单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
12341	2024-08-05	Dedifferentiation and Proliferation of Artery Endothelial Cells Drive Coronary Collateral Development in Mice 2023-08, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.123.319319 PMID:37345524	研究论文	本研究探讨了小鼠冠状动脉的再生潜力与其去分化能力的关系	首次阐明了成年心脏内皮细胞在冠状动脉侧支发展中的去分化和增殖能力受限的原因	研究仅在小鼠模型中进行，结果可能不适用于人类	研究冠状动脉的再生潜力是否由其去分化能力决定	小鼠的新生和成年冠状动脉内皮细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型中的新生和成年内皮细胞
12342	2024-08-04	Dissection and Integration of Bursty Transcriptional Dynamics for Complex Systems 2023-Jun-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.06.13.544828 PMID:37398022	研究论文	本文提出了一种新方法，通过概率主题模型解构并整合单细胞RNA-seq数据中的转录动力学	采用概率主题模型来推断与个别过程相关的细胞和基因，以准确估计过程特定的速度	缺乏先进的代谢标记技术，可能影响RNA速度估计的准确性	研究单细胞RNA-seq数据中转录变化的方向性	聚焦于与过程相关的细胞和基因	数字病理学	NA	RNA-seq	概率主题模型	单细胞RNA-seq数据	NA
12343	2024-08-05	Integrated transcriptomics contrasts fatty acid metabolism with hypoxia response in β-cell subpopulations associated with glycemic control 2023-Mar-28, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-023-09232-5 PMID:36978008	研究论文	本研究整合了胰岛单细胞和整体RNA测序数据，以识别与糖尿病相关的β细胞亚群。	通过整合单细胞和整体胰岛转录组，该研究探索了β细胞异质性，识别出新的亚群和与肥胖相关的遗传通路。	本研究的限制在于主要基于小鼠模型，可能无法完全反映人类的β细胞功能。	研究不同β细胞功能对糖尿病的影响，为疗法开发提供信息。	本研究主要针对胰腺β细胞亚群在肥胖小鼠中的基因表达特征。	数字病理学	糖尿病	RNA测序	NA	基因表达数据	使用了SM/J小鼠的单细胞和整体RNA测序数据
12344	2024-08-05	Prognostic subtypes of thyroid cancer was constructed based on single cell and bulk-RNA sequencing data and verified its authenticity 2023-Mar-18, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-023-01027-x PMID:36933059	研究论文	通过单细胞和大规模RNA测序数据构建了甲状腺癌的预后亚型并验证其真实性	创新性地结合了单细胞RNA测序和全局RNA测序数据，构建了有效的预后模型并揭示了甲状腺癌的细胞微环境及肿瘤异质性	研究主要基于样本数据，对于临床广泛应用的验证仍需进一步研究	研究甲状腺癌的预后因素及其细胞微环境	23个甲状腺癌肿瘤样本的细胞类型及其微环境	数字病理学	甲状腺癌	单细胞RNA测序(Sc-RNAseq)	NA	RNA数据	23个甲状腺癌肿瘤样本
12345	2024-08-05	Neurons burdened by DNA double-strand breaks incite microglia activation through antiviral-like signaling in neurodegeneration 2022-09-30, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abo4662 PMID:36170369	研究论文	该文章研究了含有DNA双链断裂的神经元如何通过抗病毒信号激活小胶质细胞，从而影响与神经退行性变相关的神经炎症	首次揭示了含有双链断裂的神经元在疾病相关神经炎症机制中的新作用	研究的模型仅限于CK-p25小鼠，可能限制了结果的普适性	探索含有DNA双链断裂的神经元对神经炎症的影响	CK-p25小鼠模型中的含有DNA双链断裂的神经元	数字病理学	老年痴呆症	单核、整体和空间转录组技术	NA	转录组数据	CK-p25小鼠脑组织
12346	2024-08-05	Single-cell analysis of immune cell transcriptome during HIV-1 infection and therapy 2022-09-29, BMC immunology IF:2.9Q3 DOI:10.1186/s12865-022-00523-2 PMID:36175869	研究论文	本研究对HIV-1感染和治疗期间免疫细胞转录组进行了单细胞分析	通过单细胞转录组测序，我们识别了HIV-1感染后免疫细胞中关键的分子通路和基因，揭示了HIV-1感染和疗法中的潜在治疗靶点	研究主要集中在特定的免疫细胞类型，可能无法全面反映所有免疫细胞的动态变化	理解HIV-1感染及其治疗过程中免疫细胞功能的变化	慢性未治疗HIV-1个体、接受ART的HIV-1感染者以及HIV-1阴性个体的外周血免疫细胞	数字病理学	HIV感染	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	多个HIV-1感染者和健康供体的免疫细胞样本
12347	2024-08-05	Decoding the olfactory map through targeted transcriptomics links murine olfactory receptors to glomeruli 2022-09-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-32267-3 PMID:36050313	研究论文	本研究探讨了小鼠嗅觉系统中嗅觉受体与嗅球小球之间的映射关系	采用了序列切片结合目标捕获富集测序的方法，成功克服了低丰度嗅觉受体表达的问题	过去低丰度的嗅觉受体表达限制了高通量映射的可能性	理解嗅觉受体如何映射到嗅球小球，以进一步探索嗅觉机制	小鼠的嗅觉受体及其在嗅球小球中的分布	数字病理学	NA	目标捕获富集测序	NA	NA	映射了86%的嗅觉受体
12348	2024-08-05	Spatial profiling of early primate gastrulation in utero 2022-09, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-022-04953-1 PMID:35709828	研究论文	这篇文章展示了早期猕猴胚胎在体内的胚胎层化过程	首次使用空间转录组学概念揭示早期猕猴胚胎的发育过程	研究仅限于猕猴胚胎，可能无法完全推及人类发育	探讨早期胚胎发育中细胞多样性和轴向模式形成的分子机制	猕猴胚胎及其相关的干细胞模型	数字病理学	NA	空间转录组学	高斯过程回归模型	转录组数据	猕猴胚胎样本
12349	2024-08-05	Transcriptional variability accelerates preleukemia by cell diversification and perturbation of protein synthesis 2022-08-05, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abn4886 PMID:35921412	研究论文	转录变异通过细胞多样化和蛋白质合成干扰促进了前白血病的发展	探讨了转录变异在前白血病进展中的作用，揭示了其通过影响细胞命运转变促进癌症演变的机制	主要研究集中在小鼠细胞模型中，尚未在人体细胞中验证	研究转录变异如何促进前癌症向癌症的进展	小鼠细胞中的转录变异和前白血病的形成	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序	NA	细胞	NA
12350	2024-08-05	RNA-seq analysis of the human surfactant air-liquid interface culture reveals alveolar type II cell-like transcriptome 2022-Mar-10, Molecular therapy. Methods & clinical development DOI:10.1016/j.omtm.2021.11.006 PMID:34977273	研究论文	该文章描述了一种基于H441细胞的空气-液体界面培养模型的转录组特征	提出了一种新的细胞培养平台SALI模型，能在长时间内维持多种生理特性，并与人类肺泡II型细胞相似	未提及研究模型的长期可持续性和实际应用中的局限性	旨在为研究和修正肺表面活性蛋白B缺乏症提供可靠的细胞培养模型	主要研究H441细胞在空气-液体界面培养下的转录组特征	数字病理学	间质性肺病	RNA-seq	SALI培养模型	转录组数据	未提供具体样本数量
12351	2024-08-05	Salivary ZG16B expression loss follows exocrine gland dysfunction related to oral chronic graft-versus-host disease 2022-Jan-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2021.103592 PMID:35005541	研究论文	本研究探讨了慢性移植物抗宿主病(cGVHD)与唾液腺功能障碍相关的唾液ZG16B表达损失	发现ZG16B在口腔cGVHD唾液中显著降低，并可能指示特定的cGVHD活动和唾液腺功能障碍	本文未使用切口活检，因此没有确诊口腔cGVHD的诊断测试	旨在发现口腔cGVHD的生物标志物，以改善早期诊断和治疗	研究对象为唾液和人类唾液腺中的蛋白质表达	数字病理学	慢性移植物抗宿主病	液相色谱-串联质谱	单细胞RNA测序	蛋白质数据	569种蛋白质，其中77种在丰度上显著变化
12352	2024-08-05	Virally encoded connectivity transgenic overlay RNA sequencing (VECTORseq) defines projection neurons involved in sensorimotor integration 2021-12-21, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2021.110131 PMID:34936877	研究论文	本研究开发了一种新的RNA测序方法，用于定义参与感觉运动整合的投射神经元	提出了一种简便的、多重的RNA测序方法VECTORseq，能够高通量确定神经元亚型	现有的测序方法通量较低，操作复杂且成本高	定义不同脑区间连接的投射神经元的生理和行为角色	参与感觉运动整合的投射神经元	神经科学	NA	RNA测序	NA	单细胞数据集	NA
12353	2024-08-05	Heterogeneity of human anti-viral immunity shaped by virus, tissue, age, and sex 2021-11-30, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2021.110071 PMID:34852222	研究论文	本文揭示了病毒、组织、年龄和性别如何影响抗病毒T细胞免疫的维持和功能	通过综合分析病毒特异性T细胞，首次揭示了多种因素对抗病毒免疫的异质性影响	研究主要基于器官捐献者的样本，可能未能全面代表所有人群	探讨影响抗病毒免疫的多种因素及其相互作用	针对流感和巨细胞病毒的特异性CD8 T细胞	免疫学	NA	流式细胞术、T细胞受体测序、单细胞转录组学和细胞因子分析	NA	血液、淋巴器官和粘膜组织的细胞样本	基于器官捐献者的综合样本
12354	2024-08-05	A single-cell RNA-seq atlas of Schistosoma mansoni identifies a key regulator of blood feeding 2020-09-25, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.abb7709 PMID:32973030	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了血吸虫，并识别出一个关键的血液摄取调节因子	首次通过单细胞RNA测序鉴定出68种不同的细胞群体以及维持血吸虫消化道的专门干细胞	尚未完全了解寄生虫不同组织在成功寄生中的功能	研究血吸虫的细胞特性和潜在治疗靶点	成人血吸虫的细胞群体	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞数据	43,642个细胞
12355	2024-08-05	Power in Numbers: Single-Cell RNA-Seq Strategies to Dissect Complex Tissues 2018-11-23, Annual review of genetics IF:8.7Q1 DOI:10.1146/annurev-genet-120417-031247 PMID:30192636	研究论文	本文探讨了单细胞RNA测序在解析复杂组织中的应用	单细胞RNA测序提供了以新的方式测量表型的机会，有助于基因功能的细化和多效性剖析	NA	研究单细胞RNA测序在机体解剖和发育动态分析中的潜力	复杂组织中的稀有细胞状态和发育轨迹	数字病理学	NA	单细胞RNA-seq	NA	基因组数据	NA
12356	2024-08-04	Cell communication pathway prognostic model identified detrimental neurodevelopmental pathways in neuroblastoma 2024-06, Neoplasia (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.neo.2024.100997 PMID:38669760	研究论文	该文章开发了一种细胞通信通路预后模型，以识别神经母细胞瘤中的有害神经发育通路	文章提出了细胞通信通路预后模型（CCPPM），为研究细胞通信通路对疾病预后的影响提供了新的方法	由于样本量有限和单细胞RNA-seq数据的临床生存信息不完整，确定这些通信通路对预后的影响具有挑战性	研究细胞通信路径对神经母细胞瘤预后的影响	神经母细胞瘤的细胞通信通路	数字病理学	神经母细胞瘤	单细胞RNA-seq和批量RNA-seq	NA	RNA-seq数据	NA
12357	2024-08-05	Metaplastic regeneration in the mouse stomach requires a reactive oxygen species pathway 2024-May-06, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.03.002 PMID:38521055	研究论文	本文研究了小鼠胃中的再生转化过程，强调了反应性氧种的重要性	通过单细胞RNA测序分析了损伤后小鼠胃中paligenosis机制的高分辨率过程	研究主要集中在小鼠模型中的机制，未在其他动物或人类样本中验证	探讨反应性氧种在小鼠胃黏膜再生过程中的作用	小鼠胃中的成熟胃主细胞和非典型再生细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
12358	2024-08-04	Airway injury induces alveolar epithelial and mesenchymal responses mediated by macrophages 2024-May-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.02.587596 PMID:38617297	研究论文	急性气道损伤激活局部前体细胞并刺激细胞间相互作用的变化以恢复稳态	本研究揭示了气道损伤对远端肺部反应的影响，特别是通过巨噬细胞介导的AT2前体细胞的增殖以及MANC2细胞的动态变化	未涉及更广泛的临床应用和长期效应的探讨	研究气道急性损伤后的肺组织反应及其细胞间相互作用变化	小鼠模型，重点关注气道特异性上皮损伤后的肺泡和免疫反应	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	NA	小鼠模型
12359	2024-08-04	Nitrogen sensing and regulatory networks: it's about time and space 2024-May-01, The Plant cell DOI:10.1093/plcell/koae038 PMID:38366121	综述	本文探讨了植物对氮信号的感知与调控网络的时间和空间维度	揭示了氮感知/信号传导的时空系统生物学新方面，特别是在拟南芥模型中的应用	主要集中在拟南芥模型上，可能限制结果的普遍适用性	研究植物如何在不同细胞类型及长距离上整合氮的响应以确保实时协调	主要研究对象为植物，尤其是拟南芥中的氮感知和信号传导机制	植物生物学	NA	单细胞测序、轨迹推断、伪时间分析、机器学习	NA	基因表达数据	NA
12360	2024-08-05	Characterization of the malignant cells and microenvironment of infantile fibrosarcoma via single-cell RNA sequencing 2024-Apr-30, Translational pediatrics IF:1.5Q2 DOI:10.21037/tp-24-66 PMID:38715675	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序描绘了婴儿纤维肉瘤的恶性细胞及其微环境	揭示了婴儿纤维肉瘤的普遍转录特征，识别了潜在的新标记物和功能性恶性细胞亚型	样本量可能有限，仅来自四名患者，缺乏纵向跟踪数据	阐明婴儿纤维肉瘤的转录特征，并探索新的诊断和治疗靶点	收集四名患者的婴儿纤维肉瘤新鲜组织样本	数字病理学	婴儿纤维肉瘤	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据	四个患者的组织样本