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当前共找到 34108 篇文献,本页显示第 1221 - 1240 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
1221 2025-12-02
Interregional human assembloids recapitulate fetal brain morphologies and enhance neuronal complexity
2025-Oct-24, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究利用3D共聚焦成像和手动重建技术,分析了人类前脑、丘脑器官样体及组装体,揭示了其神经元形态与胎儿大脑的相似性及组装体增强的形态复杂性 首次系统描述人类神经器官样体和组装体中神经元形态的多样性,并发现组装体比单个器官样体具有更高的形态复杂性,包括更广泛的树突分支、更长投射和多样化的胞体形状 研究仅基于735个神经元的样本量,可能无法完全代表整体多样性;手动重建方法可能引入主观偏差 验证人类神经模型并建模形态功能性疾病 人类前脑(背侧和腹侧)和丘脑(背侧和腹侧)器官样体,以及前脑、丘脑和皮质丘脑组装体 数字病理学 NA 3D共聚焦成像和手动重建 NA 图像 735个神经元 NA NA NA NA
1222 2025-12-02
Multi-site Assessment of Methods for Cell Preservation Upstream of Single Cell RNA Sequencing
2025-Oct-24, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究评估了三种单细胞RNA测序上游细胞保存方法(10x Genomics FLEX、Parse Bioscience Evercode WT v2和Honeycomb Bio HIVE)在多平台、多站点下的性能和可重复性 通过跨平台、多站点研究,系统比较了固定和冷冻保存方法在单细胞RNA测序中的表现,并展示了这些方法在细胞类型注释和相对丰度方面的一致性 研究仅基于单一健康个体的白细胞样本,可能无法完全代表其他细胞类型或疾病状态下的保存效果 评估单细胞RNA测序上游细胞保存方法的性能和可重复性,以优化样本收集和处理流程 从单一健康个体分离的总白细胞 单细胞测序 NA 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、21色流式细胞术 NA 单细胞RNA测序数据、流式细胞术数据 单一健康个体的白细胞样本 10x Genomics, Parse Biosciences, Honeycomb Bio 单细胞RNA-seq 10x Genomics FLEX, Parse Bioscience Evercode WT v2, Honeycomb Bio HIVE 10x Genomics FLEX(固定或冷冻保存方法)、Parse Bioscience Evercode WT v2(固定或冷冻保存方法)、Honeycomb Bio HIVE(固定或冷冻保存方法)
1223 2025-12-02
Semi-parametric Empirical Bayes Method for Multiplet Detection in snATAC-seq with Probabilistic Multi-omic Integration
2025-Oct-24, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文提出了一种名为SEBULA的半参数经验贝叶斯方法,用于在单细胞核ATAC-seq数据中检测多重捕获事件,并通过概率多组学整合提高检测准确性 SEBULA是首个针对snATAC-seq数据设计的半参数经验贝叶斯模型,能够提供校准良好的后验概率,实现原则性的错误发现率控制,并支持与scRNA-seq等多模态数据的概率整合 方法主要针对snATAC-seq数据的稀疏性和过度分散特性设计,在其他单细胞技术中的适用性可能需要进一步验证 开发一种能够准确检测单细胞核ATAC-seq数据中多重捕获事件的计算方法 单细胞核ATAC-seq数据中的多重捕获事件 生物信息学 NA 单细胞核ATAC-seq, 单细胞RNA-seq, 多组学整合 半参数经验贝叶斯模型 染色质可及性测量数据, 基因表达数据 七个注释的三模态DOGMA-seq数据集 NA 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学 NA NA
1224 2025-12-02
Supervised machine learning identifies impaired mitochondrial quality control in β cells with development of type 2 diabetes
2025-Oct-23, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究开发了一个可解释的监督机器学习框架,用于识别2型糖尿病β细胞中线粒体质量控制的受损机制 结合了稀疏规则分类、通路约束建模和线粒体适应性分层,在单细胞水平上预测T2D并揭示疾病机制 研究样本量相对较小(52名人类供体),且主要基于单细胞RNA测序数据,可能未涵盖所有相关生物学层面 识别2型糖尿病中β细胞衰竭的分子通路,特别是线粒体质量控制的作用 人类β细胞,来自52名供体的单细胞RNA测序数据 机器学习 2型糖尿病 单细胞RNA测序 SnakeClassifier, BlackSwanClassifier, Kolmogorov-Arnold Neural Networks (KANN) 单细胞RNA测序数据 52名人类供体 NA 单细胞RNA测序 NA NA
1225 2025-12-02
Rapid canalization of chromosome conformation-transcription fingerprints during embryogenesis revealed by fully-automated cell identity decoding with CeSCALE
2025-Oct-23, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究开发了一种名为CeSCALE的新型算法,结合单细胞基因组学,揭示了胚胎发育过程中局部染色体构象-转录'指纹'与细胞谱系的关系及其遗传模式 开发了基于最优传输理论的CeSCALE算法,首次实现了对广泛发育窗口中谱系解析的单个细胞表型的全自动量化,并揭示了局部构象-转录'指纹'沿细胞谱系的稳定遗传现象 研究主要基于胚胎发育模型,结论在其他生物系统或疾病状态中的普适性有待验证 探究胚胎发育过程中染色体高级构象与转录活性之间的关系及其沿细胞谱系的遗传机制 胚胎发育过程中的细胞谱系 单细胞基因组学 NA 单细胞基因组学,单分子染色体追踪,单细胞转录组学 CeSCALE(基于Sinkhorn的细胞对齐算法) 单细胞基因组数据,单细胞转录组数据 NA NA 单细胞基因组学,单细胞转录组学 NA NA
1226 2025-12-02
Epithelial-Mesenchymal Transition is Associated with Altered Immune Composition and Cytotoxic Function in Triple-Negative Breast Cancer
2025-Oct-23, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序分析了三阴性乳腺癌中上皮-间质转化(EMT)谱系与肿瘤免疫微环境组成及功能变化之间的关联 首次系统揭示了EMT中间状态(非完全上皮或完全间质状态)与免疫细胞组成及功能的梯度变化关系,阐明了EMT谱系上肿瘤细胞MHC分子表达下调、细胞毒性T细胞和NK细胞功能抑制以及B细胞亚群转变的渐进模式 研究基于小鼠4T1肿瘤细胞系衍生的克隆模型,其结论在人类乳腺癌中的普适性需要进一步验证;单细胞RNA测序数据主要反映转录组水平变化,蛋白质水平和功能验证有待补充 探究三阴性乳腺癌中上皮-间质转化(EMT)不同状态对肿瘤免疫微环境组成和功能的影响 从4T1小鼠三阴性乳腺癌细胞系建立的五个具有不同EMT表型的单细胞克隆群体及其形成的肿瘤 单细胞组学 乳腺癌 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 五个单细胞克隆群体及其衍生的肿瘤样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
1227 2025-12-02
Psychological stress and social support are associated with opposing single-cell pro-inflammatory gene regulatory mechanisms in adults
2025-Oct-15, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和单细胞染色质可及性分析,探讨了心理压力和社会支持对非洲裔美国成年人外周血单个核细胞中基因调控的影响 首次在单细胞水平上揭示了心理压力和社会支持对免疫基因调控的相反作用机制,特别是通过干扰素信号通路和转录因子活性变化 研究样本仅包括非洲裔美国成年人,年龄范围较窄(50-89岁),可能限制了结果的普遍性 探究心理压力和社会支持如何影响免疫系统的基因调控机制,以理解其与慢性炎症的关联 165名自报非洲裔美国成年人(年龄50-89岁)的外周血单个核细胞 单细胞组学 慢性炎症 单细胞RNA测序(scRNA-seq),单细胞染色质可及性测序(scATAC-seq) NA 单细胞基因表达数据,单细胞染色质可及性数据 165名非洲裔美国成年人 NA 单细胞RNA-seq,单细胞ATAC-seq NA NA
1228 2025-12-02
Innovations in spinal cord cell type heterogeneity across vertebrate evolution
2025-Oct-11, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过比较鱼类、蛙类、小鼠和人类的脊髓细胞类型,揭示了脊椎动物进化过程中脊髓细胞类型异质性的保守与分化模式 首次跨物种比较脊椎动物脊髓细胞类型图谱,发现发育阶段细胞类型高度保守,而成年阶段兴奋性神经元亚群出现物种特异性分化,并定位到哺乳动物特有的背侧脊髓感觉整合中枢 研究主要基于转录组数据,缺乏功能验证;物种覆盖范围有限(仅四种代表性物种);空间转录组分辨率仍有提升空间 探究脊椎动物脊髓细胞类型在进化过程中的保守性与多样性,解析运动控制回路的进化起源 鱼类、蛙类、小鼠和人类的脊髓组织样本 空间转录组学 NA 空间转录组学 NA 空间转录组数据 跨四个物种(鱼类、蛙类、小鼠、人类)的脊髓样本,涵盖约4.5亿年进化历程 NA 空间转录组学 NA NA
1229 2025-12-02
Comprehensive benchmarking of somatic mutation detection by the SMaHT Network
2025-Oct-10, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 SMaHT网络通过四项大规模基准实验,评估了检测体细胞突变的测序技术、实验方法和计算策略 整合短读长和长读长测序、使用供体特异性组装和人类泛基因组,并比较了六种双链测序技术,展示了单细胞测序在解析细胞类型特异性突变模式方面的优势 未明确提及具体的技术限制或样本多样性不足等问题 评估和优化体细胞突变检测的技术与方法,以实现准确、全基因组的体细胞突变发现和分析 体细胞突变检测的测序技术、实验方法和计算策略 基因组学 NA 短读长测序、长读长测序、双链测序、单细胞测序 NA 基因组测序数据 九个分析样本 NA 单细胞测序、双链测序、短读长测序、长读长测序 NA NA
1230 2025-12-02
Ex Vivo Expanded Regulatory T Cells Inhibit AAA Progression by Limiting CD4+ and CD8+ T Cell Accumulation in Aortic Tissue
2025-Oct-10, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究探讨了调节性T细胞(Tregs)在腹主动脉瘤(AAA)进展中的作用,通过小鼠模型验证Treg疗法能通过限制CD4+和CD8+ T细胞在主动脉组织中的积累来抑制AAA发展 利用单细胞RNA测序数据识别T细胞在AAA中的关键作用,并通过同种移植Tregs到AAA诱导小鼠中,揭示Tregs通过定位于引流淋巴结而非主动脉微环境来减少促炎细胞浸润,从而抑制AAA进展 研究主要基于小鼠模型,结果可能不完全适用于人类;Tregs在主动脉微环境中未被检测到,其具体作用机制需进一步探索;临床转化潜力尚未在人体试验中验证 研究Tregs在AAA进展中的具体机制,探索Treg疗法作为早期AAA治疗策略的潜力 人类和小鼠AAA单细胞RNA测序数据、AAA诱导的野生型C57BL/6J小鼠、Thy1.1等位基因供体小鼠的Tregs 免疫学 心血管疾病 单细胞RNA测序、流式细胞术、qRT-PCR、Verhoeff-van Gieson染色、苏木精-伊红染色、免疫组织化学 NA RNA测序数据、图像数据、流式细胞数据 使用小鼠模型,具体样本数量未在摘要中明确说明 NA 单细胞RNA测序 NA NA
1231 2025-12-02
Integrated single-cell whole genome sequencing and spatial transcriptomics reveal latent intra-tumoral heterogeneity in ovarian cancer
2025-Oct-09, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过整合单细胞全基因组测序和空间转录组学技术,揭示了卵巢癌中潜在的肿瘤内异质性 首次结合单细胞全基因组测序与空间转录组学,系统分析卵巢癌的细胞、克隆和亚克隆水平异质性,并关联组织病理学和基因表达程序 研究仅基于五个上皮性卵巢癌样本,样本量较小,可能限制结果的普遍性 探究卵巢癌的肿瘤内异质性及其对疾病复发和治疗失败的影响 五个上皮性卵巢癌样本 数字病理学 卵巢癌 单细胞全基因组测序, 空间转录组学 NA 基因组数据, 转录组数据, 空间数据 5个上皮性卵巢癌样本 NA 单细胞全基因组测序, 空间转录组学 NA NA
1232 2025-12-02
Single-Cell Profiling of HDAC Inhibitor-Induced EBV Lytic Heterogeneity Defines Abortive and Refractory States in B Lymphoblasts
2025-Oct-09, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序技术,分析了HDAC抑制剂在EBV阳性B淋巴细胞中诱导的裂解异质性,定义了流产和耐药状态 首次在单细胞水平上揭示了HDAC抑制剂诱导EBV裂解反应的异质性,并识别了流产裂解细胞中NF-κB通路和免疫信号基因的上调 研究仅基于四种EBV阳性细胞系,且裂解反应仅在少数细胞中成功,可能限制了结果的普遍性 探究HDAC抑制剂对EBV阳性恶性肿瘤细胞裂解反应的影响,并阐明宿主因子在阻止成功裂解中的作用 四种EBV阳性细胞系:P3HR1-ZHT BL、Jijoye BL、IBL-1免疫母细胞淋巴瘤和感染衍生的淋巴母细胞系 单细胞组学 EBV相关恶性肿瘤(如伯基特淋巴瘤、霍奇金淋巴瘤、鼻咽癌、胃癌) 单细胞RNA测序 NA 单细胞RNA测序数据 四种EBV阳性细胞系,具体样本数量未明确说明 NA 单细胞RNA-seq NA NA
1233 2025-12-02
Epicardial contributions to fibro-inflammatory signaling in a Pkp2-deficient arrhythmogenic cardiomyopathy model
2025-Oct-09, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过构建Pkp2缺陷小鼠模型,探究了心外膜来源细胞在致心律失常性心肌病中纤维炎症信号传导的作用 首次在单细胞水平揭示了Pkp2缺陷导致心外膜来源成纤维细胞获得衰老相关分泌表型,并阐明了B细胞在疾病早期炎症和纤维化反应中的作用 研究基于小鼠模型,结果向人类疾病的转化需谨慎;B细胞耗竭仅延迟早期反应,未显著改变终末期心脏生理 探究Pkp2缺陷在心外膜来源细胞中对致心律失常性心肌病纤维炎症信号传导和发病机制的贡献 转基因小鼠(Pkp2-cKO和Pkp2-ceKO模型)及其心脏组织 单细胞组学 心血管疾病 单细胞RNA测序,免疫组织化学,流式细胞术,qRT-PCR,超声心动图 NA 单细胞转录组数据,图像数据,定量PCR数据,生理测量数据 转基因小鼠模型(具体数量未明确说明) NA 单细胞RNA-seq NA NA
1234 2025-12-02
Targeting tumor-intrinsic TAK1 triggers anti-tumor immunity and sensitizes pancreatic cancer to checkpoint blockade
2025-Oct-09, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文发现TAK1是胰腺导管腺癌中维持基因组完整性的关键介质,并揭示其作为治疗靶点可诱导炎症性肿瘤微环境,使PDAC对免疫检查点阻断敏感 首次将TAK1鉴定为胰腺癌中与T细胞功能障碍相关的异常激活激酶,并阐明其通过磷酸化EphA2和RAD51调控DNA修复和cGAS-STING通路的新机制 研究主要基于小鼠模型和体外实验,人类临床验证尚需进一步开展 探索逆转胰腺癌免疫抑制微环境的新治疗策略 胰腺导管腺癌(PDAC) 肿瘤免疫学 胰腺癌 单细胞RNA测序、流式细胞术、多重免疫组化、蛋白质组学 基因工程小鼠模型(GEMM) 测序数据、图像数据、蛋白质数据 人类PDAC样本和小鼠模型 NA 单细胞RNA测序 NA NA
1235 2025-12-02
Optimal Gene Panel Selection for Targeted Spatial Transcriptomics Experiments
2025-Oct-08, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文介绍了一种名为ReconST的新方法,用于自动设计空间转录组学分析中的最优基因面板 ReconST利用现有scRNA-seq数据,通过门控自编码器识别最优基因子集,在重建准确性和空间模式保留方面优于现有方法 NA 优化基因面板选择以最大化空间转录组学分析的效用 基因面板设计 空间转录组学 NA 空间转录组学分析,scRNA-seq 门控自编码器 基因表达数据 NA NA 空间转录组学,单细胞RNA-seq NA NA
1236 2025-12-02
Accelerating scRNA-seq Analysis: Automated cell type annotation using representation learning and vector search
2025-Oct-08, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文介绍了一种基于表示学习和向量搜索的自动化细胞类型注释服务,用于加速单细胞RNA测序分析 采用反向搜索方法,避免依赖预定义标记基因或组织特异性参考,提供细粒度和粗粒度注释 NA 自动化单细胞RNA测序中的细胞类型注释,以提高分析速度和准确性 10x Genomics单细胞基因表达样本中的细胞 数字病理学 NA 单细胞RNA测序 表示学习 基因表达谱数据 NA 10x Genomics 单细胞RNA-seq 10x Chromium NA
1237 2025-12-02
SpaDiff: Denoising for Sequence-based Spatial Transcriptomics via Diffusion Process
2025-Oct-08, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文介绍了一种名为SpaDiff的去噪方法,用于处理基于序列的空间转录组学数据中的spot-swapping噪声 将spot-swapping噪声建模为扩散过程,并模拟RNA分子的位移以逆转噪声,从而恢复原始空间分布 NA 提高空间转录组学数据的空间特异性和数据完整性 空间转录组学数据中的RNA分子 空间转录组学 NA 空间转录组学 扩散过程模型 序列数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
1238 2025-12-02
Multi-omics analysis identifies S100a10/Anxa2 complex within proximal tubule aggravates acute kidney injury through p-Stat3/Spp1 signaling
2025-Oct, Translational research : the journal of laboratory and clinical medicine IF:6.4Q1
研究论文 通过多组学分析发现S100a10/Anxa2复合物在近端小管内通过p-Stat3/Spp1信号通路加剧急性肾损伤 首次结合bulk RNA-seq、scRNA-seq和空间转录组学技术,系统性地识别了S100a10/Anxa2复合物在AKI中的作用,并通过实验验证了其通过p-Stat3/Spp1信号通路调控AKI的机制 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类样本中进行验证,且具体信号通路的上下游调控细节有待进一步探索 探究急性肾损伤(AKI)的发病机制并寻找潜在治疗靶点 小鼠肾脏组织,特别是近端小管上皮细胞 数字病理学 急性肾损伤 bulk RNA-seq, scRNA-seq, 空间转录组学, ChIP-seq NA RNA-seq数据, 空间转录组数据, ChIP-seq数据 未明确指定样本数量,但涉及对照组和AKI模型组 NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq NA NA
1239 2025-12-02
Immune cell communication networks and memory CD8+ T cell signatures sustaining chronic inflammation in COVID-19 and Long COVID
2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序分析了COVID-19及长新冠患者的免疫细胞图谱,揭示了记忆CD8+ T细胞在慢性炎症中的核心作用及其分子特征 在单细胞分辨率下绘制了COVID-19及长新冠的免疫景观,首次系统性地揭示了记忆CD8+ T细胞在MHC-I介导的细胞通讯网络中的中心地位及其与慢性炎症的关联,并利用机器学习模型识别出预测慢性免疫失调的关键基因标志 研究样本量相对有限(73,110个PBMCs),且仅基于外周血单核细胞分析,未能涵盖组织特异性免疫反应;机器学习模型的验证仍需在独立队列中进行 探究COVID-19及长新冠中持续免疫失调和慢性炎症的分子机制,特别是记忆CD8+ T细胞的功能异常与炎症维持的关系 来自健康、暴露、感染及住院四个疾病状态个体的外周血单核细胞(PBMCs) 生物信息学 COVID-19及长新冠 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、批量RNA测序(bulk RNA-seq)、机器学习模型训练、SHAP解释框架 XGBoost等九种机器学习模型 单细胞转录组数据、批量转录组数据 73,110个外周血单核细胞(PBMCs),来自四个疾病状态(健康、暴露、感染、住院)的个体 NA 单细胞RNA测序 NA NA
1240 2025-12-02
A discrete 'early-responder' stromal-cell subtype orchestrates immunocyte recruitment to injured tissue
2023-12, Nature immunology IF:27.7Q1
研究论文 本研究通过时间分辨单细胞RNA测序,鉴定出一种在急性损伤后早期响应的间充质基质细胞亚型,该亚型通过表达免疫调节因子(如Cxcl5)协调免疫细胞(如中性粒细胞和巨噬细胞)的招募,从而影响组织再生和炎症进程 首次在肌肉间充质基质细胞中识别出一种“早期响应者”亚型,该亚型在损伤后第一天迅速激活,表达独特的免疫调节转录本,并证明其通过Cxcl5等因子在协调免疫细胞招募和组织再生中发挥关键作用 研究主要基于小鼠模型,人类样本的验证有限;且未详细探讨该亚型在其他疾病或组织中的具体功能机制 探究急性损伤后间充质基质细胞亚型在免疫细胞招募和组织再生中的作用机制 小鼠肌肉间充质基质细胞(MmSCs)及其在急性损伤和肌肉萎缩模型中的响应 单细胞组学 肌肉损伤和肌肉萎缩 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
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