单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1241	2025-04-20	Fast analysis of Spatial Transcriptomics (FaST): an ultra lightweight and fast pipeline for the analysis of high resolution spatial transcriptomics 2025-Jun, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaf044 PMID:40248491	研究论文	本文介绍了一种名为FaST的超轻量快速分析管道，用于处理高分辨率空间转录组数据	FaST管道能够在标准多核工作站上快速处理大量测序数据，且无需依赖H&E染色或其他成像程序指导细胞分割	尽管可以与成像引导的细胞分割软件集成，但当前版本主要依赖spateo-release包进行RNA分割	开发高效分析高分辨率空间转录组数据的计算工具	空间转录组数据集	生物信息学	NA	空间转录组测序	NA	测序数据	超过5亿条reads的数据集
1242	2025-04-20	SciGeneX: enhancing transcriptional analysis through gene module detection in single-cell and spatial transcriptomics data 2025-Jun, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaf043 PMID:40248490	research paper	介绍了一个名为SciGeneX的R包，用于通过基因模块检测增强单细胞和空间转录组数据的转录分析	提出了一种基于邻域分析和图分割方法生成共表达基因模块的新方法，能够揭示罕见和新颖的细胞群体	NA	增强单细胞和空间转录组数据的转录分析，以更准确地理解细胞异质性	单细胞RNA测序和空间转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学	图分割方法	转录组数据	人工和实验数据集，包括人类胸腺空间转录组数据
1243	2025-04-20	Heterogeneity of the tumor immune cell microenvironment revealed by single-cell sequencing in head and neck cancer 2025-May, Critical reviews in oncology/hematology DOI:10.1016/j.critrevonc.2025.104677 PMID:40023465	research paper	该研究通过单细胞测序技术揭示头颈癌肿瘤免疫微环境中细胞的异质性	利用单细胞测序技术深入分析头颈癌肿瘤免疫微环境的异质性，为治疗靶点和预后因素提供新见解	未提及具体样本量或实验设计的详细限制	探讨头颈癌肿瘤免疫微环境异质性及其对疾病发生发展的影响	头颈癌患者的肿瘤免疫微环境细胞	digital pathology	head and neck cancer	single-cell sequencing (SCS)	NA	gene expression data	NA
1244	2025-04-20	Comprehensive characterization of T cell subtypes in lung adenocarcinoma: Prognostic, predictive, and therapeutic implications 2025-May, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102332 PMID:40184717	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和机器学习算法，开发了一个与T细胞相关的预后标志物，用于预测肺腺癌患者的临床结果和免疫治疗反应	利用单细胞RNA测序和10种机器学习算法整合多个数据集，开发了一个新的预后标志物，并发现了CPA3基因在CD4+ T细胞中的重要作用	研究主要基于公共数据集，缺乏独立的前瞻性队列验证	开发肺腺癌的预后标志物并探索T细胞亚型在肿瘤免疫中的作用	肺腺癌患者和T细胞亚型	数字病理	肺癌	单细胞RNA测序, 机器学习	Lasso + PLSRcox	RNA测序数据	来自TCGA、GSE31210、GSE50081和GSE68465数据集的肺腺癌样本
1245	2025-04-19	Single-Cell Transcriptomics Revealed E-Cigarettes-Induced Vascular Remodeling by Enhancing Tcf21 Expression 2025-May, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.70183 PMID:40248042	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
1246	2025-04-20	Cancer stem cells-derived exosomal TSPAN8 enhances non-stem cancer cells stemness and promotes malignant progression in PDAC 2025-Apr-18, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03412-1 PMID:40251391	研究论文	该研究揭示了胰腺导管腺癌（PDAC）中癌症干细胞（CSC）通过分泌富含TSPAN8的外泌体，激活Sonic Hedgehog信号通路，增强非干细胞癌细胞（NSCC）的干性，从而促进PDAC的恶性进展	首次发现CSC分泌的富含TSPAN8的外泌体通过Hh信号通路增强NSCC干性，揭示了PDAC恶性进展的新机制	未探讨TSPAN8外泌体在其他癌症类型中的作用，临床转化潜力需进一步验证	阐明PDAC中CSC通过外泌体介导的细胞间通讯机制及其在肿瘤进展中的作用	胰腺导管腺癌（PDAC）中的癌症干细胞（CSC）和非干细胞癌细胞（NSCC）	肿瘤生物学	胰腺癌	单细胞RNA测序、外泌体分析	NA	RNA测序数据、外泌体蛋白数据	未明确说明样本量（PDAC患者组织样本及细胞系）
1247	2025-04-20	Safety and feasibility of 4-1BB co-stimulated CD19-specific CAR-NK cell therapy in refractory/relapsed large B cell lymphoma: a phase 1 trial 2025-Apr-18, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-025-00940-3 PMID:40251398	research paper	该研究评估了4-1BB共刺激的CD19特异性CAR-NK细胞疗法在难治性/复发性大B细胞淋巴瘤患者中的安全性和可行性	首次在临床试验中展示了CD19-BBz CAR-NK细胞的治疗潜力，并揭示了与疗效相关的分子特征和免疫细胞互作网络	样本量较小（8例患者），且缺乏长期随访数据	评估CAR-NK细胞疗法在B细胞淋巴瘤中的安全性和疗效	难治性/复发性大B细胞淋巴瘤患者	癌症免疫治疗	大B细胞淋巴瘤	单细胞RNA测序，慢病毒载体转导	CAR-NK细胞疗法	临床数据，单细胞转录组数据	8例患者
1248	2025-04-20	Polarity-guided uneven mitotic divisions control brassinosteroid activity in proliferating plant root cells 2025-Apr-17, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.02.011 PMID:40068682	研究论文	该研究通过整合单细胞RNA测序和长期活细胞成像技术，揭示了拟南芥根细胞中油菜素内酯活性在细胞周期中的波动及其调控机制	发现油菜素内酯活性在细胞周期中的波动模式，以及母细胞极性引导的不均等有丝分裂对激素活性的调控作用	研究仅针对拟南芥根细胞，其他植物组织或物种中的情况尚不清楚	探究油菜素内酯在植物增殖组织中的功能及其调控机制	拟南芥根分生组织细胞	植物分子生物学	NA	单细胞RNA测序、长期活细胞成像	NA	基因表达数据、细胞成像数据	NA
1249	2025-04-20	Simultaneous CRISPR screening and spatial transcriptomics reveal intracellular, intercellular, and functional transcriptional circuits 2025-Apr-17, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.02.012 PMID:40081369	research paper	本文介绍了一种结合成像空间转录组学和并行光学检测引导RNA的方法Perturb-FISH，用于研究细胞内的分子通路	Perturb-FISH方法首次将高度多路复用的单细胞转录组读数与光学筛选结合，揭示了细胞内、细胞间以及功能转录回路	NA	研究细胞内、细胞间以及功能转录回路的遗传和分子关联	培养的单核细胞、三维异种移植模型、人类诱导多能干细胞(hIPSC)星形胶质细胞	分子生物学	自闭症谱系障碍	Perturb-FISH, 单细胞RNA测序(Perturb-seq)	NA	转录组数据	NA
1250	2025-04-20	Fibroblast derived C3 promotes the progression of experimental periodontitis through macrophage M1 polarization and osteoclast differentiation 2025-Apr-17, International journal of oral science IF:10.8Q1 DOI:10.1038/s41368-025-00361-z PMID:40240339	research paper	该研究揭示了成纤维细胞来源的C3通过促进巨噬细胞M1极化和破骨细胞分化在实验性牙周炎进展中的关键作用	首次明确了牙周炎中C3的主要来源及其通过C3a促进巨噬细胞M1极化和破骨细胞分化的机制	研究主要基于小鼠模型和单细胞测序数据，临床转化应用仍需进一步验证	探究牙周炎中C3的来源、作用及其分子机制	小鼠模型和人类牙周炎患者的牙周组织	分子病理学	牙周炎	单细胞测序	NA	基因表达数据	小鼠模型和人类患者牙周组织样本
1251	2025-04-20	Molecular features and diagnostic modeling of synovium- and IPFP-derived OA macrophages in the inflammatory microenvironment via scRNA-seq and machine learning 2025-Apr-17, Journal of orthopaedic surgery and research IF:2.8Q1 DOI:10.1186/s13018-025-05793-1 PMID:40247403	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和机器学习，探讨了骨关节炎（OA）中巨噬细胞的功能及其临床意义	识别了OA患者中升高的巨噬细胞亚群，并开发了基于四个基因的OAMGS诊断评分	研究样本量有限，且需要进一步验证OAMGS评分的临床应用价值	研究OA中巨噬细胞的功能及其在炎症和纤维化中的作用	正常和OA患者的滑膜和IPFP组织	digital pathology	osteoarthritis	scRNA-seq, RT-qPCR, immunofluorescence staining, machine learning	machine learning algorithms	RNA-seq data, gene expression data	正常和OA患者的样本，具体数量未明确说明
1252	2025-04-20	Integrated analysis of scRNA-seq and bulk RNA-seq data identifies BHLHE40 as a key gene in pancreatic cancer progression and gemcitabine resistance 2025-Apr-17, Seminars in oncology IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.seminoncol.2025.152338 PMID:40250076	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据分析，鉴定出BHLHE40作为胰腺癌进展和吉西他滨耐药的关键基因	首次将BHLHE40与胰腺癌的恶性进展、吉西他滨耐药及免疫抑制性肿瘤微环境特征联系起来，并揭示了其通过SAT1调控的转录轴促进化疗耐药的机制	研究主要基于公共数据集分析，缺乏实验验证数据	探究胰腺导管腺癌(PDAC)进展和化疗耐药的分子机制，寻找新的治疗靶点	胰腺导管腺癌(PDAC)患者样本数据	生物信息学	胰腺癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq, ChIP-seq, 多组学分析	NA	基因表达数据	公共数据集(TCGA和GEO)中的PDAC样本
1253	2025-04-20	Explainable modeling of single-cell perturbation data using attention and sparse dictionary learning 2025-Apr-16, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101245 PMID:40187352	研究论文	提出了一种名为CellCap的深度生成模型，用于单细胞扰动数据的端到端分析	结合稀疏字典学习和注意力机制，解析细胞状态特异性扰动响应，提高模型可解释性	未提及具体数据规模限制或计算资源需求	探索单细胞转录组学数据中细胞状态与扰动响应之间的关系	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞转录组测序	深度生成模型（结合稀疏字典学习和注意力机制）	单细胞转录组数据	两个真实单细胞扰动数据集及多个模拟场景
1254	2025-04-20	Clinical significance and immune infiltration analyses of the coagulation factor V gene in brain lower grade glioma 2025-Apr-16, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02124-y PMID:40237931	研究论文	本研究探讨了凝血因子V（FV）在低级别胶质瘤（LGG）中的临床意义及其与肿瘤免疫浸润的关系	首次在泛癌分析中揭示了FV的表达与预后关系，并发现hsa-miR-665是LGG中最具潜力的FV上游miRNA	研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证	评估FV在LGG中的预后价值和治疗潜力	低级别胶质瘤（LGG）患者	数字病理学	脑胶质瘤	单细胞RNA测序、生物信息学分析	NA	RNA表达数据、DNA甲基化数据	TCGA和GTEx数据库中的泛癌数据及LGG组织样本
1255	2025-04-20	Inflammatory conditions shape phenotypic and functional characteristics of lung-resident memory T cells in mice 2025-Apr-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58931-y PMID:40240341	research paper	本研究比较了腺病毒载体疫苗和H1N1感染在小鼠中诱导的肺组织驻留记忆T细胞（T）的表型和功能特征	通过单细胞RNA测序揭示了疫苗诱导和H1N1感染诱导的T细胞在转录组和细胞毒性潜力上的差异	研究仅限于BALB/c小鼠模型，未涉及其他动物或人类样本	探究炎症条件如何影响肺组织驻留记忆T细胞的表型和功能特征，以优化黏膜疫苗	BALB/c小鼠的肺组织驻留记忆T细胞	免疫学	流感	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	BALB/c小鼠
1256	2025-04-20	PDT-regulated immune gene prognostic model reveals tumor microenvironment in colorectal cancer liver metastases 2025-Apr-16, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-97667-z PMID:40240471	研究论文	通过构建PDT调控的免疫基因预后模型，揭示结直肠癌肝转移的肿瘤微环境	构建了一个基于免疫调节的预后模型，能够预测结直肠癌肝转移患者的临床反应，并发现PDT对关键基因的调控作用	模型的应用范围和临床转化潜力需要进一步验证	揭示结直肠癌肝转移的关键基因并构建预后模型	结直肠癌肝转移患者	数字病理学	结直肠癌	WGCNA, 单细胞测序, 甲基化测序, 突变分析	基因预后模型	基因表达数据, 甲基化数据, 突变数据, 单细胞测序数据	NA
1257	2025-04-20	Multiple machine learning algorithms identified SLC6A8 as a diagnostic biomarker of the late stage of Hepatocellular carcinoma 2025-Apr-16, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02351-3 PMID:40240560	研究论文	本研究通过整合多个数据集和机器学习算法，识别出SLC6A8作为肝细胞癌（HCC）晚期的诊断生物标志物，并探讨了其在免疫细胞浸润中的关联	使用多种机器学习算法（LASSO-LR/SVM-RFE/RF-Boruta）识别SLC6A8作为HCC晚期的诊断生物标志物，并通过单细胞转录组数据进一步验证其表达	研究基于已发表的数据集，可能受限于数据的质量和样本量	识别HCC早期诊断的关键基因，并研究早期和晚期HCC在免疫细胞浸润上的差异	肝细胞癌（HCC）患者	机器学习和生物信息学	肝细胞癌	机器学习算法（LASSO-LR/SVM-RFE/RF-Boruta）、GSEA、ImmuCellAI算法、单细胞转录组分析	LASSO-LR, SVM-RFE, RF-Boruta	基因表达数据、单细胞转录组数据	整合了两个已发表的数据集，具体样本量未明确说明
1258	2025-04-20	Integrating bulk, single-cell, and spatial transcriptomics to identify and functionally validate novel targets to enhance immunotherapy in NSCLC 2025-Apr-16, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00893-x PMID:40240582	研究论文	通过整合大量、单细胞和空间转录组数据，识别并功能验证了增强非小细胞肺癌（NSCLC）免疫治疗的新靶点	提出了一个结合坏死性凋亡和自噬基因的多基因标志物CCDI，用于NSCLC患者的生存预后分层和免疫治疗反应预测	研究样本量相对较小，仅验证了12对NSCLC肿瘤和正常组织	识别和验证增强NSCLC免疫治疗的新靶点	非小细胞肺癌（NSCLC）	生物信息学	肺癌	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	转录组数据	12对NSCLC肿瘤和正常组织，5个单细胞RNA测序数据集和2个空间转录组数据集
1259	2025-04-20	Targeting LHPP in neoadjuvant chemotherapy resistance of gastric cancer: insights from single-cell and multi-omics data on tumor immune microenvironment and stemness characteristics 2025-Apr-16, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07614-z PMID:40240758	研究论文	本研究通过单细胞和多组学数据分析，揭示了LHPP在胃癌新辅助化疗耐药性中的关键作用及其对肿瘤免疫微环境和干细胞特性的调控机制	首次发现LHPP通过调节GSK-3β磷酸化抑制胃癌干细胞特性和化疗耐药性，并开发了新型干细胞-免疫风险评分系统	研究主要基于TCGA数据库和有限临床样本(141例)，需要更大规模临床验证	探究胃癌新辅助化疗耐药的分子机制并寻找潜在治疗靶点	胃癌患者肿瘤组织(TCGA 375例 + 临床样本141例)	肿瘤基因组学	胃癌	单细胞测序、多组学分析	NA	基因组数据、转录组数据、临床数据	TCGA数据库375例胃癌样本 + 141例临床样本
1260	2025-04-20	Deciphering the heterogeneity of epithelial cells in pancreatic ductal adenocarcinoma: implications for metastasis and immune evasion 2025-Apr-16, World journal of surgical oncology IF:2.5Q1 DOI:10.1186/s12957-025-03793-3 PMID:40240899	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术解析胰腺导管腺癌(PDAC)中上皮细胞的异质性及其在肿瘤进展、转移和免疫抑制中的作用	首次在单细胞水平系统揭示了PDAC上皮细胞亚群的异质性特征，发现KLF6等关键基因与免疫调节和转移的关联	研究仅基于两个公开数据集，缺乏实验验证环节	探究PDAC上皮细胞异质性对肿瘤生物学行为的影响	胰腺导管腺癌(PDAC)患者的上皮细胞	肿瘤基因组学	胰腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 拷贝数变异(CNV)分析, 轨迹分析	Harmony整合算法, CellChat细胞通讯分析平台	单细胞转录组数据	两个公共数据集(GSE154778和GSE158356)