单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
12421	2024-08-04	SlowMoMan: a web app for discovery of important features along user-drawn trajectories in 2D embeddings 2024, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbae095 PMID:38962404	研究论文	本文提出了SlowMoMan，一个Web应用程序，用于发现用户绘制的二维嵌入中的重要特征	该应用程序解决了非线性低维嵌入与原始高维数据之间关系的难题，并提供了一种可视化和排序功能	未提及具体的限制	研究如何在二维嵌入中识别和排序重要特征	研究对象包括轨迹推断、空间转录组学和细胞分类等应用场景	计算机视觉	NA	非线性低维嵌入	NA	高维数据	NA
12422	2024-08-04	Integrated analysis of single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq, Mendelian randomization, and eQTL reveals T cell-related nomogram model and subtype classification in rheumatoid arthritis 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1399856 PMID:38962008	研究论文	本文整合多重数据集，探讨类风湿性关节炎（RA）中T细胞的异质性及其相关的诊断模型	建立了一种与T细胞相关的诊断模型，提供了RA免疫治疗的新方法	研究未提及样本的年龄或性别对不同T细胞模式的影响	探讨类风湿性关节炎中的T细胞机制及其分类	研究对象为582个与类风湿性关节炎相关的T细胞亚型	数字病理学	类风湿性关节炎	scRNA-seq、bulk RNA-seq、孟德尔随机化（MR）和eQTL	XGB机器学习	细胞数据	分析了10,211个细胞
12423	2024-08-05	Activation of non-classical Wnt signaling pathway effectively enhances HLA-A presentation in acute myeloid leukemia 2024, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2024.1336106 PMID:38962268	研究论文	本研究识别了急性淋巴细胞白血病（AML）中造血干细胞前体（HSC-Prog）的克隆异质性，并探讨了与AML免疫逃逸相关的分子通路	首次揭示非经典Wnt信号通路在AML中与HLA-A呈现的关系	未明确涉及样本的多样性或实验结果的临床应用	识别AML中造血干细胞前体的克隆异质性并探讨与免疫逃逸相关的分子机制	急性髓性白血病（AML）患者的造血干细胞前体	数字病理学	急性髓性白血病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、大规模RNA测序（RNA-seq）	NA	RNA（mRNA）	样本数量未具体说明
12424	2024-08-05	A mitochondria-related genes associated neuroblastoma signature - based on bulk and single-cell transcriptome sequencing data analysis, and experimental validation 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1415736 PMID:38962012	研究论文	本文建立了一种与线粒体相关基因相关的神经母细胞瘤标志，通过数据分析和实验验证进行了研究	提出了一个新的预测工具，能够有效评估神经母细胞瘤患者的预后和对化疗药物的敏感性	研究可能未涵盖所有类型的神经母细胞瘤患者，且数据集的多样性有限	旨在分析线粒体相关基因在神经母细胞瘤中的重要性及其在患者预后中的应用	本研究对象为神经母细胞瘤患者及其相关的线粒体相关基因	数字病理	神经母细胞瘤	转录组测序	一致性聚类和机器学习算法	单细胞和整体转录组数据	NA
12425	2024-08-05	Elucidating the role of angiogenesis-related genes in colorectal cancer: a multi-omics analysis 2024, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2024.1413273 PMID:38962272	研究论文	本研究通过综合多组学分析阐明了血管生成相关基因在结直肠癌中的重要性	研究中识别了结直肠癌中的两种血管生成相关亚型及其四个关键基因，为个性化治疗提供了新见解	在基因突变与亚型的关联方面未发现显著性	探索血管生成相关基因在结直肠癌中的作用及其机制	结直肠癌患者及其血管生成相关基因的表达	数字病理学	结直肠癌	RT-PCR, scRNA-seq	LASSO, Xgboost, 决策树	基因表达数据	NA
12426	2024-08-05	Border-associated macrophages mediate the neuroinflammatory response in an alpha-synuclein model of Parkinson disease 2023-06-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-39060-w PMID:37365181	研究论文	这篇文章探讨了边界相关巨噬细胞在帕金森病α-突触核蛋白模型中的神经炎症反应中的作用	揭示了边界相关巨噬细胞在神经炎症反应中的关键作用，尤其是在抗原呈递和CD4 T细胞反应中的独特地位	尚不清楚边界相关巨噬细胞在其他神经退行性疾病中的作用	研究边界相关巨噬细胞在帕金森病神经炎症中的作用	边界相关巨噬细胞以及它们在α-突触核蛋白引发的神经炎症中的角色	数字病理	帕金森病	单细胞RNA测序	NA	细胞	从后期死亡的帕金森病大脑中关于巨噬细胞和T细胞的位置特征进行的研究
12427	2024-08-05	High-throughput total RNA sequencing in single cells using VASA-seq 2022-12, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-022-01361-8 PMID:35760914	研究论文	本文开发了VASA-seq技术，以检测单细胞中的整体转录组	VASA-seq能够捕获所有RNA分子的总转录组，克服了传统方法无法检测许多长非编码 RNA及非多腺苷酸化转录本的限制	本文未提到具体的限制因素	研究单细胞转录组，并分析不同发育阶段的RNA动态	在小鼠胚胎的胚胎发生和器官发生早期阶段研究超过30,000个单细胞	数字病理学	NA	RNA测序	NA	RNA数据	超过30,000个单细胞
12428	2024-08-05	Single-cell analysis of senescent epithelia reveals targetable mechanisms promoting fibrosis 2022-11-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.154124 PMID:36509292	研究论文	本研究通过单细胞分析揭示了促纤维化的可靶向机制。	首次使用单细胞RNA测序揭示了衰老上皮细胞在促进纤维化中的作用及其潜在的治疗靶点。	研究主要集中在小鼠模型，具体在人类疾病中的机制需要进一步验证。	探讨衰老细胞如何影响器官纤维化和修复的机制。	研究对象包括小鼠模型和人类的肾脏与肝脏疾病。	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	使用了2个小鼠模型及验证人类样本
12429	2024-08-05	Estimation of tumor cell total mRNA expression in 15 cancer types predicts disease progression 2022-11, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-022-01342-x PMID:35697807	研究论文	本文提出了一种从肿瘤样本中量化特定肿瘤总mRNA表达的方法	该研究开发了一种考虑转录物比例、纯度和倍性的新方法，以量化肿瘤特异性总mRNA表达	技术和分析挑战仍然存在，可能会影响大规模的全癌症总mRNA内容检查	研究总mRNA表达与肿瘤表型和临床结果之间的关系	6,590个患者肿瘤，涵盖15种癌症类型	数字病理学	NA	bulk sequencing	NA	转录组数据	6,590例患者肿瘤
12430	2024-08-05	LSD1/KDM1A and GFI1B repress endothelial fate and induce hematopoietic fate in induced pluripotent stem cell-derived hemogenic endotheliums 2024-Jul-04, Haematologica IF:8.2Q1 DOI:10.3324/haematol.2024.285214 PMID:38961746	研究论文	本研究探讨了转录因子GFI1B及其共因子LSD1/KDM1A在胚胎内皮转化过程中的作用	揭示了LSD1/KDM1A和GFI1B在不同细胞亚群中的时间点功能对血液生成的影响	未能在未分化的HE细胞中检测到GFI1B的表达	理解诱导多能干细胞转化为血液生成细胞的机制	使用患者来源的iPSC线和健康的iPSC线进行对比研究	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多条患者来源的iPSC线和健康iPSC线
12431	2024-08-04	Spatial Dissection of the Immune Landscape of Solid Tumors to Advance Precision Medicine 2024-Jul-02, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-23-0699 PMID:38657223	综述	本论文概述了在实体肿瘤中空间免疫景观的分析方法，以促进精准医疗。	介绍了空间转录组学和蛋白质组学的最新进展及其在肿瘤免疫细胞组成分析中的应用	未提及具体的研究限制	深入了解实体肿瘤的异质性免疫景观，以改善预后和治疗反应预测	重点研究实体肿瘤中的免疫细胞成分及其在肿瘤微环境中的角色	数字病理学	固体恶性肿瘤	空间多组学技术	NA	RNA和蛋白质数据	NA
12432	2024-08-04	Single-Cell RNA Sequencing: Technological Progress and Biomedical Application in Cancer Research 2024-Jul, Molecular biotechnology IF:2.4Q3 DOI:10.1007/s12033-023-00777-0 PMID:37322261	综述	本文总结了单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术及其在癌症研究中的应用	强调了scRNA-seq在肿瘤异质性分析和个性化医学中的潜在应用	未提及具体的技术局限性	探讨单细胞RNA测序在癌症研究中的应用和技术进展	单细胞RNA测序技术及其对癌症和疾病的影响	数字病理学	肺癌	RNA-seq	NA	基因组数据	NA
12433	2024-08-04	Comprehensive investigation of malignant epithelial cell-related genes in clear cell renal cell carcinoma: development of a prognostic signature and exploration of tumor microenvironment interactions 2024-Jul-01, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05426-x PMID:38951896	研究论文	本文全面研究了透明细胞肾细胞癌中的恶性上皮细胞相关基因及其临床相关性	建立了一个预后模型MECRGS，并在多个队列中显示出优越的预测性能	未提及具体的样本来源和大小	探讨恶性上皮细胞相关基因在透明细胞肾细胞癌中的功能和临床相关性	透明细胞肾细胞癌中的219个恶性上皮细胞相关基因	数字病理	肾癌	单细胞测序	机器学习模型	基因组数据	NA
12434	2024-08-05	Single-cell analysis of Crohn's disease: Unveiling heterogeneity and evaluating ustekinumab outcomes 2024-Jul, The journal of gene medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1002/jgm.3715 PMID:38962887	研究论文	本研究旨在通过单细胞RNA测序揭示克罗恩病的细胞复杂性，识别关键细胞群体及其转录组特征	揭示了克罗恩病中八种不同细胞类型及其重要的成纤维细胞和T细胞相互作用，为疾病机制和治疗靶点提供了新见解	未提及具体的样本大小和长期疗效评估	探究克罗恩病的细胞组成及其与健康对照的差异	克罗恩病患者与健康对照者的细胞组成	数字病理学	克罗恩病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
12435	2024-08-05	Exploring the role of CD8+ T cells in clear renal cell carcinoma metastasis 2024-Jul, FEBS open bio IF:2.8Q3 DOI:10.1002/2211-5463.13819 PMID:38872260	研究论文	本研究探讨了CD8+ T细胞在透明细胞肾细胞癌转移中的作用	首次将CD8 T细胞根据其基因特征分类为四个亚群，并发现其与预后差相关	缺乏临床样本的直接验证	揭示透明细胞肾细胞癌转移中CD8 T细胞的功能和特征	透明细胞肾细胞癌中的CD8 T细胞亚群	数字病理学	肾癌	scRNA-seq	NA	基因组数据	NA
12436	2024-08-05	Combining single-cell and bulk RNA sequencing, NK cell marker genes reveal a prognostic and immune status in pancreatic ductal adenocarcinoma 2024-07-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-65917-1 PMID:38951569	研究论文	该研究探讨了NK细胞标记基因与胰腺导管腺癌患者的预后和免疫反应之间的关系	本研究首次通过构建NK细胞标记基因的签名预测胰腺癌患者的预后，并与免疫状态显示了强相关性	本研究的局限性在于样本主要依赖于公开数据库，可能存在选择偏倚	研究NK细胞在胰腺导管腺癌中的作用及其对患者预后的影响	研究胰腺导管腺癌患者中的NK细胞标记基因及其相关性	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和RNA测序	Cox分析	基因表达数据	纳入7个NK细胞标记基因，验证了6个GEO数据集的预测能力
12437	2024-08-04	Advances in single-cell long-read sequencing technologies 2024-Jun, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqae047 PMID:38774511	综述	本文讨论了单细胞长读长测序技术的最新进展	提供了针对细胞复杂性来源的新见解，并强调了单细胞RNA异构体测序(scRiso-seq)的显著进展	主要集中在下游分析的实际考虑和操作挑战上	探讨单细胞测序技术在转录组和基因组研究中的应用	长读长测序技术在单细胞中的应用	数字病理学	NA	长读长测序	NA	RNA和DNA序列	NA
12438	2024-08-05	Determination of permissive and restraining cancer-associated fibroblast (DeCAF) subtypes 2024-May-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.14.594197 PMID:38798565	研究论文	本研究确定了与癌症相关的成纤维细胞亚型，特别是在胰腺导管腺癌中	开发了一个单样本分类器DeCAF，用于分类临床上限制性和允许性成纤维细胞亚型	虽然验证了DeCAF在多种肿瘤类型中的有效性，但对CAF亚型的临床相关性仍然不完全明确	研究与癌症相关的成纤维细胞亚型的临床相关性及其在多种肿瘤类型中的应用	不同肿瘤类型（如PDAC、间皮瘤、膀胱癌和肾细胞癌）中的CAF亚群体	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	分类器	转录组数据	19个独立的总体转录组数据集
12439	2024-08-04	scRNA-seq Reveals Novel Genetic Pathways and Sex Chromosome Regulation in Tribolium Spermatogenesis 2024-03-02, Genome biology and evolution IF:3.2Q2 DOI:10.1093/gbe/evae059 PMID:38513111	研究论文	该研究揭示了赤面粉甲虫中生殖细胞发生的新遗传通路和性染色体调控机制	首次展示了棉果科昆虫中生殖细胞发生的特异性标记和分子通路	研究主要集中在非模式生物，可能缺乏与已知编码分子的直接比较	探索赤面粉甲虫的生殖细胞发生过程及其分子基础	研究对象为赤面粉甲虫的成年雄性睾丸中的细胞群体	数字病理	NA	单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	成年雄性赤面粉甲虫的睾丸样本
12440	2024-08-05	Tyrosine Kinase Inhibition Activates Intratumoral γδ T Cells in Gastrointestinal Stromal Tumor 2024-01-03, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-23-0061 PMID:37922405	研究论文	本研究探讨酪氨酸激酶抑制对胃肠道间质瘤中γδ T细胞的影响	发现酪氨酸激酶抑制能够进一步刺激肿瘤内γδ T细胞，并揭示其在免疫疗法中的潜在靶向作用	研究主要基于小鼠模型，可能无法完全反映人类的生物反应	探讨酪氨酸激酶抑制对胃肠道间质瘤中γδ T细胞的作用机制	使用转基因小鼠模型研究γδ T细胞及其在胃肠道间质瘤中的作用	数字病理学	胃肠道间质瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	转基因小鼠模型	基因表达数据	包括转基因小鼠模型和新鲜人类胃肠道间质瘤标本