单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1241	2025-04-25	IL-12/IL23 blockade reveals patterns of asynchronous inflammation in pyoderma gangrenosum 2024-Apr-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.26.591387 PMID:38746177	research paper	本研究探讨了IL-12/IL-23阻断在坏疽性脓皮病(PG)中的免疫调节作用及其对炎症模式的影响	首次描述了PG病变皮肤中B细胞的主要浸润和三级淋巴结构的形成，并揭示了IL-12/IL-23阻断对不同炎症通路的异质性影响	研究样本量较小(仅2名患者)，且未阐明B细胞在PG耐药性中的具体作用机制	阐明PG的免疫失调机制及IL-12/IL-23阻断对病变皮肤的影响	坏疽性脓皮病患者的病变皮肤组织	免疫学	坏疽性脓皮病	空间转录组学，比较计算分析	NA	转录组数据	2名患者的病变皮肤活检样本(治疗前后)
1242	2025-04-25	Multi-organ single-cell RNA sequencing in mice reveals early hyperglycemia responses that converge on fibroblast dysregulation 2024-02-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202302003R PMID:38305779	研究论文	通过小鼠多器官单细胞RNA测序研究高血糖早期反应，揭示成纤维细胞失调的共性机制	首次在单细胞分辨率下进行多器官分析，揭示1型糖尿病早期高血糖引起的跨器官成纤维细胞保守性失调模式	研究仅使用雄性小鼠模型且观察时间限于8周，未涵盖性别差异和疾病晚期阶段	解析高血糖驱动的糖尿病并发症早期分子机制	链脲佐菌素诱导的1型糖尿病雄性小鼠模型的心脏、肾脏、肝脏和脾脏细胞	单细胞组学	糖尿病	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	67,611个细胞（来自糖尿病和对照组小鼠的四个器官）
1243	2025-04-25	Single cell spatial transcriptomics reveals distinct patterns of dysregulation in non-neuronal and neuronal cells induced by the Trem2R47H Alzheimer's risk gene mutation 2023-Dec-07, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3656139/v1 PMID:38106071	research paper	该研究通过单细胞空间转录组学技术，探究了Trem2R47H突变对阿尔茨海默病风险基因在非神经元和神经元细胞中引起的转录失调模式	首次在单细胞水平上揭示了Trem2R47H突变独立于淀粉样蛋白病理引起的神经元转录变化，并发现了该突变对BDNF信号通路的特异性影响	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究Trem2R47H突变对阿尔茨海默病相关细胞类型特异性转录调控的影响	小鼠脑组织切片（野生型、Trem2R47H突变型、5xFAD模型及双突变模型）	digital pathology	geriatric disease	MERFISH空间转录组学	NA	空间转录组数据	15个小鼠脑切片样本
1244	2025-04-25	The Histone Methyltransferase SETDB2 Modulates Tissue Inhibitors of Metalloproteinase-Matrix Metalloproteinase Activity During Abdominal Aortic Aneurysm Development 2023-09-01, Annals of surgery IF:7.5Q1 DOI:10.1097/SLA.0000000000005963 PMID:37325923	研究论文	本研究探讨了组蛋白甲基转移酶SETDB2在腹主动脉瘤(AAA)发展过程中对金属蛋白酶组织抑制剂-基质金属蛋白酶活性的调控作用	首次揭示了SETDB2通过调控TIMP1-3基因启动子上的组蛋白H3K9三甲基化标记来影响AAA发展的分子机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	阐明巨噬细胞特异性表观遗传酶在AAA发展中的作用机制	人类主动脉组织样本和髓系特异性SETDB2缺陷小鼠模型	表观遗传学	心血管疾病	单细胞RNA测序	髓系特异性基因敲除小鼠模型	基因表达数据	人类AAA组织样本和小鼠模型
1245	2025-04-25	Macrophage-mediated PDGF Activation Correlates With Regenerative Outcomes Following Musculoskeletal Trauma 2023-08-01, Annals of surgery IF:7.5Q1 DOI:10.1097/SLA.0000000000005704 PMID:36111847	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，识别了与肌肉骨骼损伤后再生或纤维化愈合相关的巨噬细胞亚群和基因特征	发现了两种纤维化样和三种再生样巨噬细胞亚群，并揭示了这些亚群在转录水平上的差异，以及它们在损伤后微环境调控中的作用	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	识别与肌肉骨骼损伤后不同愈合结果相关的巨噬细胞亚群和分子机制	小鼠肌肉骨骼损伤模型中的巨噬细胞亚群	生物医学	肌肉骨骼损伤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), Harmony, MacSpectrum, Seurat	NA	基因表达数据	多种肌肉骨骼损伤小鼠模型(包括再生性和纤维化模型)
1246	2025-04-24	Construction and validation of renal cell carcinoma tumor cell differentiation-related prognostic classification (RCC-TCDC): an integrated bioinformatic analysis and clinical study 2025-Dec, Annals of medicine IF:4.9Q1 DOI:10.1080/07853890.2025.2490830 PMID:40248945	研究论文	该研究构建并验证了一个基于肾细胞癌肿瘤细胞分化相关预后基因的分子分类系统RCC-TCDC	首次整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，开发了基于肿瘤细胞分化特征的肾细胞癌预后分类系统	研究样本量有限，需要更大规模的外部验证	开发基于肿瘤细胞分化特征的肾细胞癌分子分类系统以实现精准风险分层和个体化治疗	肾细胞癌患者	生物信息学	肾细胞癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 免疫组化染色	Lasso回归, 多变量预后模型	基因表达数据	TCGA-KIRC队列和新华队列370例肾肿瘤患者
1247	2025-04-24	Mitigating ambient RNA and doublets effects on single cell transcriptomics analysis in cancer research 2025-Jun-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217693 PMID:40185305	research paper	该论文探讨了在癌症研究中单细胞转录组学分析中环境RNA和双联体效应的问题，并提出了几种计算方法来缓解这些问题	提出使用计算方法如SoupX、DecontX和CellBender来评估和消除环境RNA污染，其中CellBender采用深度学习技术同时处理环境RNA污染和背景噪声	未提及具体方法的比较或在实际应用中的局限性	旨在提高单细胞转录组学数据的质量，以更准确地描述肿瘤微环境	单细胞转录组学数据	digital pathology	cancer	scRNA-seq	deep learning	gene expression profiles	NA
1248	2025-04-24	Apigenin inhibits recurrent bladder cancer progression by targeting VEGF-β 2025-Jun-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217676 PMID:40185304	研究论文	研究芹菜素通过靶向VEGF-β抑制复发性膀胱癌的进展	首次发现芹菜素通过靶向VEGF-β抑制膀胱癌进展，并揭示了VEGF-β在复发性膀胱癌中的上调及其与肿瘤恶性程度的相关性	研究主要基于体外实验，缺乏体内实验验证	探讨芹菜素抑制复发性膀胱癌进展的分子机制	复发性膀胱癌	癌症研究	膀胱癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、分子对接、体外实验	NA	基因表达数据、体外实验数据	NA
1249	2025-04-24	Single-cell transcriptomic analysis identifies tissue-specific fibroblasts as the main modulators of myeloid cells in peritoneal metastasis of different origin 2025-Jun-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217678 PMID:40154914	研究论文	通过单细胞转录组分析，识别了不同来源腹膜转移中组织特异性成纤维细胞作为髓系细胞的主要调节者	发现了一种新型成纤维细胞亚群，仅在CRC腹膜转移和正常腹膜中检测到，并展示了其免疫调节特性	研究样本可能不足以代表所有腹膜转移情况，且体外共培养实验可能无法完全模拟体内微环境	探究CRC腹膜转移微环境中不同细胞类型间的相互作用	CRC腹膜转移患者和CRC患者的肿瘤及远处正常组织	数字病理	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	CRC腹膜转移患者和CRC患者的肿瘤及远处正常组织样本
1250	2025-04-24	Exploring OLR1-mediated inflammatory mechanisms in the hematoma microenvironment of acute intracerebral hemorrhage 2025-May-07, Neuroscience IF:2.9Q2 DOI:10.1016/j.neuroscience.2025.03.035 PMID:40113072	研究论文	本研究探讨了氧化低密度脂蛋白受体1（OLR1）在急性脑出血血肿微环境中的作用及其对免疫反应和疾病进展的影响	首次全面分析了OLR1在脑出血血肿微环境中的表达及其与单核细胞和巨噬细胞活性的相关性，提出了OLR1作为生物标志物和治疗靶点的潜力	研究主要基于生物信息学分析和实验室验证，缺乏临床干预实验验证治疗效果	探索OLR1在脑出血病理机制中的作用，为开发新的治疗策略提供依据	脑出血患者的血肿微环境、外周血和脑组织样本	生物信息学	脑出血	生物信息学分析、scRNA-seq、qRT-PCR	NA	基因表达数据	来自GEO数据库的多个数据集，包括外周血、脑组织和血肿样本
1251	2025-04-24	Using Single-Cell RNA sequencing with Drosophila, Zebrafish, and mouse models for studying Alzheimer's and Parkinson's disease 2025-May-07, Neuroscience IF:2.9Q2 DOI:10.1016/j.neuroscience.2025.03.042 PMID:40154937	综述	本文综述了利用果蝇、斑马鱼和小鼠模型以及单细胞RNA测序技术研究阿尔茨海默病和帕金森病的优势和局限性	重点讨论了单细胞RNA测序技术如何通过提供疾病细胞和转录组特征的新见解革新该领域	未提及具体实验数据或样本量的限制	推进阿尔茨海默病和帕金森病的研究，以加速成功治疗干预的开发	果蝇、斑马鱼和小鼠模型	数字病理学	阿尔茨海默病和帕金森病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
1252	2025-04-24	Single-cell RNA sequencing and functional analysis reveal the role of altered glycosylation levels of hepatic macrophages in liver cirrhosis 2025-May, Journal of gastroenterology IF:6.9Q1 DOI:10.1007/s00535-025-02218-y PMID:39888412	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和功能分析，揭示了肝巨噬细胞糖基化水平改变在肝硬化中的作用	首次在单细胞水平上分析了肝硬化中糖基化相关基因的变化及其功能通路富集特征，并揭示了巨噬细胞在免疫调控中的核心作用	研究样本量有限，且未进行体内功能验证实验	探究肝硬化中糖基化修饰对免疫细胞行为的影响	肝硬化患者和健康对照者的肝组织样本	digital pathology	liver cirrhosis	single-cell RNA sequencing	NA	RNA-seq data	肝硬化患者和健康对照者的肝组织样本（具体数量未提及）
1253	2025-04-24	Maternal COVID-19 infection associated with offspring neurodevelopmental disorders 2025-May, Molecular psychiatry IF:9.6Q1 DOI:10.1038/s41380-024-02822-z PMID:39521839	research paper	该研究探讨了孕期母体COVID-19感染与后代神经发育障碍（NDDs）风险增加之间的关联及其潜在机制	揭示了COVID-19感染通过改变母体和胎儿免疫环境平衡，影响星形胶质细胞、内皮细胞和兴奋性神经元，从而增加后代NDDs风险的机制，并建立了基于47个独特基因的风险评分模型	潜在机制尚未完全阐明，且研究样本量未明确说明	探究孕期母体COVID-19感染与后代神经发育障碍的因果关系及分子机制	孕期感染COVID-19的母亲及其后代	医学研究	COVID-19, 神经发育障碍	单细胞转录组测序, 基于汇总数据的孟德尔随机化分析, 全表型关联研究	风险评分模型	转录组数据	NA
1254	2025-04-24	A Single-Cell Atlas Revealed Altered B Cells and Neutrophils Immune Signatures and Inflammatory Responses in SFTSV Infection 2025-May, Journal of medical virology IF:6.8Q1 DOI:10.1002/jmv.70354 PMID:40263930	research paper	该研究通过单细胞转录组测序技术，揭示了SFTSV感染期间B细胞和中性粒细胞的免疫特征及炎症反应的改变	首次在单细胞水平上描绘了SFTSV感染的免疫图谱，特别关注了B细胞和中性粒细胞的免疫特征变化	研究仅基于住院患者的PBMCs样本，可能无法完全反映体内所有免疫细胞的变化	探究SFTSV感染的免疫病理机制及其对免疫细胞的影响	SFTSV感染患者的PBMCs样本	免疫学	SFTSV感染	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	住院SFTSV感染患者的PBMCs样本（具体数量未提及）
1255	2025-04-24	RFX3 is essential for the generation of functional human pancreatic islets from stem cells 2025-Apr-23, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-025-06424-4 PMID:40263183	research paper	该研究探讨了调控因子X3（RFX3）在人类胰岛发育中的功能，使用诱导多能干细胞（iPSCs）衍生的胰岛类器官进行研究	首次揭示了RFX3在人类胰岛细胞分化中的关键作用及其对EC规范的抑制作用	研究主要基于体外模型，未涉及体内验证	研究RFX3在人类胰岛发育中的功能	人类胰岛类器官	干细胞研究	糖尿病	CRISPR/Cas9, RNA-seq, 单细胞RNA-seq	RFX3敲除和过表达模型	基因表达数据	iPSC衍生的胰岛类器官
1256	2025-04-24	Single-cell transcriptomic data reveal the cellular heterogeneity of glutamine metabolism in gastric premalignant lesions and early gastric cancer 2025-Apr-23, Acta biochimica et biophysica Sinica IF:3.3Q1 DOI:10.3724/abbs.2025061 PMID:40264416	研究论文	本研究通过单细胞转录组数据揭示了胃前病变和早期胃癌中谷氨酰胺代谢的细胞异质性	首次在单细胞水平上系统分析了胃前病变和早期胃癌中的谷氨酰胺代谢特征，并鉴定出ERO1LB作为关键调控因子	样本量相对有限（22511个细胞），且仅聚焦于慢性萎缩性胃炎和早期胃癌病变	探究胃前病变和早期胃癌中谷氨酰胺代谢的细胞异质性及其在胃癌发生中的作用	慢性萎缩性胃炎(CAG)和早期胃癌(EGC)病变中的细胞	癌症代谢	胃癌	单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	22511个来自胃前病变和早期恶性病变的细胞
1257	2025-04-24	Immune checkpoint inhibitor-associated pneumonitis: focus on diagnosis and underlying mechanisms 2025-Apr-23, Current opinion in pulmonary medicine IF:2.8Q2 DOI:10.1097/MCP.0000000000001175 PMID:40265506	review	本文综述了免疫检查点抑制剂（ICI）相关肺炎的诊断、风险因素和治疗策略，特别关注其潜在的病理生理机制	通过单细胞RNA测序和生物标志物（如自身抗体）的鉴定，更新了对ICI相关肺炎的理解，揭示了细胞介导和体液机制在病理生理中的作用	尽管皮质类固醇是一线治疗，但类固醇难治性肺炎仍然常见且死亡率高，治疗策略仍需改进	提供ICI相关肺炎的最新研究进展，以指导靶向治疗和未来研究方向	免疫检查点抑制剂（ICI）相关肺炎	NA	lung cancer	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
1258	2025-04-24	CXCR4-targeted sensitive magnetic particle imaging for abdominal aortic aneurysm early detection and prognosis evaluation by recognizing total inflammatory cells 2025-Apr-22, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae255 PMID:39658102	research paper	本研究通过单细胞测序识别CXCR4作为腹主动脉瘤（AAA）炎症的有效标记物，并开发了靶向CXCR4的多模态成像探针，用于AAA的早期检测和预后评估	利用CXCR4作为标记物开发了新型Fe3O4-anti-CXCR4-PE探针，实现了腹主动脉瘤的多模态成像（MPI/FLI）和早期诊断	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	开发腹主动脉瘤的早期检测和预后评估新方法	腹主动脉瘤（AAA）小鼠模型和人类主动脉瘤单细胞测序数据	digital pathology	cardiovascular disease	scRNAseq, MPI, FLI	mouse model	imaging data, sequencing data	人类主动脉瘤数据集GSE155468和GSE166676，以及AAA小鼠模型
1259	2025-04-24	NEDDylation regulates CD8+ T cell metabolism and anti-tumor immunity 2025-Apr-22, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0127 PMID:40261130	研究论文	本文研究了NEDDylation在CD8+ T细胞介导的抗肿瘤免疫中的作用	揭示了NEDDylation作为CD8+ T细胞代谢和抗肿瘤免疫的关键调节机制	未探讨NEDDylation在其他免疫细胞类型中的作用	阐明NEDDylation在抗肿瘤免疫中的具体作用机制	CD8+ T细胞	免疫学	癌症	单细胞RNA测序、LC MS/MS蛋白质组学分析	NA	RNA测序数据、蛋白质组数据	小鼠和人类CD8+ T细胞
1260	2025-04-24	Mechanistic Insights into Hippo-YAP Pathway Activation for Enhanced DFU Healing 2025-Apr-22, American journal of physiology. Cell physiology DOI:10.1152/ajpcell.01067.2024 PMID:40261295	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序技术，探讨了TFAP2A-LIFR-Hippo-YAP信号轴在调控巨噬细胞M2极化及其在糖尿病足溃疡(DFU)伤口愈合中的关键作用	揭示了TFAP2A在DFU中的新型免疫调节作用，并提供了治疗慢性糖尿病伤口的有潜力的治疗靶点	NA	探讨TFAP2A-LIFR-Hippo-YAP信号轴在调控巨噬细胞M2极化及其在DFU伤口愈合中的作用	糖尿病足溃疡(DFU)样本中的免疫细胞，特别是巨噬细胞	生物医学研究	糖尿病足溃疡	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序	NA	RNA测序数据	NA