单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
12541	2024-08-05	B-cell immune dysregulation with low soluble CD22 levels in refractory seronegative myasthenia gravis 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1382320 PMID:38711503	研究论文	本研究揭示了难治性无抗体型重症肌无力的免疫病理，强调了以B细胞为中心的免疫失调和可溶性CD22水平降低	首次使用单细胞RNA测序和血浆蛋白质组分析研究无抗体型重症肌无力的病理机制	样本量较小，仅涉及30名患者，可能影响结果的普遍性	阐明难治性无抗体型重症肌无力的病理机制	对30名女性患者（健康对照、早发AChR阳性MG和难治性早发无抗体型MG患者）的外周血样本进行分析	数字病理学	重症肌无力	单细胞RNA测序，血浆蛋白组分析	NA	血液样本	30名女性患者，包括10名健康对照，10名早发AChR阳性MG患者，10名难治性早发无抗体型MG患者
12542	2024-08-05	Novel insights into the ontogeny of basophils 2024, Frontiers in allergy IF:3.3Q2 DOI:10.3389/falgy.2024.1402841 PMID:38803659	综述	本文总结了小鼠和人类嗜碱性粒细胞的发育新发现	提出了嗜碱性粒细胞分化与红细胞/巨核细胞相关的观点，并发现了小鼠骨髓中新型嗜碱性粒细胞祖细胞	主要集中在小鼠模型和scRNA-seq技术，限制了对其他物种或技术的广泛应用	探讨嗜碱性粒细胞的发育过程及其相关机制	嗜碱性粒细胞及其祖细胞	数字病理学	过敏反应	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	NA	NA
12543	2024-08-05	Benchmarking single-cell hashtag oligo demultiplexing methods 2023-Dec, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqad086 PMID:37829177	研究论文	本研究对七种HTO去复用工具的性能进行了评估	首次比较了七种HTO去复用工具的性能，并引入了对比基于遗传变异的数据	部分方法在较低质量数据下表现不佳	评估多种HTO去复用工具在单细胞RNA测序中的性能	七种HTO去复用工具	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	七种工具，在多个样本中使用遗传变异进行比较
12544	2024-08-05	Spatial Single Cell Analysis of Proteins in 2D Human Gastruloids Using Iterative Immunofluorescence 2023-Oct, Current protocols DOI:10.1002/cpz1.915 PMID:37882990	研究论文	本文描述了一种迭代免疫荧光协议和计算管道，用于在2D人类胚层模型中分析蛋白质的空间模式形成	提出的迭代免疫荧光协议实现了比标准免疫荧光技术更高的多重测量能力，并能够同时分析27种蛋白质	未详细讨论方法在实际生物样本中的应用限制	揭示细胞信号如何在时间和空间上共同指示细胞命运	主要研究2D人类胚层的细胞及其在不同信号通路下的蛋白质表达	数字病理学	NA	免疫荧光	NA	图像	超过27种蛋白质的单细胞表达聚类分析
12545	2024-08-05	Single-Cell Profiling of Tumor Immune Microenvironment Reveals Immune Irresponsiveness in Gastric Signet-Ring Cell Carcinoma 2023-07, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2023.03.008 PMID:36921674	研究论文	本研究揭示了胃信号环细胞癌（GSRCC）肿瘤免疫微环境的特征及其临床意义	提供了GSRCC肿瘤免疫微环境特征的全面分子图谱，并指出CXCL13在适应性免疫无反应中的中介作用	样本量有限，仅包含32名晚期GC患者，可能影响结果的广泛适用性	探讨胃信号环细胞癌的肿瘤免疫微环境特征及其对临床结果的影响	纳入32名不同亚型的晚期胃癌患者	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序, 针对抗体面板的质量细胞计数	NA	RNA, 蛋白质	32名晚期胃癌患者
12546	2024-08-05	Functional characterization of age-dependent p16 epimutation reveals biological drivers and therapeutic targets for colorectal cancer 2023-May-04, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-023-02689-y PMID:37143122	研究论文	本文探讨了与年龄相关的p16表观突变在结直肠癌中的角色及其潜在的治疗靶点	本研究首次揭示了年龄依赖的p16表观突变在肠道肿瘤发生中的生物驱动因素和治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，临床适用性需要进一步验证	改善结直肠癌患者的临床治疗	对携带Apc突变和p16表观突变的小鼠进行肿瘤发展与进展的研究	数字病理学	结直肠癌	RNA测序，单细胞RNA测序	NA	组织样本	小鼠肿瘤和结肠上皮细胞样本
12547	2024-08-04	Computational modeling for deciphering tissue microenvironment heterogeneity from spatially resolved transcriptomics 2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2024.05.028 PMID:38800634	研究论文	本文探讨了如何通过空间转录组学技术解读组织微环境的异质性	将空间转录组学数据分析的方法分类为机器学习方法、概率模型方法和深度学习方法，并讨论每种方法的优缺点	未涉及具体的实验验证或应用案例	开发计算方法以揭示组织微环境的异质性	空间转录组学数据，特别是细胞类型分布和空间功能区域的识别	数字病理学	NA	空间转录组学	机器学习模型, 概率模型, 深度学习模型	组学数据	NA
12548	2024-08-05	Novel insights into the protective effects of leonurine against acute kidney injury: Inhibition of ER stress-associated ferroptosis via regulating ATF4/CHOP/ACSL4 pathway 2024-May-25, Chemico-biological interactions IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.cbi.2024.111016 PMID:38670420	研究论文	本研究探讨了药用成分leonurine在急性肾损伤中的保护作用及其机制	首次揭示了leonurine通过调节ATF4/CHOP/ASCL4信号通路抑制与内质网应激关联的铁死亡	未提及该研究的具体局限性	研究leonurine对急性肾损伤的益处及其作用机制	急性肾损伤模型中的leonurine的治疗效果	数字病理学	急性肾损伤	NA	NA	组织学数据，单细胞RNA测序数据	NA
12549	2024-08-05	Benchmarking mapping algorithms for cell-type annotating in mouse brain by integrating single-nucleus RNA-seq and Stereo-seq data 2024-May-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae250 PMID:38796691	研究论文	本文评估了九种映射算法在小鼠大脑空间转录组数据的细胞类型注释中的应用	提出了一种评估映射算法适用性的工作流，能够提高空间数据注释的效率和准确性	关于这些算法在Stereo-seq ST数据上的准确性评估仍未解决	阐明小鼠大脑区域中空间转录组数据的细胞类型注释问题	使用不同分辨率的10个ST数据集和24个伪ST数据集进行算法比较	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	空间转录组数据	10个ST数据集和24个伪ST数据集
12550	2024-08-04	A Galectin-9-Driven CD11chigh Decidual Macrophage Subset Suppresses Uterine Vascular Remodeling in Preeclampsia 2024-May-21, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.123.064391 PMID:38314577	研究论文	本研究揭示了CD11chigh胎盘巨噬细胞亚群在先兆子痫的形成中抑制子宫血管重塑的作用	发现了一个独特的CD11chigh dMφ亚群，其通过抑制子宫螺旋动脉重塑发挥作用，并阐明了其与胎盘来源的galectin-9的关系	临床实验证据需要进一步验证以确认galectin-9作为预测先兆子痫的生物标志物的有效性	探讨CD11chigh dMφ在先兆子痫中的作用及其潜在机制	研究对象包括孕妇和小鼠模型，以及相关的免疫细胞亚群	数字病理学	先兆子痫	单细胞RNA测序和空间转录组学	条件性基因敲除小鼠和一种新的先兆子痫小鼠模型	生物样本	多个独立的先兆子痫小鼠模型以及一项回顾性先兆子痫队列研究
12551	2024-08-04	LINC00330/CCL2 axis-mediated ESCC TAM reprogramming affects tumor progression 2024-May-20, Cellular & molecular biology letters IF:9.2Q1 DOI:10.1186/s11658-024-00592-8 PMID:38769475	研究论文	本研究探讨了LINC00330/CCL2轴介导的肿瘤相关巨噬细胞（TAM）重编程在食管鳞状细胞癌进展中的作用	揭示了LINC00330通过破坏CCL2/CCR2轴和其下游信号通路来抑制ESCC进展的新机制	在研究中未提及样本容量和具体的实验设计限制	研究LINC00330在ESCC进展中对TAM重编程的影响	食管鳞状细胞癌相关的长期非编码RNA和肿瘤相关巨噬细胞	数字病理学	食管癌	转录组测序	NA	临床样本和单细胞测序数据	NA
12552	2024-08-05	Serglycin secreted by late-stage nucleus pulposus cells is a biomarker of intervertebral disc degeneration 2024-01-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-44313-9 PMID:38167807	研究论文	本文探讨了晚期髓核细胞分泌的serglycin作为椎间盘退变的生物标志物	首次识别了晚期髓核细胞并确认了serglycin如何调节椎间盘退变的潜在机制	样本量较小，仅包含三名男性和四名女性	研究serglycin在椎间盘退变中的作用及其作为生物标志物的潜力	晚期髓核细胞及其分泌的serglycin	数字病理	NA	单细胞RNA测序	小鼠模型	组织样本	七个（男性三名，女性四名）
12553	2024-08-04	PANoptosis and Autophagy-Related Molecular Signature and Immune Landscape in Ulcerative Colitis: Integrated Analysis and Experimental Validation 2024, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S455862 PMID:38800594	研究论文	本研究调查了与PANoptosis和自噬相关的溃疡性结肠炎(UC)的分子特征和免疫微环境	本研究首次识别并验证了与UC相关的PANoptosis和自噬的新分子特征，可能影响免疫失调和伤口愈合	研究中对候选基因的验证主要基于小鼠模型，缺乏大规模临床样本支持	探讨溃疡性结肠炎中PANoptosis和自噬相关基因的分子特征及免疫微环境	溃疡性结肠炎患者及小鼠模型的相关基因和免疫细胞渗透	数字病理学	溃疡性结肠炎	机器学习	NA	基因表达数据	分析了UC数据集GSE206285，验证了小鼠模型中的关键候选基因表达
12554	2024-08-05	Unveiling the molecular complexity of proliferative diabetic retinopathy through scRNA-seq, AlphaFold 2, and machine learning 2024, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2024.1382896 PMID:38800474	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序、非负矩阵因式分解、机器学习和AlphaFold 2方法探索增殖性糖尿病视网膜病变的分子水平	创新点在于结合多种高科技手段对PDR的细胞和分子特征进行深入研究	本研究可能受到样本量和研究设计的限制	探究增殖性糖尿病视网膜病变的复杂分子病理机制	针对增殖性糖尿病视网膜病变患者和健康对照者的单细胞RNA测序数据进行分析	数字病理学	糖尿病视网膜病变	单细胞RNA测序 (scRNA-seq), AlphaFold 2, 机器学习	NA	基因表达数据	包含增殖性糖尿病视网膜病变患者与健康对照者的样本
12555	2024-08-05	Isolation and Single-Cell Transcriptomic Analysis of Murine Regulatory B Cells 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3754-8_12 PMID:38622400	研究论文	本研究描述了一种针对小鼠调节性B细胞的分离协议，以进行单细胞RNA测序分析	提出了一种新的小鼠调节性B细胞的分离和分析方法，拓展了对调节性B细胞生物学的理解	研究主要集中于小鼠模型，可能在转化到人类时存在局限性	研究调节性B细胞在健康和疾病中的生物学特征	以易患狼疮的小鼠（MRL/lpr小鼠）为研究对象	数字病理学	自身免疫疾病	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	NA
12556	2024-08-05	Lysyl Oxidase Regulates Epithelial Differentiation and Barrier Integrity in Eosinophilic Esophagitis 2024, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2024.01.025 PMID:38340809	研究论文	本研究探讨了赖氨酸氧化酶（LOX）在嗜酸性食管炎中的作用，尤其是在上皮细胞分化和屏障完整性方面	本研究首次揭示了LOX在食管上皮中的非经典角色，作为重要的信号分子参与上皮稳态调节	本研究主要基于体外实验，临床应用的直接证据有限	研究LOX在嗜酸性食管炎中的功能作用及其对上皮细胞分化和屏障完整性的影响	人类嗜酸性食管炎患者来源的类器官和细胞文化模型	数字病理学	嗜酸性食管炎	单细胞RNA测序	三维类器官模型	基因组数据	使用了患者来源的类器官
12557	2024-08-05	Precision analysis of mutant U2AF1 activity reveals deployment of stress granules in myeloid malignancies 2022-03-17, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2022.02.025 PMID:35303483	研究论文	该文章研究了U2AF1突变在骨髓恶性肿瘤中的作用及其对应激颗粒的影响。	文章揭示了U2AF1突变带来的新3'剪接位点接触，以及这些突变如何通过影响应激颗粒成分促进癌症发展。	研究主要集中在特定突变，可能无法全面反映所有U2AF1突变的影响。	研究U2AF1突变对剪接和癌症的影响，特别是在骨髓恶性肿瘤中的作用。	研究对象包括U2AF1突变的细胞系和患者来源的骨髓增生异常综合症/急性髓性白血病细胞。	数字病理学	骨髓恶性肿瘤	交联免疫沉淀	NA	RNA-seq	涉及U2AF1突变细胞系和患者来源的细胞
12558	2024-08-05	Pooled CRISPR screening with single-cell transcriptome readout 2017-Mar, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/nmeth.4177 PMID:28099430	研究论文	本文结合了池化CRISPR筛选和单细胞RNA测序的方法	提出了一种CRISPR水滴测序（CROP-seq）方法，能够在单细胞转录组分辨率下进行池化CRISPR筛选	当前方法的提出可能仍受到现有CRISPR技术的限制	旨在促进对复杂调控机制和异质细胞群体的高通量功能解析	针对单个细胞的转录组响应与引导RNA表达进行关联	数字病理学	NA	CRISPR, 单细胞RNA测序	NA	转录组数据	成千上个体细胞
12559	2024-08-04	Peripheral nervous system lymphatic vessels: A simple delivery route to promote nerve regeneration 2024-Jul, Experimental neurology IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.expneurol.2024.114783 PMID:38688418	研究论文	本文阐明了周围神经系统淋巴血管的存在及其在神经再生中的作用	首次证明了外围神经中的淋巴血管在促进神经再生中的独特运输能力	研究主要集中在动物模型上，缺乏临床人类样本的验证	探讨周围神经系统淋巴血管在神经再生中的作用及其输送能力	使用大鼠、PROX1-EGFP转基因小鼠和人类的周围神经样本	数字病理学	周围神经损伤	单细胞测序	NA	组织样本	使用了大鼠和转基因小鼠的样本
12560	2024-08-05	Characteristics of peripheral blood mononuclear cells and potential related molecular mechanisms in patients with autoimmune hepatitis: a single-cell RNA sequencing analysis 2024-Jun, Medical molecular morphology IF:1.2Q3 DOI:10.1007/s00795-024-00380-5 PMID:38340154	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析自身免疫性肝炎患者外周血单核细胞的特征及潜在相关分子机制	首次利用单细胞RNA测序技术系统性分析自身免疫性肝炎患者的外周血单核细胞特征	对免疫细胞群体特征的理解仍然有限，可能没有考虑其他类型的免疫细胞	分析自身免疫性肝炎患者的外周血单核细胞特点及其潜在的分子机制	来自4名健康对照和4名自身免疫性肝炎患者的外周血单核细胞	数字病理学	自身免疫性肝炎	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	3690个来自健康对照和3511个来自自身免疫性肝炎患者的单细胞转录组