单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
12481	2024-08-04	The guardians of pulmonary harmony: alveolar macrophages orchestrating the symphony of lung inflammation and tissue homeostasis 2024-Apr-30, European respiratory review : an official journal of the European Respiratory Society IF:9.0Q1 DOI:10.1183/16000617.0263-2023 PMID:38811033	综述	该文章全面论述了肺泡巨噬细胞在肺部炎症和组织稳态中的重要作用	整合了单细胞测序、细胞和组织成像技术等多项最新研究，提供了肺泡巨噬细胞功能可塑性的综合视角	未提供具体的实验数据或样本分析结果	探讨肺泡巨噬细胞在维持肺部健康和应对疾病环境中的作用	主要研究肺泡巨噬细胞及其相应的信号通路和功能特点	数字病理学	NA	单细胞测序、细胞成像技术	NA	NA	NA
12482	2024-08-04	Single-cell RNA-seq analysis reveals the Wnt/Ca2+ signaling pathway with inflammation, apoptosis in nucleus pulposus degeneration 2024-Apr-23, BMC musculoskeletal disorders IF:2.2Q3 DOI:10.1186/s12891-024-07368-3 PMID:38654287	研究论文	本研究揭示了正常与退变的人类髓核细胞中Wnt/Ca2+信号通路的差异表达	首次通过单细胞RNA测序分析发现人类退变髓核细胞中Wnt/Ca2+信号通路的表达差异	研究主要集中在特定人群的细胞，样本的多样性和广泛性可能会影响结果的普适性	研究正常与退变髓核细胞中Wnt/Ca2+信号通路的表达差异及其机制	正常与退变的人类髓核细胞	数字病理学	脊椎间盘退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	细胞数据	NA
12483	2024-08-04	Single-cell RNA-seq of Drosophila miranda testis reveals the evolution and trajectory of germline sex chromosome regulation 2024-Apr, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3002605 PMID:38687805	研究论文	这篇文章揭示了发育中性染色体的调控及其对性染色体结构演化的影响	本研究利用D. miranda的年轻性染色体，展示了以前的常染色体是如何获得特定于性染色体的调控程序	本研究主要集中在D. miranda的性染色体，可能不适用于其他物种	研究性染色体的演变及生殖系调控机制	使用单细胞和大规模RNA测序分析D. miranda的生殖细胞	数字病理学	NA	RNA测序	NA	转录组数据	NA
12484	2024-08-04	Studying plant vascular development using single-cell approaches 2024-04, Current opinion in plant biology IF:8.3Q1 DOI:10.1016/j.pbi.2024.102526 PMID:38479078	研究论文	研究通过单细胞方法理解植物血管发育	总结和反思了最近使用单细胞转录组技术研究血管细胞类型的新进展	NA	理解血管细胞发育中的转录调控	植物血管细胞及其发育过程	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和单核RNA测序 (snRNA-seq)	NA	转录组数据	NA
12485	2024-08-05	Single-cell multi-omics analysis identifies context-specific gene regulatory gates and mechanisms 2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae180 PMID:38653489	研究论文	该研究介绍了一种名为scGATE的新计算工具，用于推断特定细胞类型或状态的转录因子与基因之间的调控关系	scGATE通过使用贝叶斯框架推断布尔规则，无需为每个布尔规则单独进行公式和可能性计算，从而显著减少了时间复杂度	NA	推断特定细胞类型或状态的基因调控网络	转录因子与基因的相互作用网络	数字病理学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞多组学数据	使用小鼠组织和人血的合成及真实单细胞数据
12486	2024-08-04	Non-coding genome contribution to ALS 2024, International review of neurobiology DOI:10.1016/bs.irn.2024.04.002 PMID:38802183	研究论文	总结了非编码基因组在肌肉萎缩侧索硬化症（ALS）中的贡献	提出细胞特异性功能注释对于发现ALS相关遗传变异的重要性	缺乏针对大多数ALS患者的特定遗传驱动因素的理解	探索非编码基因组中的遗传风险变异对ALS的影响	ALS患者的非编码基因组遗传变异	数字病理学	肌肉萎缩侧索硬化症	单细胞表观遗传学分析和空间转录组学	NA	NA	NA
12487	2024-08-04	Comparative Methods for Demystifying Spatial Transcriptomics 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3838-5_17 PMID:38819570	研究论文	本文探讨了空间转录组技术(ST)的比较方法。	提出了通过比较不同基因组或转录组参考对ST实验结果影响的新见解。	研究中只集中于Visium平台提供的分析软件，未涵盖其他可能的ST平台。	分析空间转录组实验中的基因表达特征并优化分析流程。	研究对象包括使用ST技术的细胞群体及其基因表达数据。	数字病理学	NA	RNA-Seq	NA	图像和基因表达数据	使用了不同点的多组RNA读取数据
12488	2024-08-04	Dynamic changes of immunocyte subpopulations in thermogenic activation of adipose tissues 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1375138 PMID:38812501	研究论文	本研究探讨了不同冷暴露期间脂肪组织内免疫细胞的动态变化	识别了几种新的免疫细胞亚群，这些亚群可能有助于脂肪组织在冷暴露下的产热激活	研究主要集中在小鼠模型，可能不完全反映人类的情况	探讨冷暴露对热生成脂肪组织内免疫细胞的整体变化	不同冷暴露期间的热生成性脂肪组织中的免疫细胞	NA	代谢疾病	单细胞测序, 流式细胞术, 免疫荧光, 定量实时PCR	NA	免疫细胞数据	使用了两个不同类型的热生成性脂肪组织的样本
12489	2024-08-04	Dissecting Spatiotemporal Structures in Spatial Transcriptomics via Diffusion-Based Adversarial Learning 2024, Research (Washington, D.C.) DOI:10.34133/research.0390 PMID:38812530	研究论文	本文介绍了一种计算框架PearlST，用于准确推断空间转录组数据中的时空结构	提出了结合偏微分方程增强对抗图自编码器的新方法，显著提升从空间转录组数据中提取特征的能力	未知所涉及的具体技术限制和数据集限制	研究空间转录组数据中的时空结构推断	空间转录组数据及其相关生物学背景	数字病理学	乳腺癌	对抗图自编码器	Wasserstein对抗正则化图自编码器	空间转录组数据	多个不同分辨率的空间转录组数据集
12490	2024-08-05	Autoimmune CD8+ T cells in type 1 diabetes: from single-cell RNA sequencing to T-cell receptor redirection 2024, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2024.1377322 PMID:38800484	评论	本文探讨了1型糖尿病中自身免疫CD8+ T细胞及其T细胞受体的机制。	提出了通过调节自身反应性CD8+ T细胞来治疗或显著改善1型糖尿病的潜在策略。	缺乏对CD8+ T细胞的精确和稳定靶向治疗的机制探讨。	探讨1型糖尿病中自身免疫CD8+ T细胞及其TCR的作用机制。	自身免疫CD8+ T细胞和T细胞受体。	数字病理学	1型糖尿病	单细胞RNA测序, CRISPR/Cas9, CAR-T	NA	NA	NA
12491	2024-08-05	Genetic and Functional Analyses of Cutibacterium Acnes Isolates Reveal the Association of a Linear Plasmid with Skin Inflammation 2024-01, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2023.05.029 PMID:37478901	研究论文	本研究分析了不同Cutibacterium acnes菌株与皮肤炎症的关系	发现了与皮肤炎症相关的线性质粒及其在不同菌株中的作用	该研究未能完全解析菌株类型与疾病之间的相关性	理解不同菌株如何导致皮肤炎症	从健康及痤疮患者的皮肤拭子中提取的C. acnes菌株	数字病理学	痤疮	全基因组测序	NA	细菌样本	从健康个体和痤疮患者中提取的多个菌株
12492	2024-08-04	Self-patterning of human stem cells into post-implantation lineages 2023-Oct, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06354-4 PMID:37369348	研究论文	这项研究展示了人类多能干细胞被触发自我组织成三维结构，重现早期人类胚胎发育的一些关键时空事件	提供了一种可重复、易于处理和可扩展的实验平台以理解人类发育的基本细胞和分子机制	未建立胎盘细胞类型，局限于人胚胎发育的特定阶段	探索人类发育的基本细胞和分子机制	人类多能干细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组学	三维自组织模型	细胞状态无特定类型	NA
12493	2024-08-05	Multiplexed single-cell lineage tracing of mitotic kinesin inhibitor resistance in glioblastoma 2023-Sep-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.09.557001 PMID:37745469	研究论文	本研究探讨了神经胶质瘤中对KIF11抑制剂的耐药性	首次使用多重谱系追踪条形码和单细胞RNA测序分析患者来源的神经胶质瘤细胞对药物耐药性的时间过程	研究主要集中在患者来源细胞的体外实验，临床转化的经历尚不明确	研究KIF11抑制剂在神经胶质瘤中的耐药机制	患者来源的神经胶质瘤神经球	数字病理学	神经胶质瘤	单细胞RNA测序	NA	细胞	患者来源的神经胶质瘤神经球
12494	2024-08-05	Evaluating the transcriptional landscape and cell-cell communication networks in chronically irradiated parotid glands 2023-May-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.106660 PMID:37168562	研究论文	本文探讨了长期辐射后唾液腺的转录组景观和细胞间通信网络	识别了特定表达的分泌细胞群体，可能是腺泡细胞前体，并展示了放射治疗后免疫参与的转录影响	研究仅限于小鼠模型，可能无法完全代表人类的生理情况	揭示辐射导致的慢性唾液功能低下的转录机制，以帮助识别损伤机制和开发再生疗法	采用了来自对照组和经过辐射的鼠类唾液腺的单细胞RNA测序分析	数字病理学	NA	scRNA-seq	NA	RNA序列数据	对照组和辐射组的小鼠唾液腺样本，具体数量未说明
12495	2024-08-05	Genetic and Molecular Contributors in Eosinophilic Esophagitis 2023-05, Current allergy and asthma reports IF:5.4Q1 DOI:10.1007/s11882-023-01075-0 PMID:37084008	综述	本文旨在提供关于嗜酸性食管炎的遗传和分子进展的历史和最新更新	文章总结了最近的遗传和分子进展，强调了多种发现对理解该疾病的影响	没有明确提及具体的限制	旨在深入理解嗜酸性食管炎的遗传和分子机制	研究嗜酸性食管炎的遗传和分子因素	数字病理学	嗜酸性食管炎	新一代测序技术，包括全基因组关联研究、全外显子测序和RNA测序	NA	基因组数据	NA
12496	2024-08-05	Isolation of human cutaneous immune cells for single-cell RNA sequencing 2023-Apr-28, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102239 PMID:37120815	研究论文	本研究展示了一种从人类皮肤中分离高活性免疫细胞以进行单细胞RNA测序的方案	提出了一种新的方案来有效分离人类皮肤中的免疫细胞，以克服其屏障特性带来的挑战	该研究未提供关于该协议在其它类型皮肤或疾病背景下的验证	研究旨在开发从人类皮肤中分离可用于单细胞RNA测序的免疫细胞的技术	本研究的对象为人类皮肤的免疫细胞	数字病理学	炎症性疾病	单细胞RNA测序	NA	NA	皮肤活检样本
12497	2024-08-05	Reprogramming the tumor microenvironment leverages CD8+ T cell responses to a shared tumor/self antigen in ovarian cancer 2023-Mar-16, Molecular therapy oncolytics IF:5.3Q1 DOI:10.1016/j.omto.2023.02.002 PMID:36875325	研究论文	本文研究了CXCR4拮抗剂武装的溶瘤病毒疗法对卵巢癌微环境和抗肿瘤免疫的影响	提出CXCR4-A武装的溶瘤病毒疗法在耐受性的肿瘤微环境中增强CD8 T细胞反应的机制	研究主要集中在转基因小鼠模型上，临床应用效果尚未证实	探索增强卵巢癌免疫治疗效果的新策略	使用SV40 T抗原卵巢癌的小鼠模型	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序	NA	图像，基因组数据	使用了抗原天真的野生型小鼠和转基因小鼠
12498	2024-08-05	The profile of cytokines against bacterial infection in dental pulp 2024-Jun, The journal of gene medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1002/jgm.3707 PMID:38811236	研究论文	文章总结了健康和炎症牙髓中不同细胞类型的细胞因子分泌谱	首次在单细胞水平分析牙髓中细胞对细菌感染的细胞因子反应模式	仅依赖于GEO数据集的单细胞转录组数据，缺乏进一步的实验证实	研究牙髓细胞如何通过细胞因子响应细菌感染	健康和炎症状态下的牙髓组织细胞	数字病理	NA	单细胞转录组测序	NA	基因表达数据	健康牙髓和炎症牙髓样本的基因表达数据
12499	2024-08-05	M2 macrophage-derived TGF-β induces age-associated loss of adipogenesis through progenitor cell senescence 2024-Jun, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2024.101943 PMID:38657734	研究论文	这项研究揭示了M2巨噬细胞来源的TGF-β通过前体细胞衰老引起的与年龄相关的脂肪生成损失	本研究首次展示了p16high衰老前体细胞在年龄相关的脂肪生成损失中的生物学作用	研究主要集中在小鼠模型上，可能无法完全代表人类的生理和病理状态	探索与年龄相关的脂肪生成衰退的分子机制	衰老的脂肪前体细胞及其与免疫细胞的相互作用	数字病理学	癌症消耗症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA-seq数据	老年p16-CreERT2/Rosa26-LSL-tdTomato小鼠中的p16high脂肪细胞
12500	2024-08-04	Immune rebalancing at the maternal-fetal interface of maternal SARS-CoV-2 infection during early pregnancy 2024-May-28, Protein & cell IF:13.6Q1 DOI:10.1093/procel/pwae006 PMID:38441496	研究论文	该研究分析了早期妊娠中母体SARS-CoV-2感染对母胎界面的影響。	发现了早期妊娠中母体感染SARS-CoV-2引起的免疫应答和代谢变化，以及随后建立的新动态平衡。	目前对早期妊娠SARS-CoV-2感染对母胎界面的影响仍然了解不足。	探讨母体SARS-CoV-2感染对母胎界面的影响及其机制。	分析了感染SARS-CoV-2的胎盘样本。	数字病理学	NA	单细胞转录组学和代谢组学	NA	胎盘样本	NA