单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 29104 篇文献，本页显示第 12521 - 12540 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 12521 | 2024-08-05 |
Transcriptomic profiling of retinal cells reveals a subpopulation of microglia/macrophages expressing Rbpms marker of retinal ganglion cells (RGCs) that confound identification of RGCs
2023-07-15, Brain research
IF:2.7Q3
DOI:10.1016/j.brainres.2023.148377
PMID:37121423
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研究论文 | 本研究通过转录组分析揭示了一种表达Rbpms标记的视网膜小胶质细胞/巨噬细胞亚群，并指出其可能会干扰视网膜神经节细胞（RGCs）的识别 | 首次发现Rbpms+视网膜小胶质细胞/巨噬细胞亚群可能导致对RGC的错误识别，并提供了避免此问题的解决方案 | 研究集中在特定条件下，可能无法完全代表所有视网膜细胞类型的复杂性 | 探讨RGCs的生物学和亚型，以及神经保护和轴突再生的机制 | 视网膜小胶质细胞和巨噬细胞 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 12522 | 2024-08-05 |
Transcriptomic profiling of retinal cells reveals a subpopulation of microglia/macrophages expressing Rbpms and Spp1 markers of retinal ganglion cells (RGCs) that confound identification of RGCs
2023-Jan-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.23.525216
PMID:36747805
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研究论文 | 本文分析了小鼠视网膜的微胶质细胞和巨噬细胞，发现其中特定亚群可能导致对视网膜神经节细胞的误识别 | 揭示了Rbpms+和Spp1+微胶质细胞/巨噬细胞在视网膜神经节细胞鉴定中的潜在混淆作用 | 仅分析了小鼠的视网膜细胞，无法推广到其他物种 | 研究视网膜神经节细胞的生物学及其亚型 | 视网膜微胶质细胞和巨噬细胞 | 数字病理 | NA | scRNA-seq | NA | 细胞数据 | 视网膜细胞亚群体 |
| 12523 | 2024-08-05 |
Celda: a Bayesian model to perform co-clustering of genes into modules and cells into subpopulations using single-cell RNA-seq data
2022-Sep, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqac066
PMID:36110899
|
研究论文 | 本文开发了一种名为Celda的新型贝叶斯模型，用于对单细胞RNA-seq数据中的基因和细胞进行共同聚类 | Celda能够量化每个基因对每个模块的概率贡献，并在其他常用流程中遗漏的细胞亚群中取得新的发现 | 未提及 | 揭示复杂组织的分子和细胞构建块，并表征转录程序及细胞异质性 | 使用单细胞RNA-seq数据进行基因和细胞的共同聚类分析 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA-seq | 贝叶斯层次模型 | 基因表达数据 | 外周血单核细胞数据集 |
| 12524 | 2024-08-05 |
A time-resolved, multi-symbol molecular recorder via sequential genome editing
2022-Aug, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-022-04922-8
PMID:35794474
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研究论文 | 本文描述了DNA打字机的系统，作为一种体内分子记录的通用方法 | 提出了一种新的分子记录方法，克服了现有DNA记忆设备的限制，能够捕捉事件的顺序和同时记录多个符号 | 尚未提及具体的限制因素 | 实现体内分子记录，记录复杂事件历史和短文本信息 | 使用单细胞RNA测序重建3,257个细胞的单系谱 | 数字病理学 | NA | CRISPR-Cas9 | NA | NA | 3,257个细胞 |
| 12525 | 2024-08-05 |
A single-cell transcriptomic atlas of the developing chicken limb
2019-May-22, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-019-5802-2
PMID:31117954
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序构建了小鸡肢体发育的转录组图谱 | 首次在细胞分辨率下 catalog 了小鸡环肢的发育组织类型和转录组动态 | 目前的研究主要集中在小鸡肢体的发育阶段，可能不适用于其他物种 | 揭示转录细胞类型特异性程序与形态形成之间动态相互作用 | 研究小鸡发育过程中不同的组织类型及其转录组动态 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞转录组数据 | 共测序了来自小鸡三个人肢发育阶段的17,628个细胞 |
| 12526 | 2024-08-05 |
Multiplexed, Sequential Secretion Analysis of the Same Single Cells Reveals Distinct Effector Response Dynamics Dependent on the Initial Basal State
2019-May-03, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.201801361
PMID:31065513
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研究论文 | 该文章展示了一种基于微芯片的多重、序列化的分泌分析方法，用于研究单个免疫细胞的效应器响应动态. | 文章创新性地提出了一种在同一单细胞上进行10重分泌测定的方法，揭示了基于初始基础状态的不同效应器响应动态 | 样本数量和时间点可能限制了对更广泛免疫反应的全面理解 | 研究不同激活模式下单个人类巨噬细胞对特定刺激物的响应动态 | 单个免疫细胞，尤其是人类巨噬细胞 | 数字病理学 | NA | 微芯片基础的分泌分析 | NA | 蛋白质分泌数据和单细胞RNA测序数据 | 大约5000个单细胞，在4个时间点同时测量 |
| 12527 | 2024-08-05 |
Endothelial-to-haematopoietic transition: an update on the process of making blood
2019-04-30, Biochemical Society transactions
IF:3.8Q2
DOI:10.1042/BST20180320
PMID:30902922
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评论 | 本综述总结了血液生成中内皮细胞向造血细胞转变的最新发现 | 更新了内皮向造血细胞转变（EHT）过程的诸多细节与研究进展 | 未提及具体的实验数据或模型验证 | 总结内皮细胞转变为造血细胞的过程和最新发现 | 胚胎中内皮细胞及其转变过程 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 小鼠、鸡和斑马鱼胚胎 | NA | 多种模型系统，包括小鼠、鸡和斑马鱼胚胎 |
| 12528 | 2024-08-05 |
Learning mutational graphs of individual tumour evolution from single-cell and multi-region sequencing data
2019-Apr-25, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-019-2795-4
PMID:31023236
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研究论文 | 本文介绍了一种新的计算框架TRaIT，用于推断肿瘤进化的突变图 | TRaIT是首个支持单细胞和多区域测序数据的同一统计框架，能够捕获复杂的进化现象 | 文中未提及具体的局限性 | 研究旨在重建个体肿瘤的进化模型 | 研究对象为通过单细胞和多区域测序获取的癌症数据集 | 数字病理学 | 肿瘤 | 测序 | 突变图模型 | 基因组数据 | 涉及多区域和单细胞测序的数据集，具体样本量未说明 |
| 12529 | 2024-08-05 |
Ex vivo Dynamics of Human Glioblastoma Cells in a Microvasculature-on-a-Chip System Correlates with Tumor Heterogeneity and Subtypes
2019-Apr-17, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.201801531
PMID:31016107
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研究论文 | 这篇文章评估了来自十名胶质母细胞瘤患者的BTSCs在微血管芯片系统中的动态 | 建立了微血管芯片系统作为PVN模型，揭示了泰BTSCs的运动特征与肿瘤异质性和亚型之间的关系 | 样本数量较小，仅涵盖十名患者，可能限制了研究结果的普适性 | 研究人类胶质母细胞瘤细胞在微血管环境中的动态与肿瘤异质性之间的关系 | 十名胶质母细胞瘤患者的脑肿瘤干细胞(BTSCs) | 数字病理学 | 胶质瘤 | 单细胞转录组测序 | NA | 细胞 | 10名患者，合计21,750个单细胞 |
| 12530 | 2024-08-05 |
SAFE-clustering: Single-cell Aggregated (from Ensemble) clustering for single-cell RNA-seq data
2019-04-15, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/bty793
PMID:30202935
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SAFE-clustering的单细胞RNA-seq数据聚类方法 | SAFE-clustering是一种灵活、准确且稳健的聚类方法，通过集成多种聚类方法的结果构建共识解 | NA | 提高单细胞RNA-seq数据的细胞类型聚类的准确性 | 多个单细胞RNA-seq数据集 | 数字病理学 | NA | scRNA-Seq | 聚类算法 | 数据集 | 12个数据集，单细胞数量从49到32,695不等 |
| 12531 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptome profiling of the Ciona larval brain
2019-04-15, Developmental biology
IF:2.5Q2
DOI:10.1016/j.ydbio.2018.09.023
PMID:30392840
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研究论文 | 该文章描述了使用单细胞RNA测序对Ciona幼虫大脑的转录组进行了分析 | 首次利用单细胞RNA测序技术对Ciona幼虫大脑的转录组进行全面剖析 | 仅关注特定类型的大脑细胞，可能无法全面代表整个大脑的基因表达特征 | 探索脊椎动物中枢神经系统的发育与连接 | Ciona robusta幼虫的单个脑细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 从整个Ciona幼虫大脑中分离的单个细胞 |
| 12532 | 2024-08-05 |
Phenotypic Landscape of Schizophrenia-Associated Genes Defines Candidates and Their Shared Functions
2019-04-04, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2019.01.048
PMID:30929901
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research paper | 这篇文章定义了与精神分裂症相关的候选基因及其功能 | 通过突变斑马鱼的同源基因，创建了一幅表型图谱，揭示了与精神分裂症相关基因的相互作用和共享功能 | 研究可能局限于斑马鱼模型，结果是否适用于人类仍需进一步验证 | 探索与精神分裂症相关的基因及其共同功能 | 132个与精神分裂症相关的人类基因的斑马鱼同源基因 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 脑活动图谱、脑结构差异、行为异常特征 | NA |
| 12533 | 2024-08-05 |
The Emergence and Functional Fitness of Memory CD4+ T Cells Require the Transcription Factor Thpok
2019-01-15, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2018.12.019
PMID:30638736
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研究论文 | 本研究探讨了转录因子Thpok在记忆CD4 T细胞产生中的作用 | 首次揭示了转录因子Thpok对记忆CD4 T细胞生成和功能适应性的关键作用 | 未详细探讨Thpok在不同免疫环境中的作用 | 研究记忆CD4 T细胞的产生机制及其功能 | 病毒特异性的CD4 T细胞 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 12534 | 2024-08-05 |
Infectious Disease Risk in Dialysis Patients: A Transdisciplinary Approach
2019, Canadian journal of kidney health and disease
IF:1.6Q3
DOI:10.1177/2054358119839080
PMID:31065378
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评论 | 本文探讨了感染性疾病在终末期肾病患者中的风险以及其与单基因病因之间的关系 | 结合全外显子测序和新技术，研究不同单基因原因的慢性肾病/终末期肾病的分子机制 | 这并不是文献的系统综述，观点受到作者个人看法的影响 | 深入了解感染过程与终末期肾病之间的相互作用，帮助开发靶向治疗策略 | 重点研究单基因病因引起的终末期肾病患者的感染性并发症 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 全外显子测序（WES）、RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | 文献综述 | NA |
| 12535 | 2024-08-05 |
Genetic identification of brain cell types underlying schizophrenia
2018-06, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-018-0129-5
PMID:29785013
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研究论文 | 本研究评估了与精神分裂症相关的基因组位点是否映射到特定的大脑细胞类型上 | 首次将精神分裂症的常见变异基因组结果与特定的大脑神经元类型相对应 | 该研究未详细探讨胚胎、前体或胶质细胞的作用 | 研究精神分裂症的遗传基础与大脑细胞类型之间的关系 | 主要关注神经元类型，特别是锥体细胞和中型棘突神经元 | 数字病理学 | 精神分裂症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | NA |
| 12536 | 2024-08-04 |
Single-cell transcriptomics of blood identified IFIT1+ neutrophil subcluster expansion in NTM-PD patients
2024-Aug-20, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.112412
PMID:38901242
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研究论文 | 这项研究揭示了非结核性分枝杆菌肺病患者外周血免疫细胞的转录组特征 | 识别出IFIT1+中性粒细胞亚群在非结核性肺病患者中的扩张，以及其在宿主免疫防御中的潜在重要性 | 样本量较小，仅有六名非结核性肺病患者参与研究 | 解析非结核性分枝杆菌肺病患者外周血免疫细胞的转录组，以探索潜在的临床标志物 | 来自六名非结核性肺病患者及两名健康对照的外周血样本 | 数字病理学 | 非结核性肺病 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 六名非结核性肺病患者和两名健康对照，共分析了27,898个细胞 |
| 12537 | 2024-08-04 |
Selumetinib overcomes ITGA2-induced 5-fluorouracil resistance in colorectal cancer
2024-Aug-20, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.112487
PMID:38889513
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研究论文 | 本研究探讨了Selumetinib如何克服ITGA2诱导的结直肠癌对5-氟尿嘧啶的耐药性 | 发现ITGA2与5-FU耐药性之间的关键关系，并提出了结合Selumetinib改善治疗效果的新策略 | 本研究的结果主要基于细胞模型，临床验证仍需进一步研究 | 揭示结直肠癌中5-FU耐药性机制及寻找潜在的二线治疗方法 | 结直肠癌细胞及其与5-FU耐药性的相关基因 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | 体内和体外模型 | 基因组数据 | 使用了多个GEO数据集中的结直肠癌组织的单细胞RNA测序数据 |
| 12538 | 2024-08-05 |
Integrated Bulk and Single-Cell RNA-Sequencing Reveals the Effects of Circadian Rhythm Disruption on the Metabolic Reprogramming of CD4+ T Cells in Alzheimer's Disease
2024-Aug, Molecular neurobiology
IF:4.6Q1
DOI:10.1007/s12035-023-03907-6
PMID:38265551
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研究论文 | 这项研究揭示了生物节律失调对阿尔茨海默病CD4+ T细胞代谢重编程的影响 | 提出了一种基于23个生物节律相关基因的CRDscore算法，用于有效分类阿尔茨海默病数据集中生物节律状态 | 缺乏对其他类型免疫细胞的深入研究 | 阐明生物节律相关基因对阿尔茨海默病T细胞免疫功能的影响机制 | 研究阿尔茨海默病中的CD4+ T细胞及其代谢 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | RNA测序 | LASSO, SVM-RFE, RF | 脑部样本 | 112个脑样本 |
| 12539 | 2024-08-05 |
Colorectal cancer-associated fibroblasts inhibit effector T cells via NECTIN2 signaling
2024-Jul-28, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2024.216985
PMID:38821255
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研究论文 | 研究揭示了结直肠癌相关成纤维细胞通过NECTIN2信号抑制效应性T细胞的机制 | 首次识别出一种新的免疫抑制性 CAF 群体，并表明 NECTIN2 是T细胞抑制的关键驱动因子 | 尚缺乏对结直肠癌中 CAF 的全面特征描述 | 探究结直肠癌中成纤维细胞的异质性及其对效应性T细胞的影响 | 健康人类结肠和结直肠癌患者中的成纤维细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | scRNA-seq 和空间蛋白组学 | NA | 细胞样本 | 近23,000个成纤维细胞 |
| 12540 | 2024-08-04 |
Benchmarking and integrating human B-cell receptor genomic and antibody proteomic profiling
2024-Jul-12, NPJ systems biology and applications
IF:3.5Q1
DOI:10.1038/s41540-024-00402-z
PMID:38997321
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研究论文 | 本文研究了人类B细胞受体和抗体的联合特征分析 | 创新点在于首次对bulkBCR-seq、scBCR-seq和Ab-seq三种技术生成的数据进行了综合分析 | 本研究仍需进一步验证多样本的普遍性 | 研究旨在评估B细胞受体和抗体组库的特征及其相关性 | 研究对象为健康人群的外周血B细胞和血清抗体 | 系统免疫学 | NA | bulkBCR-seq, scBCR-seq, Ab-seq | NA | 基因组数据，蛋白质组数据 | 健康人捐赠者的外周血B细胞样本 |