单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27536 篇文献，本页显示第 12441 - 12460 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 12441 | 2024-08-04 |
[Spatial transcriptomics techniques and its applications in plant research]
2024-Apr-25, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology
DOI:10.13345/j.cjb.230662
PMID:38658142
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综述 | 本文探讨了空间转录组技术在植物研究中的应用 | 总结了空间转录组技术的发展过程及其在植物细胞研究中的进展 | 概述了空间转录组技术在植物应用中面临的挑战 | 探索空间转录组技术在植物中的应用 | 植物细胞的生长、分化、识别及抗逆性 | 数字病理学 | NA | 空间转录组技术 | NA | NA | NA |
| 12442 | 2024-08-05 |
Decoding the universal human chromatin landscape through teratoma-based profiling
2024-Apr-24, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae021
PMID:38281248
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研究论文 | 这项研究通过分析人类多能干细胞生成的畸胎瘤的表观基因组和转录组，探讨人类染色质的普遍特征。 | 文章提出了构建表观遗传特征矩阵的方法，以量化畸胎瘤中的多种细胞群体，并揭示染色质状态的独特特征。 | 研究的局限性未详细说明 | 本研究旨在分析畸胎瘤的表观基因组和转录组，以理解干细胞分化和发育过程。 | 本文的研究对象是人类多能干细胞产生的畸胎瘤。 | 数字病理学 | NA | RNA-Seq, scRNA-Seq, scATAC-Seq | NA | 转录组, 表观基因组 | NA |
| 12443 | 2024-08-05 |
ITGAM: A Pivotal Regulator in Macrophage Dynamics and Cardiac Function During Sepsis-Induced Cardiomyopathy
2024-Apr, Cureus
DOI:10.7759/cureus.59342
PMID:38711712
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研究论文 | 本研究揭示了在脓毒症诱导的心肌病中ITGAM在巨噬细胞动态和心脏功能中的调节作用 | 识别了ITGAM作为调节巨噬细胞功能的重要分子，并探讨了其在脓毒症诱导的心肌病中的双重作用 | 研究结果显示ITGAM中和抗体的使用虽然改善了心脏功能，但却增加了脓毒症后期的死亡率，反映出其复杂的作用 | 探讨脓毒症诱导的心肌病中的免疫细胞动态和其分子机制 | 主要研究巨噬细胞在脓毒症诱导的心肌病中的行为以及ITGAM和ICAM-1的作用 | 数字病理学 | 心血管疾病 | RNA测序 | NA | RNA-seq和单细胞RNA-seq数据 | NA |
| 12444 | 2024-08-04 |
Revealing cell-cell communication pathways with their spatially coupled gene programs
2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae202
PMID:38706319
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研究论文 | 本文提出了一种新方法IGAN，以推测细胞间通信及其上游/下游路径 | 首次能够估计两个特定单一空间相邻细胞之间的基因关联/网络 | 尚未说明此方法在多细胞系统中的应用限制 | 探索细胞间通信的机制和其相关的基因程序 | 针对单个相邻细胞的细胞间通信模式进行研究 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 公共数据集 | 多个人类细胞类型的数据集 |
| 12445 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA sequencing data imputation using bi-level feature propagation
2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae209
PMID:38706317
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研究论文 | 本研究提出了一种双层特征传播的单细胞RNA测序数据插补方法，旨在解决技术噪声和稀疏性问题 | 提出了双层特征传播（scBFP）方法，通过两步图形基础的特征传播，改善了单细胞RNA测序数据的插补和去噪效果 | 方法可能在特定的复杂情况下仍然受到噪声传播的影响 | 本研究的目标是提高单细胞RNA测序数据处理的准确性和有效性 | 研究对象为单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 图形基础模型 | 基因表达数据 | 大量单细胞RNA样本 |
| 12446 | 2024-08-04 |
Single-cell transcriptomics and Mendelian randomization reveal LUCAT1's role in right-sided colorectal cancer risk
2024, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2024.1357704
PMID:38711918
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研究论文 | 这项研究探讨了单细胞转录组学和孟德尔随机化对右侧结直肠癌风险中LUCAT1作用的研究 | 确认了LUCAT1与右侧结直肠癌风险之间的潜在因果关系 | 未提及限制性因素 | 研究右侧结直肠癌的病理机制 | 对左侧和右侧结直肠癌的细胞级差异进行分析 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞转录组学 | 孟德尔随机化 | 基因组数据 | NA |
| 12447 | 2024-08-05 |
Corrigendum: Integrated analysis of single-cell RNA-seq and chipset data unravels PANoptosis-related genes in sepsis
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1415915
PMID:38715603
|
更正 | 这篇文章更正了之前的研究内容 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 12448 | 2024-08-05 |
Unveiling novel insights in acute myeloid leukemia through single-cell RNA sequencing
2024, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2024.1365330
PMID:38711849
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综述 | 本文综述了利用单细胞RNA测序技术在急性髓系白血病中的新发现 | 通过单细胞RNA测序技术洞察了急性髓系白血病的复杂性和异质性，以及AML细胞与免疫细胞和骨髓微环境之间的相互作用 | 文章强调了单细胞RNA测序在急性髓系白血病领域的当前局限性和未来方向 | 研究急性髓系白血病的病理机制和治疗潜力 | 急性髓系白血病细胞及其微环境中的免疫细胞 | 数字病理学 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |
| 12449 | 2024-08-05 |
Single-cell genomics reveals new rozellid lineages and supports their sister relationship to Microsporidia
2023-12, Biology letters
IF:2.8Q2
DOI:10.1098/rsbl.2023.0398
PMID:38087939
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研究论文 | 本研究揭示了新发现的rozellid谱系，并支持其与微孢子虫的姐妹关系 | 首次通过单细胞测序提供三种新的rozellid谱系的基因组数据 | 目前尚未完全理解rozellids与微孢子虫之间的系统发育关系 | 探讨rozellid谱系的系统发育及其与微孢子虫的关系 | 新发现的三种rozellid谱系 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | 来自环境样本的三个新rozellid谱系 |
| 12450 | 2024-08-04 |
IFNɣ but not IFNα increases recognition of insulin defective ribosomal product-derived antigen to amplify islet autoimmunity
2023-11, Diabetologia
IF:8.4Q1
DOI:10.1007/s00125-023-05991-8
PMID:37581620
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研究论文 | 本文研究了IFNγ在胰岛自免疫中对胰岛素缺陷核糖体产物衍生抗原识别的影响 | 揭示了IFNγ通过诱导PSMB10转录本的表达在胰岛β细胞中发挥关键作用 | 未提及具体的临床样本数据或长期效果 | 探索早期先天细胞因子和晚期免疫适应事件在2型糖尿病免疫过程中扮演的角色 | 人类胰腺胰岛的单细胞转录组数据及其在自身免疫中的作用 | 数字病理学 | 1型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 人类胰腺胰岛样本 |
| 12451 | 2024-08-05 |
Excess pancreatic elastase alters acinar-β cell communication by impairing the mechano-signaling and the PAR2 pathways
2023-07-11, Cell metabolism
IF:27.7Q1
DOI:10.1016/j.cmet.2023.05.007
PMID:37339634
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研究论文 | 该研究探讨了胰腺弹性蛋白酶对腺泡-β细胞相互作用的影响 | 发现胰腺弹性蛋白酶（PE）在2型糖尿病患者中的上调并对β细胞活力产生负面影响，同时鉴定了telaprevir作为有效的PE抑制剂 | 该研究主要集中在实验室环境中的细胞模型上，实际临床适用性可能需要进一步验证 | 识别影响胰腺β细胞活力的因素，以便开发针对糖尿病的治疗策略 | 研究对象为人类和啮齿动物的β细胞 | 数字病理学 | 2型糖尿病 | 高通量筛选 assays, 单细胞RNA测序 | NA | 细胞, 活体 | 人类和啮齿动物的β细胞 |
| 12452 | 2024-08-05 |
Speed and navigation control of thymocyte development by the fetal T-cell gene regulatory network
2023-05, Immunological reviews
IF:7.5Q1
DOI:10.1111/imr.13190
PMID:36722494
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review | 本文回顾了胎儿和成人小鼠胸腺中 T 细胞分化相关的转录因子网络 | 探讨了胎儿 T 细胞发育与成人的不同之处，并强调了转录因子网络的独特性 | 主要基于小鼠模型，可能无法完全转化到人类的机制理解 | 研究胎儿 T 细胞发育过程中的转录因子网络 | 胎儿和成人小鼠的 T 细胞和胸腺发育 | NA | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 12453 | 2024-08-04 |
Deep Crypt Secretory Cell Differentiation in the Colonic Epithelium Is Regulated by Sprouty2 and Interleukin 13
2023, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2022.11.004
PMID:36414210
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研究论文 | 深隐窝分泌（DCS）细胞的分化受到Sprouty2和白细胞介素13的调控 | 本研究揭示了Sprouty2如何通过抑制IL13信号通路来限制结肠DCS细胞分化的机制 | 尚未探讨DCS细胞数量和功能调控的所有可能机制 | 研究Sprouty2与IL13在结肠DCS细胞分化中的作用 | 小鼠肠上皮特异性Sprouty2缺失模型与对照组 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序、免疫染色、bulk RNA测序、定量聚合酶链反应 | NA | RNA | 小鼠结肠组织 |
| 12454 | 2024-08-04 |
Integrated analysis of single-cell RNA-seq and chipset data unravels PANoptosis-related genes in sepsis
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1247131
PMID:38239341
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研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序和芯片数据，揭示了败血症中PANoptosis相关基因 | 开发了一种基于Boruta算法的机器学习模型，用于识别PANoptosis相关亚组并预测败血症的生存和临床特征 | 尚未全面阐明PANoptosis在败血症中的角色 | 研究PANoptosis相关基因在败血症中的作用及其预后潜力 | 败血症样本和单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 败血症 | 单细胞RNA-seq | Boruta算法 | 基因表达数据 | 来自GEO数据库的败血症样本和单细胞RNA-seq数据 |
| 12455 | 2024-08-04 |
A contrastive learning approach to integrate spatial transcriptomics and histological images
2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2024.04.039
PMID:38707535
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研究论文 | 本文介绍了一种基于对比学习的模型ConGcR，用于整合基因表达、空间位置和组织形态数据，以进行数据表征和空间组织结构识别 | 本研究创新性地提出了ConGcR模型，结合图卷积和ResNet编码器，增强了空间嵌入表示的建模能力 | 未提及具体限制 | 本研究旨在提高组织架构识别的准确性，并为空间转录组分析任务提供有效的数据表征 | 研究对象包括16个人脑、4只鸡心、8个乳腺肿瘤和30个来自人类肺部的空间转录组样本 | 数字病理学 | 肺癌 | 空间转录组技术 | 对比学习模型 | 基因表达、空间位置、组织图像 | 共58个样本，包括16个人脑、4只鸡心、8个乳腺肿瘤和30个人肺样本 |
| 12456 | 2024-08-04 |
Hybrid sequence-based analysis reveals the distribution of bacterial species and genes in the oral microbiome at a high resolution
2024-Jul, Biochemistry and biophysics reports
IF:2.3Q3
DOI:10.1016/j.bbrep.2024.101717
PMID:38708423
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研究论文 | 本研究利用无培养分析技术识别口腔微生物组中的细菌种类和基因分布 | 采用细菌单细胞基因组测序等先进技术，实现了对口腔微生物的高分辨率分析 | 样本中约80%为非细菌源DNA，可能影响细菌种类的识别 | 旨在识别口腔微生物组中的细菌种类并研究其基因分布 | 研究对象为来自同一个体的唾液样本 | 数字病理学 | NA | 细菌单细胞基因组测序, 16S rRNA测序, 大规模全基因组测序 | NA | 基因组序列 | 48个井的样本中，非活性样本为43个，活性样本为45个 |
| 12457 | 2024-08-04 |
Identification of sepsis-associated mitochondrial genes through RNA and single-cell sequencing approaches
2024-May-03, BMC medical genomics
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s12920-024-01891-x
PMID:38702721
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研究论文 | 本研究通过RNA和单细胞测序方法鉴定与脓毒症相关的线粒体基因 | 发现了两个与脓毒症预后密切相关的线粒体基因COX7B和NDUFA4 | 样本量较小，仅包含20名脓毒症患者和10名健康志愿者作为对照 | 识别与脓毒症相关的线粒体生物标志物，以提高脓毒症诊断和预后的准确性 | 20名脓毒症患者的外周血样本及10名健康志愿者的血样作为对照 | 数字病理学 | 脓毒症 | RNA-seq和单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 20名脓毒症患者和10名健康志愿者 |
| 12458 | 2024-08-04 |
Integrating single-cell and spatial transcriptomics to elucidate the crosstalk between cancer-associated fibroblasts and cancer cells in hepatocellular carcinoma with spleen-deficiency syndrome
2024-May, Journal of traditional and complementary medicine
IF:3.3Q1
DOI:10.1016/j.jtcme.2023.11.008
PMID:38707923
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研究论文 | 本研究探讨了肝细胞癌（HCC）合并脾虚综合征（SDS）中癌症相关成纤维细胞（CAFs）与癌细胞之间的相互作用 | 揭示了CAFs与癌细胞之间的交互在SDS中促进肿瘤发展，并确认了PDGF信号通路在此过程中的重要作用 | 本研究主要基于小鼠模型，临床应用和人类数据的验证需进一步研究 | 研究脾虚综合征下肝细胞癌中细胞间的相互作用 | 主要研究对象为肝细胞癌细胞及其相关的癌症相关成纤维细胞 | 数字病理 | 肝癌 | 单细胞转录组学与空间转录组学 | NA | 基因组数据 | 建立了以HCC-SDS小鼠为模型共29个细胞簇 |
| 12459 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA sequencing reveals 2D cytokine assay can model atopic dermatitis more accurately than immune-competent 3D setup
2024-May, Experimental dermatology
IF:3.5Q1
DOI:10.1111/exd.15077
PMID:38711200
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研究论文 | 本研究探讨了不同体外模型对特应性皮炎（AD）模拟的准确性。 | 首次使用单细胞RNA测序数据比较了2D和3D细胞培养在模拟AD方面的效果。 | 未能研究Th2细胞对模型AD的影响，且仅基于特定细胞类型的研究，结果可能有限。 | 理解特应性皮炎的病理生理，并识别新的治疗方法。 | 使用原代成纤维细胞和角质形成细胞进行的体外模型实验。 | 数字病理学 | 特应性皮炎 | 单细胞RNA测序 | 2D/3D细胞培养 | 基因表达数据 | 使用来自临床研究的皮肤活检的单细胞RNA测序数据和健康与AD供体的已发布数据 |
| 12460 | 2024-08-05 |
Lipoxin A 4 /FPR2 signaling mitigates ferroptosis of alveolar epithelial cells via NRF2-dependent pathway during lung ischemia-reperfusion injury
2024-Apr-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.22.590127
PMID:38712069
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研究论文 | 本研究探讨了Lipoxin A4对肺缺血再灌注损伤中肺泡上皮细胞铁死亡的保护作用 | 揭示了LxA4/FPR2信号通路通过NRF2依赖性机制减轻肺泡上皮细胞的铁死亡 | 本研究的局限性在于尚未探讨不同类型肺移植患者的普遍适用性 | 研究Lipoxin A4对肺缺血再灌注损伤中铁死亡的保护作用 | 主要研究对象为肺泡II型上皮细胞和小鼠模型 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | 组织样本 | 包括来自肺移植患者的样本，以及WT、Fpr2 -/-和Nrf2 -/-小鼠的样本 |