单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27464 篇文献，本页显示第 12521 - 12540 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 12521 | 2024-08-05 |
Regulation of muscle hypertrophy through granulin: Relayed communication among mesenchymal progenitors, macrophages, and satellite cells
2024-Apr-23, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.114052
PMID:38573860
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研究论文 | 该文章探讨了通过granulin调节肌肉肥大，并分析了间充质祖细胞、巨噬细胞和卫星细胞之间的通讯 | 该研究揭示了granulin在间充质祖细胞、巨噬细胞和MuSC之间的中介通讯在肌肉肥大中的关键作用 | 该研究的局限性在于对肌肉适应的细胞网络理解不足，相较于肌肉再生的研究较少 | 研究肌肉在过载和再生过程中细胞网络的变化及其在肌肉肥大中的调节作用 | 研究对象是过载肌肉和再生肌肉中的细胞组成及其基因表达模式 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 4天过载肌肉和10天再生肌肉 |
| 12522 | 2024-08-05 |
MAFB in macrophages regulates cold-induced neuronal density in brown adipose tissue
2024-Apr-23, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.113978
PMID:38522069
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研究论文 | 本研究探讨了转录因子MAFB在冷诱导的棕色脂肪组织中调节巨噬细胞功能的作用 | 揭示了MAFB缺乏与棕色脂肪组织热生热能力下降和神经元密度减少之间的关系 | 缺乏针对其他环境因素的综合分析 | 研究MAFB在巨噬细胞中对棕色脂肪组织中的热生热和神经密度的影响 | 使用巨噬细胞特异性MAFB缺陷小鼠来观察冷环境中的生理变化 | 数字病理学 | NA | RNA测序 | NA | 生物样本 | 使用巨噬细胞特异性MAFB缺陷小鼠，样本数未具体说明 |
| 12523 | 2024-08-05 |
Synergistic induction of tertiary lymphoid structures by chemoimmunotherapy in bladder cancer
2024-Apr, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-024-02598-7
PMID:38332180
|
研究论文 | 本文研究了在膀胱癌中，通过化疗和免疫疗法的联合使用促进三级淋巴结构的形成 | 首次系统评估了化疗和免疫疗法对膀胱癌患者免疫反应和淋巴结构成熟的联合效应 | 未提供对其他类型癌症的验证或比较研究 | 探讨其他治疗方式与免疫疗法联合使用以提高膀胱癌患者免疫反应的可能性 | 膀胱癌患者，特别是接受免疫检查点抑制剂治疗的患者 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序和大规模RNA测序 | NA | RNA数据 | 包括接受免疫检查点抑制剂和化疗的膀胱癌患者相关样本 |
| 12524 | 2024-08-04 |
CPPLS-MLP: a method for constructing cell-cell communication networks and identifying related highly variable genes based on single-cell sequencing and spatial transcriptomics data
2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae198
PMID:38678387
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研究论文 | 提出了一种基于单细胞测序和空间转录组数据的新方法CPPLS-MLP，用于构建细胞间通信网络并识别相关的高度变异基因 | 该方法通过更准确地识别与细胞通信密切相关的高度变异基因，提供了一种新的视角来构建细胞间通信网络 | 目前尚未提及该方法在特定情境下的局限性或潜在问题 | 探索细胞间通信与高度变异基因之间的关系 | 重点研究细胞间通信网络及其相关的高度变异基因 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 (scRNA-seq), 空间转录组 | CPPLS-MLP | 基因表达数据 | NA |
| 12525 | 2024-08-04 |
scBOL: a universal cell type identification framework for single-cell and spatial transcriptomics data
2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae188
PMID:38678389
|
研究论文 | 提出了一种名为scBOL的通用细胞类型识别框架，用于单细胞和空间转录组数据 | 首次提出了普遍细胞类型识别这一新任务，并设计了从双边原型对齐角度出发的端到端算法 | 该研究的限制未在摘要中具体说明 | 开发一种能够有效标注单细胞转录组数据的通用方法，适应于空间和非空间维度 | 单细胞转录组和空间转录组数据中的细胞类型 | 数字病理学 | NA | 自动编码器神经网络和图卷积网络 | 原型学习 | 转录组数据 | NA |
| 12526 | 2024-08-05 |
scINRB: single-cell gene expression imputation with network regularization and bulk RNA-seq data
2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae148
PMID:38600665
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研究论文 | 提出了一种基于网络正则化和批量RNA-seq数据的单细胞基因表达填充方法scINRB | scINRB通过网络正则化非负矩阵分解保持细胞间和基因间的相似性，并结合批量RNA-seq数据的信息 | 尽管scINRB表现出色，但研究的适用性和数据类型可能仍受限于特定的实验条件 | 开发一种准确且稳健的单细胞基因表达数据填充方法 | 主要研究单细胞RNA测序数据中的基因表达缺失（dropout事件） | 数字病理学 | NA | RNA-seq | 非负矩阵分解 | 数据集 | 在模拟和实验数据集上进行测试 |
| 12527 | 2024-08-05 |
The Characteristics of Macrophage Heterogeneity in Atherosclerotic Aortas
2024-02, Journal of cardiovascular translational research
IF:2.4Q3
DOI:10.1007/s12265-023-10434-1
PMID:37713049
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研究论文 | 本文研究了动脉粥样硬化中巨噬细胞亚群的特征 | 通过单细胞RNA测序分析巨噬细胞亚群的不同表型和功能特性 | 研究主要基于单细胞RNA测序数据，缺乏大型临床样本的验证 | 探讨巨噬细胞在动脉粥样硬化中的作用及其异质性 | 动脉粥样硬化中的巨噬细胞亚群 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 6个亚群（基于单细胞分析） |
| 12528 | 2024-08-05 |
A Novel Four-Gene Signature Based on Nonsense-Mediated RNA Decay for Predicting Prognosis in Hepatocellular Carcinoma: Bioinformatics Analysis and Functional Validation
2024, Journal of hepatocellular carcinoma
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JHC.S450711
PMID:38680213
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研究论文 | 本文提出了一种基于无义介导的RNA降解(NMD)的四基因风险模型，用于预测肝细胞癌的预后 | 创新的NMD风险模型通过四个NMD相关基因有效区分肝细胞癌的高低风险组 | 尚未提及具体的临床试验数据来进一步支持模型的临床适用性 | 研究NMD在肝细胞癌预后方面的潜力 | 374个肝细胞癌样本和50个正常肝样本 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | LASSO-Cox回归 | 无 | 基因表达数据 | 374个肝细胞癌样本和50个正常肝样本 |
| 12529 | 2024-08-04 |
Single cell and spatial transcriptomics analysis of kidney double negative T lymphocytes in normal and ischemic mouse kidneys
2023-11-28, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-48213-2
PMID:38017015
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研究论文 | 本文探讨了小鼠正常和缺血性肾脏中双阴性T淋巴细胞的单细胞与空间转录组学分析 | 研究首次揭示了相比传统CD4和CD8T细胞，DN T细胞在急性肾损伤中的分子特征和空间动态 | 对于DN T细胞的研究信息仍然非常有限，与CD4和CD8细胞的比较尚需进一步研究 | 阐明急性肾损伤期间DN T细胞的分子特征和空间动态 | 小鼠的DN、CD4和CD8 T细胞 | 数字病理学 | 急性肾损伤 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和空间转录组学 | NA | RNA数据 | 排序的小鼠DN、CD4和CD8细胞 |
| 12530 | 2024-08-05 |
Uncovering the Heterogeneity of Cardiac Lin-KIT+ Cells: A scRNA-seq Study on the Identification of Subpopulations
2023-10-08, Stem cells (Dayton, Ohio)
DOI:10.1093/stmcls/sxad057
PMID:37539750
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析心脏Lin-KIT+细胞的异质性及其亚群体。 | 该研究揭示并分类了心脏KIT细胞的三种主要亚群体及其独特的代谢适应性。 | 研究主要基于小鼠模型，可能无法完全反映人类心脏细胞的特性。 | 揭示心脏Lin-KIT+细胞的异质性并识别其亚群体及标记物。 | 成年小鼠心脏来源的细胞群体。 | 数字病理学 | 心血管疾病 | scRNA-seq | NA | 基因组数据 | 成年小鼠心脏细胞 |
| 12531 | 2024-08-05 |
Combinatorial Immunotherapy with Agonistic CD40 Activates Dendritic Cells to Express IL12 and Overcomes PD-1 Resistance
2023-10-04, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-22-0699
PMID:37478171
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研究论文 | 本文展示了联合使用CD40激动剂与抗PD-1治疗能够激活树突状细胞以表达IL12，从而克服PD-1抗性 | 该研究提出CD40激活与CSF1R阻断的联合治疗，为克服抗PD-1耐药性提供了一种新策略 | 该研究仅在小鼠模型中进行，临床应用的有效性需进一步验证 | 研究用于克服PD-1抗性的新型免疫治疗策略 | 以抗PD-1耐药的小鼠黑色素瘤模型为研究对象 | 数字病理学 | 癌症 | NA | NA | 单细胞RNA测序数据 | 多数小鼠 |
| 12532 | 2024-08-05 |
ScRNA-seq defines dynamic T-cell subsets in longitudinal colon and peripheral blood samples in immune checkpoint inhibitor-induced colitis
2023-08, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2023-007358
PMID:37586769
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研究论文 | 这篇文章研究了在免疫检查点抑制剂诱导的结肠炎中动态变化的T细胞亚群 | 文章通过单细胞RNA测序和T细胞受体测序识别了在结肠炎不同阶段的T细胞群体特征 | 这个研究是基于单一患者的样本，结果可能无法广泛应用于所有患者 | 旨在深入理解免疫检查点抑制剂诱导的结肠炎过程中的免疫环境变化 | 研究对象为接受了pembrolizumab治疗并发生结肠炎的Merkel细胞癌患者 | 数字病理学 | 结肠炎 | 单细胞RNA测序和T细胞受体测序 | NA | 血液和结肠组织样本 | 一个患者的样本 |
| 12533 | 2024-08-05 |
Accurate estimation of rare cell type fractions from tissue omics data via hierarchical deconvolution
2023-Mar-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.15.532820
PMID:36993280
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研究论文 | 提出了一种新的Hierarchical Deconvolution方法以准确估计组织样本中稀有细胞类型的比例 | 该方法采用单细胞RNA测序参考和层次细胞类型树，能够在相关细胞类型之间传递信息并改进稀有细胞的比例估计 | 现有方法对于细胞类型不明显的组织样本估计困难 | 提高组织样本中细胞类型比例的估计精度 | 组织样本中的细胞类型及其相关细胞比例 | 数字病理 | NA | 单细胞RNA测序 | 层次细胞类型树 | 转录组数据 | 通过模拟和真实数据应用进行了验证 |
| 12534 | 2024-08-04 |
SUMA: a lightweight machine learning model-powered shared nearest neighbour-based clustering application interface for scRNA-Seq data
2023, Turkish journal of biology = Turk biyoloji dergisi
DOI:10.55730/1300-0152.2675
PMID:38681777
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研究论文 | 本文介绍了SUMA，一个轻量级的机器学习模型驱动的共享最近邻聚类应用界面，用于scRNA-Seq数据 | SUMA使用随机森林模型预测邻居的最优数量，从而获得最佳聚类结果，并集成了多种常用方法 | 主要依赖用户定义的参数，可能会影响聚类结果的有效性 | 开发一种有效的工具用于单细胞转录组数据的聚类和细胞类型标注 | 公开的scRNA-Seq数据集及三种不同的基于图形的聚类算法 | 机器学习 | NA | 随机森林 | NA | 基因表达数据 | 多个公开可用的scRNA-Seq数据集 |
| 12535 | 2024-08-05 |
StemnesScoRe: an R package to estimate the stemness of glioma cancer cells at single-cell resolution
2023, Turkish journal of biology = Turk biyoloji dergisi
DOI:10.55730/1300-0152.2672
PMID:38681778
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研究论文 | 本研究开发了一个用于估计胶质瘤癌细胞干性指数的R软件包StemnesScoRe，达到单细胞分辨率。 | 首次使用scATAC-seq数据构建了特定于胶质瘤的干性评分模型。 | 尚未提及本研究的具体局限性 | 旨在更好地理解胶质瘤细胞的干性特征。 | 研究对象为胶质瘤癌症干细胞。 | 机器学习 | 胶质瘤 | scATAC-seq | 随机森林、梯度提升、极端梯度提升 | 转录组和表观基因组数据 | 涉及多个患者的胶质瘤单细胞RNA-seq数据和scATAC-seq数据 |
| 12536 | 2024-08-05 |
scATACpipe: A nextflow pipeline for comprehensive and reproducible analyses of single cell ATAC-seq data
2022, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2022.981859
PMID:36238687
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研究论文 | 提出了一种名为scATACpipe的Nextflow管道，用于全面和可重复地分析单细胞ATAC-seq数据 | 开发了一个易于使用、可扩展、可重复的scATAC-seq数据分析管道，填补了当前的工具和管道之间的空白 | 没有明显提到的局限性 | 旨在提供一个全面的单细胞ATAC-seq数据分析管道 | 针对单细胞ATAC-seq数据的质量评估、预处理、降维、聚类等 | 数字病理学 | NA | ATAC-seq | NA | 基因组数据 | 使用公共数据集进行验证，未具体说明样本数量 |
| 12537 | 2024-08-05 |
Ocular macrophage origin and heterogeneity during steady state and experimental choroidal neovascularization
2020-Nov-13, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-020-02010-0
PMID:33187533
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研究论文 | 本研究探讨了小鼠和人类眼部巨噬细胞在稳态和实验性脉络膜新生血管形成中的起源与异质性 | 首次揭示了小鼠和人类眼部巨噬细胞亚群的组成及其在疾病中的功能差异 | 尚未明确人类巨噬细胞亚群的所有功能特点和生物学意义 | 研究眼部巨噬细胞在稳态和病理状态下的异质性及其起源 | 小鼠模型及人类nAMD患者的巨噬细胞 | 数字病理学 | 与年龄相关的黄斑变性 | 单细胞RNA测序 | Cx3cr1CreER/+ ; Rosa26zsGFP/+小鼠模型 | RNA数据 | 涉及的小鼠和人类样本数量未具体说明 |
| 12538 | 2024-08-05 |
Matrix factorization and transfer learning uncover regulatory biology across multiple single-cell ATAC-seq data sets
2020-07-09, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaa349
PMID:32392348
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研究论文 | 本文提出了一种分析框架，用于整合多个单细胞ATAC-seq数据集。 | 通过应用CoGAPS矩阵分解算法和projectR转移学习程序，有助于识别多个scATAC-seq数据集中的共同调控模式。 | 本文没有提到具体的限制。 | 探讨如何整合多个单细胞ATAC-seq数据集和/或测序方式。 | 分析可公开获得的单细胞ATAC-seq数据集。 | 数字病理学 | NA | ATAC-seq | CoGAPS矩阵分解算法 | 单细胞基因组数据 | 使用了公开可得的多个单细胞ATAC-seq数据集 |
| 12539 | 2024-08-05 |
Comprehensive Analysis of a Dendritic Cell Marker Genes Signature to Predict Prognosis and Immunotherapy Response in Lung Adenocarcinoma
2024-Apr-29, Journal of immunotherapy (Hagerstown, Md. : 1997)
DOI:10.1097/CJI.0000000000000521
PMID:38679823
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研究论文 | 这项研究构建了一种新的树突状细胞标记基因特征，用于预测肺腺癌的预后和免疫治疗反应 | 提出了一种新的树突细胞标记基因特征，能够独立预测患者预后和免疫治疗效果 | 仅在有限的独立队列中验证了预测能力 | 开发预测肺腺癌预后及其对免疫治疗反应的新方法 | 肺腺癌患者的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | 风险评分模型 | 基因表达数据 | 在训练队列和6个独立队列中涉及到多个样本 |
| 12540 | 2024-08-05 |
Naive and regulatory B-cell transcription patterns guide the increased risk of papillary thyroid carcinoma in obesity
2024-Apr-28, Cellular and molecular biology (Noisy-le-Grand, France)
DOI:10.14715/cmb/2024.70.4.19
PMID:38678617
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研究论文 | 本文探讨了肥胖与乳头状甲状腺癌之间的关系，分析了B细胞转录模式的影响 | 揭示了肥胖人群中B细胞的转录模式与乳头状甲状腺癌风险增加之间的关联 | 尚未明确肥胖相关脂肪因子的具体调控机制 | 探讨肥胖如何增加乳头状甲状腺癌的风险及其相关机制 | 研究肥胖与乳头状甲状腺癌之间的关系及相关B细胞转录模式 | 数字病理学 | 乳头状甲状腺癌 | RNA测序 | NA | 基因表达数据、单细胞RNA序列数据 | 从GEO数据库下载的肥胖和健康人群的皮下脂肪组织RNA序列数据，以及乳头状甲状腺癌的肿瘤组织数据 |