单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
12501	2024-08-05	scATACpipe: A nextflow pipeline for comprehensive and reproducible analyses of single cell ATAC-seq data 2022, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2022.981859 PMID:36238687	研究论文	提出了一种名为scATACpipe的Nextflow管道，用于全面和可重复地分析单细胞ATAC-seq数据	开发了一个易于使用、可扩展、可重复的scATAC-seq数据分析管道，填补了当前的工具和管道之间的空白	没有明显提到的局限性	旨在提供一个全面的单细胞ATAC-seq数据分析管道	针对单细胞ATAC-seq数据的质量评估、预处理、降维、聚类等	数字病理学	NA	ATAC-seq	NA	基因组数据	使用公共数据集进行验证，未具体说明样本数量
12502	2024-08-05	Ocular macrophage origin and heterogeneity during steady state and experimental choroidal neovascularization 2020-Nov-13, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-020-02010-0 PMID:33187533	研究论文	本研究探讨了小鼠和人类眼部巨噬细胞在稳态和实验性脉络膜新生血管形成中的起源与异质性	首次揭示了小鼠和人类眼部巨噬细胞亚群的组成及其在疾病中的功能差异	尚未明确人类巨噬细胞亚群的所有功能特点和生物学意义	研究眼部巨噬细胞在稳态和病理状态下的异质性及其起源	小鼠模型及人类nAMD患者的巨噬细胞	数字病理学	与年龄相关的黄斑变性	单细胞RNA测序	Cx3cr1CreER/+ ; Rosa26zsGFP/+小鼠模型	RNA数据	涉及的小鼠和人类样本数量未具体说明
12503	2024-08-05	Matrix factorization and transfer learning uncover regulatory biology across multiple single-cell ATAC-seq data sets 2020-07-09, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaa349 PMID:32392348	研究论文	本文提出了一种分析框架，用于整合多个单细胞ATAC-seq数据集。	通过应用CoGAPS矩阵分解算法和projectR转移学习程序，有助于识别多个scATAC-seq数据集中的共同调控模式。	本文没有提到具体的限制。	探讨如何整合多个单细胞ATAC-seq数据集和/或测序方式。	分析可公开获得的单细胞ATAC-seq数据集。	数字病理学	NA	ATAC-seq	CoGAPS矩阵分解算法	单细胞基因组数据	使用了公开可得的多个单细胞ATAC-seq数据集
12504	2024-08-05	Comprehensive Analysis of a Dendritic Cell Marker Genes Signature to Predict Prognosis and Immunotherapy Response in Lung Adenocarcinoma 2024-Apr-29, Journal of immunotherapy (Hagerstown, Md. : 1997) DOI:10.1097/CJI.0000000000000521 PMID:38679823	研究论文	这项研究构建了一种新的树突状细胞标记基因特征，用于预测肺腺癌的预后和免疫治疗反应	提出了一种新的树突细胞标记基因特征，能够独立预测患者预后和免疫治疗效果	仅在有限的独立队列中验证了预测能力	开发预测肺腺癌预后及其对免疫治疗反应的新方法	肺腺癌患者的单细胞RNA测序数据	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	风险评分模型	基因表达数据	在训练队列和6个独立队列中涉及到多个样本
12505	2024-08-04	Integrating Bulk RNA and Single-Cell Sequencing Data Unveils Efferocytosis Patterns and ceRNA Network in Ischemic Stroke 2024-Apr-28, Translational stroke research IF:3.8Q2 DOI:10.1007/s12975-024-01255-8 PMID:38678526	研究论文	本研究揭示了缺血性中风中凋亡细胞的清除模式和ceRNA网络	探索了缺血性中风后大脑中凋亡细胞清除机制及其对炎症和恢复的影响	尚未完全阐明凋亡细胞清除的细胞和分子机制	研究缺血性中风中炎症与凋亡细胞清除的关系	研究中提到的基因及其在缺血性中风中的功能	数字病理学	缺血性中风	RNA-seq	MCAO模型	基因表达数据	涉及多个公开数据集，共计数百个样本
12506	2024-08-05	Naive and regulatory B-cell transcription patterns guide the increased risk of papillary thyroid carcinoma in obesity 2024-Apr-28, Cellular and molecular biology (Noisy-le-Grand, France) DOI:10.14715/cmb/2024.70.4.19 PMID:38678617	研究论文	本文探讨了肥胖与乳头状甲状腺癌之间的关系，分析了B细胞转录模式的影响	揭示了肥胖人群中B细胞的转录模式与乳头状甲状腺癌风险增加之间的关联	尚未明确肥胖相关脂肪因子的具体调控机制	探讨肥胖如何增加乳头状甲状腺癌的风险及其相关机制	研究肥胖与乳头状甲状腺癌之间的关系及相关B细胞转录模式	数字病理学	乳头状甲状腺癌	RNA测序	NA	基因表达数据、单细胞RNA序列数据	从GEO数据库下载的肥胖和健康人群的皮下脂肪组织RNA序列数据，以及乳头状甲状腺癌的肿瘤组织数据
12507	2024-08-04	Comprehensiveness cuproptosis related genes study for prognosis and medication sensitiveness across cancers, and validation in prostate cancer 2024-04-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-57303-8 PMID:38671021	研究论文	本研究对铜死亡相关基因（CRGs）在多种癌症中的作用进行了全面调查	揭示了CRGs在不同癌症中的预后价值和药物敏感性关联，建立了前列腺癌的预后特征	研究中关于CRGs功能的机制仍然模糊，可能需要更多的实验来验证	探讨CRGs在各种癌症中的作用及其在前列腺癌中的验证	参与分析的26种癌症及前列腺癌患者	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	26种癌症中的多种样本，以及前列腺癌细胞
12508	2024-08-05	Short-Term Dietary Restriction Potentiates an Anti-Inflammatory Circulating Mucosal-Associated Invariant T-Cell Response 2024-Apr-22, Nutrients IF:4.8Q1 DOI:10.3390/nu16081245 PMID:38674935	研究论文	这篇文章探讨了短期饮食限制对抗炎症的循环粘膜相关不变T细胞反应的影响	本研究通过单细胞RNA测序解析了短期蛋白-卡路里饮食限制下MAIT细胞的转录组反应，并揭示了与肠道微生物种类变化的关系	对短期饮食限制及其对全身免疫影响的理解仍然不足，研究样本仅限于健康志愿者	研究短期饮食限制在调节术后炎症中的潜在作用	健康志愿者的PBMCs和粪便样本	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	血液和粪便样本	健康志愿者4名，进行为期4天的饮食限制
12509	2024-08-05	PPARγ attenuates cellular senescence of alveolar macrophages in asthma-COPD overlap 2024-Apr-20, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-024-02790-6 PMID:38643159	研究论文	本研究探讨了PPARγ在哮喘-慢性阻塞性肺疾病重叠症中的作用。	首次揭示了PPARγ在调节与细胞衰老相关的巨噬细胞特征中的重要作用。	本研究主要基于公共数据集，临床验证尚需进行。	研究PPARγ如何影响哮喘-慢性阻塞性肺疾病重叠症中巨噬细胞的衰老。	主要关注于哮喘-慢性阻塞性肺疾病重叠症患者的肺部单核细胞/巨噬细胞。	数字病理学	哮喘-慢性阻塞性肺疾病重叠症	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、RNA-Seq、CyTOF	NA	RNA，细胞数据	通过公共数据集及独立队列研究得到的BALF样本数据
12510	2024-08-05	Exploring MiR-484 Regulation by Polyalthia longifolia: A Promising Biomarker and Therapeutic Target in Cervical Cancer through Integrated Bioinformatics and an In Vitro Analysis 2024-Apr-19, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines12040909 PMID:38672263	研究论文	本研究通过综合生物信息学和体外分析探讨了MiR-484在宫颈癌中的作用	研究首次揭示了MiR-484在宫颈癌中的预后价值和作为治疗靶点的潜力	未在临床样本中进行验证	探索MiR-484作为宫颈癌的生物标志物和治疗靶点的可能性	宫颈癌细胞和相关的生物信息学数据	数字病理学	宫颈癌	qRT-PCR和单细胞RNA测序	多元Cox回归模型	基因表达数据	涉及多种癌症样本和宫颈癌细胞系
12511	2024-08-05	Evolutionary and developmental specialization of foveal cell types in the marmoset 2024-Apr-16, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2313820121 PMID:38598343	研究论文	本文探讨了狨猴中心凹细胞类型的进化与发育特化	研究揭示了狨猴以及其他灵长类的中心凹细胞类型的保守细胞结构，并发现了不同区域细胞类型的独特发育轨迹	研究对象仅限于狨猴，可能无法完全代表其他灵长类动物的情况	探索中心凹的发育、结构和进化	普通狨猴的视网膜细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞数据	包括新生儿和成人狨猴的视网膜细胞
12512	2024-08-04	Renal Endothelial Single-Cell Transcriptomics Reveals Spatiotemporal Regulation and Divergent Roles of Differential Gene Transcription and Alternative Splicing in Murine Diabetic Nephropathy 2024-Apr-13, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25084320 PMID:38673910	研究论文	该研究揭示了与糖尿病肾病进展相关的基因转录和选择性剪接的时空调控	通过单细胞转录组学方法识别了不同内皮细胞表型及其在疾病进展中的不同作用	研究仅使用了小鼠模型，可能无法完全代表人类疾病	探索糖尿病肾病中内皮细胞的异质性及其分子机制	来自糖尿病小鼠和非糖尿病同窝小鼠的肾脏内皮细胞	数字病理学	糖尿病肾病	SmartSeq2单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	5464个内皮细胞
12513	2024-08-05	Cellular senescence and metabolic reprogramming model based on bulk/single-cell RNA sequencing reveals PTGER4 as a therapeutic target for ccRCC 2024-Apr-11, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-024-12234-5 PMID:38605343	研究论文	本研究建立了一个基于RNA测序的细胞衰老与代谢重编程模型，并提出了PTGER4作为治疗ccRCC的靶点。	首次系统性探讨了与衰老相关的代谢过程变更与ccRCC之间的关系，并开发了一个新模型SeMRM以预测患者的生存率。	本研究可能受限于数据集的偏差及其适用性，且缺乏长期跟踪数据验证。	研究细胞衰老和代谢重编程在ccRCC中的作用，探讨其潜在的治疗靶点。	以ccRCC患者为对象，研究其代谢活动、免疫微环境及治疗反应等。	数字病理学	肾癌	RNA测序	风险评分模型 (SeMRM)	基因组数据，临床信息	使用了两个ccRCC数据集和一个单细胞数据集，具体样本量未明确说明
12514	2024-08-05	Immune Characteristic Genes and Neutrophil Immune Transformation Studies in Severe COVID-19 2024-Apr-04, Microorganisms IF:4.1Q2 DOI:10.3390/microorganisms12040737 PMID:38674681	研究论文	本研究识别了六个与 COVID-19 重症相关的免疫特征基因，并探讨了中性粒细胞在重症中的免疫转化。	本研究首次确定了 COVID-19 重症的免疫特征基因和关键免疫细胞，以及中性粒细胞的转变机制。	本研究的免疫特征基因和细胞机制尚需在更大规模的研究中验证。	探讨 COVID-19 重症的免疫病理特征及中性粒细胞的免疫转化过程。	研究对象为 COVID-19 重症患者外周血和支气管肺泡灌洗液中的细胞。	数字病理学	COVID-19	mRNA-seq, scRNA-seq	NA	基因表达数据	来自 COVID-19 患者的外周血和支气管肺泡灌洗液样本
12515	2024-08-04	GTADC: A Graph-Based Method for Inferring Cell Spatial Distribution in Cancer Tissues 2024-Apr-03, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom14040436 PMID:38672453	研究论文	本研究提出了一种基于图的方法GTADC，旨在推断癌症组织中细胞的空间分布。	GTADC通过利用轮廓得分来捕捉细胞类型内具有显著表达差异的基因，相较于传统方法增强了基因选择的准确性。	传统分析方法在处理癌细胞与正常细胞之间的基因表达差异时并不够准确，依赖于统计方法可能无法精确捕捉细胞类型的差异。	研究旨在更深入了解早期癌症，并为早期癌症诊断提供潜在支持。	研究对象为癌症组织中的细胞，特别是识别不同细胞类型的空间组合。	数字病理学	癌症	空间转录组学（ST）和单细胞测序（scRNA-seq）	图神经网络	基因表达数据	NA
12516	2024-08-05	Tumor Cell-Derived Complement Component C1r Acts as a Prognostic Biomarker and Promotes Esophageal Squamous Cell Carcinoma Progression 2024-Apr-02, Frontiers in bioscience (Landmark edition) DOI:10.31083/j.fbl2904138 PMID:38682192	研究论文	本研究探讨了C1r在食道鳞状细胞癌（ESCC）中的表达模式及其肿瘤促进作用	C1r被发现不仅作为预后生物标志物，还促进了食道鳞状细胞癌的进展	本研究可能未全面揭示C1r其他潜在的肿瘤相关功能	旨在调查C1r在食道鳞状细胞癌中的作用及其相关机制	食道鳞状细胞癌组织、恶性上皮细胞以及培养的ESCC细胞	数字病理学	食道癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、Western blotting	无毛小鼠模型	组织样本、细胞培养样本	样本数量未具体提及，涉及ESCC组织、恶性上皮细胞和小鼠实验
12517	2024-08-05	Role of Tumor-Associated Macrophages in Cervical Cancer: Integrating Classical Perspectives with Recent Technological Advances 2024-Mar-27, Life (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/life14040443 PMID:38672714	综述	本文综述了肿瘤相关巨噬细胞在宫颈癌中的作用及其影响	提出结合最新研究技术深入研究宫颈癌中的肿瘤相关巨噬细胞	肿瘤相关巨噬细胞在宫颈癌中的研究相对较少	探讨肿瘤相关巨噬细胞在宫颈癌进展中的作用	肿瘤相关巨噬细胞及其对宫颈癌的影响	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序和空间RNA测序	NA	NA	NA
12518	2024-08-05	Single-cell transcriptional landscapes of bovine peri-implantation development 2023-Jun-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.06.13.544813 PMID:37398069	研究论文	该文章展示了牛的胚胎植入前发育过程中单细胞转录组的全景视图	发现了一种之前未被认识的原始滋养层细胞谱系，负责牛的妊娠维持	没有提供具体的样本量信息	全面理解牛的植入前发育中的细胞层次及其分子机制	牛的植入前胚胎在不同发育阶段的细胞组成和基因表达	数字病理学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	不同发育阶段（第12、14、16和18天）的单细胞样本
12519	2024-08-05	Inference of cell type-specific gene regulatory networks on cell lineages from single cell omic datasets 2023-05-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-38637-9 PMID:37244909	研究论文	本文提出了一种新颖的方法，通过单细胞组学数据推断特定细胞类型的基因调控网络	开发了单细胞多任务网络推断(scMTNI)框架，可以整合scRNA-seq和scATAC-seq数据，推断细胞谱系上的基因调控网络	当前方法在整合scRNA-seq和scATAC-seq测量及建模网络动态方面存在局限性	旨在提高细胞类型特异性基因调控网络的推断精度	特定细胞类型的基因调控网络	数字病理学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 单细胞可转座酶可及染色质测序(scATAC-seq)	多任务学习框架	模拟数据和真实数据	NA
12520	2024-08-05	Multimodal single-cell analysis reveals distinct radioresistant stem-like and progenitor cell populations in murine glioma 2020-12, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.23866 PMID:32621641	研究论文	这篇文章展示了小鼠胶质瘤中不同的耐辐射干样和祖细胞群体的多模态单细胞分析	首次结合侧群分析和单细胞RNA测序，揭示了胶质瘤对辐射的细胞反应时间过程	研究主要集中在小鼠模型上，可能无法完全代表人类胶质瘤的复杂性	探讨胶质瘤中耐辐射细胞群体及其对辐射的反应	小鼠胶质瘤模型中的肿瘤细胞和免疫细胞群体	数字病理学	NA	单细胞RNA测序，FACS	NA	细胞	NA