单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
12421	2024-08-05	Integration of single-nucleus and exosome RNA sequencing dissected inter-cellular communication and biomarkers in pancreatic ductal adenocarcinoma 2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2024.04.021 PMID:38689717	研究论文	本研究通过snRNA-seq和外泌体小RNA测序构建了胰腺癌的细胞间通讯网络	结合miRNA追踪与配体-受体分析，提供了一种新方法来揭示胰腺癌微环境中的细胞间复杂互动	虽然使用了多种技术，但可能未能捕捉到所有类型的细胞间通讯	研究胰腺导管腺癌中的细胞间通讯及潜在生物标志物	胰腺导管腺癌（PDAC）组织及其外泌体	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（snRNA-seq）、小RNA测序	NA	RNA序列	胰腺导管腺癌组织样本
12422	2024-08-05	Galectin-3 inhibition ameliorates alveolar epithelial cell pyroptosis in phosgene-induced acute lung injury 2024-May-10, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.111965 PMID:38583242	研究论文	本研究探讨了Galectin-3抑制对磷酸酯引发的急性肺损伤中的肺泡上皮细胞焦亡的改善作用	首次提出Galectin-3通过抑制Gal3/caspase-8/GSDMD信号通路来改善肺泡上皮细胞焦亡的机制	该研究主要在小鼠模型中进行，临床应用的转化需要进一步验证	探究Galectin-3在磷酸酯引发的急性肺损伤中的作用及其机制	磷酸酯引发的急性肺损伤模型中的肺泡上皮细胞和肺泡巨噬细胞	数字病理学	急性肺损伤	scRNA-seq	NA	细胞	小鼠模型，未具体说明样本数量
12423	2024-08-05	Establishment and validation of a tumor-infiltrating γδT cell related prognostic gene signature in head and neck squamous cell carcinoma 2024-May-10, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.112054 PMID:38608477	研究论文	本文建立并验证了与肿瘤浸润γδT细胞相关的预后基因特征在头颈部鳞状细胞癌中的应用	首次提出γδT细胞基因特征作为头颈部鳞状细胞癌患者的独立预后指标	本研究仅使用了TCGA HNSCC数据库及100个肿瘤样本，样本数量可能限制了结果的广泛适用性	评估γδT细胞在头颈部鳞状细胞癌中的浸润及其与临床病理因素的关联	头颈部鳞状细胞癌患者的肿瘤样本和相应的基因特征	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	scRNA-seq	Cox回归模型	基因组数据	100个头颈部鳞状细胞癌患者的肿瘤样本
12424	2024-08-05	CXCR6 defines therapeutic subtypes of CD4+ cytotoxic T cell lineage for adoptive cell transfer therapy in pediatric B cell acute lymphoblastic leukemia 2024-May-10, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.111972 PMID:38569429	研究论文	本研究探讨CXCR6作为新生儿B细胞急性淋巴细胞白血病中细胞毒性CD4 T细胞的治疗亚型的作用	提出CXCR6可以作为小儿B-ALL患者骨髓中细胞毒性CD4 Trm细胞的标志	需要更多的临床数据验证CXCR6在其他患者群体中的作用	研究CXCR6在小儿B细胞急性淋巴细胞白血病患者中细胞毒性CD4 T细胞的影响	小儿B细胞急性淋巴细胞白血病患者及健康供体的骨髓和外周血样本	数字病理学	B细胞急性淋巴细胞白血病	流式细胞术 (FCM), 单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	集成机器学习算法	血液样本	包括小儿B-ALL患者和健康供体的样本，具体数量未说明
12425	2024-08-05	The skin circadian clock gene F3 as a potential marker for psoriasis severity and its bidirectional relationship with IL-17 signaling in keratinocytes 2024-May-10, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.111993 PMID:38565044	研究论文	本研究探讨了皮肤生物钟基因F3与牛皮癣严重程度及其与IL-17信号传导之间的双向关系	揭示了皮肤生物钟基因F3与IL-17信号通路之间的双向联系，指出F3可能通过激活JAK-STAT信号在角质形成细胞中引发异常细胞内炎症	关于F3和IL-17信号通路关系的机制需要进一步研究	研究皮肤生物钟基因F3与牛皮癣病理机制之间的关系	牛皮癣病灶与健康对照组	数字病理	牛皮癣	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	生物信息学数据	GSE121212的牛皮癣病灶和健康对照样本，以及多个数据集进行验证
12426	2024-08-05	Living in Syn: T Cell Antigen Identification Based on Synapse Sequencing 2024-May-02, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0239 PMID:38557780	研究论文	本文介绍了一种基于突触测序的T细胞抗原识别新平台Tsyn-seq	提出了一种新的抗原发现平台Tsyn-seq，利用TCR-肽-HLA诱导的突触进行全基因组表位筛选	文章没有提及具体的局限性	研究T细胞抗原的识别机制	聚焦于通过突触测序识别T细胞表位	数字病理	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
12427	2024-08-04	TENET: Triple-enhancement based graph neural network for cell-cell interaction network reconstruction from spatial transcriptomics 2024-May-01, Journal of molecular biology IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.jmb.2024.168543 PMID:38508302	研究论文	本文提出了一种新的图神经网络方法TENET，用于从空间转录组数据重构细胞-细胞相互作用网络	TENET采用三重增强机制来改善细胞-细胞相互作用网络的重构精度，尤其在稀疏连接和噪声数据的情况下表现出色	可能在特定类型的噪声数据或极端稀疏的连接情况下依然存在准确性挑战	旨在提升细胞-细胞相互作用网络的重构准确性	重构细胞-细胞相互作用网络	数字病理学	NA	空间转录组学	图神经网络	真实和合成空间转录组数据	NA
12428	2024-08-05	High-Frequency Spinal Stimulation Suppresses Microglial Kaiso-P2X7 Receptor Axis-Induced Inflammation to Alleviate Neuropathic Pain in Rats 2024-May, Annals of neurology IF:8.1Q1 DOI:10.1002/ana.26898 PMID:38450773	研究论文	本研究探讨了高频脊髓刺激对神经病理性疼痛的减轻效果及其机制	揭示了HF10 SCS通过抑制小胶质细胞的Kaiso-P2X7受体病理轴来减少免疫反应，从而提供持久的疼痛缓解	仅在动物模型中进行试验，尚需在人类临床研究中验证结果	探讨10kHz HF SCS在疼痛缓解中的作用机制	以神经病理性疼痛大鼠模型为研究对象	数字病理学	神经病理性疼痛	RNA测序	NA	生物样本	使用大鼠模型进行测试，具体样本数量未提及
12429	2024-08-05	Single-cell transcriptomic landscape of peripheral blood cells provides insights into adaptation of red-eared sliders (Trachemys scripta elegans) 2024-May, Integrative zoology IF:3.5Q1 DOI:10.1111/1749-4877.12725 PMID:37226359	研究论文	本研究描绘了红耳龟外周血细胞的单细胞转录组图谱，探讨了其环境适应机制	首次使用单细胞RNA测序技术对红耳龟外周血细胞进行转录组分析，发现新的免疫信号类型	目前的研究主要集中在外周血细胞的转录组分析，未深入探讨其功能和机制	研究红耳龟在环境压力下的适应机制，主要通过血液学角度进行探索	红耳龟外周血细胞的多种细胞类型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
12430	2024-08-05	Novel Phosphate Transporter-B PvPTB1;1/1;2 Contribute to Efficient Phosphate Uptake and Arsenic Accumulation in As-Hyperaccumulator Pteris vittata 2024-Apr-30, Environmental science & technology IF:10.8Q1 DOI:10.1021/acs.est.3c09335 PMID:38624169	研究论文	本研究揭示了低亲和力磷转运体-B 1家族介导的新型磷/砷运输系统在As-超积累植物中的作用	首次在维管植物中识别出两种膜蛋白基因，并确认其在磷摄取和砷积累中的作用	未提供关于其他植物转运体的对比分析数据	研究磷和砷在As-超积累植物中的摄取机制	As-超积累植物Pteris vittata及其低亲和力磷转运体-B 1家族	植物生理学	NA	功能补偿实验和转基因分析	NA	基因表达数据和细胞转录组数据	NA
12431	2024-08-05	Cauchy hyper-graph Laplacian nonnegative matrix factorization for single-cell RNA-sequencing data analysis 2024-Apr-29, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-024-05797-4 PMID:38684942	研究论文	本文提出了一种Cauchy超图拉普拉斯非负矩阵分解方法用于单细胞RNA测序数据分析	使用Cauchy损失函数替代传统非负矩阵分解中的欧几里得距离，大大降低噪声影响，并结合超图约束。	至于模型的训练和优化过程的复杂性，具体应用于更大规模数据时的表现尚未讨论	探讨和改善单细胞数据分析中的聚类准确性	七个单细胞RNA测序数据集	数字病理学	NA	非负矩阵分解	Cauchy超图拉普拉斯非负矩阵分解	RNA测序数据	七个数据集
12432	2024-08-05	A novel defined programmed cell death related gene signature for predicting the prognosis of serous ovarian cancer 2024-Apr-29, Journal of ovarian research IF:3.8Q1 DOI:10.1186/s13048-024-01419-y PMID:38685095	研究论文	本研究探讨了差异表达的程序性细胞死亡基因在浆液性卵巢癌中的作用及其作为临床预后预测因子的潜力	该研究通过单细胞RNA测序鉴定了48个与凋亡信号和氧化应激通路显著相关的差异表达程序性细胞死亡基因，并发现GNA15作为独立预后标志物	研究的局限性在于主要依赖于公开数据库的数据，可能存在样本偏差或数据不完整的情况	研究旨在探讨程序性细胞死亡基因在浆液性卵巢癌异质性中的贡献以及其作为预后标志的潜力	研究对象为浆液性卵巢癌患者的细胞和基因数据	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序	Cox模型	基因表达数据	研究涉及的样本数量未具体说明，主要利用两组大型社会数据集进行验证
12433	2024-08-05	scCompressSA: dual-channel self-attention based deep autoencoder model for single-cell clustering by compressing gene-gene interactions 2024-Apr-29, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-024-10286-2 PMID:38684946	研究论文	提出了一种基于自注意力的深度自编码器模型scCompressSA，用于单细胞聚类，通过压缩基因间相互作用来增强聚类精度	该研究提出的双通道自注意力块能够有效整合拓扑特征，从而提高单细胞聚类的准确性	对于RNA测序数据的高随机性仍然是细胞类型检测面临的挑战	研究单细胞聚类的分子机制并提高细胞类型的检测精度	利用scRNA-seq数据中的基因间相互作用来提取特征进行细胞聚类	机器学习	NA	RNA-seq	深度自编码器	基因表达数据	多个基准scRNA-seq数据集
12434	2024-08-04	Targeting nucleotide metabolic pathways in colorectal cancer by integrating scRNA-seq, spatial transcriptome, and bulk RNA-seq data 2024-Apr-10, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-024-01356-5 PMID:38594466	研究论文	该研究通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和大规模RNA测序数据，对结直肠癌中的核苷酸代谢途径进行分析	通过不同的实验方法识别出新的结直肠癌治疗靶点ACO1和CPT2，并建立了以核苷酸代谢相关基因为基础的预后模型	研究主要依赖于数据分析和体外实验，临床应用需要进一步验证	探索结直肠癌中核苷酸代谢的特征及其对预后的影响	结直肠癌（CRC）及其相关的核苷酸代谢基因	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序，空间转录组测序	风险预后模型	基因表达数据	涉及多个结直肠癌样本，具体样本量未详细说明
12435	2024-08-05	Ranking of cell clusters in a single-cell RNA-sequencing analysis framework using prior knowledge 2024-Apr, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1011550 PMID:38635836	研究论文	本文提出了一种新的方法，通过结合先验知识和用户经验信息来对单细胞RNA测序中的细胞类型进行排名	本研究的创新点在于引入先验知识和药物信息，以增强对细胞类型的排名，这在之前的研究中未曾尝试	现有的细胞排名技术存在缺陷和局限性，需要更好的新方法来改善细胞排名	旨在改进单细胞RNA测序分析中的细胞类型排名	研究的对象为在特定疾病下的单细胞类型	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	NA
12436	2024-08-04	Miracula polaris - A New Species of Miracula from the East Fjords of Iceland 2024, Mycobiology IF:1.6Q4 DOI:10.1080/12298093.2024.2333611 PMID:38690034	research paper	本研究在冰岛东峡湾发现了一种新物种Miracula polaris。	发现了新的寄生生物Miracula polaris，扩展了对早分支卵菌类多样性的理解。	研究未深入探讨与已知物种之间的关联性，可能存在未知物种。	调查冰岛东峡湾的早分支卵菌类的多样性。	研究了寄生在海洋硅藻属中的新寄生物种。	NA	NA	分子系统发育学和形态特征分析	NA	环境测序数据	在冰岛东峡湾的研究站进行了取样，具体样本数量未说明
12437	2024-08-05	Coupled scRNA-seq and Bulk-seq reveal the role of HMMR in hepatocellular carcinoma 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1363834 PMID:38633247	研究论文	本研究揭示了HMMR在肝细胞癌中的作用，强调其作为诊断和治疗标志物的潜力	首次表明HMMR在肝细胞癌中的高表达与肿瘤免疫微环境和预后相关	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，临床应用尚需进一步验证	探讨HMMR在肝细胞癌中的角色及其作为潜在分子标志物的可行性	HMMR在肝细胞癌组织与正常组织的表达及其对HCC细胞增殖和迁移的影响	数字病理学	肝癌	qRT-PCR, 流式细胞术, 递归分割分析, 体外实验	NA	RNA测序	多个队列研究和HCC组织微阵列
12438	2024-08-05	PAGER-scFGA: unveiling cell functions and molecular mechanisms in cell trajectories through single-cell functional genomics analysis 2024, Frontiers in bioinformatics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fbinf.2024.1336135 PMID:38690527	研究论文	本文介绍了一种用于单细胞功能基因组分析的新工具 PAGER-scFGA，旨在揭示细胞功能和分子机制。	PAGER-scFGA 将细胞功能注释和基因集富集分析整合到流行的单细胞分析流程中，以提供细胞轨迹的深入理解。	尽管 PAGER-scFGA 在揭示细胞发育过程中的功能上表现出色，但可能存在样本特异性和模型可扩展性的局限性。	本研究的目的是开发一个工具以支持单细胞功能基因组学分析，揭示细胞运动轨迹中的分子机制。	研究对象为小鼠自然杀伤细胞及其成熟过程中的不同细胞群体。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据	使用了小鼠自然杀伤细胞的不同细胞簇
12439	2024-08-05	Role of proteoglycan synthesis genes in osteosarcoma stem cells 2024, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2024.1325794 PMID:38690160	研究论文	本研究探讨了蛋白多糖合成基因在骨肉瘤干细胞中的作用	揭示了蛋白多糖和糖胺聚糖在骨肉瘤干细胞表型及肿瘤恶性程度中的关键作用	对蛋白多糖合成机制的了解依然有限	研究蛋白多糖/糖胺聚糖生物合成及相关基因在骨肉瘤中的作用	骨肉瘤干细胞及其相关临床样本	数字病理学	骨肉瘤	scRNA-seq和传统RNA-seq	NA	临床样本的基因表达数据	临床骨肉瘤标本的多个样本
12440	2024-08-05	Macrophage activation drives ovarian failure and masculinization in zebrafish 2023-11-24, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adg7488 PMID:37992158	研究论文	该文章探讨了巨噬细胞活化如何驱动斑马鱼的卵巢衰退和男性化	通过建立巨噬细胞活化与卵巢衰退之间的因果关系，确定了促进卵巢衰退和性别逆转的生殖细胞-体细胞信号轴	对人类卵巢衰退机制的适用性可能受到限制，因为研究是在斑马鱼模型中进行的	研究BMP15突变引起的卵巢衰退和免疫因素的细胞机制	主要研究对象为斑马鱼，特别是涉及到巨噬细胞和卵巢细胞的相互作用	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	NA