单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1241	2025-05-14	Dissecting multilayer cell-cell communications with signaling feedback loops from spatial transcriptomics data 2025-May-12, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279857.124 PMID:40262896	研究论文	本文提出了一种名为stMLnet的方法，用于从空间转录组数据中解析多层细胞间通讯及信号反馈环路	stMLnet方法首次整合了空间信息和多层信号调控机制，以识别空间转录组数据中的多层细胞间通讯及信号反馈环路	NA	开发一种能够整合空间信息和复杂信号机制的方法，以推断功能性细胞间通讯	空间转录组数据中的多层细胞间通讯及信号反馈环路	空间转录组学	COVID-19感染的肺组织	seqFISH+, Slide-seq v2, MERFISH, Stereo-seq	stMLnet	空间转录组数据	多种空间分辨率和基因覆盖率的ST数据
1242	2025-05-14	A Machine Learning-Based Strategy Predicts Selective and Synergistic Drug Combinations for Relapsed Acute Myeloid Leukemia 2025-May-12, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-3840 PMID:40354625	research paper	该研究开发了一种基于机器学习的策略，用于预测复发/难治性急性髓系白血病（AML）患者的个性化药物组合	利用单细胞转录组学和单药反应谱数据，通过机器学习优先考虑最有前景的药物组合，针对治疗耐药的白血病细胞进行个性化治疗	初步实验仅在临床试验样本中进行，需要进一步验证	提高复发/难治性急性髓系白血病患者的治疗效果	复发/难治性急性髓系白血病（AML）患者	machine learning	acute myeloid leukemia	single-cell transcriptomics	machine learning	transcriptomics data, drug response profiles	primary patient samples from clinical trials
1243	2025-05-14	Inhibition of DOCK1 suppresses Notch signalling pathway and impairs leukaemogenesis 2025-May-12, British journal of haematology IF:5.1Q1 DOI:10.1111/bjh.20140 PMID:40355246	研究论文	本研究探讨了DOCK1在急性髓系白血病(AML)中的临床和致病作用，并验证了其作为治疗靶点的潜力	首次揭示了DOCK1在AML中的病理作用及其通过Notch信号通路促进白血病发生的机制	研究主要基于细胞系和小鼠模型，临床样本数量有限(341例)	探究DOCK1在AML发生发展中的作用及其分子机制	急性髓系白血病(AML)患者样本、细胞系、异种移植模型和Dock1条件性敲除小鼠	肿瘤生物学	急性髓系白血病	转录组分析、单细胞RNA测序	Dock1条件性敲除小鼠模型	基因表达数据、临床数据	341例新发非M3型AML患者样本、细胞系和小鼠模型
1244	2025-05-14	STCC enhances spatial domain detection through consensus clustering of spatial transcriptomics data 2025-May-12, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.280031.124 PMID:40355284	research paper	提出了一种名为STCC的新型共识聚类框架，用于整合多种空间转录组学数据分析工具的结果，以提高空间域检测的准确性和稳定性	开发了STCC框架，通过多种共识策略（如Onehot-based、average-based、hypergraph-based和wNMF-based方法）整合现有工具的结果，显著提高了空间域检测的准确性和稳定性	未明确提及具体局限性，但可能包括对不同实验平台和数据类型的适应性有待进一步验证	提高空间转录组学数据中空间域检测的准确性和稳定性	空间转录组学数据	空间转录组学	NA	共识聚类策略（Onehot-based、average-based、hypergraph-based、wNMF-based）	NA	空间转录组学数据	模拟数据和真实数据（未明确提及具体样本数量）
1245	2025-05-14	Simultaneous single-cell sequencing of RNA and DNA at scale with DEFND-seq 2025-May-12, Nature reviews. Genetics DOI:10.1038/s41576-025-00853-y PMID:40355601	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
1246	2025-05-14	Upregulation of YY1/EZH2 and MLH1 as Therapeutic Targets for Adult T-Cell Leukemia/Lymphoma 2025-May-12, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.70095 PMID:40355804	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了YY1/EZH2和MLH1在成人T细胞白血病/淋巴瘤（ATLL）中的调控作用，并探讨了其作为治疗靶点的潜力	首次在ATLL中鉴定出YY1/EZH2表观遗传调控轴，并发现MLH1的下调与YY1/EZH2抑制相关，为治疗侵袭性ATLL提供了新策略	研究主要基于体外实验和有限的患者样本，需要更大规模的临床研究验证这些发现	探索ATLL的表观遗传调控机制并寻找新的治疗靶点	成人T细胞白血病/淋巴瘤（ATLL）细胞	肿瘤生物学	白血病/淋巴瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、计算机启动子分析（in silico promoter analysis）	NA	RNA测序数据、流式细胞数据	原发性ATLL细胞和ATLL细胞系
1247	2025-05-14	Anti-Müllerian hormone signalling sustains circadian homeostasis in zebrafish 2025-May-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59528-1 PMID:40348785	研究论文	该研究揭示了抗穆勒氏管激素（Amh）信号在维持斑马鱼昼夜节律稳态中的重要作用	首次发现Amh信号通路通过激活Smad1/5/9磷酸化来调控昼夜节律基因表达，揭示了新的激素信号通路在昼夜节律稳态中的作用	研究仅基于斑马鱼模型，尚未在高等生物中验证	探索维持昼夜节律稳态的关键信号通路	斑马鱼的昼夜节律系统	生物节律研究	NA	基因敲除、单细胞转录组分析	斑马鱼模型	基因表达数据、行为数据	NA
1248	2025-05-14	scMINER: a mutual information-based framework for clustering and hidden driver inference from single-cell transcriptomics data 2025-May-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59620-6 PMID:40341143	研究论文	介绍了一个基于互信息的框架scMINER，用于单细胞转录组数据的聚类和隐藏驱动因子推断	scMINER在细胞聚类和网络推断方面表现出更高的准确性，特别是在区分密切相关的细胞群和揭示关键转录因子驱动因子方面优于现有方法	NA	解决单细胞转录组数据由于固有的随机性和稀疏性带来的聚类和网络推断挑战	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞转录组测序	互信息框架	单细胞转录组数据	NA
1249	2025-05-14	Patient-derived models of UBA5-associated encephalopathy identify defects in neurodevelopment and highlight potential therapeutic avenues 2025-May-07, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adn8417 PMID:40333994	研究论文	本研究开发了患者来源的皮质类器官模型，用于研究UBA5相关脑病的神经发育缺陷及潜在治疗途径	首次建立了人类神经元模型研究UBA5致病变异的细胞和分子后果，并评估了两种潜在治疗方式	研究仅基于两名患者的样本，样本量较小	研究UBA5相关脑病的神经发育缺陷及潜在治疗方法	UBA5相关脑病患者来源的皮质类器官	神经科学	脑病	单细胞RNA测序、CRISPRa、SINEUP	皮质类器官模型	RNA测序数据	两名患者的皮质类器官
1250	2025-05-14	Extended culture of 2D gastruloids to model human mesoderm development 2025-May-07, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02669-4 PMID:40335707	research paper	该研究扩展了2D胃泌素样体的培养时间，以模拟人类中胚层发育	发现了在2至4天期间高度可重复的形态发生阶段，并揭示了中胚层分化和形态发生的空间组织	NA	研究人类中胚层发育的模型	人类多能干细胞衍生的2D胃泌素样体	干细胞研究	NA	单细胞转录组学	2D胃泌素样体模型	转录组数据	NA
1251	2025-05-14	A retinoic acid:YAP1 signaling axis controls atrial lineage commitment 2025-May-07, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115687 PMID:40343798	research paper	该研究揭示了视黄酸（RA）与YAP1信号轴在心脏祖细胞（CPCs）中调控心房谱系基因表达和心房细胞命运决定的机制	发现了Hippo效应子YAP1和TEAD4与心房转录因子增强子网络的整合，以及YAP1在CPCs中激活RA增强子的新功能	研究主要基于人类胚胎干细胞（hESC）和小鼠模型，尚未在更复杂的生理系统中验证	阐明视黄酸信号在心脏祖细胞中诱导心房谱系分化的分子机制	心脏祖细胞（CPCs）、人类胚胎干细胞（hESC）和小鼠胚胎	发育生物学	心血管疾病	scRNA-seq和snATAC-seq	hESC-derived CPCs和小鼠胚胎模型	基因组学和转录组学数据	未明确说明样本数量，涉及hESC来源的CPCs和小鼠胚胎
1252	2025-05-14	Proximal Tubule Cells Contribute to the Thin Descending Limb of the Loop of Henle during Mouse Kidney Development 2025-May-06, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1 DOI:10.1681/ASN.0000000721 PMID:40327839	研究论文	本研究通过整合小鼠肾脏发育的单细胞RNA测序数据，揭示了近端小管细胞在肾单位薄壁降支形成中的作用，并发现转录因子Hnf4a对此过程的关键调控	首次证实近端小管细胞可发育为薄壁降支细胞，并揭示Hnf4a转录因子在调控这一过程中的重要作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类肾脏发育中验证	探究肾单位薄壁降支细胞的发育起源及其调控机制	小鼠肾脏发育过程中的近端小管细胞和薄壁降支细胞	发育生物学	肾脏疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、谱系追踪	小鼠模型	基因表达数据	整合多个非突变发育小鼠肾脏数据集
1253	2025-05-14	Huoxue Tongluo tablet enhances atherosclerosis efferocytosis by promoting the differentiation of Trem2+ macrophages via PPARγ signaling pathway 2025-May, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156579 PMID:40068297	研究论文	本研究探讨了活血通络片通过PPARγ信号通路促进Trem2+巨噬细胞分化，从而增强动脉粥样硬化中巨噬细胞的胞葬作用	首次揭示了活血通络片对巨噬细胞亚群的调控作用及其促进胞葬活性的机制	研究主要基于动物模型，未涉及人体临床试验	评估活血通络片在单细胞水平上治疗动脉粥样硬化的效果和机制	ApoE⁻/⁻小鼠和巨噬细胞	心血管疾病	动脉粥样硬化	UPLC-MS/MS，单细胞测序，免疫组化，qPCR，流式细胞术，免疫荧光染色，Western blotting	动物模型	转录组数据，蛋白质表达数据	ApoE⁻/⁻小鼠（具体数量未提及）
1254	2025-05-14	Irreversible electroporation combined with PD-L1/IL-6 dual blockade promotes anti-tumor immunity via cDC2/CD4+T cell axis in MHC-I deficient pancreatic cancer 2025-May-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217620 PMID:40068706	research paper	研究探讨了不可逆电穿孔（IRE）联合PD-L1/IL-6双阻断如何通过cDC2/CD4+T细胞轴在MHC-I缺陷型胰腺癌中促进抗肿瘤免疫	揭示了IRE疗法后PD-L1阻断激活cDC2-CD4T细胞轴的机制，并提出PD-L1/IL-6双阻断联合消融治疗作为MHC-I缺陷型肿瘤的新治疗策略	研究主要基于临床样本和小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探究MHC-I缺陷型胰腺癌中CD4T细胞的补偿性免疫反应机制及增强抗肿瘤免疫的新方法	胰腺导管腺癌（PDAC）患者样本和小鼠模型	肿瘤免疫学	胰腺癌	scRNA-seq, 流式细胞术	小鼠模型	基因表达数据, 流式细胞数据	临床样本和小鼠模型（具体数量未明确说明）
1255	2025-05-14	UBE2C mediates follicular thyroid carcinoma invasion and metastasis via K29-Specific vimentin ubiquitination 2025-May-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217624 PMID:40074069	研究论文	本研究揭示了UBE2C通过K29特异性波形蛋白泛素化在滤泡性甲状腺癌(FTC)侵袭和转移中的双重功能	首次阐明UBE2C在FTC中通过K29特异性波形蛋白泛素化调控肿瘤进展的分子机制，并发现其在不同肿瘤微环境中的双相作用	动物模型中UBE2C敲除导致的转移促进效应需要进一步机制研究	探究UBE2C在滤泡性甲状腺癌进展中的具体作用机制	滤泡性甲状腺癌细胞及动物模型	肿瘤分子生物学	甲状腺癌	单细胞RNA测序，泛素化分析	动物模型	基因表达数据	未明确说明样本数量
1256	2025-05-14	Single-cell and spatial analyses reveal the effect of VSIG4+S100A10+TAMs on the immunosuppression of glioblastoma and anti-PD-1 immunotherapy 2025-May, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.142415 PMID:40127797	研究论文	本研究通过单细胞和空间分析揭示了VSIG4+S100A10+TAMs对胶质母细胞瘤免疫抑制和抗PD-1免疫治疗的影响	首次证明VSIG4S100A10TAM是胶质母细胞瘤预后不良的独立指标，并在抗PD-1免疫治疗无反应患者中显著积累	研究样本量较小（16例患者样本），可能影响结果的普遍性	探索巨噬细胞对胶质母细胞瘤免疫治疗疗效的影响	胶质母细胞瘤相关巨噬细胞（TAMs）	数字病理学	胶质母细胞瘤	bulk RNA-seq, scRNA-seq, 空间转录组学, 流式细胞术, 多重免疫荧光	NA	RNA-seq数据, 单细胞数据, 空间转录组数据	16例患者样本
1257	2025-05-14	Pitaya stem polysaccharide promotes wound healing by modulating macrophage polarization via single-cell RNA sequencing evidence 2025-May, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.142653 PMID:40158567	研究论文	研究火龙果茎多糖（PSP）通过调节巨噬细胞极化促进伤口愈合的作用	首次利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术分析PSP对巨噬细胞极化的影响，揭示了PSP诱导M2巨噬细胞极化的独特转录特征	未提及样本量大小及具体实验设计细节	探究PSP通过调控巨噬细胞M2/M1极化促进伤口愈合的机制	巨噬细胞极化及皮肤伤口愈合过程	生物医学	皮肤创伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
1258	2025-05-14	Inborn errors of immunity underlie clonal T cell expansions in large granular lymphocyte leukemia 2025-May-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI184431 PMID:40309770	research paper	该研究探讨了先天性免疫缺陷（IEI）在T细胞大颗粒淋巴细胞白血病（T-LGLL）中的作用，揭示了免疫缺陷特征与克隆性T细胞扩增之间的关联	首次在T-LGLL患者中发现高比例的先天性免疫缺陷基因变异，揭示了免疫缺陷与克隆性T细胞扩增之间的潜在机制	样本量相对有限（92例患者），且未对所有发现的基因变异进行功能验证	研究T-LGLL中克隆性T细胞扩增的潜在免疫缺陷基础	92例T-LGLL患者及其临床实验室数据	血液肿瘤学	T细胞大颗粒淋巴细胞白血病	全外显子测序、单细胞RNA测序、TCR测序	NA	基因组数据、转录组数据	92例患者（来自271例的队列）
1259	2025-05-14	Comprehensive pan-cancer single-cell analysis reveals glycolysis-related signatures as predictive biomarkers for immunotherapy response and their role in bladder cancer 2025-Apr-16, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114381 PMID:40058104	研究论文	本研究通过全面的泛癌单细胞分析，揭示了糖酵解相关特征作为免疫治疗反应的预测生物标志物及其在膀胱癌中的作用	发现了一个与免疫治疗反应强烈相关的Glycolysis.Sig，并在预后和免疫反应中表现出优异的预测性能	研究结果主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	探究糖酵解在泛癌中的作用，特别是在膀胱癌中的角色	34个单细胞RNA测序队列、8个接受ICI治疗的批量RNA测序队列和TCGA批量泛癌RNA测序队列	生物信息学	膀胱癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）	NA	RNA测序数据	34个scRNA-seq队列、8个ICI治疗的bulk RNA-seq队列和TCGA泛癌RNA-seq队列
1260	2025-05-14	Multi-transcriptomics reveals niche-specific expression programs and endothelial cells in glioblastoma 2025-Apr-15, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06185-z PMID:40234880	研究论文	该研究通过多转录组学方法揭示了胶质母细胞瘤中特定微环境的表达程序及内皮细胞的特征	发现了胶质母细胞瘤中坏死周围假栅栏细胞（PAN）和微血管增生（MVP）区域的特定分子表达和细胞组织差异，并识别了两种不同的内皮细胞表型	研究未完全阐明这些特定组织病理学特征的分子和细胞组分的空间组织	探究胶质母细胞瘤中坏死周围假栅栏细胞和微血管增生区域的分子表达和细胞组织差异	胶质母细胞瘤患者	数字病理学	胶质母细胞瘤	bulk RNA测序、空间转录组学、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	胶质母细胞瘤患者的样本