单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 12441 - 12460 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 12441 | 2024-12-12 |
Polyclonal-to-monoclonal transition in colorectal precancerous evolution
2024-Dec, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-08133-1
PMID:39478225
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研究论文 | 本文使用基于碱基编辑的DNA条形码系统，在肠道肿瘤发生的小鼠模型中全面绘制了单细胞谱系图谱，揭示了结直肠癌前病变的克隆演化过程 | 首次通过高分辨率单细胞谱系分析，揭示了结直肠息肉的克隆起源和多克隆到单克隆的转变过程，并发现了早期多克隆病变中的细胞间相互作用 | 研究主要基于小鼠模型和人类样本的批量测序数据，可能无法完全反映人类结直肠癌前病变的复杂性 | 揭示结直肠癌前病变的起源和演化过程，为早期干预提供理论基础 | 小鼠肠道肿瘤模型和人类散发性结直肠息肉 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序、全外显子测序、全基因组测序 | NA | 单细胞数据 | 260,922个单细胞，来自正常、炎症和肿瘤性肠道组织 | NA | NA | NA | NA |
| 12442 | 2024-12-12 |
Tau Accumulation Induces Microglial State Alterations in Alzheimer's Disease Model Mice
2024-Dec, eNeuro
IF:2.7Q3
DOI:10.1523/ENEURO.0260-24.2024
PMID:39592224
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研究论文 | 本研究通过向人源化tau的敲入小鼠脑内注射来自人类大脑的tau蛋白，生成了一种新的阿尔茨海默病模型小鼠，并探讨了tau积累对小胶质细胞状态的影响 | 首次通过空间转录组学和单细胞RNA测序数据，展示了tau传播和积累在阿尔茨海默病模型小鼠脑中诱导疾病相关小胶质细胞表型的现象 | 需要进一步使用单细胞分辨率的空间转录组学来更准确地解释tau病理对小胶质细胞的影响 | 探讨tau病理与小胶质细胞状态之间的关系 | 阿尔茨海默病模型小鼠的小胶质细胞状态 | NA | 阿尔茨海默病 | 单核RNA测序，空间转录组学 | NA | RNA | 人源化tau的敲入小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 12443 | 2024-12-12 |
Research trends and hotspots of the applications of single-cell RNA sequencing in cardiovascular diseases: a bibliometric and visualized study
2024-Dec, Annals of medicine and surgery (2012)
DOI:10.1097/MS9.0000000000002681
PMID:39649887
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研究论文 | 本研究通过文献计量学和可视化分析，探讨了单细胞RNA测序在心血管疾病中的应用趋势和热点 | 首次系统地对单细胞RNA测序在心血管疾病中的应用进行了文献计量学和可视化分析 | 研究仅基于Web of Science Core Collection数据库中的文献，可能存在一定的偏倚 | 探讨单细胞RNA测序在心血管疾病中的应用现状和发展趋势 | 单细胞RNA测序在心血管疾病中的应用文献 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 文本 | 1170篇文献 | NA | NA | NA | NA |
| 12444 | 2024-12-12 |
Gene regulatory networks in abiotic stress responses via single-cell sequencing and spatial technologies: Advances and opportunities
2024-Dec, Current opinion in plant biology
IF:8.3Q1
DOI:10.1016/j.pbi.2024.102662
PMID:39541907
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研究论文 | 本文探讨了单细胞测序和空间技术在解析非生物胁迫响应基因调控网络中的进展、挑战和机遇 | 利用单细胞RNA测序和空间转录组技术，结合染色质可及性分析，揭示了植物细胞在非生物胁迫下的转录组景观和细胞间相互作用 | 需要进一步整合多组学数据以发现细胞类型特异性的基因调控网络 | 增强作物植物对气候变化的适应能力 | 非生物胁迫响应的基因调控网络 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、染色质可及性分析 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 12445 | 2024-12-12 |
From fallopian tube epithelium to high-grade serous ovarian cancer: A single-cell resolution review of sex steroid hormone signaling
2024-Nov, Progress in lipid research
IF:14.0Q1
DOI:10.1016/j.plipres.2024.101302
PMID:39396711
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综述 | 本文探讨了从输卵管上皮到高级别浆液性卵巢癌的性类固醇激素信号传导的分子机制 | 提供了性类固醇受体、类固醇生成和类固醇代谢酶的综合基因表达图谱，揭示了不同细胞群体在卵巢癌发生中的作用 | NA | 探讨高级别浆液性卵巢癌的早期分子机制及其预防和早期检测策略 | 输卵管上皮细胞和高级别浆液性卵巢癌 | NA | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 12446 | 2024-12-12 |
scGRN-Entropy: Inferring cell differentiation trajectories using single-cell data and gene regulation network-based transfer entropy
2024-Nov, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1012638
PMID:39585902
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研究论文 | 提出了一种新的方法scGRN-Entropy，用于从单细胞RNA测序数据中推断细胞分化轨迹和伪时间 | 通过整合基因调控网络的动态变化，提高了细胞分化轨迹推断的准确性 | NA | 研究细胞分化过程，揭示疾病（如癌症）的内在机制，并推动治疗和精准医学的发展 | 单细胞RNA测序数据中的细胞分化轨迹 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 最小生成树算法 | 基因表达数据 | 八个不同的真实单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 12447 | 2024-12-12 |
The effect of data transformation on low-dimensional integration of single-cell RNA-seq
2024-Apr-30, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-024-05788-5
PMID:38689234
|
研究论文 | 研究了数据转换方法对单细胞RNA测序数据低维整合的影响 | 比较了16种数据转换方法对单细胞聚类分析和批次整合分析的影响，并探讨了数据转换对深度特征编码分析的影响 | 数据转换方法的性能在不同数据集之间差异较大，每个数据集的最优方法不同 | 研究数据转换方法对单细胞RNA测序数据低维整合的影响 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 自编码器模型、原型网络 | 基因表达数据 | 多个单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 12448 | 2024-12-12 |
NKX2-2 based nuclei sorting on frozen human archival pancreas enables the enrichment of islet endocrine populations for single-nucleus RNA sequencing
2024-Apr-30, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-024-10335-w
PMID:38689254
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研究论文 | 本文开发了一种基于NKX2-2抗体的单核RNA测序方法，用于从冷冻存档的人胰腺组织中富集胰岛内分泌细胞群体 | 创新性地使用NKX2-2抗体进行荧光激活的核排序，以富集胰腺内分泌细胞的核，并首次在冷冻存档的胰腺组织中进行单核RNA测序 | 研究仅限于胰腺内分泌细胞群体，未涵盖其他细胞类型 | 开发一种新的方法，利用冷冻存档的胰腺组织进行单核RNA测序，以富集胰岛内分泌细胞群体 | 人胰腺组织中的胰岛内分泌细胞 | 数字病理学 | NA | 单核RNA测序（snRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 从冷冻存档的人胰腺组织中提取的多个样本 | NA | NA | NA | NA |
| 12449 | 2024-12-12 |
Comparative analysis of 10X Chromium vs. BD Rhapsody whole transcriptome single-cell sequencing technologies in complex human tissues
2024-Apr-15, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e28358
PMID:38689972
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研究论文 | 本文比较了10X Chromium和BD Rhapsody两种单细胞RNA测序技术在复杂人体组织中的应用 | 首次直接比较了两种商业化的高通量单细胞RNA测序技术在前列腺癌样本中的应用，揭示了平台间的差异 | 研究仅限于局部前列腺癌样本，未涵盖其他类型的癌症或组织 | 比较不同单细胞RNA测序技术在复杂人体组织中的表现，为选择合适的测序平台提供依据 | 局部前列腺癌患者的样本 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 来自接受根治性前列腺切除术的局部前列腺癌患者的配对样本 | NA | NA | NA | NA |
| 12450 | 2024-12-12 |
Mapping single-cell developmental potential in health and disease with interpretable deep learning
2024-Mar-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.19.585637
PMID:38562882
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研究论文 | 本文介绍了一种名为CytoTRACE 2的可解释深度学习框架，用于从单细胞RNA测序数据中绝对尺度上表征细胞潜能和分化状态 | CytoTRACE 2在31个涵盖28种组织类型的人类和小鼠单细胞RNA测序数据集中，表现优于现有方法，能够恢复实验确定的潜能水平和分化状态，并重建小鼠胚胎发生的时间层次结构 | NA | 开发一种新的方法来表征单细胞的潜能和分化状态，并应用于健康和疾病中的单细胞分化景观 | 单细胞RNA测序数据中的细胞潜能和分化状态 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度学习框架 | RNA测序数据 | 31个涵盖28种组织类型的人类和小鼠单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 12451 | 2024-12-12 |
Chronic SIV-Induced neuroinflammation disrupts CCR7+ CD4+ T cell immunosurveillance in the rhesus macaque brain
2024-Mar-12, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI175332
PMID:38470479
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研究论文 | 研究慢性SIV感染引发的神经炎症如何破坏恒河猴大脑中CCR7+ CD4+ T细胞的免疫监视功能 | 首次结合单细胞转录组分析、ATAC-Seq、空间转录组学和流式细胞术，揭示了CCR7+ CD4+ T细胞在脑中的独特亚群及其功能特性 | 研究仅限于恒河猴模型，结果的普适性有待进一步验证 | 探讨慢性SIV感染对大脑中CCR7+ CD4+ T细胞免疫监视功能的影响 | 恒河猴大脑中的CCR7+ CD4+ T细胞及其在神经炎症中的作用 | NA | NA | 单细胞转录组分析、ATAC-Seq、空间转录组学、流式细胞术 | NA | 转录组数据、染色质可及性数据、空间转录组数据 | 恒河猴样本 | NA | NA | NA | NA |
| 12452 | 2024-12-12 |
Common mitochondrial deletions in RNA-Seq: evaluation of bulk, single-cell, and spatial transcriptomic datasets
2024-02-17, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-05877-4
PMID:38368460
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研究论文 | 本文评估了在批量、单细胞和空间转录组数据中检测常见线粒体DNA缺失的方法 | 首次应用Splice-Break2管道对RNA-Seq数据进行常见线粒体DNA缺失的定量分析，并比较了不同类型转录组数据中的检测结果 | 研究仅限于已有的RNA-Seq数据集，未涉及其他类型的数据 | 评估在不同类型转录组数据中检测常见线粒体DNA缺失的方法 | 常见线粒体DNA缺失在不同组织和疾病中的分布 | 基因组学 | NA | RNA-Seq | NA | RNA-Seq数据 | 1570个样本 | NA | NA | NA | NA |
| 12453 | 2024-12-12 |
Single-cell analysis of uterosacral ligament revealed cellular heterogeneity in women with pelvic organ prolapse
2024-02-07, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-05808-3
PMID:38326542
|
研究论文 | 本文使用单细胞RNA测序技术分析了子宫骶韧带中的细胞异质性，揭示了盆腔器官脱垂（POP）的分子机制 | 首次构建了盆腔器官脱垂患者和对照组子宫骶韧带的单细胞转录组图谱，并发现了与细胞外基质和细胞粘附相关的受体-配体对的显著减少 | NA | 探讨盆腔器官脱垂的分子机制 | 盆腔器官脱垂患者和对照组的子宫骶韧带细胞 | 数字病理学 | 盆腔器官脱垂 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 30,452个单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 12454 | 2024-12-12 |
Endothelial Erg Regulates Expression of Pulmonary Lymphatic Junctional and Inflammation Genes in Mouse Lungs Impacting Lymphatic Transport
2024-Jan-24, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-3808970/v1
PMID:38343832
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研究论文 | 研究探讨了ERG转录因子在肺淋巴内皮细胞中的作用，揭示了其对淋巴运输和炎症基因表达的影响 | 首次通过单细胞转录组学和CellChatDB整合分析，揭示了ERG下调对肺淋巴内皮细胞功能和通信途径的影响 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类样本中进行验证 | 探讨ERG在肺淋巴内皮细胞中的作用及其对淋巴运输和炎症的影响 | ERG在肺淋巴内皮细胞中的表达及其对基因表达和淋巴运输的影响 | NA | 肺纤维化 | 单细胞转录组学，流式细胞术，qPCR，FITC-Dextran示踪分析 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 12455 | 2024-12-12 |
Skin treatment with non-thermal plasma modulates the immune system through miR-223-3p and its target genes
2024-01, RNA biology
IF:3.6Q2
DOI:10.1080/15476286.2024.2361571
PMID:38828710
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研究论文 | 研究非热等离子体对小鼠耳部皮肤的治疗效果及其通过miR-223-3p及其靶基因调节免疫系统的机制 | 首次通过非编码RNA测序和单细胞血液测序揭示了非热等离子体对miRNA表达的特定影响及其在伤口愈合和组织再生中的调控作用 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证其效果 | 探讨非热等离子体在皮肤治疗中的分子机制及其对免疫系统的影响 | 小鼠耳部皮肤及血液中的miRNA和靶基因 | NA | NA | 非编码RNA测序，单细胞血液测序 | NA | RNA | 小鼠耳部皮肤样本及血液样本 | NA | NA | NA | NA |
| 12456 | 2024-12-12 |
Pan-cancer dissection of vasculogenic mimicry characteristic to provide potential therapeutic targets
2024, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2024.1346719
PMID:38694917
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研究论文 | 本研究基于多组学数据分析了不同癌症类型中血管拟态（VM）的特征，并提供了潜在的治疗靶点和策略 | 首次全面解析了跨癌症类型的血管拟态特征，揭示了其与肿瘤侵袭性、转移潜力、恶性程度和预后的相关性，并发现了与免疫抑制微环境的关系 | 研究主要基于现有数据库数据，缺乏实验验证，且样本量和数据类型可能限制了结果的普适性 | 阐明不同癌症类型中血管拟态的特征及其调控机制，并提供潜在的治疗靶点 | 跨癌症类型的血管拟态特征及其与肿瘤侵袭性、免疫微环境的关系 | 数字病理学 | 多种癌症 | 多组学数据分析、单细胞转录组数据分析 | NA | 多组学数据、转录组数据、药物反应数据 | 来自The Cancer Genome Atlas的多组学数据和Genomics of Drug Sensitivity in Cancer数据库的转录组及药物反应数据 | NA | NA | NA | NA |
| 12457 | 2024-12-12 |
Identification of early Alzheimer's disease subclass and signature genes based on PANoptosis genes
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1462003
PMID:39650656
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研究论文 | 本研究基于PANoptosis基因识别阿尔茨海默病（AD）的早期亚类和特征基因 | 本研究首次基于PANoptosis基因识别了AD的两个亚类，并预测了针对早期AD的治疗候选药物 | 本研究的样本量较小，且仅基于GEO数据库的数据进行分析，可能存在数据偏倚 | 识别阿尔茨海默病的不同分子亚型并探索潜在的治疗药物 | 阿尔茨海默病及其相关PANoptosis基因 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | LASSO回归 | 基因表达数据 | 使用了来自GEO数据库的三个数据集（GSE48350, GSE5281, GSE122063） | NA | NA | NA | NA |
| 12458 | 2024-12-11 |
Comprehensive Analysis of circRNA-Related mRNAs as Prognostic Factors in Non-Smoking Women with Lung Adenocarcinoma
2024, International journal of general medicine
IF:2.1Q2
DOI:10.2147/IJGM.S490478
PMID:39650787
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研究论文 | 本文研究了circRNA相关的mRNA作为非吸烟女性肺腺癌的预后标志物 | 构建了circRNA-miRNA-mRNA网络，并基于相关mRNA创建了预后风险评分模型 | 样本量较小，仅16对肿瘤和癌旁组织样本 | 探讨circRNA相关的mRNA在非吸烟女性肺腺癌中的预后价值 | 非吸烟女性肺腺癌患者的肿瘤和癌旁组织样本 | 数字病理学 | 肺癌 | 高通量测序、免疫组织化学 | NA | RNA | 16对肺腺癌组织及其对应的癌旁组织 | NA | NA | NA | NA |
| 12459 | 2024-12-12 |
Integrating multi-omics techniques and in vitro experiments reveals that GLRX3 regulates the immune microenvironment and promotes hepatocellular carcinoma cell proliferation and invasion through iron metabolism pathways
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1496886
PMID:39654899
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研究论文 | 本研究通过整合多组学技术和体外实验，揭示了GLRX3通过铁代谢途径调控免疫微环境并促进肝细胞癌细胞增殖和侵袭 | 首次系统分析了肝细胞癌肿瘤微环境中铁代谢的变化，并揭示了GLRX3在铁代谢调控中的关键作用及其对肿瘤细胞增殖和免疫逃逸的机制 | 研究主要基于体外实验和生物信息学分析，缺乏体内实验验证 | 系统分析肝细胞癌肿瘤微环境中铁代谢的变化，并探讨铁代谢调控对肝癌患者生存的影响 | 肝细胞癌患者的单细胞测序数据以及GLRX3基因的表达和功能 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞测序技术 | NA | 基因组数据 | 来自GEO数据库的肝细胞癌患者单细胞测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 12460 | 2024-12-12 |
scMIC: A Deep Multi-Level Information Fusion Framework for Clustering Single-Cell Multi-Omics Data
2023-12, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2023.3317272
PMID:37725723
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研究论文 | 提出了一种名为scMIC的深度多层次信息融合框架，用于聚类单细胞多组学数据 | 该框架能够整合细胞的属性信息和潜在的结构关系，减少不同组学之间的冗余信息，并通过多重协同监督聚类策略提高聚类精度 | NA | 提高单细胞多组学数据聚类的准确性 | 单细胞多组学数据 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | 深度学习框架 | 多组学数据 | 七个单细胞多组学数据集 | NA | NA | NA | NA |