤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
12725	2024-08-04	Comprehensive Analysis of Lung Adenocarcinoma and Brain Metastasis through Integrated Single-Cell Transcriptomics 2024-Mar-28, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25073779 PMID:38612588	研究论文	本研究通过整合单细胞转录组学分析肺腺癌及其脑转移的肿瘤微环境	探索了肺腺癌脑转移的肿瘤微环境特征及细胞间相互作用的具体机制	本研究仅使用公开数据集，可能存在数据偏倚或样本代表性的限制	深入理解肺腺癌脑转移的肿瘤微环境及其特性	肺腺癌脑转移（LUAD-BM）及其不同阶段的原发肿瘤	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	使用公开数据集中的多个样本，具体样本数量未提及
12726	2024-08-04	SEGCECO: Subgraph Embedding of Gene expression matrix for prediction of CEll-cell COmmunication 2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae160 PMID:38605638	研究论文	本研究提出了一种名为SEGCECO的新方法，用于预测细胞间通信	SEGCECO利用属性图卷积神经网络，从单细胞RNA-seq数据中预测细胞间通信，优于传统方法	高维和稀疏的单细胞RNA-seq数据使得将数据转化为图形格式变得困难，但我们通过SoptSC方法克服了这一限制	研究细胞间互动并提高对细胞通信的预测能力	来自人和小鼠胰腺组织的六个数据集	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	属性图卷积神经网络	数据集	六个数据集
12727	2024-08-04	stDiff: a diffusion model for imputing spatial transcriptomics through single-cell transcriptomics 2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae171 PMID:38628114	研究论文	stDiff是一种通过单细胞转录组学增强空间转录组学的扩散模型	stDiff利用单细胞RNA测序数据中的基因表达丰度关系，通过条件扩散模型来提升空间转录组学的表现	目前未提及具体的局限性	研究旨在提升空间转录组学的补全方法	研究对象为空间转录组学数据和单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	扩散模型	条件扩散模型	转录组数据	16个数据集
12728	2024-08-04	Attention-guided variational graph autoencoders reveal heterogeneity in spatial transcriptomics 2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae173 PMID:38627939	研究论文	本研究介绍了一种结合多头注意力块的变分图自编码器，用于揭示组织转录组中的异质性	提出了一种新颖的模型AttentionVGAE，通过整合切片图像、空间信息和基因表达，克服了传统方法中的局限	目前尚未解决的挑战是精确识别组织内的空间域	探索基因表达模式，以深入理解组织微环境中的功能	该研究对象为组织转录组和肿瘤异质性	数字病理学	肿瘤异质性	空间转录组技术	变分图自编码器	基因表达数据和切片图像	NA
12729	2024-08-04	Hierarchal single-cell lineage tracing reveals differential fate commitment of CD8 T-cell clones in response to acute infection 2024-Mar-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.21.586160 PMID:38585810	研究论文	本研究使用单细胞RNA-seq和TCR-seq跟踪了急性病毒感染中内源性抗原特异性CD8 T细胞的命运承诺	本研究揭示了CD8 T细胞克隆在急性感染响应中表现出不同的命运承诺，并展示了具有不同TCR内在命运偏见的克隆的异质性	本研究未明确提到具体的局限性	阐明CD8 T细胞在急性感染中的分化过程和命运承诺	内源性抗原特异性CD8 T细胞及其克隆	数字病理学	NA	单细胞RNA-seq, TCR-seq	CARLIN模型	基因组数据	NA
12730	2024-08-07	Improving drug response prediction via integrating gene relationships with deep learning 2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae153 PMID:38600666	研究论文	本研究提出了一种基于深度学习的框架DIPK，通过自监督技术整合基因相互作用关系、基因表达谱和分子拓扑结构，以提高药物反应预测的准确性和鲁棒性	DIPK框架能够整合多种有价值的信息，包括基因相互作用关系，从而在药物反应预测中表现出优于现有方法的性能	NA	提高癌症细胞系药物反应预测的准确性，以推进个性化癌症治疗	癌症细胞系的药物反应预测	机器学习	NA	深度学习	深度神经网络	基因表达数据	NA
12731	2024-08-07	Topological and geometric analysis of cell states in single-cell transcriptomic data 2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae176 PMID:38632952	研究论文	本文介绍了一种名为scGeom的工具，该工具通过分析细胞和基因网络的几何和拓扑结构，利用多尺度和多维结构来解析单细胞转录组数据的复杂高维结构	scGeom工具通过分析细胞和基因网络的曲率和持久同调，揭示了单细胞转录组数据中的多尺度和多维结构	NA	开发一种新的计算工具，以更好地解析单细胞转录组数据中的细胞状态和类型	单细胞转录组数据中的细胞状态和类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
12732	2024-08-07	Unveiling the Genetic Mechanism of Meat Color in Pigs through GWAS, Multi-Tissue, and Single-Cell Transcriptome Signatures Exploration 2024-Mar-26, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25073682 PMID:38612491	research paper	本研究通过全基因组关联研究（GWAS）、多组织和单细胞转录组特征探索，揭示了猪肉颜色特性的遗传机制。	首次综合研究了猪肉颜色特性的遗传机制，并通过转录组关联研究（TWAS）分析了与肉色特性相关的候选基因表达。	NA	探索和分析猪肉颜色特性的遗传机制。	猪肉颜色特性及其遗传机制。	NA	NA	GWAS, TWAS	NA	基因组数据, 转录组数据	涉及五个肉色特性和具有不同肉色特征的猪品种。
12733	2024-08-04	PreTSA: computationally efficient modeling of temporal and spatial gene expression patterns 2024-Mar-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.20.585926 PMID:38585819	研究论文	本文提出PreTSA，一种高效的基因表达模式建模方法	PreTSA在大规模单细胞和空间转录组数据中实现了计算效率显著提升	NA	研究大型数据集中基因表达模式	包括数百万个细胞的单细胞和空间转录组数据	数字病理学	NA	转录组学	NA	单细胞和空间转录组数据	数百万个细胞
12734	2024-08-04	Molecular architecture of primate specific neural circuit formation 2024-Mar-22, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4082064/v1 PMID:38562839	研究论文	本研究分析了豚鼠皮层发育过程中的基因表达动态，揭示了灵长类特有神经回路形成的分子机制	首次应用空间转录组学技术识别灵长类发展中的轴突引导分子，并发现其在皮层不同区域具有独特的时空表达模式	研究仅限于豚鼠皮层，可能无法完全代表其他灵长类或人类的大脑发育机制	旨在理解灵长类特定神经回路形成的分子机制	豚鼠皮层发育过程中的基因表达变化	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	具体样本数量未提及，但关注了豚鼠皮层的多个关键区域和时间点
12735	2024-08-04	[High expression of UBE2S promotes progression of hepatocellular carcinoma by increasing cancer cell stemness] 2024-Mar-20, Nan fang yi ke da xue xue bao = Journal of Southern Medical University DOI:10.12122/j.issn.1673-4254.2024.03.06 PMID:38597436	研究论文	本研究调查了UBE2S在肝细胞癌微环境中不同细胞类型的表达及其对HCC细胞增殖和干性影响	揭示了UBE2S在肝细胞癌细胞干性中的重要作用，并首次在HCC微环境中展示了其与T细胞的高表达相关性和不良预后	未能详细探讨UBE2S在其他癌症类型中的作用以及其潜在的分子机制	深入研究UBE2S在肝细胞癌中的表达及其生物学功能	主要针对肝细胞癌细胞和微环境中的T细胞进行研究	数字病理	肝癌	免疫组化，免疫荧光染色，单细胞测序	NA	临床样本数据，单细胞数据	基于TCGA和CPTAC数据库的多组肝细胞癌样本，具体样本量未提供
12736	2024-08-07	Hapln1 promotes dedifferentiation and proliferation of iPSC-derived cardiomyocytes by promoting versican-based GDF11 trapping 2024-Mar, Journal of pharmaceutical analysis IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.jpha.2023.09.013 PMID:38618242	研究论文	本研究探讨了Hapln1在诱导多能干细胞（iPSC）衍生的心肌细胞去分化和增殖中的潜在调控作用及其在心肌梗死治疗中的价值	首次揭示了Hapln1通过促进基于versican的GDF11捕获，进而激活TGF-β/SMAD2/3信号通路，刺激iPSC衍生心肌细胞的去分化和增殖	研究主要基于体外细胞实验和成年小鼠模型，需要进一步的人体临床试验验证	探索Hapln1在心肌细胞去分化和增殖中的调控作用及其在心肌梗死治疗中的潜在价值	人诱导多能干细胞衍生的心肌细胞（hiPSC-CMs）和成年小鼠心肌梗死模型	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用了hiPSC-CMs和成年小鼠心肌梗死模型
12737	2024-08-07	CD23+IgG1+ memory B cells are poised to switch to pathogenic IgE production in food allergy 2024-Feb-07, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adi0673 PMID:38324641	研究论文	本文描述了在儿童花生过敏中，一类CD23IgG1记忆B细胞在激活后能产生IgE细胞，这些细胞与花生过敏中IgE循环浓度相关	首次发现CD23IgG1记忆B细胞在花生过敏中具有高亲和力花生特异性克隆，并能在激活后产生致病性IgE	NA	研究食物过敏中IgE抗体的B细胞记忆机制	CD23IgG1记忆B细胞及其在花生过敏中的作用	免疫学	食物过敏	单细胞RNA测序	NA	RNA	儿童花生过敏患者
12738	2024-08-04	A case report of a family with developmental arrest of human prokaryotic stage zygote 2024, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2024.1280797 PMID:38606321	病例报告	研究了一对父母及其子女的遗传变异，导致其在受精过程中出现PN停滞现象	首次揭示了与人类PN期合子停滞相关的遗传变异及其机制	研究样本仅限于一家人，可能无法代表更广泛的群体	探讨导致PN期合子停滞表型的遗传变异	研究对象为一对出现多次PN停滞的夫妇及其后代	数字病理学	女性不育	全外显子测序和单细胞RNA测序	NA	基因组数据和转录组数据	2名个体的外周血样本及3个PN停滞合子
12739	2024-08-04	Challenges and Opportunities for the Clinical Translation of Spatial Transcriptomics Technologies 2024 Jan-Dec, Glomerular diseases DOI:10.1159/000538344 PMID:38600956	综述	本文讨论了空间转录组学技术的临床转化的挑战和机遇。	探讨了GeoMx和Visium平台在肾脏疾病研究中的新见解。	NA	阐明肾脏疾病的病理生理学并开发新的诊断测试。	主要集中在跟踪空间上解析的基因和蛋白质表达数据。	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	基因和蛋白质表达数据	NA
12740	2024-08-04	Single-cell RNA-seq reveals T cell exhaustion and immune response landscape in osteosarcoma 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1362970 PMID:38629071	研究论文	本文研究了骨肉瘤中T细胞耗竭及免疫反应的全景。	本文提出了一种基于T细胞耗竭相关基因的预后模型，并揭示了CD8+ T细胞在骨肉瘤微环境中的不同耗竭情况。	研究主要依赖于公共数据库的数据，可能存在样本选择偏倚。	探讨T细胞耗竭在骨肉瘤免疫治疗和进展中的作用。	研究对象为骨肉瘤中的CD8+ T细胞及其亚群。	数字病理	骨肉瘤	单细胞RNA测序	机器学习模型	基因表达数据	使用了GEO数据库中的单细胞RNA-seq数据，具体样本量未说明。