单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
12401	2024-08-04	ALKBH5-mediated m6A modification of IL-11 drives macrophage-to-myofibroblast transition and pathological cardiac fibrosis in mice 2024-Mar-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-46357-x PMID:38443404	研究论文	本研究揭示了ALKBH5介导的m6A修饰如何驱动小鼠心脏巨噬细胞向肌成纤维细胞的转变及病理性心脏纤维化	本研究首次揭示了ALKBH5在心脏巨噬细胞转变和心脏纤维化中的作用机制，并识别了IL-11 mRNA作为ALKBH5介导的m6A去甲基化的靶标	本研究的结果主要基于小鼠模型，可能在临床应用上需要进一步验证	研究心脏巨噬细胞转变和心脏纤维化过程中ALKBH5的作用	心脏巨噬细胞及其在高血压诱导的病理条件下的转变	数字病理学	心脏病	单细胞转录组学、谱系追踪、旁体共生技术	NA	mRNA	小鼠模型
12402	2024-08-05	Single cell RNA-sequencing in uveal melanoma: advances in heterogeneity, tumor microenvironment and immunotherapy 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1427348 PMID:38966635	研究论文	本文探讨了单细胞RNA测序在葡萄膜黑色素瘤中的应用，重点关注异质性、肿瘤微环境和免疫治疗进展	结合生物信息学分析的单细胞RNA测序为理解肿瘤内异质性和微环境提供了新的视角，有助于发现与预后相关的分子指标	由于葡萄膜黑色素瘤的特殊生物学特性，免疫治疗的效果有限	提高葡萄膜黑色素瘤患者免疫治疗的疗效	葡萄膜黑色素瘤患者的肿瘤特征和微环境	数字病理学	葡萄膜黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
12403	2024-08-05	A secretagogin locus of the mammalian hypothalamus controls stress hormone release 2015-Jan-02, The EMBO journal DOI:10.15252/embj.201488977 PMID:25430741	研究论文	这篇文章探讨了下丘脑分泌素基因座对压力激素释放的调控机制	首次定义了一个新的分泌素神经元基因座和分子轴，揭示了其在压力响应中的作用	关于分泌素在更多类型神经元中的功能及其对长期压力反应的影响仍不明确	阐明调控下丘脑-垂体-肾上腺轴中CRH释放的分子机制	研究小型细胞与大细胞之间的相互作用以及分泌素神经元在CRH释放中的角色	数字病理学	NA	单细胞转录组分析, 蛋白质相互作用组分析	NA	NA	NA
12404	2024-08-04	Identification of intracellular bacteria from multiple single-cell RNA-seq platforms using CSI-Microbes 2024-Jul-05, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adj7402 PMID:38959321	研究论文	本文研究了使用CSI-Microbes从单细胞RNA测序数据中识别微生物的管道	首次系统评估了多种单细胞RNA测序技术在恢复微生物唯一分子标识符的有效性	未提供关于样本多样性或外部验证的数据	开发计算管道以识别和分析肿瘤微生物组中的微生物	主要分析食管癌和结直肠癌患者的样本	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	食管癌和结直肠癌患者的样本
12405	2024-08-04	Leveraging a neutrophil-derived PCD signature to predict and stratify patients with acute myocardial infarction: from AI prediction to biological interpretation 2024-Jul-02, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05415-0 PMID:38956669	研究论文	本文提出了一种中性粒细胞衍生的程序性细胞死亡（PCD）特征，旨在预测和分层急性心肌梗死（AMI）患者	创新地利用机器学习生成了一种预测性的中性粒细胞衍生PCD特征，并探讨了其生物机制	虽然探讨了中性粒细胞相关PCD的临床意义，但生物机制尚未完全阐明	旨在通过预测和分层急性心肌梗死患者来改善治疗管理	研究对象为急性心肌梗死患者的外周血样本	机器学习	心血管疾病	机器学习，单细胞转录组学，孟德尔随机化	随机森林	微阵列数据	五个独立的微阵列队列
12406	2024-08-04	A unified model-based framework for doublet or multiplet detection in single-cell multiomics data 2024-Jul-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-49448-x PMID:38956023	研究论文	本文提出了一种基于复合泊松模型的框架，用于在单细胞多组学数据中检测多细胞聚集体。	创新之处在于使用复合泊松模型来检测细胞聚集体，并利用实验细胞哈希结果作为多细胞状态的真实数据。	本研究的局限性在于尚未涵盖所有单细胞多组学技术的整合应用。	研究的目的是在单细胞多组学数据中准确检测和消除多细胞聚集体。	研究对象为280,123个液滴的单细胞多组学数据。	数字病理学	NA	DOGMA-seq	复合泊松模型	数据集包含液滴信息	280,123个液滴来自两个组织
12407	2024-08-04	NOX4-mediated astrocyte ferroptosis in Alzheimer's disease 2024-Jul-02, Cell & bioscience DOI:10.1186/s13578-024-01266-w PMID:38956702	研究论文	本研究探讨了NADPH氧化酶4（NOX4）在阿尔茨海默病（AD）中对铁介导的星形胶质细胞死亡的作用	研究首次揭示了NOX4在阿尔茨海默病星形胶质细胞铁死亡中的关键作用	研究可能受到样本选择和实验条件的限制	研究NOX4与阿尔茨海默病相关的星形胶质细胞铁死亡机制	本研究的对象为阿尔茨海默病中的星形胶质细胞	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	使用了AD的单细胞RNA测序数据
12408	2024-08-05	Pig blastocyst-like structure models from embryonic stem cells 2024-Jul-02, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/s41421-024-00693-w PMID:38956027	研究论文	该文章报道了从猪胚胎干细胞生成类似囊胚的结构模型	创新点在于开发了一种新的三维两步分化策略，能够从猪胚胎干细胞生成具有胚胎特征的囊胚模型	该研究未提及对大型动物囊胚模型的潜在伦理问题及其在实际应用中的局限性	研究的目的是开发一种能够模拟早期胚胎发育的猪胚胎模型	研究的对象是从猪胚胎干细胞中生成的囊胚状结构	数字病理学	NA	体外培养，三维分化	NA	细胞，胚胎模型	使用了数量未具体说明的猪胚胎干细胞样本
12409	2024-08-05	Integrated pan-cancer and scRNA-seq analyses identify a prognostic coagulation-related gene signature associated with tumor microenvironment in lower-grade glioma 2024-Jul-02, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01114-w PMID:38955935	研究论文	该文章通过整合泛癌症和单细胞RNA测序分析，识别出与下级别胶质瘤肿瘤微环境相关的预后凝血相关基因特征	本研究创新性地结合了临床特征与基因表达分析，提出了用于下级别胶质瘤预后的凝血相关基因签名	研究主要集中在特定癌症类型，对其他癌症类型的适用性尚需进一步验证	探讨凝血路径与下级别胶质瘤患者预后的关系	本研究聚焦于下级别胶质瘤及其他癌症类型的患者	数字病理	NA	单样本基因集富集分析（ssGSEA），LASSO回归，CIBERSORT，单细胞RNA测序	Cox回归模型	基因表达数据	NA
12410	2024-08-05	Single-cell transcriptomic profiling unveils insights into ovarian fibrosis in obese mice 2024-Jul-02, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-024-00496-9 PMID:38956667	研究论文	本研究建立了肥胖小鼠模型以探讨肥胖对卵巢微环境的影响	首次使用单细胞RNA测序技术构建了肥胖小鼠卵巢组织的单细胞图谱，揭示了功能失衡的细胞亚群和其相互作用	研究只在小鼠模型中进行，尚需在人类身上验证	探讨肥胖如何影响卵巢微环境及其与生育健康的关系	肥胖小鼠的卵巢组织	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	组织	18周饲喂的成年雌性小鼠
12411	2024-08-05	Identification of unique cell type responses in pancreatic islets to stress 2024-Jul-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-49724-w PMID:38956087	研究论文	该文章分析了胰岛细胞对糖尿病相关压力的特定反应	通过多重单细胞RNA测序，定义了暴露于内质网和炎症压力的原代人胰岛细胞的转录特征	未提及具体的样本数量和来源	更好地表征细胞类型特异性的压力反应	主要研究原代人胰岛细胞在不同糖尿病相关压力下的基因表达变化	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
12412	2024-08-04	Building and analyzing metacells in single-cell genomics data 2024-Jul, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.1038/s44320-024-00045-6 PMID:38811801	评论	本文回顾了单细胞基因组学数据中元细胞的构建和分析方法	介绍了元细胞的概念及其在简化单细胞基因组学数据中的应用	未具体提到元细胞的局限性	探讨如何利用元细胞分析单细胞基因组学数据	单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	单细胞RNA-seq	NA	基因组数据	NA
12413	2024-08-04	Mapping the complexity and diversity of tertiary lymphoid structures in primary and peritoneal metastatic gastric cancer 2024-Jul-01, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009243 PMID:38955417	研究论文	本文探讨了原发性胃癌和腹膜转移性胃癌中三级淋巴结构的复杂性和多样性。	该研究揭示了胃癌中三级淋巴结构的细胞组成和成熟状态在不同肿瘤位置和免疫环境中的显著差异。	该研究未讨论长时间随访的影响，可能无法全面捕捉TLS的动态变化。	研究三级淋巴结构对胃癌抗肿瘤免疫及预后的影响。	分析胃癌原发肿瘤及腹膜转移样本中的免疫细胞组成和功能。	数字病理学	胃癌	空间转录组学和免疫组化	NA	组织样本	使用了来自胃癌原发肿瘤和腹膜转移的存档切除标本
12414	2024-08-04	Heterogeneous pseudobulk simulation enables realistic benchmarking of cell-type deconvolution methods 2024-07-01, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03292-w PMID:38956606	研究论文	该文章展示了一种异质性伪混合物模拟方法，以改进细胞类型去卷积方法的基准评估	提出了一种异质性模拟策略，以创建更具生物学变异的合成混合样本，从而增强基准测试的可靠性	标准方法使用随机选取的单细胞，未考虑细胞间的内在差异，导致合成混合物缺乏适当的生物学变异	旨在改进和评估细胞类型去卷积方法的基准测试	研究对象为不同去卷积方法在多个数据集上的表现	数字病理学	肿瘤	单细胞RNA测序	回归方法	数据集	八个不同的数据集
12415	2024-08-05	Single-cell transcriptome dissecting the microenvironment remodeled by PD1 blockade combined with photodynamic therapy in a mouse model of oral carcinogenesis 2024-Jul, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.636 PMID:38962427	研究论文	本研究揭示了PD1阻断联合光动力疗法在小鼠口腔癌发生模型中重塑微环境的效果	创新之处在于通过单细胞转录组测序揭示了口腔癌进展过程中微环境的失调，并提出了一种新的治疗策略	本研究的局限性在于模型仅使用小鼠，未在临床中进行验证	探讨有效的策略以阻止口腔潜在恶性疾病向口腔鳞状细胞癌的进展	建立小鼠口腔癌发生模型，研究PD1阻断与光动力疗法的联合效果	数字病理学	口腔癌	单细胞转录组测序	NA	NA	小鼠模型
12416	2024-08-04	An integrated single-cell RNA-seq map of human neuroblastoma tumors and preclinical models uncovers divergent mesenchymal-like gene expression programs 2024-06-19, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03309-4 PMID:38898465	研究论文	本研究生成了神经母细胞瘤细胞系、患者衍生异种移植模型及基因工程小鼠模型的单细胞RNA-seq图谱	提出了一种无监督机器学习方法(acNMF)来比较临床与前临床模型中的基因表达程序	未详细研究弱表达的间充质样基因表达与药物耐受机制之间的关系	更好地理解患者肿瘤异质性与前临床模型之间的关系	聚焦于神经母细胞瘤细胞系及其前临床模型的基因表达程序	数字病理学	神经母细胞瘤	单细胞RNA-seq	无监督机器学习模型	基因表达数据	涉及多种细胞系、患者衍生异种移植模型及基因工程小鼠模型的多个样本
12417	2024-08-05	CXCR7 activation evokes the anti-PD-L1 antibody against glioblastoma by remodeling CXCL12-mediated immunity 2024-Jun-19, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06784-6 PMID:38898023	研究论文	本研究探讨了CXCR7在胶质母细胞瘤中重塑CXCL12介导的免疫反应，以激发抗PD-L1抗体。	揭示了CXCR7作为CXCL12的负调节因子，并通过靶向激活CXCR7来增强抗肿瘤免疫反应。	研究主要基于小鼠模型，临床转化效果需要进一步验证。	提高胶质母细胞瘤免疫疗法的有效性。	胶质母细胞瘤细胞与相关巨噬细胞的相互作用。	数字病理学	胶质母细胞瘤	转录组分析	小鼠模型	基因数据	多个复发性胶质母细胞瘤样本及小鼠实验相结合
12418	2024-08-04	Spatial Biology of Breast Cancer 2024-05-02, Cold Spring Harbor perspectives in medicine IF:7.8Q1 DOI:10.1101/cshperspect.a041335 PMID:38110242	评论	本研究讨论了空间生物学在乳腺癌中的应用及其影响	探讨了空间转录组学和蛋白质组学以及新兴的多重成像技术对乳腺癌研究的贡献	未具体提及具体研究数据或样本限制	旨在探索空间方法对乳腺癌进展和治疗的理解	涉及乳腺癌相关的空间关系及其生物学机制	数字病理学	乳腺癌	空间转录组学, 蛋白质组学, 多重成像技术	NA	NA	NA
12419	2024-08-05	Soluble PD-L1 reprograms blood monocytes to prevent cerebral edema and facilitate recovery after ischemic stroke 2024-02, Brain, behavior, and immunity DOI:10.1016/j.bbi.2023.12.007 PMID:38070624	研究论文	这篇文章探讨了可溶性PD-L1如何通过重新编程血液单核细胞来预防脑水肿并促进缺血性中风后的恢复。	相关研究首次展示了PD-1阳性单核细胞作为sPD-L1的治疗靶点的潜力。	研究在小鼠模型中进行，实际临床应用的效果和安全性仍需进一步验证。	研究PD-L1在急性缺血性中风恢复中的治疗潜力。	研究对象为急性缺血性中风患者的循环单核细胞以及小鼠模型。	数字病理学	缺血性中风	单细胞RNA测序	小鼠中动脉闭塞（MCAO）模型	生物样本	涉及人类患者和小鼠模型，具体样本量未列明
12420	2024-08-04	Deciphering the shared mechanisms of Gegen Qinlian Decoction in treating type 2 diabetes and ulcerative colitis via bioinformatics and machine learning 2024, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2024.1406149 PMID:38962743	研究论文	本研究探讨了葛根芩莲汤在治疗2型糖尿病和溃疡性结肠炎中的共享机制	揭示了T2DM和UC之间的共病机制，并识别了新的生物标志物和治疗策略	缺乏临床试验数据以验证研究结果	探究T2DM与UC之间的共享致病机制，并阐明葛根芩莲汤的作用机制	研究对象包括2型糖尿病和溃疡性结肠炎的相关靶点	生物信息学	2型糖尿病, 溃疡性结肠炎	生物信息学和机器学习	机器学习	基因表达数据	NA