单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
12361	2024-08-05	Single-Cell Gene-Regulatory Networks of Advanced Symptomatic Atherosclerosis 2024-May-24, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.123.323184 PMID:38639096	研究论文	本研究探讨了在动脉粥样硬化进展过程中单细胞基因表达模式的临床和病理生理相关性	首次通过整合高基因丰度的单细胞亚群与冠状动脉疾病基因调控网络，确认GRN39在促进晚期、症状性动脉粥样硬化中的关键作用	对单细胞转录组数据的详细理解仍然不足，且临床适用性需要进一步验证	揭示动脉粥样硬化发病机制的细胞遗传调控网络	在Ldlr-/-Apob100/100小鼠模型和人类样本中的单细胞RNA测序数据	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	16588个单细胞和600名冠状动脉疾病患者的基因组数据
12362	2024-08-05	Metabolic pathway-based subtypes associate glycan biosynthesis and treatment response in head and neck cancer 2024-May-23, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-024-00602-0 PMID:38783045	研究论文	本研究介绍了一种基于代谢通路的头颈癌分类，强调了富含糖类代谢的MPS1亚型的治疗挑战性	创新之处在于定义了代谢通路基础的亚型，并揭示了其与治疗反应之间的关联	缺乏对临床结果的全面分析以及可能的样本量不足	研究头颈鳞状细胞癌的代谢异质性及其对临床结果的影响	四个独立临床队列中的头颈鳞状细胞癌转录组数据	数字病理学	头颈癌	转录组学	NA	转录组数据	四个独立的临床队列
12363	2024-08-05	In-depth organic mass cytometry reveals differential contents of 3-hydroxybutanoic acid at the single-cell level 2024-May-23, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-48865-2 PMID:38782922	研究论文	本文建立了一种深入的单细胞代谢组学平台，以揭示3-羟基丁酸在单细胞水平上的差异性含量	首次展示了MCF-7细胞内3-羟基丁酸水平的细致亚型分析	尚未提及该技术在其他细胞类型或生物体中的应用效果	旨在通过单细胞代谢组学探讨癌症细胞在氧化应激下的异质性	研究对象为MCF-7细胞及其3-羟基丁酸的代谢特征	数字病理学	癌症	有机质谱细胞术	NA	代谢数据	单细胞，约600种代谢物
12364	2024-08-07	Author Correction: Single-cell transcriptomics reveal extracellular vesicles secretion with a cardiomyocyte proteostasis signature during pathological remodeling 2024-May-23, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06319-x PMID:38783104	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
12365	2024-08-04	A Spatial Transcriptomics Browser for Discovering Gene Expression Landscapes across Microscopic Tissue Sections 2024-May-13, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3 DOI:10.3390/cimb46050284 PMID:38785552	研究论文	本研究开发了一个空间转录组浏览器，以便在微观组织切片中发现基因表达图景	该工具应用了自组织映射(SOM)机器学习方法来分析空间转录组数据，生成每个点的基因表达景观	文章未提及具体的样本量和该工具的局限性	研究空间转录组技术在细胞生态系统组织和相互作用知识挖掘中的应用	主要研究内容为单基因表达、功能基因集表达以及细胞间相互作用的空间模式	数字病理学	黑色素瘤	空间转录组	自组织映射(SOM)	图像	使用了小鼠脑组织和黑色素瘤的相关组织样本
12366	2024-08-05	Deciphering infected cell types, hub gene networks and cell-cell communication in infectious bronchitis virus via single-cell RNA sequencing 2024-May, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1012232 PMID:38743760	研究论文	使用单细胞RNA测序系统性研究感染性支气管炎病毒对细胞类型和细胞间通讯的影响	首次系统性鉴定了特定细胞类型中表达的组织特异性分子标志物和相应的基因网络	未提及样本数量的具体细节及其在研究中的影响	探讨感染性支气管炎病毒在小鸡中的致病机制及其对免疫反应的影响	研究感染性支气管炎病毒感染后的肾脏、法氏囊和气管组织中的细胞类型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
12367	2024-08-05	Integrating phylogenies into single-cell RNA sequencing analysis allows comparisons across species, genes, and cells 2024-May, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3002633 PMID:38787797	研究论文	本文探讨了将系统发育整合到单细胞RNA测序分析中的应用，以比较物种、基因和细胞之间的联系	提出了将系统发育方法整合进scRNA-seq分析中，以克服物种间比较的挑战并加强基因和细胞演化假设的验证	NA	实现跨物种、基因和细胞的比较，揭示细胞基因表达与细胞功能演化之间的联系	单细胞RNA测序数据及其在不同物种和细胞中的比较	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	系统发育树	RNA序列	NA
12368	2024-08-05	Landscape of gut mucosal immune cells showed gap of follicular or memory B cells into plasma cells in immunological non-responders 2024-May, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.1699 PMID:38783408	研究论文	这项研究展示了HIV感染患者肠道粘膜免疫细胞的转录组特征	研究发现免疫非应答者在肠道浆细胞的比例低于免疫应答者，并探讨了记忆B细胞和滤泡B细胞向浆细胞转化的障碍	样本数量有限，只有少数免疫非应答者被纳入研究	探讨HIV感染患者中的肠道粘膜免疫细胞在免疫恢复中的作用	研究对象包括HIV阴性对照、免疫应答者和免疫非应答者	数字病理学	HIV感染	单细胞RNA测序	NA	转录组数据及免疫细胞分析数据	54,475个免疫细胞来自五个HIV阴性对照、九个免疫应答者和三个免疫非应答者
12369	2024-08-05	Immunological Characteristics of Hepatic Dendritic Cells in Patients and Mouse Model with Liver Echinococcus multilocularis Infection 2024-Apr-25, Tropical medicine and infectious disease IF:2.8Q1 DOI:10.3390/tropicalmed9050095 PMID:38787028	研究论文	本文探讨了肝脏包虫感染患者和小鼠模型中肝脏树突状细胞的免疫特征	首次系统分析了肝脏树突状细胞亚群在肝脏包虫感染中表现出的免疫表型特征	未深入探讨不同小鼠模型对免疫特征的影响	研究肝脏包虫感染微环境中肝脏树突状细胞的免疫特征	临床包虫感染患者和小鼠模型中的肝脏树突状细胞亚群	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-Seq)	NA	组织样本	四个包虫感染患者标本和感染小鼠模型
12370	2024-08-05	Identification of GPI-anchored protein LYPD1 as an essential factor for odontoblast differentiation in tooth development 2023-05, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2023.104638 PMID:36963497	研究论文	本研究识别了GPI锚定蛋白LYPD1作为牙齿发育中牙本质细胞分化的关键因素	LYPD1被发现是发育中牙齿中前牙本质细胞的新标记，并且在通过其GPI-AP功能调节Smad1/5/8磷酸化以促进牙本质细胞分化中扮演重要角色	研究仅在小鼠牙髓细胞和外源性器官培养系统中验证，可能无法完全概括人类牙齿发育机制	探讨脂质筏对牙齿发育的具体影响，并确认LYPD1在牙本质细胞分化中的作用	通过微阵列和单细胞RNA测序方法研究前牙本质细胞以及相关的信号传导机制	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用了小鼠牙髓细胞和牙胚的外源性器官培养
12371	2024-08-04	Proteomic Profiling of Fallopian Tube-Derived Extracellular Vesicles Using a Microfluidic Tissue-on-Chip System 2023-Mar-27, Bioengineering (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/bioengineering10040423 PMID:37106610	研究论文	本研究建立了一种微流控平台来培养人类输卵管上皮以收集细胞外囊泡，并首次报告了295种常见的输卵管衍生小细胞外囊泡蛋白	首次描述了由人类输卵管衍生的小细胞外囊泡蛋白质组成及其与腺癌转录组的关联	目前对hFTE衍生的小细胞外囊泡的内容和功能理解有限	旨在揭示输卵管来源的小细胞外囊泡的基线蛋白质谱以及其在卵巢癌发生中的潜在作用	研究对象是人类输卵管上皮和其衍生的小细胞外囊泡	数字病理学	卵巢癌	质谱分析	微流控组织芯片	蛋白质	295种小细胞外囊泡蛋白
12372	2024-08-05	Loss of MC1R signaling implicates TBX3 in pheomelanogenesis and melanoma predisposition 2023-Mar-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.10.532018 PMID:37090624	研究论文	本研究揭示了MC1R信号传导缺失如何通过TBX3影响红色头发颜色（RHC）性状和黑色素瘤的易感性	首次发现TBX3在红色头发颜色性状中的作用，并揭示其与黑色素瘤易感性之间的关系	研究主要基于小鼠模型，结果是否完全适用于人类尚需进一步验证	探究MC1R信号传导缺失如何通过改变黑色素生成影响黑色素瘤的易感性	研究对象为来自RHC小鼠模型的黑素细胞	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因数据	通过RHC小鼠模型提取的黑素细胞
12373	2024-08-04	Single-cell transcriptomics reveal extracellular vesicles secretion with a cardiomyocyte proteostasis signature during pathological remodeling 2023-01-21, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-022-04402-9 PMID:36681760	研究论文	该文章揭示了在病理重塑过程中，心肌细胞分泌具有蛋白质稳态特征的外泌体	首次通过单细胞转录组分析揭示心肌细胞在病理重塑中的外泌体分泌机制以及相关的蛋白质特征	该研究主要集中在小鼠模型，临床相关性尚需进一步验证	研究心肌细胞在病理重塑过程中外泌体的分泌与蛋白质稳态特征的关系	包含诱导性心肌特异性Wnt激活的小鼠模型及人源诱导多能干细胞衍生的心肌细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	使用了β-cat小鼠模型和来自人源诱导多能干细胞的心肌细胞
12374	2024-08-05	Comprehensive Characterization of the Multiple Myeloma Immune Microenvironment Using Integrated scRNA-seq, CyTOF, and CITE-seq Analysis 2022-10, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-22-0022 PMID:36969740	研究论文	本文对多发性骨髓瘤的免疫微环境进行了全面表征	结合使用了单细胞RNA测序、质谱细胞术和CITE-seq分析，揭示了不同检测方法之间的一致性和差异性	缺乏对更多样本的分析，且结果需要在更大规模的项目中进一步验证	理解多发性骨髓瘤骨髓样本中免疫细胞的特征	来自18名患者的多发性骨髓瘤骨髓样本中的免疫细胞	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序, CyTOF, CITE-seq	NA	RNA	18名患者的骨髓样本
12375	2024-08-05	Myeloid Cell-associated Resistance to PD-1/PD-L1 Blockade in Urothelial Cancer Revealed Through Bulk and Single-cell RNA Sequencing 2021-08-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-20-4574 PMID:33837006	研究论文	本研究旨在确定与转移性尿路上皮癌中PD-1/PD-L1阻滞耐药性相关的主要分子和细胞特征	通过利用大规模和单细胞RNA测序，揭示了与PD-1/PD-L1阻滞耐药性相关的适应性免疫反应和促肿瘤性炎症基因特征之间的平衡	未讨论其他类型的细胞在抵抗机制中的作用	探讨转移性尿路上皮癌对PD-1/PD-L1阻滞的耐药机制	重点研究转移性尿路上皮癌患者及其肿瘤微环境中的免疫细胞特征	数字病理学	尿路上皮癌	RNA测序	NA	RNA数据	来自两项临床试验的样本数据以及肌肉浸润性膀胱癌标本
12376	2024-08-04	Pan-cancer analysis of super-enhancer-induced LINC00862 and validation as a SIRT1-promoting factor in cervical cancer and gastric cancer 2024-Jul, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.101982 PMID:38718436	研究论文	本研究探讨了LINC00862在多癌症中的生物学意义及其在宫颈癌和胃癌中的作用	揭示了LINC00862在宫颈癌和胃癌中的致癌机制，并验证了其作为生物标志物的潜力	未具体列出LINC00862在其他类型癌症中的作用及有效性	研究LINC00862在不同癌症中的表达及其与免疫疗法的关系	主要研究肿瘤和基质细胞中的LINC00862表达及其调控机制	数字病理学	宫颈癌与胃癌	染色质免疫沉淀和RNA免疫沉淀等	NA	生物信息学数据和单细胞测序数据	涉及大多数肿瘤和基质细胞的表达分析
12377	2024-08-04	Dysregulation of peripheral and intratumoral KLRG1+ CD8+T cells is associated with immune evasion in patients with non-small-cell lung cancer 2024-Jul, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.101968 PMID:38713923	研究论文	本研究探讨了KLRG1+ CD8+ T细胞在非小细胞肺癌（NSCLC）患者中的免疫逃避中的作用	本研究首次揭示KLRG1+ CD8+ T细胞与NSCLC肿瘤免疫逃避的关联性，并提出KLRG1作为潜在的免疫治疗靶点	研究中可能缺乏大规模样本数据来验证KLRG1的预后价值	研究KLRG1在非小细胞肺癌患者中的免疫调节作用	非小细胞肺癌患者的外周血和肿瘤组织中的KLRG1+ CD8+ T细胞	数字病理学	非小细胞肺癌	流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	基因表达数据，细胞单一测序数据	NSCLC患者与健康供体、良性肺结节患者的对比样本
12378	2024-08-05	Differential role of glucocorticoid receptor based on its cell type specific expression on tumor cells and infiltrating lymphocytes 2024-Jul, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.101957 PMID:38643748	研究论文	本研究探讨了糖皮质激素受体在肿瘤细胞和浸润淋巴细胞中特殊细胞类型表达的差异性作用	发展了一个与雌激素受体状态无关的糖皮质激素受体标志（GRsig），并评估其在不同乳腺癌亚型中的独立预后能力	未提及具体的实验设计或模型限制	研究糖皮质激素受体在乳腺癌不同细胞类型中的表达及其预后意义	乳腺癌肿瘤上皮细胞和浸润淋巴细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序、免疫组化	NA	基因表达数据	独立乳腺癌队列的样本数量未具体提及
12379	2024-08-05	MAPKAP1 orchestrates macrophage polarization and lipid metabolism in fatty liver-enhanced colorectal cancer 2024-Jul, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.101941 PMID:38692197	研究论文	本研究探讨了脂肪肝在大肠癌进展中的机械作用，重点关注巨噬细胞极化和脂质代谢。	发现MAPKAP1是通过M2巨噬细胞极化和脂质代谢重编程促进大肠癌的重要基因。	研究主要基于小鼠模型，可能无法完全反映人类疾病的复杂性。	研究脂肪肝如何影响大肠癌的进展，特别是在巨噬细胞极化和脂质代谢方面。	使用小鼠脂肪肝模型以及大肠癌特异性基因MAPKAP1进行研究。	数字病理学	大肠癌	单细胞转录组测序 (scRNA-seq)	NA	NA	小鼠模型，样本数量未具体说明
12380	2024-08-05	FTO elicits tumor neovascularization in cancer-associated fibroblasts through eliminating m6A modifications of multiple pro-angiogenic factors 2024-Jun-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216911 PMID:38685450	研究论文	本研究揭示了FTO通过消除多种促血管生成因子的m6A修饰，促进癌症相关成纤维细胞（CAFs）介导的肿瘤血管生成	首次明确了FTO在肿瘤微环境中对CAFs介导的血管生成的作用机制	本研究的局限性在于未能明确m6A修饰对CAFs激活的具体作用	探讨FTO在CAFs介导的血管生成中的作用及机制	研究癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	眼睑黑色素瘤	单细胞转录组分析、多组学分析	NA	mRNA	CAFs样本数量未明确