单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27435 篇文献，本页显示第 12641 - 12660 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 12641 | 2024-08-07 |
Identification of Potent siRNA Delivery Peptides Using Computer Modeling
2024-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202308345
PMID:38311577
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研究论文 | 本文通过计算机建模和单细胞RNA测序（scRNA-seq）的综合程序，筛选出理想的siRNA递送肽 | 开发了一种基于计算机建模和scRNA-seq的综合程序，用于筛选具有理想组装和递送能力的siRNA递送肽 | NA | 开发新的siRNA递送肽，用于RNA干扰（RNAi）疗法 | siRNA递送肽及其在体内的安全性和有效性 | 计算机建模 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 序列数据 | 包含12种氨基酸的肽库 |
| 12642 | 2024-08-07 |
Pericyte signaling via soluble guanylate cyclase shapes the vascular niche and microenvironment of tumors
2024-Apr, The EMBO journal
DOI:10.1038/s44318-024-00078-5
PMID:38528180
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了通过特定删除可溶性鸟苷酸环化酶（sGC）的NO受体，研究了周细胞如何影响肿瘤血管微环境和血管生态位 | 首次详细探讨了周细胞在肿瘤血管微环境中的作用，并提出针对周细胞sGC的治疗策略 | 研究主要集中在细胞和分子层面，未来需进一步在动物模型和临床试验中验证 | 阐明周细胞在肿瘤血管微环境中的作用，并探索新的癌症治疗策略 | 周细胞、内皮细胞、癌症相关成纤维细胞和肿瘤相关巨噬细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 12643 | 2024-08-07 |
Partial label learning for automated classification of single-cell transcriptomic profiles
2024-Apr, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1012006
PMID:38578796
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研究论文 | 本文研究了如何利用部分标签学习框架自动分类单细胞转录组数据，并探讨了标签集结构的整合效果 | 提出了利用部分标签学习框架，而不是完全监督的训练数据集，来分类单细胞转录组数据 | 文章未明确提及具体的局限性 | 旨在解决单细胞转录组数据的自动分类问题 | 单细胞转录组数据的分类及其细胞谱系关系的识别 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序（scRNASeq） | SVM, kNN, 基于原型的方法, 逻辑回归, 集成方法 | 转录组数据 | 文章未提供具体的样本数量 |
| 12644 | 2024-08-07 |
Calcified apoptotic vesicles from PROCR+ fibroblasts initiate heterotopic ossification
2024-Apr, Journal of extracellular vesicles
IF:15.5Q1
DOI:10.1002/jev2.12425
PMID:38594791
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研究论文 | 本文研究了异位骨化（HO）的异常形成过程，发现钙化的凋亡小体（apoVs）是HO的启动因子。 | 首次识别出PROCR+成纤维细胞分泌的钙化凋亡小体作为HO的启动因子，并提出其可能作为抑制病理性钙化的治疗靶点。 | NA | 探讨异位骨化的启动因子及其治疗靶点。 | 异位骨化过程中的钙化凋亡小体及其作用机制。 | NA | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 不同阶段的异位骨化样本 |
| 12645 | 2024-08-07 |
Cell Heterogeneity Analysis Revealed the Key Role of Fibroblasts in the Magnum Regression of Ducks
2024-Apr-01, Animals : an open access journal from MDPI
IF:2.7Q1
DOI:10.3390/ani14071072
PMID:38612311
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析了鸭子输卵管中段（magnum）在产蛋和停产后细胞异质性的变化 | 首次通过单细胞转录组测序揭示了鸭子输卵管中段在产蛋和停产后细胞异质性的差异，特别是涉及蛋白质分泌和细胞外基质（ECM）产生的成纤维细胞的变化 | 研究仅限于特定年龄的鸭子，且样本数量有限，可能需要进一步扩大样本范围以验证结果的普遍性 | 探究鸭子输卵管中段在产蛋和停产后分子机制的差异 | 鸭子输卵管中段的细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 13,708个单细胞样本 |
| 12646 | 2024-08-07 |
Integration analysis of single-cell transcriptome reveals specific monocyte subsets associated with melanoma brain and leptomeningeal metastasis
2024-Apr, Skin research and technology : official journal of International Society for Bioengineering and the Skin (ISBS) [and] International Society for Digital Imaging of Skin (ISDIS) [and] International Society for Skin Imaging (ISSI)
IF:2.0Q3
DOI:10.1111/srt.13710
PMID:38616506
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研究论文 | 本研究通过整合分析单细胞转录组数据，揭示了与黑色素瘤脑和软脑膜转移相关的特定单核细胞亚群 | 本研究首次详细分析了黑色素瘤脑转移和软脑膜转移中单核细胞亚群的组成和分子表达差异，并发现了与转移相关的特定单核细胞亚群 | NA | 阐明黑色素瘤中枢神经系统转移的病理机制，为开发针对单核细胞或细胞因子的治疗策略提供依据 | 黑色素瘤脑转移和软脑膜转移中的单核细胞亚群 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞转录组 | NA | 转录组数据 | 涉及血液、原发肿瘤、脑转移和软脑膜转移组织中的单核细胞 |
| 12647 | 2024-08-07 |
Effects of Regulating Hippo and Wnt on the Development and Fate Differentiation of Bovine Embryo
2024-Mar-31, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms25073912
PMID:38612721
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研究论文 | 本研究探讨了Hippo和Wnt信号通路激动剂LPA和抑制剂DKK1对牛胚胎体外发育的影响 | 研究首次揭示了LPA和DKK1在牛胚胎分化和胚胎妊娠建立中的作用，并通过单细胞RNA测序深入分析了其对胚胎发育的影响 | NA | 旨在提高辅助生殖技术的产出，通过调节Hippo和Wnt信号通路改善牛胚胎的体外发育 | 牛胚胎的体外发育及其细胞命运分化 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 1203个基因在对照组和LPA/DKK1处理组之间表现出差异表达 |
| 12648 | 2024-08-07 |
Identification and validation of the clinical prediction model and biomarkers based on chromatin regulators in colon cancer by integrated analysis of bulk- and single-cell RNA sequencing data
2024-Mar-31, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-23-1886
PMID:38617504
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研究论文 | 本研究通过综合分析大量和单细胞RNA测序数据，在结肠癌中识别并验证基于染色质调控因子的临床预测模型和生物标志物 | 首次综合利用大量和单细胞RNA测序数据，构建基于染色质调控因子的结肠癌预后模型，并探讨其在免疫反应和药物敏感性中的作用 | 研究主要基于TCGA和GEO数据库的数据，可能存在样本选择偏倚；单细胞数据分析仅限于探索CRs在细胞中的表达及其相互作用 | 寻找可用于临床诊断和治疗的染色质调控因子，并探讨其作为关键CRs的原因 | 结肠癌中的染色质调控因子及其在临床诊断和治疗中的应用 | 数字病理学 | 结肠癌 | RNA测序 | LASSO-Cox回归模型 | RNA测序数据 | 32个与肿瘤相关的染色质调控因子 |
| 12649 | 2024-08-04 |
Multi-Omics Profiling Reveals Phenotypic and Functional Heterogeneity of Neutrophils in COVID-19
2024-Mar-29, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms25073841
PMID:38612651
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研究论文 | 本研究探讨了COVID-19中中性粒细胞的表型和功能异质性 | 识别和验证了COVID-19中中性粒细胞的异质性，并分析了不同亚群的功能 | 关于中性粒细胞表型的可塑性及其在COVID-19发病机制中的相对影响尚未得到充分阐明 | 识别COVID-19中中性粒细胞的异质性，并评估其各亚群的功能 | 健康供体和COVID-19患者的中性粒细胞亚群 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序和大规模RNA测序 | NA | RNA-seq和蛋白质组数据 | 来自健康供体和COVID-19患者的多种样本 |
| 12650 | 2024-08-04 |
Temporal Single-Cell Sequencing Analysis Reveals That GPNMB-Expressing Macrophages Potentiate Muscle Regeneration
2024-Mar-28, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4108866/v1
PMID:38585871
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研究论文 | 这篇文章揭示了GPNMB表达的巨噬细胞在肌肉再生中的作用 | 研究首次提供了伤后巨噬细胞转录组图谱，并强调了GPNMB巨噬细胞亚群在再生过程中的关键角色 | 对巨噬细胞亚群的异质性和功能转变的理解仍不够全面 | 研究巨噬细胞在骨骼肌修复中的作用及其表型多样性 | 特定时间点的骨骼肌 Injury 诱导后的单细胞RNA测序结果 | 数字病理学 | 肌肉损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 12651 | 2024-08-04 |
Comprehensive Analysis of Lung Adenocarcinoma and Brain Metastasis through Integrated Single-Cell Transcriptomics
2024-Mar-28, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms25073779
PMID:38612588
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞转录组学分析肺腺癌及其脑转移的肿瘤微环境 | 探索了肺腺癌脑转移的肿瘤微环境特征及细胞间相互作用的具体机制 | 本研究仅使用公开数据集，可能存在数据偏倚或样本代表性的限制 | 深入理解肺腺癌脑转移的肿瘤微环境及其特性 | 肺腺癌脑转移（LUAD-BM）及其不同阶段的原发肿瘤 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 使用公开数据集中的多个样本，具体样本数量未提及 |
| 12652 | 2024-08-04 |
SEGCECO: Subgraph Embedding of Gene expression matrix for prediction of CEll-cell COmmunication
2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae160
PMID:38605638
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研究论文 | 本研究提出了一种名为SEGCECO的新方法，用于预测细胞间通信 | SEGCECO利用属性图卷积神经网络，从单细胞RNA-seq数据中预测细胞间通信，优于传统方法 | 高维和稀疏的单细胞RNA-seq数据使得将数据转化为图形格式变得困难，但我们通过SoptSC方法克服了这一限制 | 研究细胞间互动并提高对细胞通信的预测能力 | 来自人和小鼠胰腺组织的六个数据集 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 属性图卷积神经网络 | 数据集 | 六个数据集 |
| 12653 | 2024-08-04 |
stDiff: a diffusion model for imputing spatial transcriptomics through single-cell transcriptomics
2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae171
PMID:38628114
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研究论文 | stDiff是一种通过单细胞转录组学增强空间转录组学的扩散模型 | stDiff利用单细胞RNA测序数据中的基因表达丰度关系，通过条件扩散模型来提升空间转录组学的表现 | 目前未提及具体的局限性 | 研究旨在提升空间转录组学的补全方法 | 研究对象为空间转录组学数据和单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | NA | 扩散模型 | 条件扩散模型 | 转录组数据 | 16个数据集 |
| 12654 | 2024-08-04 |
Attention-guided variational graph autoencoders reveal heterogeneity in spatial transcriptomics
2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae173
PMID:38627939
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研究论文 | 本研究介绍了一种结合多头注意力块的变分图自编码器，用于揭示组织转录组中的异质性 | 提出了一种新颖的模型AttentionVGAE，通过整合切片图像、空间信息和基因表达，克服了传统方法中的局限 | 目前尚未解决的挑战是精确识别组织内的空间域 | 探索基因表达模式，以深入理解组织微环境中的功能 | 该研究对象为组织转录组和肿瘤异质性 | 数字病理学 | 肿瘤异质性 | 空间转录组技术 | 变分图自编码器 | 基因表达数据和切片图像 | NA |
| 12655 | 2024-08-04 |
Hierarchal single-cell lineage tracing reveals differential fate commitment of CD8 T-cell clones in response to acute infection
2024-Mar-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.21.586160
PMID:38585810
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA-seq和TCR-seq跟踪了急性病毒感染中内源性抗原特异性CD8 T细胞的命运承诺 | 本研究揭示了CD8 T细胞克隆在急性感染响应中表现出不同的命运承诺，并展示了具有不同TCR内在命运偏见的克隆的异质性 | 本研究未明确提到具体的局限性 | 阐明CD8 T细胞在急性感染中的分化过程和命运承诺 | 内源性抗原特异性CD8 T细胞及其克隆 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA-seq, TCR-seq | CARLIN模型 | 基因组数据 | NA |
| 12656 | 2024-08-07 |
Improving drug response prediction via integrating gene relationships with deep learning
2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae153
PMID:38600666
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研究论文 | 本研究提出了一种基于深度学习的框架DIPK，通过自监督技术整合基因相互作用关系、基因表达谱和分子拓扑结构，以提高药物反应预测的准确性和鲁棒性 | DIPK框架能够整合多种有价值的信息，包括基因相互作用关系，从而在药物反应预测中表现出优于现有方法的性能 | NA | 提高癌症细胞系药物反应预测的准确性，以推进个性化癌症治疗 | 癌症细胞系的药物反应预测 | 机器学习 | NA | 深度学习 | 深度神经网络 | 基因表达数据 | NA |
| 12657 | 2024-08-07 |
Topological and geometric analysis of cell states in single-cell transcriptomic data
2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae176
PMID:38632952
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scGeom的工具，该工具通过分析细胞和基因网络的几何和拓扑结构，利用多尺度和多维结构来解析单细胞转录组数据的复杂高维结构 | scGeom工具通过分析细胞和基因网络的曲率和持久同调，揭示了单细胞转录组数据中的多尺度和多维结构 | NA | 开发一种新的计算工具，以更好地解析单细胞转录组数据中的细胞状态和类型 | 单细胞转录组数据中的细胞状态和类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA |
| 12658 | 2024-08-07 |
Unveiling the Genetic Mechanism of Meat Color in Pigs through GWAS, Multi-Tissue, and Single-Cell Transcriptome Signatures Exploration
2024-Mar-26, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms25073682
PMID:38612491
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research paper | 本研究通过全基因组关联研究（GWAS）、多组织和单细胞转录组特征探索，揭示了猪肉颜色特性的遗传机制。 | 首次综合研究了猪肉颜色特性的遗传机制，并通过转录组关联研究（TWAS）分析了与肉色特性相关的候选基因表达。 | NA | 探索和分析猪肉颜色特性的遗传机制。 | 猪肉颜色特性及其遗传机制。 | NA | NA | GWAS, TWAS | NA | 基因组数据, 转录组数据 | 涉及五个肉色特性和具有不同肉色特征的猪品种。 |
| 12659 | 2024-08-04 |
PreTSA: computationally efficient modeling of temporal and spatial gene expression patterns
2024-Mar-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.20.585926
PMID:38585819
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研究论文 | 本文提出PreTSA，一种高效的基因表达模式建模方法 | PreTSA在大规模单细胞和空间转录组数据中实现了计算效率显著提升 | NA | 研究大型数据集中基因表达模式 | 包括数百万个细胞的单细胞和空间转录组数据 | 数字病理学 | NA | 转录组学 | NA | 单细胞和空间转录组数据 | 数百万个细胞 |
| 12660 | 2024-08-04 |
Molecular architecture of primate specific neural circuit formation
2024-Mar-22, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4082064/v1
PMID:38562839
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研究论文 | 本研究分析了豚鼠皮层发育过程中的基因表达动态，揭示了灵长类特有神经回路形成的分子机制 | 首次应用空间转录组学技术识别灵长类发展中的轴突引导分子，并发现其在皮层不同区域具有独特的时空表达模式 | 研究仅限于豚鼠皮层，可能无法完全代表其他灵长类或人类的大脑发育机制 | 旨在理解灵长类特定神经回路形成的分子机制 | 豚鼠皮层发育过程中的基因表达变化 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 具体样本数量未提及，但关注了豚鼠皮层的多个关键区域和时间点 |