单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
12701	2024-08-05	Linking single-cell measurements of mass, growth rate, and gene expression 2018-11-27, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-018-1576-0 PMID:30482222	研究论文	本文介绍了一种微流体平台，可直接测量单细胞质量和生长速率。	创新之处在于将单细胞质量和生长速率的测量与高倍单细胞分析技术结合起来	未提及特定的局限性	研究单细胞生理特征与转录特征之间的关系	研究L1210和FL5.12细胞系及激活的CD8+ T细胞	数字病理学	NA	微流体平台	NA	NA	涉及的细胞系包括L1210、FL5.12和患者来源的胶质母细胞瘤细胞系
12702	2024-08-04	NIFK, a Potential Prognostic and Immunological Biomarker in Pan-- Cancer Analysis, Significantly Regulates Proliferation and Metastasis of Colorectal Cancer 2024-Apr-24, Recent patents on anti-cancer drug discovery IF:2.5Q3 DOI:10.2174/0115748928295346240406185103 PMID:38659266	研究论文	该研究系统分析了NIFK在全癌种中的表达及其在结直肠癌中的作用	揭示了NIFK在大多数肿瘤中过表达，并显示出显著的预后效能和与免疫特征的相关性	目前缺乏对NIFK在其他癌种的系统分析，如在非结直肠癌中的具体作用	探讨NIFK作为潜在预后和免疫生物标志物在癌症中的作用	研究NIFK在多种癌症中表达、突变及其在结直肠腺癌中的免疫特征	数字病理学	结直肠癌	单细胞测序	NA	基因组数据	通过TCGA进行的大规模分析，具体样本数量未提供
12703	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing of human lung innate lymphoid cells in the vascular and tissue niche reveals molecular features of tissue adaptation 2023, Discovery immunology DOI:10.1093/discim/kyad007 PMID:38650756	研究论文	本研究利用人源化小鼠模型，通过单细胞RNA测序技术，揭示了人体肺部血管和组织微环境中先天淋巴细胞（ILCs）的基因特征及其组织适应性的分子机制	首次在人源化小鼠模型中定义了肺部血管和组织微环境中人体ILCs的基因特征，并揭示了微环境信号对ILCs分子程序的塑造作用	NA	研究人体肺部不同解剖微环境中先天淋巴细胞（ILCs）的分子特征及其组织适应性	人体肺部的先天淋巴细胞（ILCs）及其在血管和组织微环境中的适应性	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	人源化MISTRG小鼠模型中的肺部ILCs和NK细胞
12704	2024-08-04	Co-expression of immune checkpoints in glioblastoma revealed by single-nucleus RNA sequencing and spatial transcriptomics 2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2024.04.014 PMID:38633388	研究论文	本研究揭示了胶质母细胞瘤中的免疫检查点的共表达及其分子特征	通过单细胞RNA测序和空间转录组分析，首次揭示了胶质母细胞瘤中免疫检查点表达模式及其潜在的免疫逃逸机制	本研究基于未治疗的胶质母细胞瘤样本，可能无法完全反映治疗后的情况	为了更好地理解胶质母细胞瘤的肿瘤微环境及其免疫逃逸机制	未治疗的胶质母细胞瘤样本	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序和空间转录组	NA	RNA数据	180名胶质瘤患者用于预后验证
12705	2024-08-04	Comprehensive single-cell transcriptomic profiling reveals molecular subtypes and prognostic biomarkers with implications for targeted therapy in esophageal squamous cell carcinoma 2024-Jun, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.101948 PMID:38582059	研究论文	这篇文章揭示了食道鳞状细胞癌的分子亚型和预后生物标志物。	本研究通过单细胞转录组分析揭示了食道鳞状细胞癌的分子异质性和新的预后生物标志物。	该研究可能未涵盖所有可能的分子亚型和标志物，需进一步实验验证。	本研究旨在识别食道鳞状细胞癌中与DNA复制压力相关的生物标志物，以改善预后风险分层。	研究对象为食道鳞状细胞癌（ESCC）样本。	数字病理学	食道癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	ESCC样本（具体样本数未提供）
12706	2024-08-07	Optimizing cryopreservation of nasal polyp tissue for cellular functional studies and single-cell RNA sequencing 2024-May, International forum of allergy & rhinology IF:7.2Q1 DOI:10.1002/alr.23275 PMID:37742089	研究论文	研究优化鼻息肉组织冷冻保存方法，以进行细胞功能研究和单细胞RNA测序	探讨了不同冷冻保存方法对鼻息肉组织中肥大细胞数量和上皮细胞增殖率的影响	NA	优化鼻息肉组织的冷冻保存方法，以适应不同的研究目标和细胞类型	鼻息肉组织中的肥大细胞和上皮细胞	NA	鼻息肉	单细胞RNA测序	NA	细胞	NA
12707	2024-08-07	Transcriptomic and Proteomic Characterization of the Immune Response to Elective Spinal Reconstructive Surgery: Impact of Aging and Comparison with Traumatic Injury Response 2024-May-01, Journal of the American College of Surgeons IF:3.8Q1 DOI:10.1097/XCS.0000000000000922 PMID:38095316	研究论文	研究了选择性脊柱重建手术对不同年龄组患者的免疫反应的影响，并与创伤患者的反应进行了比较	首次详细比较了选择性脊柱重建手术与创伤在免疫反应上的差异，并探讨了年龄因素的影响	样本量较小，可能影响研究结果的普遍性	探讨选择性脊柱重建手术与创伤在免疫反应上的差异，并评估年龄对这些反应的影响	选择性脊柱重建手术患者和创伤患者	NA	NA	单细胞RNA测序，双平台蛋白质组分析	NA	血液样本	老年组5例，年轻组6例，创伤患者8例
12708	2024-08-07	Single-Cell RNA Sequencing Reveals an Immune Landscape of CD4+ T Cells in Coronary Culprit Plaques With Acute Coronary Syndrome in Humans-Brief Report 2024-May, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.123.320409 PMID:38572648	简报	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了急性冠状动脉综合征患者冠状动脉罪犯斑块中CD4+ T细胞的免疫景观	首次在单细胞水平上揭示了急性冠状动脉综合征患者中CD4+ T细胞的特征	样本量较小，仅包括4例慢性冠状动脉综合征和3例急性冠状动脉综合征患者	旨在通过单细胞RNA测序技术，分析T细胞在单细胞水平的特征，评估T细胞的克隆扩增，并寻找预防急性冠状动脉综合征的治疗靶点	急性冠状动脉综合征患者的冠状动脉罪犯斑块中的CD4+ T细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	4例慢性冠状动脉综合征和3例急性冠状动脉综合征患者的罪犯斑块样本
12709	2024-08-07	Identification of CNKSR1 as a biomarker for "cold" tumor microenvironment in lung adenocarcinoma: An integrative analysis based on a novel workflow 2024-Apr-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e29126 PMID:38628722	研究论文	本研究通过综合分析，将CNKSR1鉴定为免疫冷型肺腺癌的新型潜在生物标志物，并探讨了其在调节T细胞浸润中的作用。	本研究开发了一种新的策略来识别针对免疫冷肿瘤的抗PD1/PD-L1免疫治疗局限性的有希望的生物标志物，并首次将CNKSR1鉴定为免疫冷型肺腺癌的生物标志物。	NA	旨在识别对PD1/PD-L1免疫治疗无反应的肺腺癌患者的新型生物标志物，以扩大治疗选择。	肺腺癌（LUAD）患者的RNA-seq数据和临床样本。	数字病理学	肺腺癌	RNA-seq	机器学习方法	RNA-seq数据	使用了来自TCGA数据库的肺腺癌RNA-seq数据，并在三个独立的bulk数据集和一个scRNA-seq数据集中进行了验证。
12710	2024-08-04	scMoresDB: A comprehensive database of single-cell multi-omics data for human respiratory system 2024-Apr-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.109567 PMID:38617561	研究论文	本研究介绍了一个针对人类呼吸系统的单细胞多组学数据库平台 scMoresDB	scMoresDB 提供了一个用户友好的界面，具有跨组学搜索能力和交互式可视化工具	NA	创建一个方便的数据共享和综合分析的平台，专注于人类呼吸系统的单细胞多组学数据	人类呼吸系统相关的单细胞多组学数据	数字病理学	呼吸系统疾病	单细胞测序	NA	多组学数据	NA
12711	2024-08-04	[Dynamic trajectory and cell communication of different cell clusters in malignant progression of glioblastoma] 2024-Apr-18, Beijing da xue xue bao. Yi xue ban = Journal of Peking University. Health sciences PMID:38595234	研究论文	本研究深入探讨了胶质母细胞瘤恶性进展过程中的细胞亚群以及免疫细胞亚群之间的通信网络	该研究结合单细胞测序和临床信息，提供了对胶质母细胞瘤动态演变及潜在生物标志物的新见解	本研究未提及样本的地区或具体实验方法的局限性	探讨胶质母细胞瘤恶性进展中的细胞动态和识别关键风险生物标志物	胶质母细胞瘤患者的细胞亚群及免疫细胞亚群	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞测序	NA	细胞数据	27,151个细胞，包括低级别胶质瘤患者的3,881个细胞、新诊断胶质母细胞瘤患者的10,166个细胞以及复发胶质瘤患者的13,104个细胞
12712	2024-08-04	Spatial and single-cell explorations uncover prognostic significance and immunological functions of mitochondrial calcium uniporter in breast cancer 2024-Apr-17, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-024-03327-z PMID:38632642	研究论文	本研究探讨了线粒体钙单元蛋白（MCU）在乳腺癌中的预后意义和免疫功能	本研究首次将MCU作为乳腺癌的独立诊断生物标志物，并揭示其与临床状态和总体生存率的相关性	该研究的限制在于基于公共数据集，需进一步验证多个独立样本	研究MCU在乳腺癌临床病理、肿瘤免疫微环境及精准肿瘤学中的潜在作用	分析乳腺癌患者样本中MCU的表达与临床病理特征及预后的关系	数字病理学	乳腺癌	空间转录组学和单细胞RNA测序	NA	基因数据和生物信息学数据	59名乳腺癌患者样本
12713	2024-08-04	Single-cell transcriptomics dissects the transcriptome alterations of hematopoietic stem cells in myelodysplastic neoplasms 2024-Apr-17, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05165-z PMID:38632656	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了骨髓增生异常综合症(MDS)患者造血干细胞的转录组变化	首次通过单细胞RNA测序分析揭示了PLCB1在MDS转化为急性髓性白血病(AML)过程中的关键作用	未详细探讨其他可能影响MDS患者转化的分子机制	研究MDS患者造血干细胞转录组变化及其向急性白血病转化的机制	MDS患者的造血干细胞和祖细胞	数字病理学	骨髓增生异常综合症	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	MDS患者的造血干细胞数据
12714	2024-08-04	High-altitude hypoxia exposure inhibits erythrophagocytosis by inducing macrophage ferroptosis in the spleen 2024-Apr-17, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.87496 PMID:38629942	研究论文	该研究探讨了高海拔缺氧通过诱导脾脏巨噬细胞铁死亡抑制红细胞吞噬作用的机制	揭示了高海拔缺氧导致脾脏巨噬细胞铁死亡进而影响红细胞清除的机制	研究主要在小鼠模型中进行，可能无法完全反映人类的情况	研究高海拔多血症的机制及其影响	小鼠模型和体外脾脏巨噬细胞	数字病理学	高海拔多血症	单细胞测序	小鼠模型	生物样本	小鼠和人类外周血单核细胞
12715	2024-08-07	Characterization of gene regulatory networks underlying key properties in human hematopoietic stem cell ontogeny 2024-Apr-17, Cell regeneration (London, England) DOI:10.1186/s13619-024-00192-z PMID:38630195	研究论文	本研究分析了不同发育阶段人源造血干细胞/祖细胞（HSPCs）的单细胞转录组，并生成了与造血干细胞关键特性相关的高度共调控基因调控网络（GRNs）模块。	首次识别了控制淋巴潜能、自我更新及有氧呼吸等关键特性的基因调控网络和关键调控因子，并展示了这些调控因子在体外促进造血干细胞功能的能力。	NA	揭示造血干细胞发育过程中特性变化的内在机制，并为体外生成功能齐全的造血干细胞提供指导。	人源造血干细胞/祖细胞（HSPCs）在不同发育阶段的单细胞转录组。	基因调控	NA	单细胞转录组分析	基因调控网络（GRNs）	转录组数据	包括卵黄囊（YS）、AGM、胎肝（FL）、脐带血（UCB）和成人外周血动员的HSPCs等多个发育阶段的样本。
12716	2024-08-07	Improvement of immune dysregulation in individuals with long COVID at 24-months following SARS-CoV-2 infection 2024-Apr-17, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-47720-8 PMID:38632311	研究论文	本研究探讨了轻至中度长期COVID（LC）患者与年龄和性别匹配的恢复期COVID-19对照组（MC）在24个月内的体液和细胞免疫反应及与健康相关的生活质量指标	发现LC参与者在3个月时IgG水平升高，中和能力增强，以及特定CD4 T细胞和PD-1、TIM-3表达增加，但这些差异在24个月时不持续	研究仅关注了特定免疫标志物和细胞类型，未全面评估所有免疫相关指标	研究长期COVID患者的免疫反应及其与健康相关的生活质量随时间的变化	长期COVID患者和恢复期COVID-19患者的免疫反应和生活质量	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	免疫细胞数据	LC和MC参与者
12717	2024-08-04	Integration of single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq data to construct and validate a cancer-associated fibroblast-related prognostic signature for patients with ovarian cancer 2024-Apr-16, Journal of ovarian research IF:3.8Q1 DOI:10.1186/s13048-024-01399-z PMID:38627854	研究论文	建立了基于癌症相关成纤维细胞的卵巢癌预后风险特征	开发了一种基于CAF的风险特征，可以准确预测卵巢癌患者的预后	NA	基于癌症相关成纤维细胞建立卵巢癌患者的预后风险轮廓	卵巢癌患者的癌症相关成纤维细胞	数字病理学	卵巢癌	RNA-seq	Lasso回归	基因表达数据	使用了来自GEO和TCGA数据库的数据
12718	2024-08-07	Pan-cancer transcriptional atlas of minimal residual disease links DUSP1 to chemotherapy persistence 2024-Apr-16, Experimental hematology & oncology IF:9.4Q1 DOI:10.1186/s40164-024-00509-3 PMID:38627863	研究论文	本研究首次全面分析了多种癌症类型中的最小残留病（MRD），并揭示了DUSP1基因在MRD中的重要作用	首次全面分析了跨多种癌症类型的MRD，并发现了DUSP1基因在MRD中的广泛和显著富集	NA	全面理解化疗引起的改变，并识别预防和消除MRD的潜在靶点	多种癌症类型的最小残留病（MRD）	数字病理学	泛癌	RNA测序	NA	RNA序列数据	包括大量和单细胞RNA测序数据
12719	2024-08-04	Single-cell transcriptomics reveals activation of endothelial cell and identifies LHPP as a potential target in ulcerative colitis 2024-Apr-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e29163 PMID:38601522	研究论文	本研究探讨了单细胞转录组学在溃疡性结肠炎中的应用，并识别LHPP作为潜在的治疗靶点	首次通过单细胞RNA测序技术揭示LHPP在溃疡性结肠炎中表达的显著下调及其与STAT3表达水平的反向相关	本研究没有涉及LHPP在溃疡性结肠炎患者治疗中实际应用的实验验证	研究溃疡性结肠炎病理中的细胞动态和分子机制	从溃疡性结肠炎患者中分析的单细胞RNA测序数据	数字病理学	溃疡性结肠炎	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	研究涉及的样本数量和类型未明确说明
12720	2024-08-04	Cathepsin L promotes oesophageal squamous cell carcinoma development and may be associated with tumour-associated macrophages 2024-Apr-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e29273 PMID:38601581	研究论文	这篇文章探讨了Cathepsin L（CTSL）在食管鳞状细胞癌（ESCC）发展中的作用及其与肿瘤相关巨噬细胞的关系	本研究首次揭示了CTSL与食管鳞状细胞癌的关系，并确认其在免疫微环境中的重要性，特别是与M2型巨噬细胞的相互作用	尚未明确CTSL作为肿瘤基因在食管鳞状细胞癌中的确切机制	探索CTSL在食管鳞状细胞癌发展中的作用及其与免疫细胞的相互作用	研究对象包括CTSL表达与食管鳞状细胞癌的相关性及其在不同细胞类型中的表现	数字病理学	食管癌	全基因组关联研究（GWAS），单细胞测序	小鼠模型	基因表达数据，生物信息数据	使用了多种数据来源，如GEO，TCGA和GEPIA的数据，具体样本数量未注明