单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
12361	2024-08-04	Neural cell diversity in the light of single-cell transcriptomics 2023 Jun-Oct, Transcription DOI:10.1080/21541264.2023.2295044 PMID:38229529	review	本文总结了单细胞转录组学如何改变我们对人脑细胞多样性的看法	探讨了单细胞转录组学对以前认为同质的细胞类型的重新审视，揭示了性别、年龄和脑部位置等因素的影响	NA	介绍单细胞转录组学对神经退行性疾病研究的潜在影响	人脑中的细胞多样性及其调控程序	NA	神经退行性疾病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
12362	2024-08-05	Pancreatic islet cell type-specific transcriptomic changes during pregnancy and postpartum 2023-Apr-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.106439 PMID:37020962	研究论文	研究发现孕期及产后胰岛细胞特定的转录组变化	首次通过单细胞RNA测序揭示了β细胞及其他胰岛细胞在孕期和产后特有的转录特征	研究只针对小鼠模型，结果可能不适用于人类	理解在孕期和产后胰岛细胞转录变化的驱动因素	对处于不同生理阶段的小鼠胰岛细胞进行分析	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	从处女、小鼠孕晚期及早期产后小鼠的胰岛中获取样本
12363	2024-08-05	Omega-3/Omega-6 Long-Chain Fatty Acid Imbalance in Phase I Retinopathy of Prematurity 2022-Mar-23, Nutrients IF:4.8Q1 DOI:10.3390/nu14071333 PMID:35405946	研究论文	本研究探讨了ω-3和ω-6长链多不饱和脂肪酸在早产儿童第I期视网膜病变中的作用	研究首次揭示了ω-3和ω-6长链脂肪酸在保护视网膜神经血管功能中的重要性	研究主要基于小鼠模型，可能无法完全代表人类的生理反应	探讨ω-3和ω-6长链脂肪酸对早产儿童第I期视网膜病变的影响	研究对象为糖尿病相关的早产小鼠模型	数字病理学	早产视网膜病变	单细胞转录组学	小鼠模型	生物学数据	NA
12364	2024-08-04	Exploring the molecular mechanisms and shared gene signatures between celiac disease and ulcerative colitis based on bulk RNA and single-cell sequencing: Experimental verification 2024-May-30, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.112059 PMID:38615385	研究论文	本研究探讨了乳糜泻（CeD）和溃疡性结肠炎（UC）之间的分子机制和共享基因特征	识别了REG4作为UC和CeD的共享基因，并提出它可能是一个潜在的生物标志物和治疗靶点	对疾病病因及免疫病理机制的理解仍不完全	进一步阐明UC和CeD之间的关系	研究乳糜泻和溃疡性结肠炎的毫无例外的共享基因表达特征	数字病理学	乳糜泻与溃疡性结肠炎	单细胞RNA测序与基因表达谱分析	LASSO分析	基因表达数据	使用了两个数据库的基因表达数据集，具体样本量未详细说明
12365	2024-08-05	Single-cell transcriptome profiling reveals cell type-specific variation and development in HLA expression of human skin 2024-May-30, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.112070 PMID:38640716	研究论文	该研究揭示了人类皮肤中HLA基因表达的细胞类型特异性变化与发育过程	首次全面分析了皮肤不同细胞类型中HLA基因表达的变异，特别关注了基质细胞的角色	研究中对免疫细胞和基质细胞的比较可能存在偏差，且样本量相对较少	该研究旨在揭示皮肤不同细胞类型中HLA表达的特征及其在皮肤发育中的动态变化	研究对象为人类皮肤中的多个细胞类型，包括正常成人皮肤、胎儿皮肤及毛囊	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涵盖成人和胎儿皮肤样本，及15、17和22孕周的胎儿皮肤
12366	2024-08-04	Large-scale deorphanization of Nematostella vectensis neuropeptide G protein-coupled receptors supports the independent expansion of bilaterian and cnidarian peptidergic systems 2024-May-10, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.90674 PMID:38727714	研究论文	本研究对海葵中的神经肽G蛋白偶联受体进行了大规模去孤儿化，揭示了腔肠动物和双侧动物神经肽系统的独立扩展	研究发现了31个受体被特定的神经肽激活，并揭示了腔肠动物中神经肽信号传导的独立扩展	没有直接的双侧动物神经肽系统的同源性支持	探索腔肠动物中神经肽及其受体的扩展	海葵中的神经肽及其G蛋白偶联受体	NA	NA	药理学筛选	NA	单细胞测序数据	64个肽，来自33个前体
12367	2024-08-05	Aberrant cell state plasticity mediated by developmental reprogramming precedes colorectal cancer initiation 2023-03-29, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adf0927 PMID:36989360	研究论文	该文章探讨了细胞状态可塑性的改变如何在结直肠癌发生之前发挥作用	提出了通过再生活性和发育重编程介导的异常细胞状态可塑性在癌症发生前的作用	研究主要基于小鼠模型，临床应用需进一步验证	研究细胞状态可塑性在结直肠癌发生中的角色	基因工程和致癌物诱导的小鼠模型和患者样本	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因组数据	来自小鼠模型的前癌变病变和一个患者的样本
12368	2024-08-05	Dysregulated miRNAs modulate tumor microenvironment associated signaling networks in pancreatic ductal adenocarcinoma 2023-Mar, Precision clinical medicine IF:5.1Q1 DOI:10.1093/pcmedi/pbad004 PMID:37007745	研究论文	该文章探讨了微调miRNAs在胰腺导管腺癌(Tumor Microenvironment, TME)中的作用	本文创新性地重点分析了miRNAs如何影响胰腺导管腺癌微环境的信号网络，并提出了它们作为潜在的诊断和预后生物标志物的应用	研究主要集中于PDAC的miRNA表达，限制了对其他癌症类型的比较和理解	旨在深入理解miRNAs对胰腺导管腺癌微环境重塑的影响	主要研究来自胰腺导管腺癌患者的plasma和肿瘤组织中的miRNAs及其调控的信号通路	数字病理学	胰腺癌	RNA-seq, miRNA-seq, 单细胞RNA-seq (scRNA-seq)	NA	RNA数据	在研究中涉及了PDAC患者的plasma和肿瘤组织样本
12369	2024-08-05	Culture shock: microglial heterogeneity, activation, and disrupted single-cell microglial networks in vitro 2022-03-28, Molecular neurodegeneration IF:14.9Q1 DOI:10.1186/s13024-022-00531-1 PMID:35346293	研究论文	本研究探讨了微胶质细胞在离体培养条件下的异质性和激活情况	揭示了培养的微胶质细胞在转录上表现出显著的异质性，并且在激活的表型与其正常状态之间转变的关键驱动因素	离体培养的微胶质细胞不能完全代表体内的微胶质细胞特性	研究离体培养的微胶质细胞是否能够再现体内微胶质细胞的特征	基于单细胞RNA测序比较从大脑新鲜分离的微胶质细胞与初级微胶质细胞培养物	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序 (scRNAseq)	CAUSAL PREDICTIVE NETWORK MODELS	基因表达数据	比较了新鲜分离的微胶质细胞与初级微胶质细胞培养物的样本
12370	2024-08-05	Lysosomal exocytosis of HSP70 stimulates monocytic BMP6 expression in Sjögren's syndrome 2022-03-15, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI152780 PMID:35113815	研究论文	本研究揭示了HSP70的溶酶体外排对干燥综合症中的BMP6表达的刺激作用	首次确认HSP70作为TLR4的内源性配体，揭示了LAMP3/HSP70/BMP6在干燥综合症中的作用机制	研究主要依赖于细胞实验和小鼠模型，缺乏大规模临床验证	探讨干燥综合症中BMP6的产生机制及其调控因子	主要研究SS患者的唾液腺以及与之相关的细胞机制	数字病理学	干燥综合症	RNA测序, 反转录PCR	NA	RNA	使用SS患者的唾液腺样本及小鼠实验
12371	2024-08-05	Single-cell transcriptomics reveals expression profiles of Trypanosoma brucei sexual stages 2022-03, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1010346 PMID:35255094	研究论文	本研究揭示了植物瘤虫Trypanosoma brucei性阶段的表达谱。	使用单细胞RNA测序技术分析了感染了茧蝇的三种不同组织中的植物瘤虫，通过电子基因表达来识别组织特异性细胞类型	需要进一步实验以确定未知功能的蛋白质是否在配子形成和/或融合中起到作用	本研究旨在探索植物瘤虫的性生殖分子特征及其进化	研究对象为388个来自感染茧蝇的不同组织的单个植物瘤虫	生物信息学	非洲锥虫病	单细胞RNA测序	NA	RNA表达数据	388个植物瘤虫样本
12372	2024-08-05	Endothelial Reprogramming by Disturbed Flow Revealed by Single-Cell RNA and Chromatin Accessibility Study 2020-12-15, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.108491 PMID:33326796	研究论文	这篇文章研究了受扰流对内皮细胞的重编程影响	该研究揭示了扰流如何导致内皮细胞从抗动脉粥样硬化表型转变为促动脉粥样硬化表型及其潜在的新型免疫细胞样表型	NA	深入理解扰流对内皮细胞基因表达的机制	来自小鼠部分颈动脉结扎模型的内皮细胞	数字病理学	动脉粥样硬化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞ATAC测序（scATAC-seq）	NA	细胞数据	来自左侧和右侧颈动脉的内皮细胞
12373	2024-08-04	The role of FERMT2 in the tumor microenvironment and immunotherapy in pan-cancer using comprehensive single-cell and bulk sequencing 2024-May-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e30505 PMID:38726194	研究论文	该文章探讨了FERMT2在肿瘤微环境及免疫治疗中的作用	该研究结合单细胞和大规模测序技术，首次全面分析了FERMT2在不同癌症类型中的免疫特征和预后意义	研究的具体方法和样本数量在摘要中未提及，可能影响结果的普适性	本研究旨在评估FERMT2在肿瘤微环境中的作用及其对免疫治疗的影响	研究对象为在肿瘤微环境中表达FERMT2的不同癌症类型的细胞	数字病理学	泛癌症	单细胞测序、复合免疫荧光染色	NA	组织切片数据	NA
12374	2024-08-04	Pan-cancer analysis for the prognostic and immunological role of CD47: interact with TNFRSF9 inducing CD8 + T cell exhaustion 2024-May-08, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-00951-z PMID:38720108	研究论文	本研究探讨了CD47在癌症免疫治疗中的作用及其与CD8+ T细胞耗竭的关系	揭示了CD47影响多种癌症类型中CD8+ T细胞耗竭的机制，并提出将CD47和TNFRSF9作为免疫治疗的新靶点	未详细讨论CD47在不同癌症微环境中的具体作用机制	阐明CD47在癌症免疫微环境中的预后和免疫学相关性	本研究对象包括多种癌症类型的患者及其肿瘤样本	数字病理学	泛癌症	单细胞测序技术	NA	基因表达数据	多个癌症类型的患者队列
12375	2024-08-05	Transcriptomic imputation of genetic risk variants uncovers novel whole-blood biomarkers of Parkinson's disease 2024-May-08, NPJ Parkinson's disease DOI:10.1038/s41531-024-00698-y PMID:38719867	研究论文	本研究探讨了基因表达特征作为帕金森病生物标志物的潜力	发现PATL2基因作为临床和前驱性帕金森病的潜在生物标志物	未在不同人群中验证结果的广泛性	通过转录组插补发现新的全血生物标志物用于帕金森病	转录组插补生成的全血基因表达签名	数字病理学	帕金森病	RNA测序	随机森林分类器	基因表达数据	1176个帕金森病患者、254个前驱症状患者和860个健康对照
12376	2024-08-05	Molecular Basis of Neuronal and Microglial States in the Aging Brain and Impact on Cerebral Blood Vessels 2024-Apr-18, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25084443 PMID:38674028	综述	本文介绍了神经元和胶质细胞在衰老过程中的变化及其对大脑微环境的影响	探讨了单细胞RNA测序和蛋白质组学等技术在研究大脑衰老过程中动态变化的应用	未明确指出具体的研究限制	理解大脑衰老过程中神经元和胶质细胞的状态变化	研究大脑衰老中神经元、胶质细胞及其相互作用	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
12377	2024-08-04	Integrating bulk and single-cell sequencing data to construct a Scissor+ dendritic cells prognostic model for predicting prognosis and immune responses in ESCC 2024-Apr-15, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-024-03683-9 PMID:38619620	研究论文	该文章主要构建了一种Scissor+树突状细胞预后模型，以预测食管鳞状细胞癌患者的预后和免疫反应	文章首次结合大规模与单细胞测序数据，提供了树突状细胞在食管鳞状细胞癌中的重要性及其子群体的分层	文章中未明确提及模型在其他类型癌症中的适用性和泛化能力	研究旨在揭示食管鳞状细胞癌中树突状细胞的异质性及其与预后的关系	研究对象为60名食管鳞状细胞癌患者的单细胞数据和肿瘤微环境	数字病理学	食管癌	单细胞RNA测序	未适用	细胞数据	包含60名患者的192,078个单细胞数据
12378	2024-08-05	Cell-type-specific and disease-associated expression quantitative trait loci in the human lung 2024-Apr, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-01702-0 PMID:38548990	研究论文	研究人类肺部特定细胞类型和疾病相关的表达数量性状位点	首次在38种细胞类型中绘制了表达数量性状位点(eQTL)，揭示了细胞特异性调控效应	研究仅涉及肺纤维化患者和未受影响供体，可能限制了结果的普遍性	阐明遗传变异如何影响组织特定基因表达与疾病的机制	对66名肺纤维化患者和48名未受影响供体的肺组织进行单细胞RNA测序	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	66名肺纤维化患者和48名未受影响供体
12379	2024-08-05	Neutrophil extracellular traps promoting fibroblast activation and aggravating limb ischemia through Wnt5a pathway 2024, American journal of cancer research IF:3.6Q2 DOI:10.62347/SQOC7984 PMID:38726275	研究论文	本研究探讨了中性粒细胞外陷阱（NETs）在肢体缺血病理进展中的作用	首次揭示了NETs通过Wnt5a通路在肢体缺血中促进成纤维细胞激活的机制	尚未在人类样本中验证结果的临床相关性	研究NETs在肢体缺血中的功能及其与成纤维细胞的相互作用	主要研究对象为缺血小鼠模型中的成纤维细胞和光滑肌细胞	数字病理学	肢体缺血	单细胞RNA测序，免疫组化，西方印迹	NA	组织样本	9个不同细胞簇
12380	2024-08-05	Cancer cell-derived extracellular vesicles drive pre-metastatic niche formation of lymph node via IFNGR1/JAK1/STAT1-activated-PD-L1 expression on FRCs in head and neck cancer 2023-10, Oral oncology IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.oraloncology.2023.106524 PMID:37482043	研究论文	本研究评估了癌细胞来源的细胞外囊泡（CEVs）调节的成纤维网状细胞（FRCs）在淋巴结（LN）前转移生态位形成中的作用	发现癌细胞来源的细胞外囊泡通过IFNGR1/JAK1/STAT1通路促进FRCs上PD-L1的表达，进而导致CD8+ T细胞耗竭	本研究仅基于有限的样本数量，需进一步验证	评估癌细胞来源的细胞外囊泡在前转移生态位形成中的角色	来自20例癌症患者的60个新鲜颈部淋巴结中的FRCs	数字病理学	头颈部癌症	单细胞RNA测序、质谱分析、蛋白质印迹法	NA	细胞、蛋白质	60个颈部淋巴结样本来自20位患者