单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 28366 篇文献，本页显示第 1241 - 1260 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1241 | 2025-05-16 |
Evidence of secondary Notch signaling within the rat small intestine
2025-May-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.204277
PMID:40371707
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research paper | 该研究探讨了大鼠小肠中一种罕见的上皮细胞群体CFTR高表达细胞（CHEs）的特定形成机制 | 揭示了CHEs通过Notch信号通路的二次激活从其他分泌细胞中分化出来的新机制 | 研究主要基于大鼠模型，未在小鼠中发现CHEs，可能限制结果的普遍性 | 理解小肠分泌细胞谱系的多样性形成机制 | 大鼠小肠中的CFTR高表达细胞（CHEs） | 分子生物学 | 囊性纤维化 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），假时间轨迹分析 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 1242 | 2025-05-16 |
Microglia Single-Cell RNA-Seq Enables Robust and Applicable Markers of Biological Aging
2025-May-15, Aging cell
IF:8.0Q1
DOI:10.1111/acel.70095
PMID:40371813
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research paper | 该研究通过单细胞RNA测序技术开发了基于小胶质细胞的生物年龄标记物 | 利用单细胞RNA测序数据开发了新的生物年龄计算模型，相比传统批量分析方法能更精确地反映个体生物年龄 | 研究主要基于小鼠和人类的小胶质细胞数据，可能不适用于其他细胞类型 | 开发基于小胶质细胞单细胞转录组数据的生物年龄预测模型 | 人类和小鼠的小胶质细胞 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | 无监督频率汇总模型 | 单细胞转录组数据 | 三个不同的单细胞数据集 |
| 1243 | 2025-05-16 |
Single-cell transcriptome analysis profiles cellular and molecular alterations in aortic tissue from patients with Behçet's syndrome
2025-May-15, Rheumatology (Oxford, England)
DOI:10.1093/rheumatology/keaf252
PMID:40372706
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析，揭示了白塞氏综合征患者主动脉组织中细胞和分子的变化 | 首次在单细胞水平上分析了白塞氏综合征患者主动脉组织的转录组特征，揭示了细胞亚群分布、功能及细胞间通讯的差异 | 样本量较小（仅6例参与者），且仅来自单一医疗中心 | 分析白塞氏综合征患者主动脉组织中不同细胞亚群的表达谱、表型、功能及细胞间通讯 | 白塞氏综合征患者和动脉粥样硬化患者的主动脉组织 | 数字病理学 | 白塞氏综合征 | 单细胞RNA测序 | Seurat, Harmony, CellChat v1.6.1 | 转录组数据 | 6例参与者（3例白塞氏综合征患者和3例动脉粥样硬化患者） |
| 1244 | 2025-05-16 |
Sequence diversity and encoded enzymatic differences of monocistronic L1 ORF2 mRNA variants in the aged normal and Alzheimer's disease brain
2025-May-14, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience
DOI:10.1523/JNEUROSCI.2298-24.2025
PMID:40368603
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research paper | 该研究通过酶功能测定、靶向PacBio HiFi长读长测序和定量空间转录组学，评估了31名阿尔茨海默病（AD）和非疾病（ND）大脑（两性）的皮质样本中的内源性逆转录酶（RT）活性和L1 mRNA多样性 | 研究发现大脑中存在大量单顺反子ORF2 mRNA变体，其序列多样性远超人类参考基因组（hg38），并揭示了这些变体在RT和核酸内切酶（EN）活性上的功能差异 | 研究样本量相对较小（31个大脑），且未涵盖其他神经退行性疾病或更广泛的人群 | 探究正常衰老和阿尔茨海默病大脑中内源性逆转录酶活性的来源及其与L1 mRNA变体的关系 | 31名阿尔茨海默病和非疾病人类大脑的皮质样本 | 分子生物学 | 阿尔茨海默病 | 酶功能测定、PacBio HiFi长读长测序、定量空间转录组学 | NA | RNA序列数据、酶活性数据 | 31个大脑样本（包括AD和ND） |
| 1245 | 2025-05-16 |
Cancer-associated fibroblast-derived fibulin-5 promotes epithelial-mesenchymal transition in diffuse-type gastric cancer via cAMP response element-binding protein pathway, showing poor prognosis
2025-May-14, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-025-01447-8
PMID:40369121
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研究论文 | 本研究通过构建大规模信号网络和实验验证，揭示了癌症相关成纤维细胞分泌的fibulin-5通过CREB通路促进弥漫型胃癌的上皮-间质转化，并与患者不良预后相关 | 首次发现CAFs分泌的fibulin-5通过CREB通路促进DGC的EMT过程，并证实其作为预后标志物的潜力 | 研究主要基于体外实验和回顾性数据分析，需要进一步的前瞻性临床研究验证 | 寻找弥漫型胃癌的特异性生物标志物和治疗靶点 | 弥漫型胃癌(DGC)及其微环境中的癌症相关成纤维细胞(CAFs) | 肿瘤生物学 | 胃癌 | RNA测序、免疫组化染色、单细胞RNA测序、类器官培养、共培养系统 | 数学模型 | 基因组数据、组织微阵列、单细胞数据 | 三个基因组数据库(TCGA、GSE62254和GSE26253)的数据，以及组织微阵列和患者血液样本 |
| 1246 | 2025-05-16 |
Cell-type deconvolution methods for spatial transcriptomics
2025-May-14, Nature reviews. Genetics
DOI:10.1038/s41576-025-00845-y
PMID:40369312
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review | 本文综述了空间转录组学中细胞类型解卷积方法的多样性，对比了它们的能力，并总结在一个基于网络的交互式表格中以促进更高效的方法选择 | 提供了一个基于网络的交互式表格，便于研究者选择和对比不同的细胞类型解卷积方法 | NA | 探讨空间转录组学中细胞类型解卷积方法的应用和发展 | 空间转录组学数据中的细胞类型解卷积方法 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA |
| 1247 | 2025-05-16 |
Derlin-3 manipulates the endoplasmic reticulum stress and IgG4 secretion of plasma cells in lung adenocarcinoma
2025-May-14, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-025-03435-8
PMID:40369338
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研究论文 | 本研究探讨了Derlin-3在肺腺癌肿瘤微环境中的作用及其通过内质网应激调控浆细胞IgG4分泌的机制 | 首次揭示了Derlin-3通过Hrd1/p38/PRDM1通路调控浆细胞内质网应激和IgG4分泌的机制，并发现其可作为肺腺癌免疫治疗的新靶点 | 研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人体临床试验中验证 | 阐明Derlin-3在肺腺癌肿瘤微环境中的生物学机制及其免疫调控功能 | 肺腺癌组织、B淋巴细胞（特别是浆细胞）、巨噬细胞 | 肿瘤免疫学 | 肺腺癌 | scRNA-seq（单细胞RNA测序） | NA | 基因表达数据、组织样本 | NA（未明确说明样本数量） |
| 1248 | 2025-05-16 |
Canonical Wnt Pathway Enhanced Dental Pulp Mesenchymal Stem Cells-Mediated Cementum Regeneration
2025-May-14, Journal of oral rehabilitation
IF:3.1Q1
DOI:10.1111/joor.14001
PMID:40369784
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研究论文 | 本研究探讨了Wnt信号通路在牙骨质、牙髓和牙周韧带中的表达差异，并阐明了Wnt3a在促进牙髓间充质干细胞（DPSCs）牙骨质再生中的作用 | 揭示了DPSCs中非经典Wnt信号通路限制牙骨质再生效率的现象，并发现Wnt3a可通过激活经典Wnt通路提高DPSCs介导的牙骨质再生效果 | 研究未涉及Wnt3a在其他类型干细胞或组织再生中的作用 | 阐明Wnt信号通路在牙骨质再生中的分子机制，提高DPSCs介导的牙骨质再生效率 | 牙髓间充质干细胞（DPSCs） | 组织工程与再生医学 | 牙周疾病 | RNA Smart转录组测序、单细胞RNA测序、Western blotting | NA | 基因表达数据、蛋白质数据 | 未明确说明样本数量 |
| 1249 | 2025-05-16 |
Single cell multiome analysis of the bovine placenta identifies gene regulatory networks in trophoblast differentiation†
2025-May-13, Biology of reproduction
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/biolre/ioaf036
PMID:39987557
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研究论文 | 通过单细胞多组学分析牛胎盘，识别了滋养层细胞分化中的基因调控网络 | 首次使用10X Genomics多组学平台（snRNA-seq和snATAC-seq）分析了牛胎盘发育过程中的染色质可及性景观，揭示了滋养层细胞分化的候选调控网络 | 研究仅关注了牛胎盘的两个发育阶段（第40天和第170天），可能无法全面反映整个发育过程的动态变化 | 理解牛胎盘发育和滋养层细胞分化的分子机制，以探究牛妊娠失败的原因 | 牛胎盘中的细胞群体，特别是滋养层细胞 | 基因组学 | 生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序（snRNA-seq）、单细胞ATAC测序（snATAC-seq） | NA | 基因组数据 | 两个发育阶段的牛胎盘样本（第40天和第170天） |
| 1250 | 2025-05-16 |
Parvalbumin neurons mediate neurological phenotypes of anti-NMDAR encephalitis
2025-May-13, Brain : a journal of neurology
IF:10.6Q1
DOI:10.1093/brain/awae374
PMID:40071389
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研究论文 | 本研究通过构建抗NMDAR脑炎动物模型，揭示了小白蛋白神经元在抗NMDAR脑炎神经表型中的作用机制 | 首次阐明抗NMDAR IgG通过损害小白蛋白神经元导致认知障碍的机制，并发现光遗传学和药理遗传学激活这些神经元可逆转认知缺陷 | 研究主要聚焦于mPFC区域，虽然发现海马区也有类似变化，但未全面评估其他脑区的影响 | 探究抗NMDAR脑炎患者认知缺陷的神经病理学机制 | 抗NMDAR脑炎患者血清提取的IgG处理的小鼠模型 | 神经科学 | 自身免疫性脑炎 | 免疫组化染色、电生理测试、光遗传学、药理遗传学、单细胞测序 | 动物模型 | 电生理数据、基因表达数据、行为学数据 | 未明确说明样本量，使用患者血清提取的IgG和健康对照IgG |
| 1251 | 2025-05-16 |
Influenza A virus dissemination and infection leads to tissue resident cell injury and dysfunction in viral sepsis
2025-May-13, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105738
PMID:40367638
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研究论文 | 本研究通过建立小鼠病毒性败血症模型，探讨了H1N1流感病毒通过血液传播感染肺外器官的机制及其导致的细胞损伤和功能障碍 | 揭示了H1N1流感病毒通过血液传播感染肝脾等肺外器官的途径，并比较了病毒性败血症与细菌性败血症在细胞死亡和器官功能障碍方面的差异 | 研究仅使用小鼠模型，结果可能需要进一步在人体中验证 | 阐明病毒性败血症中流感病毒传播和器官损伤的病理机制 | C57BL/6J雄性小鼠 | 病毒学 | 病毒性败血症 | 单细胞测序 | 小鼠模型 | 基因表达数据 | 未明确说明小鼠数量，但设置了生存和致死模型组及细菌性败血症对照组 |
| 1252 | 2025-05-16 |
KLHL17 as a Prognostic Indicator and Therapeutic Target in Cervical Cancer: A Comprehensive Analysis
2025-May-13, Combinatorial chemistry & high throughput screening
IF:1.6Q3
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research paper | 该研究通过生物信息学分析和实验验证，探讨了KLHL17在宫颈癌中的表达模式及其作为预后指标和治疗靶点的潜力 | 首次全面分析了KLHL17在宫颈癌中的表达模式、临床相关性及其与免疫细胞浸润、免疫检查点基因表达和微卫星不稳定性的关联 | 研究主要基于TCGA数据库和细胞系实验，缺乏大规模临床样本验证 | 阐明KLHL17在宫颈癌中的生物学功能和临床意义 | 宫颈癌患者样本和细胞系 | 生物信息学 | 宫颈癌 | 生物信息学分析、qRT-PCR、单细胞测序 | NA | 基因表达数据、临床数据 | TCGA数据库中的宫颈癌样本和GSE145372数据集 |
| 1253 | 2025-05-16 |
Conserved spatial subtypes and cellular neighborhoods of cancer-associated fibroblasts revealed by single-cell spatial multi-omics
2025-May-12, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2025.03.004
PMID:40154487
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research paper | 该研究通过整合分析来自10种癌症类型的超过1400万个细胞的空间转录组学和蛋白质组学数据，揭示了四种保守的癌症相关成纤维细胞（CAFs）空间亚型 | 发现了四种跨癌症类型和空间组学平台保守的CAF空间亚型，并揭示了它们在空间组织模式、邻近细胞组成、互作网络和转录组特征上的差异 | 研究涉及10种癌症类型，但未涵盖所有癌症类型，且样本量虽大但可能仍存在某些癌症类型的代表性不足 | 探索癌症相关成纤维细胞（CAFs）在肿瘤微环境中的空间异质性及其对肿瘤生物学和免疫生物学的影响 | 癌症相关成纤维细胞（CAFs） | digital pathology | cancer | spatial transcriptomics, proteomics | NA | spatial omics data | 超过1400万个细胞，来自10种癌症类型 |
| 1254 | 2025-05-16 |
Construction of a novel CD8T cell-related index for predicting clinical outcomes and immune landscape in ovarian cancer by combined single-cell and RNA-sequencing analysis
2025-May-12, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02582-4
PMID:40354001
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研究论文 | 通过结合单细胞和RNA测序分析，构建了一个新的CD8T细胞相关指数（CCAI），用于预测卵巢癌的临床结果和免疫景观 | 开发了一个新的CD8T细胞相关指数（CCAI），能够准确预测卵巢癌患者的预后并区分具有不同免疫景观特征的患者 | 研究依赖于特定的数据集（如EMTAB8107、TCGA-OV等），可能限制了结果的广泛适用性 | 探索CD8T细胞相关生物标志物在预测卵巢癌预后和免疫治疗效果中的潜在作用 | 卵巢癌患者 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞测序、RNA测序 | 机器学习 | 测序数据 | 多个卵巢癌队列（EMTAB8107、TCGA-OV、GSE26712、GSE26193） |
| 1255 | 2025-05-16 |
Multi-omics identify ribosome related causal genes methylation, splicing, and expression in prostate cancer
2025-May-12, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02584-2
PMID:40354008
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研究论文 | 该研究通过整合多组学数据，探讨了核糖体相关基因与前列腺癌之间的关联 | 首次使用SMR和共定位分析结合单细胞分析，揭示了核糖体相关基因NSUN4和MPHOSPH6在前列腺癌中的因果作用 | 研究样本主要来自特定数据库(FinnGen等)，可能限制了结果的普适性 | 探究核糖体相关基因在前列腺癌发生发展中的作用机制 | 前列腺癌患者的多组学数据(基因组学、转录组学) | 生物信息学 | 前列腺癌 | SMR分析、共定位分析、单细胞测序 | NA | 基因组数据、转录组数据、表观遗传数据 | 来自The Prostate Cancer Association Group和FinnGen研究的汇总数据 |
| 1256 | 2025-05-16 |
High-resolution spatial transcriptomics and cell lineage analysis reveal spatiotemporal cell fate determination during craniofacial development
2025-May-12, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-59206-2
PMID:40355462
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研究论文 | 该研究通过高分辨率空间转录组学和细胞谱系分析，揭示了小鼠腭发育过程中颅神经嵴细胞(CNCCs)衍生的间充质细胞谱系多样化的时空动态 | 首次构建了小鼠腭发育过程中CNCCs衍生间充质细胞的高分辨率时空转录组图谱，并发现Sox9+间充质祖细胞群在腭发育起始时就存在异质性 | 研究仅针对小鼠模型，人类腭发育可能存在差异 | 阐明颅面发育过程中细胞命运决定的时空调控机制 | 小鼠胚胎颅神经嵴细胞(CNCCs)及其衍生的间充质细胞 | 发育生物学 | NA | 高分辨率空间转录组学、细胞谱系追踪 | NA | 转录组数据、空间定位数据 | E10.5至E15.5的小鼠胚胎样本 |
| 1257 | 2025-05-16 |
IL-11/IL-11R signal inhibition by 9MW3811 remodels immune tumor microenvironment and enhances anti-tumor efficacy of PD-1 blockade
2025-May-12, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-025-00913-w
PMID:40355638
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research paper | 该研究介绍了一种名为9MW3811的单克隆抗体，通过抑制IL-11/IL-11R信号通路，重塑肿瘤免疫微环境并增强PD-1阻断疗法的抗肿瘤效果 | 9MW3811作为一种新型单克隆抗体，能够有效中和IL-11，并通过调节肿瘤微环境中的免疫细胞功能，增强PD-1阻断疗法的疗效，特别是在PD-1无应答模型中表现出协同效应 | 研究主要基于小鼠模型，临床效果尚需进一步验证 | 探索IL-11信号通路抑制在抗肿瘤治疗中的作用及其与PD-1阻断疗法的协同效应 | IL-11信号通路、肿瘤微环境、CD8+ T细胞 | 肿瘤免疫治疗 | 癌症 | 单克隆抗体技术、单细胞RNA-seq分析 | 小鼠肿瘤模型 | 基因表达数据 | 多种小鼠肿瘤模型 |
| 1258 | 2025-05-16 |
INHBA+ macrophages and Pro-inflammatory CAFs are associated with distinctive immunosuppressive tumor microenvironment in submucous Fibrosis-Derived oral squamous cell carcinoma
2025-May-12, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-025-14261-2
PMID:40355814
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学揭示了口腔黏膜下纤维化衍生的口腔鳞状细胞癌中独特的免疫抑制肿瘤微环境 | 首次揭示了INHBA+巨噬细胞和促炎性CAFs在口腔黏膜下纤维化衍生的口腔鳞状细胞癌中的免疫抑制作用及其与ACVR1/ACVR2A/ACVR2B的相互作用 | 研究主要基于转录组学和免疫荧光数据，缺乏体内功能验证实验 | 阐明口腔黏膜下纤维化衍生的口腔鳞状细胞癌中免疫抑制肿瘤微环境的特征 | 口腔鳞状细胞癌(OSCC)和口腔黏膜下纤维化(OSF)衍生的OSCC(ODSCC) | 数字病理学 | 口腔鳞状细胞癌 | scRNA-seq, 空间转录组学, 多重免疫荧光染色 | NA | 转录组数据, 空间分布数据 | 来自GEO数据库的scRNA-seq和ST数据 |
| 1259 | 2025-05-16 |
Activated Schwann cells promote tumor growth in colon cancer
2025-May-10, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2025.217791
PMID:40349909
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research paper | 该研究揭示了激活的雪旺细胞在结肠癌中的关键作用及其通过c-Jun依赖的机制促进肿瘤生长 | 首次发现肿瘤相关非髓鞘雪旺细胞在结肠癌中的增加及其与临床不良预后的关联，揭示了c-Jun在雪旺细胞激活和肿瘤促进中的核心作用 | 未明确雪旺细胞激活的具体上游信号通路，且体内实验模型可能需要进一步验证 | 探究雪旺细胞在结肠癌进展中的作用机制 | 结肠癌组织中的雪旺细胞 | 肿瘤微环境研究 | 结肠癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、共培养实验、基因敲除 | NA | 基因表达数据、临床数据 | 结肠癌组织样本与正常组织样本的比较 |
| 1260 | 2025-05-16 |
The analysis of X chromosome activity of porcine embryonic stem Cells: Study based on parthenogenetic embryonic stem cells with LCDM medium
2025-May-09, Theriogenology
IF:2.4Q1
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研究论文 | 本研究旨在通过LCDM培养基从猪囊胚期胚胎中建立猪胚胎干细胞系，并从X染色体活性的角度分析其特征 | 首次在猪孤雌生殖胚胎干细胞中观察到X染色体侵蚀样状态，并发现X染色体活性与干细胞多能性状态密切相关 | 猪原始态胚胎干细胞系尚未成功建立，且缺乏标准化的表征和评估标准 | 建立猪胚胎干细胞系并研究X染色体活性与干细胞多能性的关系 | 猪孤雌生殖胚胎干细胞(ppLCDM) | 干细胞生物学 | NA | XIST RNA-FISH、免疫荧光染色、单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 分子标记数据、表观遗传特征数据 | NA |