单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1221	2025-04-18	Cellular Crosstalk Promotes Hepatic Progenitor Cell Proliferation and Stellate Cell Activation in 3D Co-culture 2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101472 PMID:39892785	研究论文	该研究通过3D共培养系统探讨了肝祖细胞与肝星状细胞之间的直接相互作用及其在肝纤维化中的作用	开发了一种3D共培养系统，实时观察肝祖细胞与肝星状细胞的相互作用，并验证了它们在人类肝组织中的共表达	研究主要基于体外实验，可能无法完全模拟体内复杂的微环境	探究肝祖细胞与肝星状细胞在肝损伤和纤维化过程中的相互作用机制	小鼠肝星状细胞和荧光标记的肝祖细胞	细胞生物学	肝纤维化	3D共培养系统、空间转录组学	3D器官共培养模型	基因表达数据、细胞形态数据	未明确提及具体样本数量，但使用了小鼠肝星状细胞和人类肝组织样本
1222	2025-04-18	Exploring the impact of cuproptosis on prostate cancer prognosis via RNA methylation regulation based on single cell and bulk RNA sequencing data 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1573611 PMID:40235543	研究论文	通过单细胞和批量RNA测序数据，探讨铜死亡对前列腺癌预后的影响及其RNA甲基化调控机制	首次结合铜死亡和RNA甲基化调控因子，构建前列腺癌预后风险模型，并通过单细胞RNA测序揭示免疫特征和药物敏感性	研究依赖于公共数据库数据，未进行大规模临床样本验证	探究铜死亡和RNA甲基化调控因子在前列腺癌预后中的作用机制	前列腺癌患者	数字病理	前列腺癌	scRNA-seq, qPCR, IHC	Cox回归模型	RNA测序数据	TCGA数据集及外部验证队列
1223	2025-04-18	Unveiling purine metabolism dysregulation orchestrated immunosuppression in advanced pancreatic cancer and concentrating on the central role of NT5E 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1569088 PMID:40236698	research paper	该研究通过单细胞转录组学和空间转录组学分析，揭示了胰腺癌微环境中嘌呤代谢失调对免疫抑制的调控作用，并聚焦于NT5E的核心角色	首次在胰腺癌微环境中系统性地研究了嘌呤代谢的异质性及其对免疫抑制的影响，并确定了NT5E作为关键调控因子	研究主要基于转录组数据，需要进一步的实验验证NT5E的分子机制	探究胰腺癌微环境中嘌呤代谢失调如何调控免疫抑制	胰腺癌微环境中的肿瘤细胞、成纤维细胞和免疫细胞	肿瘤免疫学	胰腺癌	单细胞转录组学、空间转录组学、细胞共培养实验	AUCell、Ucell评分算法、Cellchat分析	转录组数据、空间数据	未明确说明样本数量，但涉及胰腺癌患者的转录组数据分析
1224	2025-04-18	PM2.5 exposure reprograms cell cycle dynamics in uterine immune cells at single-cell resolution 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1561290 PMID:40236703	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究PM2.5暴露对小鼠子宫免疫细胞周期动态的影响	首次在单细胞分辨率下揭示PM2.5暴露如何重编程子宫免疫细胞的细胞周期动态	研究仅基于小鼠模型，人体效应尚不明确	探究PM2.5暴露影响生殖功能的细胞机制	小鼠子宫免疫细胞	单细胞组学	生殖功能障碍	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	9000个平衡细胞
1225	2025-04-18	Modeling reproductive and pregnancy-associated tissues using organ-on-chip platforms: challenges, limitations, and the high throughput data frontier 2025, Frontiers in bioengineering and biotechnology IF:4.3Q2 DOI:10.3389/fbioe.2025.1568389 PMID:40236940	综述	本文综述了用于模拟生殖和妊娠相关组织的器官芯片技术，探讨了其挑战、局限性和高通量数据前沿	介绍了克服器官芯片技术局限性的新方法，如空间转录组学、飞行时间成像细胞术和外泌体分析	器官芯片技术的局限性包括细胞数量少、上清液体积小以及制造材料的限制	探讨器官芯片技术在生殖和妊娠相关组织建模中的应用及其潜力	生殖和妊娠相关的器官芯片平台	生物医学工程	NA	空间转录组学、飞行时间成像细胞术、外泌体分析	器官芯片（OC）平台	显微镜成像、免疫细胞化学、实时聚合酶链反应、细胞因子多重分析	NA
1226	2025-04-18	Current insights into human pathogenic phenuiviruses and the host immune system 2024-12, Virulence IF:5.5Q1 DOI:10.1080/21505594.2024.2384563 PMID:39072499	综述	本文综述了人类致病性phenuiviruses与宿主免疫系统的最新研究进展	全面概述了phenuiviruses的宿主识别机制、病毒免疫逃逸及潜在治疗方法，特别关注RVFV和SFTSV	NA	探讨phenuiviruses的致病机制及宿主免疫反应	人类致病性phenuiviruses（如RVFV、SFTSV和HRTV）及其与宿主免疫系统的相互作用	病毒学	病毒感染	宏基因组学、代谢组学、单细胞转录组学、蛋白质组学、基因编辑、单克隆抗体和疫苗	NA	NA	NA
1227	2025-04-18	Hidden liver-joint axis: HBV infection causes rheumatoid arthritis via TRAFD1 with imbalance of HBV X protein and trans-ferulic acid 2024-12, Virulence IF:5.5Q1 DOI:10.1080/21505594.2024.2422540 PMID:39484999	研究论文	该研究揭示了乙型肝炎病毒（HBV）通过TRAFD1和HBx蛋白与反式阿魏酸（TFA）的失衡导致类风湿性关节炎（RA）的机制	首次发现HBV通过上调TRAFD1促进RA中的纤维母细胞-肌纤维母细胞转化（FMT），并识别出TFA通过抑制TRAFD1表达改善HBx诱导的RA	研究主要基于细胞和小鼠模型，需要进一步在人类临床试验中验证	探究HBV感染与RA之间的关联及其分子机制	HBV感染患者、RA患者、纤维母细胞样滑膜细胞（FLS）、HBV转基因小鼠、HBx转基因小鼠和TRAFD1敲除小鼠	分子生物学与免疫学	类风湿性关节炎	孟德尔随机化分析、单细胞转录组分析、代谢组学、WGCNA	CIA小鼠模型	转录组数据、代谢组数据	未明确说明样本数量，但涉及患者样本、细胞模型和小鼠模型
1228	2025-04-18	The neuroendocrine transition in prostate cancer is dynamic and dependent on ASCL1 2024-11, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-024-00838-6 PMID:39394434	research paper	该研究通过建立一种多功能体内平台，探究前列腺癌进展中的神经内分泌谱系转化机制	揭示了ASCL1在前列腺癌神经内分泌转化中的动态作用及其对治疗时机的重要性	研究依赖于小鼠模型，可能无法完全模拟人类前列腺癌的复杂性	探究前列腺癌神经内分泌转化的机制及其对治疗的影响	移植的小鼠前列腺类器官和神经内分泌前列腺癌(NEPC)	癌症研究	前列腺癌	多重免疫荧光和空间转录组学	小鼠前列腺类器官模型	基因表达数据和图像数据	使用具有不同驱动突变的小鼠前列腺类器官
1229	2025-04-18	Differential chromatin accessibility and transcriptional dynamics define breast cancer subtypes and their lineages 2024-11, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-024-00773-6 PMID:39478117	research paper	该研究通过多组学技术分析乳腺癌亚型及其起源细胞之间的基因表达和染色质可及性特征	首次在单细胞水平上揭示了乳腺癌亚型特异性转录网络与染色质可及性的关联，并鉴定了关键调控因子	样本量相对有限（61个样本来自37名患者），且未涉及其他癌症类型的比较	阐明乳腺癌不同分子亚型与其起源细胞之间的转录调控网络	乳腺癌患者肿瘤样本及其假定的起源细胞	digital pathology	breast cancer	bulk/single-cell/single-nucleus multi-omics, spatial transcriptomics, multiplex imaging	NA	genomic, transcriptomic, epigenomic	61个样本（来自37名乳腺癌患者）
1230	2025-04-18	A targetable type III immune response with increase of IL-17A expressing CD4+ T cells is associated with immunotherapy-induced toxicity in melanoma 2024-09, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-024-00810-4 PMID:39210005	研究论文	该研究探讨了免疫检查点抑制剂治疗黑色素瘤时引发的免疫相关不良事件与III型免疫反应及IL-17A表达CD4+ T细胞增加之间的关系	首次揭示了III型CD4 T细胞在免疫治疗相关不良事件发展中的潜在作用，并提供了使用抗IL-17A治疗这些不良事件的临床前证据	样本量较小，仅在两例患者中测试了抗IL-17A的效果	研究免疫检查点抑制剂治疗黑色素瘤时引发免疫相关不良事件的机制	黑色素瘤患者	免疫治疗	黑色素瘤	蛋白质组学分析、多重细胞因子和趋化因子检测、流式细胞术、多重免疫组化、空间转录组学	NA	血清样本、外周血、皮肤疹和结肠炎组织	未明确说明总样本量，仅提及在两例患者中进行了抗IL-17A治疗
1231	2025-04-18	Morphine-responsive neurons that regulate mechanical antinociception 2024-08-30, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.ado6593 PMID:39208104	研究论文	通过单细胞转录组学和对吗啡响应神经元的操作，研究揭示了rostral ventromedial medulla (RVM)中一组调节小鼠机械性伤害感受的神经元	识别了RVM中调节机械性伤害感受的神经元群体，并揭示了它们通过BDNF/TrkB依赖机制和抑制性脊髓galanin阳性神经元的激活来调节吗啡诱导的机械性抗伤害感受	研究仅在小鼠中进行，尚未在人类中验证	探索阿片类药物镇痛作用的神经解剖学基础	rostral ventromedial medulla (RVM)中的神经元	神经科学	疼痛管理	单细胞转录组学	NA	转录组数据	小鼠模型
1232	2025-04-18	The proteogenomic landscape of multiple myeloma reveals insights into disease biology and therapeutic opportunities 2024-08, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-024-00784-3 PMID:38942927	研究论文	本文通过多组学分析揭示了多发性骨髓瘤的蛋白质基因组学特征，为疾病生物学和治疗提供了新的见解	首次系统评估了多发性骨髓瘤的蛋白质组，并整合了(磷)蛋白质组学、RNA测序和纳米孔DNA测序数据，发现了与疾病侵袭性相关的预后蛋白标志物	样本量相对有限(138例)，且未明确说明随访时间	探索多发性骨髓瘤的蛋白质基因组学特征以改善风险分层和发现新治疗靶点	138例原发性患者来源的浆细胞恶性肿瘤(包括初治MM、浆细胞白血病和意义未明的单克隆丙种球蛋白病)及健康对照	癌症研究	多发性骨髓瘤	定量全局(磷)蛋白质组学、RNA测序、纳米孔DNA测序、单细胞RNA测序	NA	蛋白质组数据、基因组数据、转录组数据	138例患者样本(包括不同疾病阶段)及健康对照
1233	2025-04-18	An atlas of transcribed enhancers across helper T cell diversity for decoding human diseases 2024-07-05, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.add8394 PMID:38963856	研究论文	通过5'单细胞RNA测序方法，构建了人类CD4 T细胞中增强子RNA及其他编码和非编码RNA的转录起始位点图谱，揭示了细胞异质性和分化轨迹	整合单细胞染色质图谱，发现具有双向RNA转录的活性增强子具有高度细胞类型特异性，且疾病遗传性在这些增强子中显著富集	NA	解码人类疾病相关的辅助性T细胞多样性	人类CD4 T细胞	基因组学	免疫介导疾病	5'单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据、染色质图谱数据	NA
1234	2025-04-18	TNBC response to paclitaxel phenocopies interferon response which reveals cell cycle-associated resistance mechanisms 2024-Jun-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.04.596911 PMID:38895265	研究论文	本研究探讨了三阴性乳腺癌（TNBC）对紫杉醇的反应，揭示了与干扰素反应相似的现象及细胞周期相关的耐药机制	通过单细胞RNA测序和转录因子富集分析，发现了紫杉醇诱导的干扰素样反应及关键转录因子ELF3在耐药性中的作用	研究主要基于体外细胞实验和公共数据库分析，缺乏临床样本验证	解析TNBC对紫杉醇的耐药机制并寻找潜在生物标志物	三阴性乳腺癌细胞系	癌症生物学	乳腺癌	scRNA-seq, siRNA敲除, 活细胞成像	NA	基因表达数据, 影像数据	未明确提及具体样本量（基于细胞系实验）
1235	2025-04-18	The neuroendocrine transition in prostate cancer is dynamic and dependent on ASCL1 2024-Apr-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.09.588557 PMID:38645223	research paper	该研究描述了前列腺癌中神经内分泌转化的动态过程及其对ASCL1的依赖性	开发了一个多功能平台来识别和探究前列腺癌进展不同阶段神经内分泌谱系转化的分子决定因素，揭示了ASCL1+细胞来源于KRT8+腔上皮细胞	该谱系转化需要原生微环境，而传统的类器官培养无法复制这一条件	探究前列腺癌中神经内分泌谱系转化的分子机制	前列腺癌模型中的神经内分泌转化过程	癌症研究	前列腺癌	多重免疫荧光、空间转录组学和PrismSpot技术	NA	基因表达数据和空间转录组数据	使用原发性小鼠前列腺类器官进行原位移植
1236	2025-04-18	Multiomic spatial landscape of innate immune cells at human central nervous system borders 2024-Jan, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-023-02673-1 PMID:38123840	研究论文	通过多组学空间分析，揭示了人类中枢神经系统边界先天免疫细胞的多样性和分布特征	整合单细胞RNA测序、飞行时间质谱流式细胞术和单细胞空间转录组学，首次全面表征了人类CNS界面的免疫系统	样本量相对有限（102名个体），且主要关注髓系细胞	探索人类中枢神经系统边界先天免疫细胞的时空分布特征	人类中枢神经系统边界的先天免疫细胞（如小胶质细胞和CNS相关巨噬细胞）	免疫学	神经胶质瘤	单细胞RNA测序、飞行时间质谱流式细胞术、单细胞空间转录组学、命运图谱、高级免疫组织化学	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据	102名个体的356,000个转录组，15名接受外周血干细胞移植的个体
1237	2025-04-18	Differential chromatin accessibility and transcriptional dynamics define breast cancer subtypes and their lineages 2023-Nov-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.10.31.565031 PMID:37961519	研究论文	通过分析染色质可及性和转录动态，定义乳腺癌亚型及其谱系	应用单细胞、单核多组学技术及空间转录组学，揭示了乳腺癌亚型与起源细胞之间的基因表达和染色质可及性特征联系	样本量相对较小（61个样本来自37名患者），可能影响结果的广泛适用性	探究乳腺癌亚型的起源细胞及其转录网络	乳腺癌患者样本（包括肿瘤和正常组织）	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单核ATAC测序（snATAC）、空间转录组学、多重成像	PAM50亚型分析算法	转录组数据、染色质可及性数据、空间转录组数据	61个样本来自37名乳腺癌患者
1238	2025-04-18	Whole-body senescent cell clearance alleviates age-related brain inflammation and cognitive impairment in mice 2021-02, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.13296 PMID:33470505	研究论文	该研究探讨了清除衰老细胞对缓解老年小鼠认知功能障碍的影响	首次证明清除衰老细胞可以改善老年小鼠的认知功能，为抗衰老干预提供了新的治疗途径	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	研究衰老细胞清除对年龄相关认知功能障碍的缓解作用	老年小鼠	老年病学	老年病	单核和单细胞RNA-seq	INK-ATTAC小鼠模型	RNA-seq数据	年轻和老年小鼠的海马体样本
1239	2025-04-17	Nanoparticle-mediated sodium butyrate delivery for repairing hypoxic-ischemic brain injury in premature infants 2025-Jun, Materials today. Bio DOI:10.1016/j.mtbio.2025.101665 PMID:40230649	研究论文	本研究探讨了载有丁酸钠的磁性荧光纳米颗粒（MNs@SB）通过调节Sp1和TGF-β1信号通路修复早产儿缺氧缺血性脑损伤的分子机制	首次利用磁性荧光纳米颗粒（MNs@SB）靶向递送丁酸钠，通过调节Sp1和TGF-β1信号通路修复缺氧缺血性脑损伤	研究仅在小鼠模型中进行，尚未进行临床试验	探索纳米颗粒介导的丁酸钠递送对早产儿缺氧缺血性脑损伤的修复作用	早产儿缺氧缺血性脑损伤（HIEP）小鼠模型	纳米医学	早产儿缺氧缺血性脑病	单细胞RNA测序、高通量转录组分析、TEM、DLS	小鼠模型	代谢组学数据、转录组数据、图像数据	HIEP小鼠模型
1240	2025-04-17	Regulatory role of CD177+ neutrophils in BMP signaling pathway and its implications for inflammatory bowel disease, sepsis, and intestinal tumors 2025-May, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102336 PMID:40158420	研究论文	本研究探讨了CD177+中性粒细胞在BMP信号通路中的调控作用及其对炎症性肠病、败血症和肠道肿瘤的影响	首次揭示了CD177+中性粒细胞在BMP信号通路中的关键调控作用，并提供了潜在的治疗靶点	需要进一步的临床验证以转化为有效的治疗策略	探索CD177+中性粒细胞在BMP信号通路中的调控作用及其对疾病发生、发展和治疗的影响	炎症性肠病(IBD)、败血症和肠道肿瘤	生物信息学与分子生物学	炎症性肠病、败血症、肠道肿瘤	生物信息学分析(WGCNA、功能富集分析)、单细胞分析、体外实验(细胞培养、CCK-8、流式细胞术、qRT-PCR、平板克隆形成实验)	NA	基因表达数据、单细胞转录组数据	来自GEO数据库的IBD和败血症基因表达数据，以及体外实验使用的Caco-2细胞