单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
12541	2024-08-04	Hypercapnia alters stroma-derived Wnt production to limit β-catenin signaling and proliferation in AT2 cells 2023-02-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.159331 PMID:36626234	研究论文	这篇文章探讨了高二氧化碳血症如何通过限制β-连环蛋白信号传导和增殖能力，影响肺泡Ⅱ型细胞的功能	研究揭示了高二氧化碳血症对肺泡Ⅱ型细胞增殖能力的抑制及其机制，尤其是Wnt信号通路的改变	该研究主要基于小鼠模型，可能在人类中的适用性有限	了解高二氧化碳血症对肺损伤后肺修复过程的影响	小鼠模型中的肺泡Ⅱ型细胞及其周围的基质细胞	数字病理学	肺病	空间转录组学、细胞谱系追踪、3D培养	NA	NA	小鼠模型，样本数量未明确描述
12542	2024-08-05	Social reprogramming in ants induces longevity-associated glia remodeling 2020-08, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.aba9869 PMID:32875108	研究论文	本文探讨了社会性昆虫中工蚁转变为类女王状态对神经胶质细胞重塑及寿命的影响	发现社交行为的重编程与神经保护胶质细胞的扩展相关，揭示了工蚁转变为gamergate对寿命延长的影响	研究主要集中在特定的社交转变上，可能无法广泛适用于所有社交昆虫	探索社会性昆虫中工作形式与寿命之间的关系及其机制	研究对象是社会性昆虫中的工蚁与gamergate状态的比较	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	NA
12543	2024-08-05	Single-Cell RNA-Seq Reveals Cellular Hierarchies and Impaired Developmental Trajectories in Pediatric Ependymoma 2020-07-13, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2020.06.004 PMID:32663469	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序分析小儿室管膜瘤的细胞层次和发育轨迹的影响	揭示了室管膜瘤的细胞层次和发育起源，以及其与生物学和临床行为相关的分子依赖性	NA	研究小儿室管膜瘤的肿瘤异质性及其发育起源	取自不同分子组和解剖位置的室管膜瘤样本	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	NA
12544	2024-08-05	Single-cell RNA-seq reveals ectopic and aberrant lung-resident cell populations in idiopathic pulmonary fibrosis 2020-07, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.aba1983 PMID:32832599	研究论文	我们提供了一幅特发性肺纤维化（IPF）单细胞图谱，揭示了该致命间质肺病中的细胞多样性	识别出一种先前未被发现的异常基底细胞群体，并展示了IPF肺中细胞群体的复杂性	研究仅涉及有限的样本种类，可能无法完全代表所有IPF患者中的细胞异质性	研究特发性肺纤维化中的细胞组成及其潜在功能	312,928个来自32个IPF患者和其他对照的单细胞	数字病理学	特发性肺纤维化	单细胞RNA测序	NA	细胞	312,928个细胞来自32个IPF患者、28个吸烟和不吸烟的对照以及18个COPD患者的肺
12545	2024-08-04	Single-cell profiling transcriptomic reveals cellular heterogeneity and cellular crosstalk in choroidal neovascularization model 2024-May, Experimental eye research IF:3.0Q1 DOI:10.1016/j.exer.2024.109877 PMID:38537669	研究论文	本文通过单细胞测序探索了脉络膜新生血管化模型中的细胞异质性和细胞间相互作用	首次详细描述了RPE/脉络膜复合体内的细胞多样性和特定细胞类型之间复杂的相互作用	研究可能需要更大样本量和长时间跟踪，以充分验证发现的细胞类型及其功能	探索与年龄相关性黄斑变性相关的脉络膜新生血管化中的细胞组成和相互作用	主要研究脉络膜/视网膜色素上皮复合体中的各种细胞类型，包括内皮细胞、成纤维细胞和巨噬细胞	数字病理学	年龄相关性黄斑变性	单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
12546	2024-08-04	Roxithromycin exposure induces motoneuron malformation and behavioral deficits of zebrafish by interfering with the differentiation of motor neuron progenitor cells 2024-May, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2024.116327 PMID:38626605	研究论文	本研究探讨了罗克沙星（ROX）对斑马鱼运动神经元发育和行为缺陷的影响	首次揭示罗克沙星暴露导致斑马鱼运动神经元前体细胞分化受阻	研究仅在斑马鱼模型中进行，可能无法完全适用于人类	研究罗克沙星早期暴露的发育毒性及其对运动功能的影响	使用斑马鱼作为脊椎动物模型	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	胚胎	总样本数为410（n=100，n=100，n=100，n=80，n=30，n=80）
12547	2024-08-04	Pan-cancer analysis implicates novel insights of lactate metabolism into immunotherapy response prediction and survival prognostication 2024-Apr-25, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-024-03042-7 PMID:38664705	研究论文	该文章探讨了乳酸代谢与免疫治疗反应之间的关系及其在癌症预后中的应用	提出了一个与乳酸代谢相关的新标记（LM.SIG），用于预测免疫治疗反应和生存预后	研究依赖于公开的转录组数据，可能存在样本选择偏差	揭示乳酸代谢对免疫治疗反应的影响并预测癌症患者的生存状况	分析接受免疫治疗的癌症患者的单细胞RNA测序数据	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	机器学习模型	转录组数据	40个泛癌症单细胞RNA测序队列和8个免疫治疗转录组队列以及30个TCGA数据集
12548	2024-08-05	Loss of Y in regulatory T lymphocytes in the tumor micro-environment of primary colorectal cancers and liver metastases 2024-04-24, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-60049-y PMID:38658633	研究论文	该文章研究了原发性结直肠癌和肝转移癌的肿瘤微环境中调节性T淋巴细胞Y染色体缺失的频率和功能影响	首次探讨了肿瘤微环境中浸润性白血球中的Y染色体缺失与结直肠癌的关系	目前仅关注了调节性T淋巴细胞，未能探讨其他类型淋巴细胞的影响	研究肿瘤微环境中Y染色体缺失在结直肠癌发生中的作用	研究对象为血液、肿瘤微环境和非肿瘤组织中的细胞	数字病理学	结直肠癌	scRNA-seq	NA	细胞	在肿瘤微环境中调节性T淋巴细胞的Y染色体缺失频率为22%
12549	2024-08-04	Integrating spatial transcriptomics and single-cell RNA-sequencing reveals the alterations in epithelial cells during nodular formation in benign prostatic hyperplasia 2024-Apr-23, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05212-9 PMID:38654277	研究论文	本研究揭示了良性前列腺肥大（BPH）中上皮细胞在结节形成过程中的变化	研究首次识别了BE5这一基底上皮细胞亚组，并探讨了其在缺氧诱导的上皮-间充质转化过程中的重要作用	技术限制影响了在BPH患者体内进行深入研究	探究良性前列腺肥大中结节形成过程中上皮细胞的变化机制	良性前列腺肥大患者的上皮细胞	数字病理学	前列腺癌	空间转录组学，单细胞RNA测序	NA	生物组织样本	NA
12550	2024-08-05	An autophagy program that promotes T cell egress from the lymph node controls responses to immune checkpoint blockade 2024-Apr-23, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114020 PMID:38554280	研究论文	本文研究了淋巴结中淋巴内皮细胞如何通过自噬程序促进T细胞从淋巴结的离开。	首次系统阐明了淋巴内皮细胞如何调控T细胞动态及其在肿瘤免疫检查点治疗中的作用	缺乏在不同免疫监视环境下的系统比较分析	探讨淋巴内皮细胞自噬在调控T细胞动态和免疫治疗反应中的角色	主要研究淋巴结中的淋巴内皮细胞及其对T细胞行为的影响	免疫学	肿瘤	单细胞RNA测序和活体成像	NA	生物学数据, RNA测序数据	肿瘤引流淋巴结的样本
12551	2024-08-05	Stem cell-derived vessels-on-chip for cardiovascular disease modeling 2024-Apr-23, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114008 PMID:38536819	研究论文	本文构建了一个基于人类干细胞衍生内皮细胞的微流控血管芯片平台，以模拟心血管疾病	该研究首次实现了干细胞衍生内皮细胞的成熟，包括屏障形成、动脉调节和在重力驱动流动下的高水平一氧化氮合成	在流动条件下的研究中涉及的样本体积和细胞数量较低	研究旨在更好地理解血管功能障碍并指导临床治疗	研究对象为人类多能干细胞衍生的内皮细胞，主要用于模拟动脉粥样硬化	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序、质谱蛋白组学、高分辨率成像	微流控芯片	细胞、蛋白质组	低样本体积和细胞数量的样本
12552	2024-08-05	scGAL: unmask tumor clonal substructure by jointly analyzing independent single-cell copy number and scRNA-seq data 2024-Apr-22, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-024-10319-w PMID:38649804	研究论文	该文章介绍了一种新型混合模型scGAL，用于推断肿瘤克隆拷贝数亚结构	scGAL结合了自编码器和生成对抗网络，能够联合分析单细胞拷贝数和基因表达数据，克服拷贝数数据中的噪声影响	可能仍受到个别数据集特征和技术限制的影响	准确解码肿瘤克隆拷贝数亚结构以提供癌症的演化机制见解	真实癌症数据集中的单细胞拷贝数和基因表达数据	数字病理学	肿瘤	scDNA-seq	生成对抗网络	拷贝数数据和基因表达数据	三个真实癌症数据集
12553	2024-08-05	Discrete-state models identify pathway specific B cell states across diseases and infections at single-cell resolution 2024-04-21, Journal of theoretical biology IF:1.9Q3 DOI:10.1016/j.jtbi.2024.111769 PMID:38423206	研究论文	该文章研究了在健康和疾病状况下B细胞的特定状态。	开发了基于状态的离散模型，利用单细胞RNA测序数据来识别与氧调控通路相关的B细胞状态。	研究仅限于已发布的单细胞RNA测序数据，可能忽略其他重要因素。	理解B细胞在感染、疫苗接种和其他疾病中的状态及其调节方式。	研究不同疾病和感染中的B细胞状态及其转变。	数字病理学	乳腺癌, HIV	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	离散状态模型	基因表达数据	NA
12554	2024-08-05	YTE-17 inhibits colonic carcinogenesis by resetting antitumor immune response via Wnt5a/JNK mediated metabolic signaling 2024-Apr, Journal of pharmaceutical analysis IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.jpha.2023.11.008 PMID:38665223	研究论文	本研究探讨了YTE-17通过Wnt5a/JNK介导的代谢信号通路抑制结肠癌发生的机制	本研究首次揭示YTE-17通过影响肿瘤微环境中的免疫细胞平衡来预防结直肠癌	关于YTE-17在预防结直肠癌的机制了解仍有限	探索YTE-17在结直肠癌预防中的潜在作用	研究对象包括暴露于YTE-17的肠上皮细胞及其在结肠癌模型中的免疫微环境	数字病理学	结肠癌	iTRAQ分析、单细胞RNA测序	参与性癌症模型	组织样本	不同阶段的结肠癌模型样本
12555	2024-08-05	Sodium glucose co-transporter 2 inhibition increases epidermal growth factor expression and improves outcomes in patients with type 2 diabetes 2023-10, Kidney international IF:14.8Q1 DOI:10.1016/j.kint.2023.07.007 PMID:37543256	研究论文	本研究探讨了钠-葡萄糖共转运蛋白2抑制剂在2型糖尿病患者中对表皮生长因子表达的影响及其对肾脏结果的改善	本研究首次揭示了SGLT2抑制剂能agliflozin对EGF表达的影响及其在肾脏疾病进展中的潜在机制	本文的局限性在于使用的样本量及单细胞RNA测序的具体实验条件可能影响结果的普遍性	本研究的目的是探讨SGLT2抑制剂对2型糖尿病患者肾脏保护机制中的EGF表达的影响	研究对象包括3521名参与CANVAS研究的2型糖尿病患者及10名年轻的2型糖尿病患者的肾组织样本	数字病理学	2型糖尿病	单细胞RNA测序	Cox回归模型	生物样本	3521名参与者和20个肾组织样本
12556	2024-08-05	Improved Protocol for Reproducible Human Cortical Organoids Reveals Early Alterations in Metabolism with MAPT Mutations 2023-Jul-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.07.11.548571 PMID:37503195	研究论文	本研究报告了一种96孔方法，用于高效、可扩展和可重复的人类皮层类器官的生产	采用可控释放的FGF2和适当浓度的SB431542显著提高了类器官的皮层模式化和重复性	不同hPSC供体线和实验重复之间的高变异性仍然存在	研究人类皮层类器官的建立及分析与前额叶痴呆相关的突变对代谢的早期影响	来源于人类多能干细胞（hPSCs）的皮层类器官	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞	NA
12557	2024-08-05	Lactate from glycolysis regulates inflammatory macrophage polarization in breast cancer 2023-Jun, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-023-03382-x PMID:36729212	研究论文	乳腺癌中，来自糖酵解的乳酸调节炎症性巨噬细胞的极化	本文揭示了糖酵解产生的乳酸如何影响乳腺癌中巨噬细胞的极化模式	该研究主要基于细胞水平的数据，临床验证仍需进一步研究	探讨乳腺癌中乳酸的来源及其对炎症巨噬细胞极化的影响	主要研究乳腺癌细胞及其与免疫细胞的相互作用	数字病理学	乳腺癌	多组学数据分析、单细胞转录组分析、临床数据分析、体外实验	NA	RNA、细胞	22种免疫细胞与临床数据分析
12558	2024-08-04	YAP1 and WWTR1 expression inversely correlates with neuroendocrine markers in Merkel cell carcinoma 2023-03-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI157171 PMID:36719743	研究论文	本文探讨了Merkel细胞癌（MCC）中YAP1和WWTR1的表达与神经内分泌标志物之间的反向关系	研究揭示了MCC中NE基因表达的异质性，并发现YAP1/WWTR1沉默对MCPyV阳性MCC的发展至关重要	目前的临床诊断标志物无法区分MCPyV阳性和阴性亚型，且MCC肿瘤的表达谱尚未探索	研究MCC的转录环境及其与YAP1和WWTR1的关系	针对来自患者的肿瘤活检和细胞系进行的RNA-Seq分析	数字病理学	皮肤癌	RNA-Seq	NA	转录组数据	多个肿瘤活检样本和细胞系
12559	2024-08-05	The interleukin-1 receptor type-1 in disturbed flow-induced endothelial mesenchymal activation 2023, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2023.1190460 PMID:37539090	研究论文	本研究探讨了干扰流动（d-flow）诱导的内皮间充质转化（EndMT）中白细胞介素-1受体类型1（IL-1R1）的角色	发现IL-1R1作为内皮细胞中新型的机械敏感受体，连接d-flow与EndMT信号通路	不同血管细胞类型的IL-1R1信号数据不一致，尚需进一步验证	揭示IL-1R1在内皮细胞对干扰流动反应中的作用	研究动脉粥样硬化中内皮细胞和EndMT相关转录因子SNAI1的相互作用	数字病理学	动脉粥样硬化	scRNA-seq	Cre-lox系统小鼠	基因表达数据	人类动脉粥样硬化样本和特定小鼠模型
12560	2024-08-05	Comprehensive characterization of tumor immune landscape following oncolytic virotherapy by single-cell RNA sequencing 2022-Jun, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-021-03084-2 PMID:34716463	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序全面描述了肿瘤免疫微环境在肿瘤溶瘤病毒治疗后的变化	首次全面分析了溶瘤病毒治疗引起的癌症中免疫变化	缺乏对长期治疗效果和不同类型肿瘤的研究	探究溶瘤病毒治疗如何改变肿瘤微环境中的免疫细胞组成	分析了使用HSV-2基础的溶瘤病毒处理的癌瘤中的免疫细胞组成	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	处理过和未处理的肿瘤样本