单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
12381	2024-08-04	Exploring the Molecular Mechanism of Comorbidity of Type 2 Diabetes Mellitus and Colorectal Cancer: Insights from Bulk Omics and Single-Cell Sequencing Validation 2024-Jun-14, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom14060693 PMID:38927096	研究论文	本研究首次使用批量RNA测序和单细胞RNA测序数据探讨2型糖尿病与结直肠癌之间的分子机制	本研究揭示了EVPL和ENTPD3作为2型糖尿病和结直肠癌共病的特征分子，强调了免疫机制在这两种疾病共同发展的重要性	本研究可能在探索分子机制方面存在一定的局限性，尤其是需要更多样本验证结果	研究2型糖尿病与结直肠癌之间的共享分子机制	重点研究EVPL和ENTPD3这两个核心共病基因	数字病理学	2型糖尿病和结直肠癌	RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
12382	2024-08-04	Accurate Identification of Spatial Domain by Incorporating Global Spatial Proximity and Local Expression Proximity 2024-Jun-09, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom14060674 PMID:38927077	研究论文	文章提出了一种新的深度学习方法SECE，用于准确识别空间转录组数据中的空间域	提出的SECE方法结合了局部与全局空间关系，充分利用空间信息，提高了识别精度	研究未提及可能在不同生物组织中的适用性	旨在提高空间转录组数据分析中空间域的识别准确性	针对真实的空间转录组数据集进行分析	数字病理学	NA	深度学习	NA	空间转录组数据	六个真实数据集，涵盖四个不同平台
12383	2024-08-05	Integrated Analysis of scRNA-Seq and Bulk RNA-Seq Reveals Metabolic Reprogramming of Liver Cancer and Establishes a Prognostic Risk Model 2024-Jun-08, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes15060755 PMID:38927691	研究论文	该文章分析了肝癌的代谢重编程，并建立了预后风险模型	通过单细胞转录组分析和代谢视角建立的预后风险模型对于肝癌的精确预防和治疗具有重要意义	该研究仅限于所选样本，可能无法广泛适用于所有肝癌患者	旨在提供肝癌患者的分层和精确治疗方法	研究对象包括105,829个单细胞转录组分析中识别的11种细胞类型	数字病理	肝癌	scRNA-Seq和Bulk RNA-Seq	NA	细胞数据	105,829个单细胞
12384	2024-08-04	Ploidy inference from single-cell data: application to human and mouse cell atlases 2024-06-05, Genetics IF:3.3Q2 DOI:10.1093/genetics/iyae061 PMID:38651869	研究论文	本研究开发了一种从单细胞ATAC-seq数据推断细胞倍性的统计方法	首次将倍性分析集成到单细胞研究中，并能够系统地检测多倍性	可能需要额外的测定步骤以测量倍性	旨在填补单细胞研究中倍性分析的空白	人类和小鼠细胞图谱的数据	数字病理学	癌症	单细胞ATAC-seq	NA	单细胞数据	人类和小鼠的多个细胞类型
12385	2024-08-05	Single-cell phylotranscriptomics of developmental and cell type evolution 2024-Jun, Trends in genetics : TIG IF:13.6Q1 DOI:10.1016/j.tig.2024.02.005 PMID:38490933	研究论文	单细胞进化转录组学作为一种新兴工具，揭示了进化的分子和细胞机制	首次分析了发育过程中转录组年龄的异质性，并识别了驱动整体生物体温沙形态的谱系和组织	没有提及具体的技术限制或实验范围	探索发育与细胞类型进化的分子机制	研究不同谱系和组织在整个发育过程中的转录组变化	生物学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
12386	2024-08-05	M2 Macrophages Guide Periosteal Stromal Cell Recruitment and Initiate Bone Injury Regeneration 2024-May-29, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines12061205 PMID:38927412	研究论文	这项研究创建了猪颅骨膜的详细细胞图谱，强调了细胞动态与相互作用在颅骨损伤修复中的重要性	该研究揭示了M2巨噬细胞在骨膜免疫反应调节和骨再生过程中的关键作用	研究仅限于猪颅骨膜，结果的广泛适用性需要进一步验证	探讨骨膜在骨损伤修复中的作用	猪颅骨膜	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞数据	NA
12387	2024-08-05	scPLAN: a hierarchical computational framework for single transcriptomics data annotation, integration and cell-type label refinement 2024-May-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae305 PMID:38935069	研究论文	scPLAN是一个用于单细胞RNA测序数据分析的层次计算框架	scPLAN通过层次细胞类型树对未标记的scRNA-seq数据进行注释，系统性识别潜在的新细胞类型	现有的整合方法无法整合不同标注深度的数据集，也未能利用更复杂注释的数据集或新生物发现来提升旧数据的标注	提高单细胞RNA测序数据的细胞类型注释和整合精确度	未标记的scRNA-seq数据和已有标注的数据集	数字病理学	NA	scRNA-seq	层次模型	转录组数据	NA
12388	2024-08-05	Transcriptomic Analyses Reveal the Effects of Walnut Kernel Cake on Adipose Deposition in Pigs 2024-May-23, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes15060667 PMID:38927603	研究论文	该研究探讨了核桃仁饼对猪脂肪沉积的影响及其潜在的饲料替代价值	首次揭示了核桃仁饼在促进猪脂肪沉积和改善肉质方面的应用潜力	对核桃仁饼在猪饲料中的应用研究尚处于起步阶段，缺乏大规模的临床试验数据	旨在评估核桃仁饼作为猪饲料中的蛋白质替代品的效果	以大迪庆藏猪为研究对象	数字病理学	NA	转录组分析	NA	单细胞转录组数据	大迪庆藏猪的样本数量未明确提及
12389	2024-08-04	Single-Nucleus RNA-Seq Reveals Spermatogonial Stem Cell Developmental Pattern in Shaziling Pigs 2024-May-21, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom14060607 PMID:38927011	研究论文	本文探讨了Shaziling猪睾丸内精原干细胞的发育模式	首次利用单细胞转录组技术生成了Shaziling猪睾丸发育的细胞图谱，并识别了新的标记基因	本研究仅涵盖了特定的猪种和有限的发展阶段	旨在揭示Shaziling猪精原干细胞的发育模式，以促进其繁育	研究对象为Shaziling猪的精原干细胞和睾丸组织	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	细胞	82,027个单细胞，来自9个Shaziling猪睾丸
12390	2024-08-05	Activation of CD14+ Monocytes via the IFN-γ Signaling Pathway Is Associated with Immune-Related Adverse Events in Hepatocellular Carcinoma Patients Receiving PD-1 Inhibition Combination Therapy 2024-May-21, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines12061140 PMID:38927347	研究论文	研究探讨了HCC患者接受PD-1抑制联合治疗后，CD14+单核细胞通过IFN-γ信号通路激活与免疫相关不良事件之间的关系	首次揭示了在PD-1抑制联合治疗中，IFN-γ信号通路诱导的单核细胞激活是HCC患者发生免疫相关不良事件的重要机制	该研究的样本量较小，仅包含71名HCC患者，可能影响结果的普遍适用性	探明HCC患者在PD-1抑制联合治疗中免疫相关不良事件的机制	71名接受PD-1抑制联合治疗的肝癌患者	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序, Olink蛋白组学	NA	血液样本	71名HCC患者
12391	2024-08-05	Cystatin M/E ameliorates bone resorption through increasing osteoclastic cell estrogen influx 2024-May-06, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4313179/v1 PMID:38766009	研究论文	本研究评估了Cystatin M/E在减缓骨吸收过程中的作用，特别是在多发性骨髓瘤模型中。	本研究首次显示Cystatin M/E能够增加骨吸收前体细胞的雌激素浓度，并抑制其成熟。	研究主要集中在小鼠模型上，临床转化需要更多的人体数据支持。	探讨Cystatin M/E如何通过改善雌激素受体的表达来减少骨质流失。	使用多发性骨髓瘤及卵巢切除小鼠模型进行实验。	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序	小鼠模型	蛋白质和mRNA数组	包含多发性骨髓瘤及卵巢切除小鼠模型的实验样本
12392	2024-08-04	Unraveling molecular advancements in chordoma tumorigenesis and treatment response: a review of scientific discoveries and clinical implications 2024-05, Neurosurgical focus IF:3.3Q1 DOI:10.3171/2024.2.FOCUS2417 PMID:38691860	综述	本文回顾了脊索瘤的分子进展及其治疗反应的科学发现和临床意义	提供了对脊索瘤分子机制的深入了解，并探讨了新的治疗方法和技术	目前很少有系统治疗显示出显著的有效性，且脊索瘤在多模式治疗后仍倾向复发	研究脊索瘤的分子发病机制及其在治疗中的临床应用	脊索瘤及其分子特征和治疗反应	数字病理学	脊索瘤	单细胞转录组分析、空间转录组学、游离DNA分析	NA	转录组、基因组	NA
12393	2024-08-05	Beneficial mechanisms of dimethyl fumarate in autoimmune uveitis: insights from single-cell RNA sequencing 2024-Apr-29, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-024-03096-6 PMID:38684986	研究论文	该研究探讨了二甲基富马酸酯在自身免疫性葡萄膜炎中的作用机制	通过单细胞RNA测序，揭示了DMF在自身免疫性葡萄膜炎中影响免疫细胞渗透的潜在机制	当前研究缺乏对DMF在自身免疫性葡萄膜炎中全面作用的深入探索	研究DMF在自身免疫性葡萄膜炎中的功能及其潜在机制	正常小鼠、实验性自身免疫性葡萄膜炎小鼠及DMF处理的实验小鼠	数字病理学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序	NA	细胞数据	正常小鼠、实验性自身免疫性葡萄膜炎小鼠和DMF处理的实验小鼠的颈部引流淋巴结细胞
12394	2024-08-04	Identification of biomarkers related to angiogenesis in myocardial ischemia-reperfusion injury and prediction of potential drugs 2024, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0300790 PMID:38935597	研究论文	本研究识别与心肌缺血再灌注损伤相关的血管生成生物标志物并预测潜在药物	本研究首次识别Stat3、Rela和Ubb作为心肌缺血再灌注损伤与血管生成的关键基因	研究未提及样本的多样性及临床实验证据	探索心肌缺血再灌注损伤中的血管生成机制及相关生物标志物	心肌缺血再灌注损伤的生物标志物和潜在药物	数字病理	心血管疾病	测序	WGCNA	基因序列	NA
12395	2024-08-04	Integrated Analysis of Single-Cell RNA-Seq and Bulk RNA-Seq Unravels the Molecular Feature of Tumor-Associated Macrophage of Acute Myeloid Leukemia 2024, Genetics research IF:1.4Q4 DOI:10.1155/2024/5539065 PMID:38205232	研究论文	本文探讨了急性髓系白血病及其相关的巨噬细胞分子特征	提出了一种巨噬细胞相关指数（MRI）来评估AML患者的预后和免疫特征	研究可能受到数据源和样本量的限制，可能需进一步验证	深入探索急性髓系白血病与巨噬细胞之间的关联	急性髓系白血病患者的基因表达谱和临床变量特征	数字病理学	急性髓系白血病	RNA测序	LASSO和多变量Cox分析	基因表达数据	使用了来自TCGA, GEO和TARGET数据库的AML患者数据集
12396	2024-08-04	Prognostic and therapeutic insights into colorectal carcinoma through immunogenic cell death gene profiling 2024, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.17629 PMID:38938617	研究论文	本研究探讨了免疫原性细胞死亡在结直肠癌中的作用，并开发了新型的量化系统来预测患者的预后与免疫治疗效果	开发了一种新颖的免疫原性细胞死亡量化系统，并在肿瘤免疫微环境中构建了ICD评分	本研究侧重于结直肠癌的特定类型，可能无法广泛适用于其他癌症类型	研究免疫原性细胞死亡在结直肠癌中的作用与预测患者治疗结果的潜力	研究对象为被诊断为结肠腺癌/直肠腺癌的1,184名患者	数字病理学	结直肠癌	单细胞测序	主成分分析 (PCA)	基因组数据	1,184名结肠腺癌/直肠腺癌患者
12397	2024-08-04	Integrating Single-Cell and Spatial Transcriptomics to Uncover and Elucidate GP73-Mediated Pro-Angiogenic Regulatory Networks in Hepatocellular Carcinoma 2024, Research (Washington, D.C.) DOI:10.34133/research.0387 PMID:38939041	研究论文	本研究展示了GP73介导的促血管生成调控网络在肝细胞癌中的作用	揭示了GP73与血管内皮细胞的细胞通信及其在肝细胞癌血管发育中的作用	研究可能未能涵盖所有肝细胞癌类型及其复杂性	探讨GP73在肝细胞癌中促血管生成的机制及其临床相关性	肝细胞癌患者的细胞及其在血管生成中的关键角色	数字病理学	肝癌	单细胞空间转录组学	NA	细胞、血清	肝细胞癌患者的样本未具体说明
12398	2024-08-05	Integrated bulk and single-cell RNA sequencing identifies an aneuploidy-based gene signature to predict sensitivity of lung adenocarcinoma to traditional chemotherapy drugs and patients' prognosis 2024, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.17545 PMID:38938612	研究论文	该文章研究了一个基于基因签名的模型，以预测肺腺癌对传统化疗药物的敏感性和患者的预后	开发了一个五基因异倍体相关风险评分（ARS）模型，发现高表达的CKS1B促进肺腺癌细胞系的增殖、迁移和侵袭性表型	目前对异倍体相关基因在肺腺癌中的预后和免疫治疗能力的研究仍然有限	研究异倍体相关基因在肺腺癌中的潜在作用，以改善诊断和治疗方法	以肺腺癌（LUAD）细胞系为研究对象，筛选与异倍体相关的基因	数字病理	肺癌	RNA测序	Cox回归与Lasso回归模型	基因表达数据	使用公共数据库的肿瘤数据以及细胞实验验证
12399	2024-08-05	Identification of CD133+ intercellsomes in intercellular communication to offset intracellular signal deficit 2023-10-17, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.86824 PMID:37846866	研究论文	本文报道了CD133在细胞间通信中的作用，以补偿细胞内信号不足	提出了名为'intercellsome'的细胞间结构，并发现其与CD133表达相关	尚未探讨CD133 intercellsomes在其他组织或不同生理环境下的行为	研究CD133在细胞间通信和应对细胞内信号不足中的作用	主要研究CD133阳性肝细胞及其在肝再生中的表现	数字病理	肿瘤相关疾病	单细胞RNA测序，超分辨率显微镜，电子显微镜	NA	mRNA	多个动物物种中的癌细胞类型和肝脏、肠脏的原器官
12400	2024-08-05	Signature morphoelectric properties of diverse GABAergic interneurons in the human neocortex 2023-10-13, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adf6484 PMID:37824669	研究论文	本研究分析了人类新皮层中多样的GABA能中间神经元的特征和形态电性质	采用快速GABA能神经元病毒遗传标记和Patch-seq技术，可靠地对人类皮层GABA能神经元亚类进行目标分析	研究主要集中在活体切片，可能无法完全代表神经元在体内的真实状态	探究人类大脑GABA能神经元的转录组多样性及其形态特征	人类新皮层的GABA能神经元亚类及其个别转录组类型	数字病理学	NA	Patch-seq	NA	转录组数据	人脑切片的多个样本