单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
12701	2024-08-07	Unveiling the Genetic Mechanism of Meat Color in Pigs through GWAS, Multi-Tissue, and Single-Cell Transcriptome Signatures Exploration 2024-Mar-26, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25073682 PMID:38612491	research paper	本研究通过全基因组关联研究（GWAS）、多组织和单细胞转录组特征探索，揭示了猪肉颜色特性的遗传机制。	首次综合研究了猪肉颜色特性的遗传机制，并通过转录组关联研究（TWAS）分析了与肉色特性相关的候选基因表达。	NA	探索和分析猪肉颜色特性的遗传机制。	猪肉颜色特性及其遗传机制。	NA	NA	GWAS, TWAS	NA	基因组数据, 转录组数据	涉及五个肉色特性和具有不同肉色特征的猪品种。
12702	2024-08-04	PreTSA: computationally efficient modeling of temporal and spatial gene expression patterns 2024-Mar-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.20.585926 PMID:38585819	研究论文	本文提出PreTSA，一种高效的基因表达模式建模方法	PreTSA在大规模单细胞和空间转录组数据中实现了计算效率显著提升	NA	研究大型数据集中基因表达模式	包括数百万个细胞的单细胞和空间转录组数据	数字病理学	NA	转录组学	NA	单细胞和空间转录组数据	数百万个细胞
12703	2024-08-04	Molecular architecture of primate specific neural circuit formation 2024-Mar-22, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4082064/v1 PMID:38562839	研究论文	本研究分析了豚鼠皮层发育过程中的基因表达动态，揭示了灵长类特有神经回路形成的分子机制	首次应用空间转录组学技术识别灵长类发展中的轴突引导分子，并发现其在皮层不同区域具有独特的时空表达模式	研究仅限于豚鼠皮层，可能无法完全代表其他灵长类或人类的大脑发育机制	旨在理解灵长类特定神经回路形成的分子机制	豚鼠皮层发育过程中的基因表达变化	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	具体样本数量未提及，但关注了豚鼠皮层的多个关键区域和时间点
12704	2024-08-04	[High expression of UBE2S promotes progression of hepatocellular carcinoma by increasing cancer cell stemness] 2024-Mar-20, Nan fang yi ke da xue xue bao = Journal of Southern Medical University DOI:10.12122/j.issn.1673-4254.2024.03.06 PMID:38597436	研究论文	本研究调查了UBE2S在肝细胞癌微环境中不同细胞类型的表达及其对HCC细胞增殖和干性影响	揭示了UBE2S在肝细胞癌细胞干性中的重要作用，并首次在HCC微环境中展示了其与T细胞的高表达相关性和不良预后	未能详细探讨UBE2S在其他癌症类型中的作用以及其潜在的分子机制	深入研究UBE2S在肝细胞癌中的表达及其生物学功能	主要针对肝细胞癌细胞和微环境中的T细胞进行研究	数字病理	肝癌	免疫组化，免疫荧光染色，单细胞测序	NA	临床样本数据，单细胞数据	基于TCGA和CPTAC数据库的多组肝细胞癌样本，具体样本量未提供
12705	2024-08-07	Hapln1 promotes dedifferentiation and proliferation of iPSC-derived cardiomyocytes by promoting versican-based GDF11 trapping 2024-Mar, Journal of pharmaceutical analysis IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.jpha.2023.09.013 PMID:38618242	研究论文	本研究探讨了Hapln1在诱导多能干细胞（iPSC）衍生的心肌细胞去分化和增殖中的潜在调控作用及其在心肌梗死治疗中的价值	首次揭示了Hapln1通过促进基于versican的GDF11捕获，进而激活TGF-β/SMAD2/3信号通路，刺激iPSC衍生心肌细胞的去分化和增殖	研究主要基于体外细胞实验和成年小鼠模型，需要进一步的人体临床试验验证	探索Hapln1在心肌细胞去分化和增殖中的调控作用及其在心肌梗死治疗中的潜在价值	人诱导多能干细胞衍生的心肌细胞（hiPSC-CMs）和成年小鼠心肌梗死模型	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用了hiPSC-CMs和成年小鼠心肌梗死模型
12706	2024-08-07	CD23+IgG1+ memory B cells are poised to switch to pathogenic IgE production in food allergy 2024-Feb-07, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adi0673 PMID:38324641	研究论文	本文描述了在儿童花生过敏中，一类CD23IgG1记忆B细胞在激活后能产生IgE细胞，这些细胞与花生过敏中IgE循环浓度相关	首次发现CD23IgG1记忆B细胞在花生过敏中具有高亲和力花生特异性克隆，并能在激活后产生致病性IgE	NA	研究食物过敏中IgE抗体的B细胞记忆机制	CD23IgG1记忆B细胞及其在花生过敏中的作用	免疫学	食物过敏	单细胞RNA测序	NA	RNA	儿童花生过敏患者
12707	2024-08-04	A case report of a family with developmental arrest of human prokaryotic stage zygote 2024, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2024.1280797 PMID:38606321	病例报告	研究了一对父母及其子女的遗传变异，导致其在受精过程中出现PN停滞现象	首次揭示了与人类PN期合子停滞相关的遗传变异及其机制	研究样本仅限于一家人，可能无法代表更广泛的群体	探讨导致PN期合子停滞表型的遗传变异	研究对象为一对出现多次PN停滞的夫妇及其后代	数字病理学	女性不育	全外显子测序和单细胞RNA测序	NA	基因组数据和转录组数据	2名个体的外周血样本及3个PN停滞合子
12708	2024-08-04	Challenges and Opportunities for the Clinical Translation of Spatial Transcriptomics Technologies 2024 Jan-Dec, Glomerular diseases DOI:10.1159/000538344 PMID:38600956	综述	本文讨论了空间转录组学技术的临床转化的挑战和机遇。	探讨了GeoMx和Visium平台在肾脏疾病研究中的新见解。	NA	阐明肾脏疾病的病理生理学并开发新的诊断测试。	主要集中在跟踪空间上解析的基因和蛋白质表达数据。	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	基因和蛋白质表达数据	NA
12709	2024-08-04	Single-cell RNA-seq reveals T cell exhaustion and immune response landscape in osteosarcoma 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1362970 PMID:38629071	研究论文	本文研究了骨肉瘤中T细胞耗竭及免疫反应的全景。	本文提出了一种基于T细胞耗竭相关基因的预后模型，并揭示了CD8+ T细胞在骨肉瘤微环境中的不同耗竭情况。	研究主要依赖于公共数据库的数据，可能存在样本选择偏倚。	探讨T细胞耗竭在骨肉瘤免疫治疗和进展中的作用。	研究对象为骨肉瘤中的CD8+ T细胞及其亚群。	数字病理	骨肉瘤	单细胞RNA测序	机器学习模型	基因表达数据	使用了GEO数据库中的单细胞RNA-seq数据，具体样本量未说明。
12710	2024-08-04	Integration of single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq to construct liver hepatocellular carcinoma stem cell signatures to explore their impact on patient prognosis and treatment 2024, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0298004 PMID:38635528	研究论文	本研究整合了单细胞RNA测序和整体RNA测序，以构建肝细胞癌干细胞特征，并探讨其对患者预后和治疗的影响	开发了一种与癌症干细胞相关的预后风险特征，为肝细胞癌的诊断、预后和治疗提供了新的思路	尚未提及具体的限制	探讨干细胞特征与肝细胞癌患者预后及治疗之间的关系	肝细胞癌患者的干细胞特征及其相关基因	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序，整体RNA转录组数据	风险模型	基因组数据	NA
12711	2024-08-07	CD177 drives the transendothelial migration of Treg cells enriched in human colorectal cancer 2024, Clinical & translational immunology IF:4.6Q2 DOI:10.1002/cti2.1506 PMID:38596253	研究论文	本研究探讨了CD177在人结直肠癌中浸润调节性T细胞（Treg细胞）中的表达模式及其对Treg细胞迁移能力的影响	发现CD177高表达的Treg细胞具有更强的激活状态和跨内皮迁移能力，为免疫治疗提供了新的潜在靶点	研究仅限于体外实验，需要进一步的体内实验验证	旨在识别增强免疫治疗效果的潜在靶点	结直肠癌患者的肿瘤组织、瘤周组织和外周血单个核细胞中的Treg细胞	免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术	NA	RNA序列数据、生存数据	21例结直肠癌患者样本
12712	2024-08-07	Deconvolution of synovial myeloid cell subsets across pathotypes and role of COL3A1+ macrophages in rheumatoid arthritis remission 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1307748 PMID:38601143	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和去卷积分析，探讨了不同病理类型下关节滑膜单核/巨噬细胞（Mo/Mp）亚群的分布及其在类风湿关节炎（RA）缓解中的作用	首次报道了COL3A1+巨噬细胞在不同病理类型RA中的分布及其可能的免疫调节功能	NA	研究不同病理类型下关节滑膜单核/巨噬细胞亚群的分布及其在类风湿关节炎活动和缓解中的作用	关节滑膜单核/巨噬细胞亚群及其在类风湿关节炎中的作用	数字病理学	类风湿关节炎	单细胞RNA测序, 去卷积分析, 多色免疫荧光, 流式细胞术	NA	RNA-seq数据	81名早期关节炎队列（PEAC）患者
12713	2024-08-07	Elucidating the changes in the heterogeneity and function of radiation-induced cardiac macrophages using single-cell RNA sequencing 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1363278 PMID:38601160	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了辐射诱导的心脏损伤小鼠模型中，心脏巨噬细胞异质性和功能的早期变化	首次在辐射诱导的心脏损伤动物模型中，描述了早期阶段巨噬细胞的多样性、特征及其演变	NA	研究辐射诱导心脏损伤后心脏功能的早期变化及心脏巨噬细胞在此过程中的作用	辐射诱导心脏损伤的小鼠模型中的心脏巨噬细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自心脏组织的免疫细胞
12714	2024-08-07	Advancing diabetes treatment: the role of mesenchymal stem cells in islet transplantation 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1389134 PMID:38605972	综述	本文综述了间充质干细胞（MSCs）在胰岛移植治疗糖尿病中的作用	利用MSCs的免疫调节特性和分化潜能，以及MSC衍生的细胞外囊泡等创新方法，来提高胰岛移植的效果	MSCs的异质性和治疗应用的优化仍存在挑战	探讨MSCs在提高胰岛移植疗效中的作用，并评估其在糖尿病治疗中的潜力	间充质干细胞（MSCs）及其在胰岛移植中的应用	再生医学	糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	NA	NA
12715	2024-08-07	Unraveling the tumor immune microenvironment of lung adenocarcinoma using single-cell RNA sequencing 2024, Therapeutic advances in medical oncology IF:4.3Q2 DOI:10.1177/17588359231210274 PMID:38606165	综述	本文系统回顾了使用单细胞RNA测序技术在肺腺癌中研究肿瘤免疫微环境的最新进展	总结了肿瘤免疫微环境的异质性及其在患者预后和治疗反应中的相关标记物或模型	NA	探讨肿瘤免疫微环境在肺腺癌发展和治疗中的作用	肺腺癌的肿瘤免疫微环境	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
12716	2024-08-07	Amino acid transporter SLC7A5 regulates cell proliferation and secretary cell differentiation and distribution in the mouse intestine 2024, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.94297 PMID:38617535	研究论文	本文研究了氨基酸转运蛋白SLC7A5在小鼠肠道中的作用，发现其影响细胞增殖和分泌细胞的分化与分布	首次报道了肠道上皮细胞特异性敲除氨基酸转运蛋白SLC7A5，并揭示了其对mTORC1信号通路的影响	NA	探讨SLC7A5在肠道上皮细胞增殖和分泌细胞分化中的作用	小鼠肠道上皮细胞和分泌细胞	生物学	NA	scRNA-seq, 电子显微镜	NA	细胞	小鼠肠道隐窝细胞
12717	2024-08-07	Integrated analysis of scRNA-seq and bulk RNA-seq reveals that GPRC5A is an important prognostic gene in pancreatic cancer and is associated with B-cell Infiltration in pancreatic cancer 2024, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2024.1283164 PMID:38634049	研究论文	本研究通过综合分析单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（bulk RNA-seq）数据，揭示了GPRC5A作为胰腺癌的重要预后基因，并与B细胞浸润相关	首次综合利用scRNA-seq和bulk RNA-seq数据，构建了多因素Cox预后模型，并验证了GPRC5A与B细胞浸润及患者预后的关联	NA	确定影响胰腺癌预后的相关基因，并研究其与免疫浸润的关系	胰腺癌的预后基因及免疫浸润	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq），实时荧光定量PCR（RT-PCR）	Cox回归分析，Lasso回归分析	基因表达数据	使用了来自GEO数据库的胰腺癌单细胞芯片数据和TCGA的临床数据
12718	2024-08-07	Stromal STAT5-Mediated Trophic Activity Regulates Hematopoietic Niche Factors 2023-10-08, Stem cells (Dayton, Ohio) DOI:10.1093/stmcls/sxad055 PMID:37465968	研究论文	研究通过STAT5ab敲除小鼠模型，探讨STAT5在骨髓造血微环境中的作用及其对造血干细胞的影响	首次揭示了STAT5ab在骨髓微环境中对造血干细胞分化的调控作用，并通过单细胞转录组分析验证了其机制	研究主要集中在小鼠模型上，未来需要进一步在人类样本中验证这些发现	探讨STAT5在骨髓造血微环境中的作用及其对造血干细胞的影响	STAT5ab敲除小鼠模型及其对骨髓造血微环境的影响	NA	NA	单细胞转录组分析	NA	mRNA表达	多种Cre转基因小鼠品系
12719	2024-08-07	scMultiGAN: cell-specific imputation for single-cell transcriptomes with multiple deep generative adversarial networks 2023-09-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad384 PMID:37903416	研究论文	本文介绍了一种名为scMultiGAN的新型深度学习模型，用于单细胞转录组数据的插补，该模型利用多个协作生成对抗网络（GAN）实现细胞特异性插补	scMultiGAN采用两阶段训练过程和多个GAN实现细胞特异性插补，与传统基于GAN的插补方法不同，后者基于随机噪声生成缺失值	NA	提高单细胞RNA测序数据分析中缺失值插补的准确性	单细胞转录组数据中的缺失值	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	生成对抗网络（GAN）	转录组数据	NA
12720	2024-08-04	Clinical, morphologic and molecular heterogeneity of HPV-associated oropharyngeal cancer 2023-09, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-023-02819-y PMID:37666939	综述	本综述探讨了HPV相关的口咽癌的临床、形态和分子异质性	提出了针对HPV+口咽鳞状细胞癌的不同亚型及其相关生物标志物的分类概念	缺乏对多中心临床试验结果的非劣性分析	识别与患者分层和个性化治疗相关的HPV+口咽鳞状细胞癌生物标志物	HPV+口咽鳞状细胞癌的多样性及其相关临床和生物特征	数字病理学	咽癌	单细胞测序	NA	肿瘤样本数据	NA