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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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12581 | 2024-12-06 |
Molecular characterization and sub-retinal transplantation of hypoimmunogenic human retinal sheets in a minipig model of severe photoreceptor degeneration
2024-Dec-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.203071
PMID:39633598
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研究论文 | 研究使用低免疫原性的人类视网膜片在小型猪模型中进行亚视网膜移植,以治疗严重的光感受器退化 | 利用低免疫原性的诱导多能干细胞生成自发极化的视网膜片,并通过单细胞RNA测序分析其发育过程 | 移植的视网膜片在功能上仍处于不成熟阶段,且研究样本量较小 | 开发治疗视网膜退行性疾病的新方法 | 视网膜片及其在光感受器退化模型中的移植效果 | 数字病理学 | 视网膜退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及一只移植的小型猪 | NA | NA | NA | NA |
12582 | 2024-12-06 |
A Roadmap for Selecting and Utilizing Optimal Features in scRNA Sequencing Data Analysis for Stem Cell Research: A Comprehensive Review
2024-Nov-30, International journal of stem cells
IF:2.5Q3
DOI:10.15283/ijsc23170
PMID:38531607
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术在干细胞研究中的应用,并讨论了选择和利用最佳特征的路线图 | 本文提供了对scRNA-seq分析工具的详细概述和分类,基于对2,733篇科学出版物的回顾 | NA | 为使用scRNA-seq研究干细胞的生物信息学家和生物学家提供实用建议 | 干细胞及其产生的细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 2,733篇科学出版物和1,400种分析工具 | NA | NA | NA | NA |
12583 | 2024-12-06 |
An integrative single-cell atlas for exploring the cellular and temporal specificity of genes related to neurological disorders during human brain development
2024-Oct, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-024-01328-6
PMID:39363111
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研究论文 | 本文通过整合多个单细胞RNA测序数据集,构建了一个全面的人类大脑发育单细胞图谱,揭示了与神经系统疾病相关的基因在不同发育阶段的表达模式 | 本文首次整合了多个单细胞RNA测序数据集,构建了一个全面的人类大脑发育单细胞图谱,揭示了与神经系统疾病相关的基因在不同发育阶段的表达模式 | 本文主要依赖于单细胞RNA测序数据,可能无法全面反映基因表达的复杂性 | 揭示与神经系统疾病相关的基因在人类大脑发育过程中的细胞和时间特异性 | 人类大脑发育过程中的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 393,060个单细胞 | NA | NA | NA | NA |
12584 | 2024-12-06 |
Single-cell transcriptomic analysis reveals dynamic activation of cellular signaling pathways regulating beige adipogenesis
2024-Oct, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-024-01252-9
PMID:39465352
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研究论文 | 研究通过单细胞转录组分析揭示了调节米色脂肪生成的细胞信号通路的动态激活 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了PDGFRA+细胞在米色脂肪生成过程中的分子异质性,并发现了DPP4+细胞在饮食诱导肥胖中的潜在作用 | 研究仅限于小鼠模型,且样本量较小 | 阐明脂肪干细胞在米色脂肪生成中的分子异质性及其在饮食诱导肥胖中的作用 | PDGFRA+细胞及其在米色脂肪生成中的分子机制 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 小鼠的腹股沟白色脂肪组织(iWAT)样本 | NA | NA | NA | NA |
12585 | 2024-12-06 |
Single-cell RNA sequencing facilitates the elucidation of the complete biosynthesis of the antidepressant hyperforin in St. John's wort
2024-09-02, Molecular plant
IF:17.1Q1
DOI:10.1016/j.molp.2024.08.003
PMID:39135343
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了贯叶连翘中抗抑郁药物金丝桃素的完整生物合成途径 | 首次通过单细胞RNA测序技术识别出“Hyper细胞”,并鉴定出四种跨膜法尼基转移酶(HpPT1-4),完成了金丝桃素生物合成途径的完整重建 | NA | 揭示贯叶连翘中金丝桃素的完整生物合成途径 | 贯叶连翘中的金丝桃素生物合成 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 1.54 Gb的四倍体贯叶连翘基因组,组装成32条染色体 | NA | NA | NA | NA |
12586 | 2024-12-06 |
Learning Consistency and Specificity of Cells From Single-Cell Multi-Omic Data
2024-05, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2024.3370868
PMID:38709615
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研究论文 | 提出了一种基于自表示学习的多组学数据整合聚类算法sLMIC,用于整合单细胞表观基因组和转录组数据,提取细胞的一致性和特异性特征 | 提出了sLMIC算法,通过构建多层网络去除组学数据的异质性,并利用低秩和互斥约束分离细胞的自表示特征,明确表征组学数据的一致性和多样性 | 未提及 | 解决单细胞多组学数据整合分析中的异质性、复杂耦合和可解释性问题 | 单细胞表观基因组和转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、单细胞DNA甲基化测序、单细胞ATAC测序(scATAC-seq) | 自表示学习模型 | 多组学数据 | 13个来自不同生物体和组织的多组学单细胞数据集 | NA | NA | NA | NA |
12587 | 2024-12-06 |
Machine learning-informed liquid-liquid phase separation for personalized breast cancer treatment assessment
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1485123
PMID:39628476
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研究论文 | 本文开发了一种基于机器学习的液-液相分离(MDLS)模型,用于提高乳腺癌患者的预后准确性和个性化治疗策略 | 本文创新性地结合了多组学数据和机器学习算法,构建了一个具有高预测能力的MDLS模型,用于乳腺癌的个性化治疗评估 | NA | 开发一种新的机器学习模型,以提高乳腺癌患者的预后准确性和个性化治疗策略 | 乳腺癌患者及其分子机制 | 机器学习 | 乳腺癌 | 机器学习算法 | MDLS模型 | 多组学和单细胞数据 | 9723名乳腺癌患者 | NA | NA | NA | NA |
12588 | 2024-12-06 |
Co-inhibition of PGF and VEGFA enhances the effectiveness of immunotherapy in bladder cancer
2024, International journal of medical sciences
IF:3.2Q1
DOI:10.7150/ijms.100957
PMID:39628692
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研究论文 | 研究探讨了在膀胱癌中联合抑制PGF和VEGFA对免疫治疗效果的增强作用 | 首次发现联合抑制PGF和VEGFA能够显著增强PD-1抑制剂在膀胱癌中的治疗效果 | 研究主要基于细胞和小鼠模型,尚未在人体中验证 | 探索在膀胱癌中抑制血管生成和免疫检查点阻断联合治疗的有效策略 | 膀胱癌细胞和血管生成相关分子 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 使用了膀胱癌细胞系MBT2和人类脐静脉内皮细胞(HUVECs) | NA | NA | NA | NA |
12589 | 2024-12-06 |
APOE4 impairs myelination via cholesterol dysregulation in oligodendrocytes
2022-11, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-022-05439-w
PMID:36385529
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研究论文 | 研究探讨了APOE4基因对人类大脑的影响,特别是通过胆固醇稳态失调影响少突胶质细胞的髓鞘形成 | 首次通过单细胞转录组学分析揭示了APOE4对人类大脑所有细胞类型的广泛基因表达变化,并建立了APOE4、胆固醇、髓鞘形成和记忆之间的功能联系 | 研究主要基于死后人脑样本和诱导多能干细胞衍生的细胞,可能存在样本量和实验条件的限制 | 深入了解APOE4基因对人类大脑的影响,特别是其对髓鞘形成和记忆的影响,为阿尔茨海默病的治疗提供新的机会 | APOE4基因携带者和非携带者的死后人脑样本,诱导多能干细胞衍生的细胞,以及靶向替换小鼠 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞转录组学分析,组织学和脂质组学分析 | NA | 基因表达数据,组织学和脂质组学数据 | 死后人脑样本,诱导多能干细胞衍生的细胞,靶向替换小鼠 | NA | NA | NA | NA |
12590 | 2024-12-06 |
3D chromatin maps of the human pancreas reveal lineage-specific regulatory architecture of T2D risk
2022-09-06, Cell metabolism
IF:27.7Q1
DOI:10.1016/j.cmet.2022.08.014
PMID:36070683
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研究论文 | 研究通过生成人类胰腺腺泡细胞、α细胞和β细胞的单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序和高分辨率Hi-C数据,揭示了T2D风险的细胞类型特异性调控架构 | 首次利用3D染色质组织图谱揭示了胰腺不同细胞类型在T2D风险中的特异性调控机制 | 研究主要集中在胰腺细胞类型,未涵盖其他可能影响T2D的细胞类型 | 理解糖尿病风险的细胞类型特异性调控架构 | 人类胰腺的腺泡细胞、α细胞和β细胞 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序、高分辨率Hi-C | NA | 基因组数据 | 4,750个潜在的因果变异-目标基因对,涉及194个T2D GWAS信号 | NA | NA | NA | NA |
12591 | 2024-12-06 |
Severe COVID-19 patients display hyper-activated NK cells and NK cell-platelet aggregates
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.861251
PMID:36275702
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研究论文 | 研究分析了COVID-19患者血液中自然杀伤细胞(NK细胞)的表型和活性,发现严重COVID-19患者显示出超激活的NK细胞和NK细胞-血小板聚集体 | 首次揭示了严重COVID-19患者中NK细胞的超激活状态及其与血小板形成的聚集体,为理解SARS-CoV-2的抗病毒免疫和疾病病理提供了新的视角 | 研究样本主要集中在住院患者,未涵盖轻症或无症状患者,可能影响结果的普适性 | 探讨COVID-19患者中NK细胞的表型变化及其在疾病病理中的作用 | COVID-19患者的NK细胞及其与血小板的相互作用 | 免疫学 | COVID-19 | 流式细胞术、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、细胞毒性杀伤实验 | NA | 血液样本 | 包括住院的COVID-19患者、重症COVID-19患者和出院六周后的COVID-19患者 | NA | NA | NA | NA |
12592 | 2024-12-06 |
Single-cell RNA sequencing of blood antigen-presenting cells in severe COVID-19 reveals multi-process defects in antiviral immunity
2021-05, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-021-00681-2
PMID:33972731
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术分析了重症COVID-19患者血液抗原呈递细胞的免疫缺陷 | 揭示了重症COVID-19患者抗原呈递细胞中抗病毒免疫防御的多重缺陷机制 | 研究样本量较小,仅包括15名患者和4名健康对照 | 探讨重症COVID-19患者抗原呈递细胞的免疫缺陷机制 | 重症COVID-19患者的血液抗原呈递细胞 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 15名重症COVID-19患者和4名健康对照 | NA | NA | NA | NA |
12593 | 2024-12-05 |
Endothelial Angpt2 Promotes Adipocyte Progenitor Cells Maturation to Increase Visceral Adipose Tissue Accumulation
2025-Jan, Diabetes/metabolism research and reviews
DOI:10.1002/dmrr.70012
PMID:39628006
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研究论文 | 研究探讨了内皮细胞Angpt2在促进脂肪前体细胞成熟和内脏脂肪组织积累中的作用 | 揭示了JAK1/STAT3信号通路激活下内皮细胞分泌的Angpt2通过整合素-α5β1信号促进脂肪前体细胞从MSLN表型向CFD表型转变,从而促进内脏脂肪组织积累的新机制 | 研究样本量较小,且仅限于肥胖和糖尿病患者,可能影响结果的普适性 | 探究内脏脂肪组织积累的具体机制 | 内脏脂肪组织、内皮细胞、脂肪前体细胞 | NA | 肥胖 | 单细胞RNA测序(scRNAseq)、PCR、WB、免疫荧光染色、流式细胞术 | NA | 基因表达数据 | 13个内脏脂肪组织样本,来自5名肥胖和糖尿病患者、9名肥胖患者和1名正常BMI个体 | NA | NA | NA | NA |
12594 | 2024-12-05 |
Artesunate remarkably alleviates interstitial cystitis/bladder pain syndrome in a murine model: Novel molecular signature deciphered by bulk tissue and single-cell transcriptomic analysis
2024-Dec-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202401909R
PMID:39620925
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研究论文 | 研究了青蒿琥酯在减轻小鼠间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征中的作用,并通过bulk组织和单细胞转录组分析揭示了新的分子特征 | 首次使用单细胞RNA测序探索间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征小鼠模型的免疫微环境,并研究青蒿琥酯治疗的可能分子机制 | 需要进一步研究以确认青蒿琥酯在间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征患者中的效果 | 探索更有效的间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征治疗方法 | 小鼠间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征模型 | NA | 泌尿系统疾病 | 单细胞转录组分析 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
12595 | 2024-12-05 |
Tumor-Associated Microglia Secrete Extracellular ATP to Support Glioblastoma Progression
2024-Dec-02, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-0018
PMID:39618248
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研究论文 | 研究揭示了肿瘤相关小胶质细胞通过分泌胞外ATP促进胶质母细胞瘤进展的机制 | 首次发现肿瘤相关小胶质细胞在胶质母细胞瘤微环境中通过增加ATP合成酶表达和氧化磷酸化活性,分泌胞外ATP,激活P2X7受体,促进肿瘤细胞增殖和侵袭 | 研究主要基于体外和体内模型,缺乏临床试验验证 | 探讨肿瘤相关小胶质细胞在胶质母细胞瘤进展中的作用机制 | 胶质母细胞瘤患者样本、体外和体内模型 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | RNA测序 | NA | RNA | 胶质母细胞瘤患者样本 | NA | NA | NA | NA |
12596 | 2024-12-05 |
Spatial transcriptomics deciphers the immunosuppressive microenvironment in colorectal cancer with tumour thrombus
2024-Dec, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70112
PMID:39617739
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
12597 | 2024-12-05 |
Modeling metabolic-associated steatohepatitis with human pluripotent stem cell-derived liver organoids
2024-Dec-01, Hepatology communications
IF:5.6Q1
DOI:10.1097/HC9.0000000000000585
PMID:39621053
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研究论文 | 研究使用人类多能干细胞衍生的肝脏类器官模型来模拟代谢相关脂肪性肝炎(MASH) | 本研究改进了现有的肝脏类器官模型,通过详细分子特征分析和功能验证,提供了一个更精确的MASH疾病模型 | 研究中使用的类器官模型仍需进一步优化,以完全模拟人类MASH的复杂性 | 开发和验证一个改进的肝脏类器官模型,用于研究代谢相关脂肪性肝炎(MASH)的发病机制和治疗方法 | 人类多能干细胞衍生的肝脏类器官,以及MASH的分子和功能特征 | 数字病理学 | 肝脏疾病 | RNA测序(RNA-seq),单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
12598 | 2024-12-05 |
Gonadal sex reversal at single-cell resolution in Znrf3-deficient mice
2024-Dec-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.202707
PMID:39629665
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研究论文 | 研究了Znrf3缺陷小鼠在性决定期单细胞分辨率下的性逆转现象 | 使用单细胞RNA测序技术揭示了Znrf3缺陷小鼠性逆转的转录组和细胞异质性 | NA | 进一步研究Znrf3缺陷小鼠的性逆转现象 | Znrf3缺陷小鼠的性腺 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | 机器学习 | 转录组 | XY Znrf3缺陷小鼠的性腺细胞 | NA | NA | NA | NA |
12599 | 2024-12-05 |
Microarray integrated spatial transcriptomics (MIST) for affordable and robust digital pathology
2024-Nov-30, NPJ systems biology and applications
IF:3.5Q1
DOI:10.1038/s41540-024-00462-1
PMID:39616155
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研究论文 | 提出了一种名为MIST的新型空间转录组学方法,结合了传统的组织微阵列与Visium技术,通过激光切割和3D打印提高载玻片通量,旨在降低成本并提高数字病理学的鲁棒性 | MIST方法通过结合组织微阵列与Visium技术,利用激光切割和3D打印技术,显著提高了载玻片通量,降低了成本,并提供了独立复制和定制化的能力 | NA | 开发一种成本效益高且鲁棒性强的空间转录组学方法,以解决现有方法高成本和样本使用限制的问题 | 空间转录组学技术及其在数字病理学中的应用 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学、激光切割、3D打印 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
12600 | 2024-12-05 |
SenMayo transcriptomic senescence panel highlights glial cells in the ageing mouse and human retina
2024-Nov-30, npj aging
IF:4.1Q2
DOI:10.1038/s41514-024-00187-9
PMID:39616175
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研究论文 | 研究使用SenMayo转录组衰老面板分析了不同年龄小鼠和人类视网膜中的衰老细胞,特别是胶质细胞 | 首次将SenMayo基因面板应用于视网膜衰老细胞的鉴定,并比较了不同年龄小鼠和人类视网膜胶质细胞的转录组特征 | 研究主要集中在视网膜胶质细胞,未涵盖其他类型的细胞 | 鉴定中枢神经系统和视网膜中的衰老细胞,并分析其转录组特征 | 不同年龄小鼠和人类的视网膜胶质细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 不同年龄的小鼠和人类视网膜样本 | NA | NA | NA | NA |