单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
12361	2024-08-05	Quantitative Multiplexed Analysis of Indoleamine 2,3-Dioxygenase (IDO) and Arginase-1 (ARG1) Expression and Myeloid Cell Infiltration in Colorectal Cancer 2024-Apr, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.modpat.2024.100450 PMID:38369188	研究论文	本研究分析了结直肠癌中IDO和ARG1的表达及髓系细胞浸润特征	首次使用定制的10重免疫组化检测结合机器学习进行全面表征，揭示了IDO和ARG1在肿瘤微环境中的重要作用	对IDO和ARG1在结直肠癌微环境中表达模式的理解仍不完全	探讨IDO和ARG1在结直肠癌中的表达及其预后意义	对833名结直肠癌患者的髓系细胞和肿瘤细胞进行分析	数字病理学	结直肠癌	10重免疫组化检测	监督学习	细胞RNA测序数据	分析了833名结直肠癌患者
12362	2024-08-05	AMPK signaling inhibits the differentiation of myofibroblasts: impact on age-related tissue fibrosis and degeneration 2024-Feb, Biogerontology IF:4.4Q1 DOI:10.1007/s10522-023-10072-9 PMID:37917219	研究论文	本研究探讨了AMPK信号通路对肌成纤维细胞分化的抑制作用以及其对与年龄相关的组织纤维化和退化的影响	提出AMPK信号通路作为肌成纤维细胞分化的有效抑制因子，揭示其在抗衰老和抑制纤维化作用中的重要性	没有明确讨论AMPK信号通路的所有潜在机制及其在不同类型组织中的适用性	研究AMPK信号通路在衰老相关的组织纤维化和退化过程中的作用	研究对象是肌成纤维细胞及其在组织纤维化过程中的分化	数字病理学	NA	单细胞转录组研究	NA	细胞	NA
12363	2024-08-05	Characterization of Cell Type Abundance and Gene Expression Timeline from Burned Skin Bulk Transcriptomics by Deconvolution 2024-01-05, Journal of burn care & research : official publication of the American Burn Association IF:1.5Q3 DOI:10.1093/jbcr/irad178 PMID:37956340	研究论文	本研究探讨了热损伤皮肤中细胞异质性及基因表达时间线。	提出了一种通过解卷积技术分析皮肤大规模转录组数据来识别不同细胞类型的丰度和基因表达的时间进程。	尚未建立热损伤皮肤细胞异质性的全面时间线。	研究热损伤后皮肤中细胞类型丰度及基因表达的变化。	重点分析了中性粒细胞、巨噬细胞、内皮细胞和其他皮肤细胞在烧伤后的表现。	数字病理学	NA	CIBERSORTx解卷积	NA	转录组数据	使用了独立的正常皮肤和外周血单细胞RNA测序数据集
12364	2024-08-04	KHDRBS1 as a novel prognostic signaling biomarker influencing hepatocellular carcinoma cell proliferation, migration, immune microenvironment, and drug sensitivity 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1393801 PMID:38660302	研究论文	本研究探讨了KHDRBS1在肝细胞癌发展中的作用及其作为预后信号生物标志物的潜力	发现KHDRBS1在肝细胞癌中的促肿瘤作用，并揭示了其在肿瘤进展中的临床意义	缺乏更广泛的临床试验数据来验证KHDRBS1作为治疗靶点的有效性	研究KHDRBS1在肝细胞癌中的表达模式及其对癌症细胞增殖和迁移的影响	针对肝细胞癌中的KHDRBS1阳性和阴性恶性细胞进行分析	数字病理学	肝癌	单细胞测序	NA	多组学数据、临床样本	来自公共数据库的多队列数据和临床样本
12365	2024-08-04	Integration of bulk RNA-seq and single-cell RNA-seq constructs: a cancer-associated fibroblasts-related signature to predict prognosis and therapeutic response in clear cell renal cell carcinoma 2024, American journal of translational research IF:1.7Q4 DOI:10.62347/VCCZ1477 PMID:38715811	研究论文	本研究提出了一种与癌症相关的成纤维细胞特征，以预测透明细胞肾细胞癌的预后和治疗反应	文章创新性在于结合了大规模RNA测序和单细胞RNA测序，识别并验证了预测预后和治疗反应的成纤维细胞相关基因特征	文章未提供不同肿瘤类型间的比较，且需要在更大样本上验证CRG特征的有效性	研究透明细胞肾细胞癌患者的预后和治疗响应的预测方法	研究癌症相关成纤维细胞及其在透明细胞肾细胞癌中的作用	数字病理学	透明细胞肾细胞癌	RNA-seq	加权相关网络分析	基因表达数据	涉及TCGA肿瘤样本和ccRCC细胞系
12366	2024-08-05	Comprehensive Analysis of the Immunosuppressive Function of Regulatory T Cells in Human Hepatocellular Carcinoma Tissues 2024 Jan-Dec, Cancer control : journal of the Moffitt Cancer Center IF:2.5Q3 DOI:10.1177/10732748241251580 PMID:38712609	研究论文	本文对人类肝细胞癌组织中的调节性T细胞的免疫抑制功能进行了综合分析	建立了一种基于Treg相关基因组的预后模型，并揭示了Tregs在HCC中的独特作用及其与其他免疫细胞的相互作用	研究主要基于现有的转录组数据，尚需更多临床验证	探讨调节性T细胞在肝细胞癌患者中的作用及其对治疗效果的影响	重点研究肝细胞癌患者组织中的调节性T细胞及其免疫调节机制	数字病理学	肝癌	多色荧光免疫组织化学(mIHC)和单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	组织样本和转录组数据	涉及肝细胞癌组织样本和相关数据集的多样本分析
12367	2024-08-04	Presence of immunogenic alternatively spliced insulin gene product in human pancreatic delta cells 2023-05, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-023-05882-y PMID:36884057	研究论文	本文研究人类胰腺δ细胞中免疫原性替代剪接胰岛素基因产物的表达	首次指出胰腺δ细胞中存在一种由替代剪接产生的胰岛素变体，并揭示其可能在胰岛素自身免疫和病理中发挥作用	未全面阐明这种替代剪接INS产物在其他细胞类型中的潜在作用	探讨人类胰腺内胰岛素基因的替代剪接及其在β细胞和其他内分泌细胞中的表达	人类胰腺中各种内分泌细胞（特别是δ细胞）	数字病理学	糖尿病	PCR分析、单细胞RNA-seq分析、免疫组化	NA	RNA、蛋白序列	人类胰腺样本，具体样本数量未提及
12368	2024-08-05	Sortilin enhances fibrosis and calcification in aortic valve disease by inducing interstitial cell heterogeneity 2023-03-07, European heart journal IF:37.6Q1 DOI:10.1093/eurheartj/ehac818 PMID:36660854	研究论文	本研究探讨了sortilin在钙化性主动脉瓣病（CAVD）病理生理中的作用及其对瓣膜间质细胞（VICs）转变的影响	首次识别sortilin作为钙化性主动脉瓣病中关键因素，并发现了一种新型的炎症肌成纤维细胞-成骨细胞混合表型（IMO-VIC）	研究主要集中于小鼠模型，可能无法完全反映人类的疾病机制	阐明sortilin在主动脉瓣钙化中的作用及其潜在的治疗靶点	研究对象为主动脉瓣间质细胞（VICs）及其在钙化性主动脉瓣病中的转变	数字病理学	主动脉瓣疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠模型	生物样本（VICs）	使用sortilin缺陷的小鼠模型和人类初级VIC样本，样本数量未具体说明
12369	2024-08-05	Probing regenerative heterogeneity of corticospinal neurons with scRNA-Seq 2023-Feb-21, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-2588274/v1 PMID:36865182	研究论文	这篇文章研究了皮层脊髓神经元的再生异质性	使用单细胞RNA测序探讨了皮层脊髓神经元的再生能力，揭示了抗氧化反应和线粒体生物生成的重要性	只能对少数再生的皮层脊髓神经元进行深度测序	探讨脊髓损伤后皮层脊髓通路的再生能力	皮层脊髓神经元的再生异质性	神经科学	脊髓损伤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	数百个表型识别的皮层脊髓神经元
12370	2024-08-05	Hepatocyte Smoothened Activity Controls Susceptibility to Insulin Resistance and Nonalcoholic Fatty Liver Disease 2023, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2022.12.008 PMID:36535507	研究论文	本研究旨在探讨Smoothened (Smo) 在肝细胞代谢稳态及其对非酒精性脂肪肝病 (NASH) 易感性中的作用	发现肝细胞Smo的缺失通过激活mTORC1-SREBP1c信号通路，促进了脂肪生成并抑制了肝脏胰岛素信号	研究主要基于小鼠模型和已有的人类RNA-seq数据，可能无法完全反映所有人群的情况	明确Smoothened在肝细胞代谢调节和NASH易感性中的作用	健康饮食的小鼠肝细胞及两大人类队列的肝脏RNA-seq数据	数字病理学	非酒精性脂肪肝病	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	在小鼠模型中进行了条件性Smo缺失，以及分析了两大人类队列的RNA-seq数据
12371	2024-08-05	A novel Oct4/Pou5f1-like non-coding RNA controls neural maturation and mediates developmental effects of ethanol 2021 Jan-Feb, Neurotoxicology and teratology IF:2.6Q3 DOI:10.1016/j.ntt.2020.106943 PMID:33221301	研究论文	这篇文章研究了一种新的非编码RNA如何影响神经元成熟和乙醇的发育效应。	发现了一种新的与Oct4/Pou5f1相关的非编码RNA mOct4pg9，它在神经干细胞的自我更新和乙醇暴露的影响中扮演了重要角色。	在研究中未详细阐述mOct4pg9的具体机制及其在不同发展阶段的作用	探讨乙醇暴露如何导致神经干细胞的丧失及其相关机制	小鼠胚胎皮质来源的神经干细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组分析	NA	RNA	NA
12372	2024-08-05	Single-Cell Allele-Specific Gene Expression Analysis 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-9057-3_11 PMID:30758826	研究论文	本文介绍了一种用于单细胞等位基因表达分析的生物信息学框架SCALE	SCALE框架能够在考虑技术偏差等因素的情况下，估计全基因组的等位基因爆发动力学	没有提到具体的局限性	研究等位基因在单细胞RNA测序中的表达特征	小鼠胚泡单细胞数据集	数字病理学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞数据	NA
12373	2024-08-05	Revealing gene expression heterogeneity in a clonal population of Tetrahymena thermophila through single-cell RNA sequencing 2024-Jul, Biochemistry and biophysics reports IF:2.3Q3 DOI:10.1016/j.bbrep.2024.101720 PMID:38711548	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析克隆种群中的基因表达异质性	首次使用peaks2utr方法估算缺失的3'非翻译区，从而创建修订的注释文件用于分析	未提及样本来源的具体细节和外部验证	研究克隆种群中基因表达的可变性	对5000个Tetrahymena thermophila细胞进行单细胞RNA测序	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	5000个细胞
12374	2024-08-04	TIGIT Blockade Reshapes the Tumor Microenvironment Based on the Single-cell RNA-Sequencing Analysis 2024-Jun-01, Journal of immunotherapy (Hagerstown, Md. : 1997) DOI:10.1097/CJI.0000000000000511 PMID:38545758	研究论文	这篇文章研究了TIGIT阻断治疗对肿瘤微环境的影响。	文章提供了对TIGIT阻断后免疫微环境变化的新理解，并揭示了其在肿瘤免疫疗法中的潜力。	文章中没有提到具体的临床数据和长期疗效评估。	研究TIGIT阻断在肿瘤免疫治疗中的作用和机制。	小鼠在接受抗TIGIT治疗前后的单细胞RNA测序分析。	数字病理学	肿瘤	单细胞RNA测序	NA	细胞样本	在小鼠中进行的单细胞测序
12375	2024-08-05	Single-Cell Analysis Identifies NOTCH3-Mediated Interactions between Stromal Cells That Promote Microenvironment Remodeling and Invasion in Lung Adenocarcinoma 2024-May-02, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-1183 PMID:38335304	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了NOTCH3介导的间质细胞间相互作用在肺腺癌中的作用	首次揭示了NOTCH信号在肿瘤微环境重塑和细胞侵袭中的作用	尚未明确NOTCH3信号靶向治疗的临床应用前景	深入理解肺腺癌中的间质生物学	9名未接受治疗的肺腺癌患者的256,379个细胞	数字病理学	肺腺癌	单细胞RNA测序	NA	细胞	来自9名患者的256,379个细胞，包括13,857个间充质细胞
12376	2024-08-05	919 granules improve postpartum depression through the regulation of abnormal peripheral blood IL-1β 2024-May, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie DOI:10.1016/j.biopha.2024.116623 PMID:38643545	研究论文	该文探讨919颗粒通过调节异常外周血IL-1β来改善产后抑郁症	首次揭示了产后抑郁症患者外周血cDC2和增殖B细胞的比例升高与IL-1β的显著相关性	研究中未提及样本的多样性和长期疗效验证	研究产后抑郁症的发病机制及919颗粒的治疗效果	健康产后女性和产后抑郁症患者的外周血样本	数字病理	产后抑郁症	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	动物模型	外周血样本	健康产后女性与产后抑郁症患者的外周血样本
12377	2024-08-04	[Spatial transcriptomics techniques and its applications in plant research] 2024-Apr-25, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology DOI:10.13345/j.cjb.230662 PMID:38658142	综述	本文探讨了空间转录组技术在植物研究中的应用	总结了空间转录组技术的发展过程及其在植物细胞研究中的进展	概述了空间转录组技术在植物应用中面临的挑战	探索空间转录组技术在植物中的应用	植物细胞的生长、分化、识别及抗逆性	数字病理学	NA	空间转录组技术	NA	NA	NA
12378	2024-08-05	Decoding the universal human chromatin landscape through teratoma-based profiling 2024-Apr-24, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae021 PMID:38281248	研究论文	这项研究通过分析人类多能干细胞生成的畸胎瘤的表观基因组和转录组，探讨人类染色质的普遍特征。	文章提出了构建表观遗传特征矩阵的方法，以量化畸胎瘤中的多种细胞群体，并揭示染色质状态的独特特征。	研究的局限性未详细说明	本研究旨在分析畸胎瘤的表观基因组和转录组，以理解干细胞分化和发育过程。	本文的研究对象是人类多能干细胞产生的畸胎瘤。	数字病理学	NA	RNA-Seq, scRNA-Seq, scATAC-Seq	NA	转录组, 表观基因组	NA
12379	2024-08-05	ITGAM: A Pivotal Regulator in Macrophage Dynamics and Cardiac Function During Sepsis-Induced Cardiomyopathy 2024-Apr, Cureus DOI:10.7759/cureus.59342 PMID:38711712	研究论文	本研究揭示了在脓毒症诱导的心肌病中ITGAM在巨噬细胞动态和心脏功能中的调节作用	识别了ITGAM作为调节巨噬细胞功能的重要分子，并探讨了其在脓毒症诱导的心肌病中的双重作用	研究结果显示ITGAM中和抗体的使用虽然改善了心脏功能，但却增加了脓毒症后期的死亡率，反映出其复杂的作用	探讨脓毒症诱导的心肌病中的免疫细胞动态和其分子机制	主要研究巨噬细胞在脓毒症诱导的心肌病中的行为以及ITGAM和ICAM-1的作用	数字病理学	心血管疾病	RNA测序	NA	RNA-seq和单细胞RNA-seq数据	NA
12380	2024-08-04	Revealing cell-cell communication pathways with their spatially coupled gene programs 2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae202 PMID:38706319	研究论文	本文提出了一种新方法IGAN，以推测细胞间通信及其上游/下游路径	首次能够估计两个特定单一空间相邻细胞之间的基因关联/网络	尚未说明此方法在多细胞系统中的应用限制	探索细胞间通信的机制和其相关的基因程序	针对单个相邻细胞的细胞间通信模式进行研究	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	公共数据集	多个人类细胞类型的数据集