单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 39637 篇文献，本页显示第 1221 - 1240 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1221 | 2026-05-08 |
Single-cell transcriptional landscape of muscle-derived stem/progenitor cells reveals hallmarks of aging and rejuvenation
2026-May-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.28.721405
PMID:42094422
|
研究论文 | 利用单细胞转录组学和蛋白质组学全面描绘了小鼠肌肉衍生干/祖细胞在不同年龄阶段的转录景观，揭示了其衰老与年轻化的特征 | 首次通过单细胞转录组和蛋白质组学揭示了肌肉衍生干/祖细胞的完整分子特征，发现其沿转录连续谱分化，具有类似胚胎祖细胞的非经典多能性状态，区别于卫星细胞和成肌细胞 | 未提及具体局限性 | 阐明肌肉衍生干/祖细胞的分子身份和发育状态，以及衰老对其影响 | 不同年龄阶段小鼠的肌肉衍生干/祖细胞 | 单细胞转录组学 | 衰老相关疾病 | 单细胞转录组测序、蛋白质组学 | NA | 单细胞转录组数据、蛋白质组数据 | 不同年龄组小鼠的肌肉衍生干/祖细胞 | NA | 单细胞RNA测序、单细胞蛋白质组学 | NA | NA |
| 1222 | 2026-05-08 |
Differential peripheral immune dynamics underlie therapeutic response to chemotherapy and chemo-immunotherapy in triple-negative breast cancer
2026-May-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.28.721416
PMID:42094437
|
研究论文 | 通过整合系统免疫状态建模和通路级机制推断，分析三阴性乳腺癌患者外周血单核细胞单细胞RNA测序数据，揭示化疗和化学免疫疗法治疗反应背后的外周免疫动力学差异 | 结合系统级免疫状态建模与通路级机制推断，纵向分析两种治疗方案下的免疫协调程序，并投影到独立I-SPY2数据集验证泛化性 | NA | 阐明三阴性乳腺癌患者对化疗和化学免疫疗法反应与耐药的外周免疫动力学机制 | 晚期三阴性乳腺癌患者外周血单核细胞 | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 多时间点样本（具体数量未在摘要中提及） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序平台 |
| 1223 | 2026-05-08 |
Mapping of Neutrophils in Cancers: Insights From Spatial Omics Technologies
2026-May, European journal of immunology
IF:4.5Q2
DOI:10.1002/eji.70194
PMID:42095467
|
综述 | 综述空间组学技术在癌症中性粒细胞研究中的应用，讨论技术进展、不同癌症类型中的中性粒细胞检测差异、优化策略及多组学整合前景 | 系统总结了空间转录组学在肿瘤中性粒细胞研究中的最新技术进展，并提出了优化测序策略和样本处理的具体建议，强调空间组学与多组学整合的潜力 | 作为综述，未提供原始实验数据或验证结果，其观点和推荐可能受限于现有研究的不均衡性和技术局限性 | 探讨空间组学技术如何推进对肿瘤微环境中中性粒细胞调控机制的理解 | 肿瘤中性粒细胞（中性粒细胞） | 数字病理学 | 癌症 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1224 | 2026-05-08 |
Tailoring the Extent of Lymphadenectomy for Esophageal Squamous Cell Carcinoma: Insights From a Comparative Study of Neoadjuvant Chemo-Immunotherapy and Surgery Cohort
2026-May, Thoracic cancer
IF:2.3Q2
DOI:10.1111/1759-7714.70297
PMID:42095517
|
研究论文 | 比较食管鳞癌患者接受新辅助化学免疫治疗与单纯手术队列中淋巴结清扫范围的最佳数量，发现淋巴结清扫数量与预后的关系取决于治疗方案 | 首次揭示在新辅助化学免疫治疗背景下，淋巴结清扫数量与预后呈非线性“金发姑娘”原则关系，而非单纯手术中的持续生存获益，并通过单细胞测序阐明肿瘤反应性细胞毒性T细胞在转移阴性淋巴结中的富集机制 | 未明确提及 | 探讨食管鳞癌患者在新辅助化学免疫治疗与单纯手术队列中，淋巴结清扫数量对预后的影响及其免疫机制 | 621例接受R0切除的食管鳞癌患者（单纯手术组451例，新辅助化学免疫治疗组170例） | 机器学学习 | 食管癌 | 单细胞RNA测序、T细胞受体测序 | Cox回归模型 | 临床数据、单细胞测序数据、TCR测序数据 | 621例患者（单纯手术组451例，新辅助化学免疫治疗组170例），以及配对肿瘤和淋巴结样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1225 | 2026-05-08 |
Glial multicellular programs reveal distinct patient stratification in Parkinson's disease
2026-Apr-30, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-9520754/v1
PMID:42094040
|
研究论文 | 整合单核RNA测序与空间转录组学，揭示帕金森病中胶质细胞的多细胞程序，并基于此对患者进行分型 | 首次发现帕金森病患者背侧纹状体中胶质细胞存在两种相互排斥的多细胞程序（炎症相关和内质网应激相关），将传统认为的帕金森病分子改变分为两个特异性非重叠特征，并证明这些特征为全脑性胶质细胞状态 | 未明确说明 | 解析帕金森病中背侧纹状体的胶质细胞多细胞程序及其对患者分型的意义 | 56名捐赠者的背侧纹状体样本，涵盖星形胶质细胞、小胶质细胞和少突胶质细胞 | 生物信息学 | 帕金森病 | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | 单核RNA测序数据, 空间转录组数据 | 56名捐赠者，包含多个脑区和路易体病阶段 | NA | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1226 | 2026-05-08 |
MCT1 governs a metabolic checkpoint at pachytene during spermatogenesis
2026-Apr-30, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-9544748/v1
PMID:42094045
|
研究论文 | 该研究揭示了MCT1依赖的代谢检查点控制哺乳动物精子发生中减数分裂进程的机制 | 首次发现MCT1介导的乳酸内流通过组蛋白H4赖氨酸12乳酰化（H4K12la）在减数分裂基因启动子处表观遗传调控其表达，定义了粗线期一个此前未知的代谢检查点 | NA | 阐明代谢流如何直接调控减数分裂进程的机制 | 哺乳动物精子发生过程中的生殖细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞转录组学、代谢组学、计算扰动建模、多组学分析 | 计算扰动模型 | 单细胞转录组数据、代谢组数据、多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1227 | 2026-05-08 |
ICON: An isoform-aware hierarchical random forest model for cell type classification
2026-Apr-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.28.721306
PMID:42094358
|
研究论文 | 提出一个异构体感知的分层随机森林模型，用于单细胞RNA测序数据中的细胞类型分类 | 联合建模基因和异构体水平表达，捕捉丰度和使用模式，实现超越基因水平分辨率的分类；提供可解释的输出，识别关键基因和异构体驱动细胞类型区分 | 未明确说明，但基于长读长单细胞RNA测序数据集进行基准测试，可能受限于长读长技术的当前采用范围 | 开发异构体感知的细胞类型注释方法，提高单细胞RNA测序数据中细胞亚型和动态状态的分辨率 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 机器学习 | NA | 长读长RNA测序 | 分层随机森林 | 基因和异构体表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1228 | 2026-05-08 |
SpatialQuery: scalable discovery and molecular characterization of multicellular motifs from spatial omics data
2026-Apr-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.22.720136
PMID:42094390
|
研究论文 | 提出 SpatialQuery 框架，用于从空间组学数据中规模化发现多细胞基序并对其进行分子表征 | 能够同时识别空间中的多细胞共定位模式（细胞基序）并对其进行分子分析，超越了传统的成对分析，可发现受空间背景调控的基因及其协调表达变化 | NA | 开发一个计算框架，以发现空间组学数据中的多细胞基序并分析其分子特征 | 空间转录组学和蛋白质组学数据（包括肠道管状结构、肾脏、结肠和鼠脑图谱） | 数字病理学 | 肾脏疾病、结肠疾病 | 空间转录组学、空间蛋白质组学 | NA | 空间组学数据（基因表达和蛋白质数据） | 多个空间数据集（肠道管状结构、肾脏、结肠、鼠脑图谱等） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1229 | 2026-05-08 |
A digital twin of pancreatic islet differentiation predicts cell fate
2026-Apr-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.27.721124
PMID:42094425
|
研究论文 | 构建胰腺胰岛分化的数字孪生模型以预测细胞命运 | 首次整合时间序列多组学数据构建预测性数字孪生模型，能够解析谱系轨迹并推断细胞命运决定的因果调控因子 | 未提及具体局限性 | 建立预测性框架以解析细胞命运特化和谱系轨迹的调控决定因素 | 人诱导多能干细胞分化为胰腺胰岛类器官的过程 | 机器学习 | 糖尿病 | 单细胞测序 | 数字孪生模型 | 时间序列多组学数据 | NA | NA | 单细胞多组学 | NA | NA |
| 1230 | 2026-05-08 |
Unlocking Multi-Sample Differential Expression for Spatial Transcriptomics Data with TESSERA
2026-Apr-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.27.720955
PMID:42094441
|
研究论文 | 提出了一种基于空间广义线性模型的方法TESSERA，用于分析多样本空间转录组数据，解决了传统方法在处理不同样本间坐标系统、细胞类型和组织结构差异时的不足 | 首次将空间统计方法扩展到多样本空间转录组数据分析，提供了高效可扩展的模型拟合与统计推断框架，支持跨样本差异表达分析 | 未提及 | 开发一种能够处理多样本空间转录组数据差异表达分析的新方法 | 模拟数据和人肾组织样本的空间转录组数据 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 空间转录组学 | 空间广义线性模型 | 基因表达计数数据 | 人肾组织样本（具体数量未提及） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1231 | 2026-05-08 |
Multiomic Profiling of 85 iPSC Lines from Familial Dementia Reveals Cellular Diversity and Regulators of Organoid Development
2026-Apr-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.29.721747
PMID:42094457
|
研究论文 | 对85株家族性痴呆患者的iPSC系进行多组学分析，揭示细胞多样性与类器官发育调控因子 | 首次对多种MAPT突变iPSC系开展系统性的全基因组测序、单细胞RNA测序和DNA甲基化分析，发现新的亚群标记物与基因组编辑意外事件 | 未深入探讨不同突变类型对iPSC异质性的具体机制影响 | 系统表征家族性痴呆相关iPSC系的分子和遗传特征，提升其在疾病模型与治疗开发中的应用价值 | 85株携带MAPT突变的iPSC系及其同源对照组 | 数字病理学 | 老年性疾病 | 全基因组测序, 单细胞RNA测序, DNA甲基化分析 | NA | 基因组序列, 转录组数据, 甲基化数据 | 85株iPSC系 | Illumina | 单细胞RNA测序, 全基因组测序 | Illumina NovaSeq | NA |
| 1232 | 2026-05-08 |
A Head and Neck Cancer Patient-Specific Microphysiological System for Predicting Response to Chemoradiation
2026-Apr-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.28.721391
PMID:42094510
|
研究论文 | 开发了一个患者特异性头颈癌微生理系统，用于预测放化疗反应 | 构建了包含恶性细胞、成纤维细胞和免疫细胞的血管化3D微生理系统，模拟头颈癌肿瘤微环境，并通过单细胞RNA测序验证保留了12种转录上不同的细胞群 | 未提及具体局限性，可能包括样本量小或临床验证不足 | 开发功能性工具以预测头颈癌患者对放化疗的反应 | 头颈癌患者的肿瘤组织中的恶性细胞、成纤维细胞和免疫细胞 | 数字病理学 | 头颈癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 图像 | 头颈癌患者手术切除的肿瘤组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1233 | 2026-05-08 |
Spatially Distinct Macrophage Subsets Drive Myofibroblast Heterogeneity and Maladaptive Fibrosis in Lupus Nephritis
2026-Apr-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.27.719870
PMID:42094578
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和空间转录组学揭示了狼疮性肾炎中巨噬细胞亚群驱动肌成纤维细胞异质性和适应不良性纤维化的空间特异性机制 | 首次在人类狼疮性肾炎中描绘了巨噬细胞与成纤维细胞相互作用的空间和功能异质性图谱，识别出两种具有不同空间定位和功能的肌成纤维细胞亚群（间质性促炎亚型Myofib1和肾小球纤维化重塑亚型Myofib2）及其与不同巨噬细胞亚群的互作模式 | 主要基于横断面活检样本，缺乏纵向追踪数据；小鼠体外共培养模型可能无法完全模拟人体内复杂的微环境；样本量相对有限 | 研究狼疮性肾炎中巨噬细胞与成纤维细胞相互作用的细胞图谱，为开发抗纤维化治疗策略提供靶点 | 人类狼疮性肾炎肾活检样本（156例患者和30例健康对照）以及小鼠模型 | 数字病理学 | 狼疮性肾炎 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、体外共培养 | NA | 基因表达数据、空间转录数据 | 156例人类狼疮性肾炎活检样本、30例健康对照、6例狼疮性肾炎患者的空间转录组样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium用于单细胞RNA测序，10x Visium用于空间转录组学分析 |
| 1234 | 2026-05-08 |
Multi-omics analysis of type II diabetic wound healing reveals CD44-mediated immune cell crosstalk dysfunction in mice and humans
2026-Apr-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.26.720829
PMID:42094454
|
研究论文 | 通过多组学分析揭示CD44介导的II型糖尿病伤口愈合中免疫细胞相互作用异常 | 首次对db/db小鼠伤口愈合模型进行时间序列单细胞多组学分析，并系统比较与人类糖尿病足溃疡的异同，发现CD44作为免疫细胞互作关键枢纽 | 未提及 | 阐明II型糖尿病伤口愈合过程中免疫细胞动态变化及分子机制，寻找潜在治疗靶点 | 糖尿病db/db小鼠与非糖尿病小鼠的皮肤细胞，以及人类糖尿病足溃疡组织 | 计算机视觉 | 糖尿病相关慢性伤口 | 单细胞转录组学、单细胞蛋白质组学、多组学分析 | NA | 单细胞转录组和表面蛋白表达数据 | db/db小鼠和非糖尿病小鼠三个时间点（炎症期、延迟增殖期、恢复期）的皮肤样本；人类慢性伤口研究整合数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1235 | 2026-05-08 |
High cRel-expressing germinal center B cells favor precursor plasma cell generation
2026-Apr-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.26.720943
PMID:42094478
|
研究论文 | 利用cRel荧光报告小鼠和单细胞RNA测序，揭示高表达cRel的生发中心B细胞偏向生成前体浆细胞 | 首次在自然表达变异水平上阐明cRel对生发中心B细胞输出中前体浆细胞生成的调控作用，而非前体记忆B细胞 | 未提供具体局限性信息，但可能包括未直接验证cRel过表达或缺失的功能性影响 | 研究转录因子cRel在生发中心B细胞选择中的生理功能 | cRel荧光报告小鼠的生发中心B细胞（包括明区和暗区细胞） | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序、流式细胞术 | NA | 基因表达数据 | 小鼠生发中心B细胞样本（约6-9%明区细胞表达高cRel） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1236 | 2026-05-08 |
MatriSpace: Identification and visualization of spatially resolved ECM gene expression patterns in health and disease
2026-Apr-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.26.720198
PMID:42094549
|
研究论文 | 介绍了一个名为MatriSpace的计算框架，用于识别和可视化健康与疾病中空间分辨的细胞外基质基因表达模式 | 开发了一个专门针对ECM基因的空间转录组数据挖掘框架，提供两种操作模式（用户上传数据集或探索公共数据集），并能从单基因到组织微环境和功能ECM单元等多个层面生成空间分辨的基因表达图谱 | 论文未明确说明限制，但可能包括对数据质量或计算资源的依赖 | 利用空间转录组学识别不同细胞群体对ECM生产的空间贡献，并用于治疗目的 | 健康与疾病样本中的细胞外基质基因表达模式 | 计算生物学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1237 | 2026-05-08 |
Integrative multi-omics analysis identifies key ubiquitination regulators in prostate cancer
2026-Apr-28, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2026.102788
PMID:42055487
|
研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序和GWAS数据，识别并验证了前列腺癌中关键泛素化调控基因POLI和TRIM8的因果作用和生物学功能 | 首次通过整合scRNA-seq和GWAS数据的多组学分析方法，系统性地鉴定前列腺癌中与泛素化过程相关的关键因果基因，并通过体内外实验验证TRIM8的抑癌功能 | 泛素化相关基因的筛选局限于已有的基因集合，且主要依赖生物信息学分析，部分结果需要更大样本量的临床队列验证 | 识别前列腺癌中泛素化关键调控基因并验证其多层次的生物学作用 | 前列腺癌患者的组织样本和细胞系 | 机器学习 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序、全基因组关联分析、孟德尔随机化、免疫组化、Western blot、qPCR、分子对接 | NA | 基因表达数据、GWAS数据 | 30例前列腺癌组织样本（按Gleason分级），细胞系包括22Rv1、LNCaP、PC-3和RWPE-1 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1238 | 2026-05-08 |
Fibroblast signaling influences macrophage-dependent, biomaterial-induced tissue remodeling
2026-Apr-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.24.720640
PMID:42094354
|
研究论文 | 揭示纳米纤维-水凝胶复合材料诱导软组织重塑的机制，证明该过程由成纤维细胞与巨噬细胞之间的信号交流驱动，且炎症信号持续升高 | 挑战了传统认为炎症抑制重塑的观点，发现促炎和抗炎信号在长期过程中均持续升高；通过单细胞RNA测序鉴定出重塑微环境中的独特 ⁺ 巨噬细胞和 ⁺ 成纤维细胞，并揭示成纤维细胞向巨噬细胞的信号传导模式 | 未明确提及局限性 | 探究生物材料诱导组织重塑的免疫机制，特别是成纤维细胞与巨噬细胞间的关键相互作用 | 小鼠模型（巨噬细胞耗竭实验）及纳米纤维-水凝胶复合材料 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 小鼠（具体样本量未提及） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 1239 | 2026-05-08 |
A transcriptomic-driven segmentation and cell simulation framework for high-resolution spatial transcriptomics and cell-cell communication
2026-Apr-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.24.720489
PMID:42094555
|
研究论文 | 开发了一种基于转录组驱动的细胞分割与模拟框架TENGU，用于高分辨率空间转录组学及细胞间通讯分析 | 采用转录信号优先的细胞分割方法，优先利用转录信号密度而非组织学图像定义细胞边界，并引入基于转录组的细胞模拟算法优化边界，有效减少空间扩散并保留分子特征 | 可能对低转录信号区域或极端组织类型（如完全矿化组织）的适用性需进一步验证，且计算资源需求较高 | 解决高细胞密度、炎症或矿化组织中传统图像依赖分割导致的转录信号渗漏和聚类不准确问题 | 小鼠大脑、小鼠骨髓炎模型以及人结直肠癌异种移植样本 | 计算生物学 | 肿瘤疾病、骨骼感染 | 空间转录组学 | 细胞模拟算法 | 空间基因表达数据 | 小鼠大脑、小鼠骨髓炎模型及人结直肠癌异种移植样本（具体数量未明确） | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium HD | NA |
| 1240 | 2026-05-08 |
Systems Biology Identifies TARS2 as a Cardiomyocyte Regulator of Mitochondrial Oxidative Stress in Dilated Cardiomyopathy
2026-Apr-27, JACC. Basic to translational science
DOI:10.1016/j.jacbts.2026.101535
PMID:42048853
|
研究论文 | 通过系统生物学方法整合转录组学和机器学习，发现TARS2是扩张型心肌病中心肌细胞线粒体氧化应激的关键调控因子 | 首次识别TARS2作为心肌细胞富集的线粒体氧化应激调控因子，并建立基于系统生物学的心血管疾病靶点发现框架 | 未提及具体局限性 | 阐明扩张型心肌病中线粒体氧化应激的分子驱动机制 | 扩张型心肌病患者心脏组织及心肌细胞 | 机器学习 | 心血管疾病 | 批量RNA-seq、单细胞RNA-seq、空间转录组学 | 机器学习模型 | 转录组数据 | 人类扩张型心肌病心脏样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞基因表达分析, 10x Visium空间转录组学 |