单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1221	2025-04-25	Identification of a Novel Activated NK-Associated Gene Score Associated with Diagnosis and Biological Therapy Response in Ulcerative Colitis 2025, Digestion IF:3.0Q2 DOI:10.1159/000540939 PMID:39182484	research paper	本研究建立了一个新型的激活NK相关基因（ANAG）评分，用于精确诊断溃疡性结肠炎（UC）并区分生物治疗的疗效	首次提出ANAG评分系统，用于UC的诊断和生物治疗反应的预测	研究样本来源有限，主要依赖公共数据库数据，未进行大规模临床验证	探究ANAG评分在UC诊断和生物治疗反应预测中的价值	溃疡性结肠炎患者组织和生物治疗反应数据	生物信息学	溃疡性结肠炎	RNA-seq, scRNA-seq, RT-qPCR, 免疫荧光	LASSO回归	基因表达数据	公共数据库中的bulk RNA-seq和scRNA-seq数据集，具体样本量未明确说明
1222	2025-04-25	CD14+ monocytes: the immune communication hub in early vasculitis symptoms of Kawasaki disease 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1557231 PMID:40207219	research paper	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了川崎病（KD）血管炎早期免疫细胞通讯的动态变化，发现CD14+单核细胞在细胞间通讯中起核心作用	首次通过单细胞测序技术揭示CD14+单核细胞在KD血管炎早期免疫通讯中的核心作用，并鉴定出关键信号基因SELPLG和ITK	样本量较小（仅7例儿科患者），需要在更大队列中验证发现	研究川崎病病程中免疫细胞通讯的变化并寻找潜在生物标志物	川崎病患者的PBMCs（外周血单个核细胞）	免疫学	川崎病	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	7名川崎病儿科患者
1223	2025-04-25	Cancer-associated fibroblasts gene signature: a novel approach to survival prediction and immunotherapy guidance in colon cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1532306 PMID:40264753	research paper	该研究通过单细胞测序分析识别结肠腺癌中成纤维细胞相关标记基因，开发了一个与成纤维细胞相关的基因特征，用于预测结肠腺癌患者的生存和指导免疫治疗	开发了一个包含11个CAFGs的预测特征，能够有效区分结肠腺癌患者的生存差异，并指导免疫治疗和化疗反应预测	研究依赖于RNA-seq和scRNA-seq数据，未涉及更多临床样本验证	研究结肠腺癌中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的异质性，寻找生物标志物以预测生存和指导治疗	结肠腺癌患者和HCT116、HT29细胞系	digital pathology	colon cancer	single-cell sequencing analysis, bulk RNA-seq, scRNA-seq	NA	RNA-seq data	结肠腺癌患者队列和HCT116、HT29细胞系
1224	2025-04-25	Expression of innate immunity genes in human hematopoietic stem/progenitor cells - single cell RNA-seq analysis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1515856 PMID:40264766	研究论文	通过单细胞RNA测序分析人类造血干细胞/祖细胞中先天免疫基因的表达	首次在单细胞分辨率下研究造血干细胞/祖细胞中complosome元素的表达，揭示了complosome作为造血新调节因子的作用	研究仅关注了特定基因的表达，未全面探索所有免疫相关基因的功能	探究人类造血干细胞/祖细胞中complosome系统元素及其他免疫相关蛋白的表达	人类造血干细胞/祖细胞（HSPCs），包括CD34+Lin-CD45+和CD133+Lin-CD45+两个群体	生物医学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	两个人类HSPC群体（CD34+Lin-CD45+和CD133+Lin-CD45+）及其亚群
1225	2025-04-25	Stimulation of regulatory dendritic cells suppresses cytotoxic T cell function and alleviates DEN-induced liver injury, fibrosis and hepatocellular carcinoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1565486 PMID:40264769	研究论文	研究通过口服激活TLR2的乳酸菌混合物刺激调节性树突状细胞，从而抑制细胞毒性T细胞功能，减轻DEN诱导的肝损伤、纤维化和肝细胞癌	首次证明通过口服特定乳酸菌混合物可以刺激调节性树突状细胞，进而抑制细胞毒性T细胞功能，减轻肝损伤和肿瘤发生	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体验证	探索调节性树突状细胞在肝损伤和肝细胞癌中的作用及其潜在治疗策略	野生型和TLR2敲除小鼠	免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序、流式细胞术、组织学分析	小鼠模型	基因表达数据、单细胞转录组数据	野生型和TLR2敲除小鼠，具体数量未明确说明
1226	2025-04-25	Single-cell transcriptomic analysis identified resistant MDSCs and a stress-tolerant gene co-expression network as common MDSC features across multiple disease settings 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1565211 PMID:40264770	研究论文	通过单细胞转录组分析，鉴定了在多疾病环境中常见的耐药性MDSCs和耐压基因共表达网络	首次结合炎症信号和细胞压力（血清饥饿）诱导出具有保留MDSC特征的细胞群（rMDSCs），并鉴定出特定的基因共表达模块（黄色模块）	研究主要基于体外实验和已有数据集验证，缺乏更多体内实验的直接证据	鉴定MDSCs的共同分子特征，以帮助细胞分类	人源单核细胞性MDSCs（M-MDSCs）	单细胞转录组学	癌症	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	GM-CSF+ IL-6诱导的人MDSCs及血清饥饿处理的PBMCs，外加已发表的批量及单细胞转录组数据集
1227	2025-04-25	Mapping immunotherapy potential: spatial transcriptomics in the unraveling of tumor-immune microenvironments in head and neck squamous cell carcinoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1568590 PMID:40264779	综述	本文综述了空间转录组学在头颈部鳞状细胞癌肿瘤-免疫微环境研究中的应用及其对免疫治疗的潜在影响	利用空间转录组学技术高分辨率解析肿瘤-免疫微环境的复杂组成和空间关系，为开发更有效的免疫治疗方法提供新视角	综述文章，未涉及具体实验数据验证	探索空间转录组学在头颈部鳞状细胞癌肿瘤-免疫微环境研究中的应用，以提高免疫检查点抑制剂治疗效果	头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)的肿瘤-免疫微环境(TIME)	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	空间转录组学(ST)	NA	基因表达空间数据	NA
1228	2025-04-25	A Novel Prognostic Signature Integrating Immune and Glycolytic Pathways for Enhanced Prognosis and Immunotherapy Prediction in Hepatocellular Carcinoma 2025, Journal of hepatocellular carcinoma IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JHC.S510460 PMID:40264860	research paper	本研究旨在建立一个整合免疫和糖酵解相关基因的预后特征（IGRPS），以预测肝细胞癌（HCC）的预后和免疫治疗效果	首次结合免疫和糖酵解通路构建预后特征，并验证其在肿瘤免疫微环境（TIME）和免疫治疗预测中的作用	研究依赖于公共数据库数据，未进行大规模独立队列验证	开发肝细胞癌预后预测模型并评估其免疫治疗预测价值	肝细胞癌患者	digital pathology	hepatocellular carcinoma	RNA-seq, single-cell sequencing, WGCNA, Cox回归	multivariate Cox regression	RNA-seq数据	TCGA和GEO数据库中的HCC患者样本
1229	2025-04-25	Inflammatory Cell Interactions in the Rotator Cuff Microenvironment: Insights From Single-Cell Sequencing 2025, International journal of genomics IF:2.6Q2 DOI:10.1155/ijog/6175946 PMID:40265083	review	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在探索肩袖损伤和修复过程中免疫细胞与非免疫细胞相互作用中的应用	利用scRNA-seq技术揭示肩袖微环境中免疫细胞与非免疫细胞的相互作用及其在炎症、组织修复和纤维化中的作用	综述性文章，未涉及具体实验数据或样本分析	探讨肩袖损伤和修复过程中免疫细胞与非免疫细胞的相互作用及其对炎症和组织修复的影响	肩袖微环境中的免疫细胞（如巨噬细胞、T细胞）和非免疫细胞（如成纤维细胞、肌成纤维细胞）	再生医学	肩袖损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
1230	2025-04-25	Metabolic reprogramming by mutant GNAS creates an actionable dependency in intraductal papillary mucinous neoplasms of the pancreas 2024-Dec-10, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-332412 PMID:39277181	研究论文	本文研究了KRAS和GNAS突变在胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤(IPMNs)中的作用，揭示了GNAS R201C突变如何导致代谢重编程和糖酵解依赖性	首次揭示了GNAS R201C突变导致胃(幽门型)化生的基因特征，并发现KRAS G12D和GNAS R201C共表达细胞对糖酵解途径的依赖性	研究主要基于小鼠模型和体外细胞系，人类IPMNs中的验证仍需进一步研究	阐明GNAS R201C突变对胰腺肿瘤表型、转录组特征和基因组依赖性的影响	胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤(IPMNs)及其小鼠模型	癌症生物学	胰腺癌	CRISPR/Cas9筛选、RNA测序(包括单细胞和空间转录组)、实时代谢分析	p48Cre; KrasLSL-G12D; Rosa26LSL-rtTA; Tg (TetO-GnasR201C)小鼠模型	基因组数据、转录组数据、代谢数据	NA
1231	2025-04-25	A New Graph Autoencoder-Based Multi-Level Kernel Subspace Fusion Framework for Single-Cell Type Identification 2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3459960 PMID:39264790	研究论文	提出了一种基于图自动编码器的多级核子空间融合框架scGAMF，用于单细胞RNA测序数据的细胞类型识别	scGAMF框架首次将深度特征嵌入和核空间分析统一到一个框架中，通过多级核空间融合策略充分挖掘细胞间的深层潜在关系	未明确提及具体局限性	提高单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的聚类准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	图自动编码器(GAEs)	基因表达数据	未明确提及具体样本量
1232	2025-04-25	Using Multi-Encoder Semi-Implicit Graph Variational Autoencoder to Analyze Single-Cell RNA Sequencing Data 2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3458170 PMID:39255084	research paper	提出了一种基于变分图自编码器和图注意力网络的新框架MSVGAE，用于分析单细胞RNA测序数据	引入多编码器学习不同尺度的特征并控制非信息特征，通过添加不同噪声促进图结构信息和分布不确定性的传播	未明确说明模型在超大规模数据集上的计算效率	改进单细胞RNA测序数据的分析方法	单细胞RNA测序数据	machine learning	NA	scRNA-seq	MSVGAE (基于variational graph auto-encoder和graph attention networks)	基因表达数据	24个模拟数据集和8个真实数据集
1233	2025-04-25	Transcriptional profiles of murine oligodendrocyte precursor cells across the lifespan 2024-Oct-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.27.620502 PMID:39554158	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，探究了小鼠少突胶质前体细胞（OPCs）在整个生命周期中的转录组变化	创建了一种新型转基因小鼠系，用于高分辨率解析OPCs从静止到增殖和分化的关键转变过程中的转录变化	研究仅针对小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究衰老如何影响少突胶质前体细胞（OPCs）的转录组特征及其功能	小鼠少突胶质前体细胞（OPCs）	生物医学	神经系统疾病	单细胞RNA测序	转基因小鼠模型	RNA-seq数据	30至720天龄的小鼠OPCs
1234	2025-04-25	Understanding the development of enzalutamide resistance based on a functional single-cell approach 2024-Oct-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.20.619319 PMID:39484437	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究前列腺癌细胞对恩杂鲁胺耐药的机制	发现了一小部分低表达或无表达雄激素受体（AR）的细胞亚群，这些细胞表现出对恩杂鲁胺的耐药性，并揭示了其潜在的转录响应和治疗脆弱性	研究主要基于LNCaP细胞系，可能无法完全反映临床前列腺癌的复杂性	探究前列腺癌细胞对恩杂鲁胺耐药的分子机制	LNCaP前列腺癌细胞系	癌症研究	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据	LNCaP细胞系中的单细胞亚群
1235	2025-04-25	Desmosome mutations impact the tumor microenvironment to promote melanoma proliferation 2024-Oct-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.19.558457 PMID:37786690	研究论文	研究发现人类癌症中桥粒基因频繁发生遗传变异，尤其在皮肤黑色素瘤中突变率超过70%，并探讨这些突变如何通过微环境影响黑色素瘤细胞增殖	首次揭示桥粒基因突变通过改变肿瘤微环境中的角质形成细胞，间接促进黑色素瘤细胞增殖的新机制	未明确桥粒基因突变导致角质形成细胞功能改变的具体分子通路	探究桥粒基因突变在黑色素瘤发生发展中的作用及其微环境调控机制	人类皮肤黑色素瘤组织样本及角质形成细胞与黑色素瘤细胞共培养体系	肿瘤生物学	黑色素瘤	空间转录组学、蛋白质免疫荧光、基因敲除、细胞共培养	NA	基因表达数据、蛋白质定位数据、细胞增殖数据	未明确样本量（人类黑色素瘤活检组织及体外培养细胞）
1236	2025-04-25	Morphogenic, molecular, and cellular adaptations for unidirectional airflow in the chicken lung 2024-Aug-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.20.608866 PMID:39229219	研究论文	本研究通过多尺度3D成像和单细胞转录组学技术，揭示了鸡肺中单向气流的形态发生、分子和细胞适应机制	发现了鸡肺特有的KRT14表达的新型肺泡细胞类型（命名为管腔细胞），并揭示了其与肺泡2型细胞和1型细胞在空间上的同心分布模式	研究仅聚焦于鸡肺发育过程，未与其他鸟类物种进行直接比较	探索鸟类肺脏单向气流的发育机制及其与哺乳动物双向气流的差异	鸡肺发育过程中的形态发生、分子特征和细胞类型	发育生物学	NA	多尺度3D成像、单细胞转录组学、Stereo-seq空间转录组学	NA	3D图像数据、单细胞转录组数据、空间转录组数据	鸡肺发育关键阶段样本
1237	2025-04-25	SUB1 promotes colorectal cancer metastasis by activating NF-κB signaling via UBR5-mediated ubiquitination of UBXN1 2024-06, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-023-2429-5 PMID:38240906	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA-seq和批量RNA-seq数据，发现转录共激活因子SUB1与结直肠癌（CRC）转移相关，并揭示了SUB1通过激活NF-κB信号通路促进CRC转移的机制	首次发现SUB1通过调控UBR5介导的UBXN1泛素化降解，激活NF-κB信号通路，从而促进CRC转移	研究未涉及SUB1在其他癌症类型中的作用，且体内外实验的转化效果需进一步验证	探究SUB1在结直肠癌转移中的作用及其分子机制	结直肠癌细胞及转移过程	癌症生物学	结直肠癌	单细胞RNA-seq (scRNA-seq), 批量RNA-seq	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量
1238	2025-04-25	scRNA-seq reveals transcriptional dynamics of Encephalitozoon intestinalis parasites in human macrophages 2024-May-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.30.596468 PMID:38853846	研究论文	利用单细胞RNA测序技术研究人类巨噬细胞中Encephalitozoon intestinalis寄生虫的转录动态	首次在单细胞水平上揭示了宿主和寄生虫在感染过程中的转录变化，提供了寄生虫发育的蓝图	研究仅关注了人类巨噬细胞的反应，未涉及其他可能的宿主细胞类型或体内环境	探究微孢子虫感染过程中宿主和寄生虫的转录变化	Encephalitozoon intestinalis寄生虫和人类巨噬细胞	基因组学	机会性感染疾病	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但使用了单细胞RNA测序技术
1239	2025-04-25	Targeting SCD triggers lipotoxicity of cancer cells and enhances anti-tumor immunity in breast cancer brain metastasis mouse models 2024-May-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.06.592766 PMID:38766019	研究论文	研究通过抑制SCD酶来触发乳腺癌脑转移细胞的脂毒性并增强抗肿瘤免疫	首次发现SCD抑制可重塑乳腺癌细胞的脂质组，并通过增强抗原提呈和改变肿瘤微环境中的免疫细胞组成来增强抗肿瘤免疫	研究仅在体外和小鼠模型中进行，尚未进行人体临床试验	探索SCD抑制作为治疗乳腺癌脑转移的新策略	乳腺癌细胞和乳腺癌脑转移小鼠模型	癌症研究	乳腺癌脑转移	脂质组学、qPCR、Western blot、单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据、蛋白质表达数据	未明确说明样本数量，但使用了体外培养的乳腺癌细胞和BCBM小鼠模型
1240	2025-04-25	Library-based single-cell analysis of CAR signaling reveals drivers of in vivo persistence 2024-May-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.29.591541 PMID:38746119	research paper	利用单细胞测序技术研究CAR信号传导，揭示影响体内持久性的驱动因素	通过单细胞测序系统地研究了不同细胞内信号域（ICD）结构如何指导T细胞功能，并识别出与持久性和疗效相关的独特信号特征	研究结果仅适用于液体肿瘤，不适用于实体瘤	解码CAR信号传导的设计原则，优化下一代ICD结构的功能	表达嵌合抗原受体（CARs）的工程化T细胞	单细胞测序	液体肿瘤	单细胞测序	NA	单细胞转录组数据	NA