单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 28786 篇文献，本页显示第 12321 - 12340 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 12321 | 2024-08-05 |
DNA damage response-related signatures characterize the immune landscape and predict the prognosis of HCC via integrating single-cell and bulk RNA-sequencing
2024-Aug-20, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.112475
PMID:38909498
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研究论文 | 本文探讨了与DNA损伤反应相关的标志物如何影响肝细胞癌（HCC）的免疫特征和预后 | 创新性地整合了单细胞RNA测序和大规模RNA测序，构建了与DNA损伤反应相关的预后模型 | NA | 探讨与DNA损伤反应相关的生物标记，以帮助预测HCC的预后和免疫特征 | 肝细胞癌患者的肿瘤和正常样本 | 数字病理学 | 肝癌 | RNA测序 | Cox和LASSO回归模型 | 基因表达数据 | 使用了单细胞RNA测序数据集GSE242889以及对应的肝细胞癌样本 |
| 12322 | 2024-08-05 |
Identification of oxidative stress signatures of lung adenocarcinoma and prediction of patient prognosis or treatment response with single-cell RNA sequencing and bulk RNA sequencing data
2024-Aug-20, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.112495
PMID:38901238
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研究论文 | 本研究系统地调查了肺腺癌中的氧化应激调控模式和其与肿瘤微环境的关系 | 首次全面分析了肺腺癌中的氧化应激，建立了预后相关的预测模型 | 没有涉及氧化应激对其他肺癌亚型的影响 | 探讨肺腺癌中的氧化应激信号及其对患者预后或治疗反应的预测能力 | 针对肺腺癌患者的氧化应激相关基因进行研究 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序和总体RNA测序 | Cox回归分析 | 基因表达数据 | NA |
| 12323 | 2024-08-05 |
Machine learning algorithms integrate bulk and single-cell RNA data to unveil oxidative stress following intracerebral hemorrhage
2024-Aug-20, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.112449
PMID:38865753
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研究论文 | 本研究通过机器学习算法整合了大规模和单细胞RNA数据，以揭示脑内出血后氧化应激的变化 | 首次结合单细胞RNA测序数据和机器学习算法，以识别与脑内出血后的氧化应激相关的核心基因 | 研究主要基于动物实验，可能限制结果在临床上的推广性 | 识别与脑内出血后氧化应激相关的最佳基因，增强对该过程的理解 | 研究了氧化应激在脑内出血后在不同细胞层中的异质性 | 机器学习 | 脑内出血 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | 机器学习算法（如极端梯度提升、Boruta、随机森林、最小绝对收缩和选择算子） | RNA数据 | 涉及脑内出血动物实验的样本 |
| 12324 | 2024-08-04 |
HEARTSVG: a fast and accurate method for identifying spatially variable genes in large-scale spatial transcriptomics
2024-Jul-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-49846-1
PMID:38972896
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研究论文 | 本文提出了一种新的方法HEARTSVG，用于快速准确地识别大规模空间转录组中的空间变异基因 | HEARTSVG是一种无分布假设的基于检验的方法，能够以更高的准确性和计算效率识别空间变异基因 | 未提及具体的局限性 | 理解疾病和组织结构的时空特征，识别空间变异基因 | 大规模空间转录组数据中的空间变异基因 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 空间转录组技术 | NA | 真实数据集 | 分析了来自不同空间转录组技术的十二个真实数据集 |
| 12325 | 2024-08-04 |
Genomic structural variation contributes to evolved changes in gene expression in high-altitude Tibetan sheep
2024-Jul-02, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2322291121
PMID:38913905
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研究论文 | 本研究探讨了基因组结构变异对高原藏羊基因表达变化的影响 | 首次表征了区分藏羊和低海拔胡羊的基因组结构变异，并揭示了与心脏功能和循环相关基因的表达差异 | 未详细探讨每种基因变异对功能表型的直接影响 | 研究高海拔适应的遗传机制 | 高原藏羊与低海拔胡羊 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 462个基因的高频结构变异 |
| 12326 | 2024-08-04 |
Single-cell landscape of functionally cured chronic hepatitis B patients reveals activation of innate and altered CD4-CTL-driven adaptive immunity
2024-Jul, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2024.02.017
PMID:38423478
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研究论文 | 本研究探讨了慢性乙型肝炎患者功能治愈后的免疫病理特征，揭示了免疫系统的激活状态 | 本研究首次从单细胞水平深入解析了慢性乙型肝炎治愈机制中的免疫病理特征，并发现了CD4细胞毒性T淋巴细胞的变化以及肝脏中天然杀伤细胞的激活 | 研究没有涉及功能治愈后长期随访的影响和机制 | 旨在揭示慢性乙型肝炎功能治愈后免疫病理的基础机制 | 研究对象为慢性乙型肝炎患者及其功能治愈后的样本 | 数字病理学 | 慢性肝炎 | 单细胞RNA测序, 多参数流式细胞术, 多重免疫荧光 | NA | 细胞样本, 血液样本 | NA |
| 12327 | 2024-08-04 |
Endothelial POFUT1 controls injury-induced liver fibrosis by repressing fibrinogen synthesis
2024-Jul, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2024.02.032
PMID:38460791
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研究论文 | POFUT1通过抑制纤维蛋白原的合成调控损伤诱导的肝纤维化 | 揭示了POFUT1在肝脏内皮细胞中作为纤维蛋白原表达下调的关键调节因子，进而影响肝纤维化进程 | 本研究主要基于小鼠模型，临床数据的验证仍需进一步展开 | 探讨LSEC表达的POFUT1在肝纤维化中的作用及其机制 | 重点研究了LSEC及其与肝星状细胞之间的信号传导 | 数字病理学 | 肝纤维化 | RNA测序 | 小鼠模型 | 基因表达数据 | 多组小鼠及肝硬化患者的单细胞RNA测序数据 |
| 12328 | 2024-08-05 |
Single-Cell RNA Sequencing Analysis of Microglia Dissected the Energy Metabolism and Revealed Potential Biomarkers in Amyotrophic Lateral Sclerosis
2024-Jul, Molecular neurobiology
IF:4.6Q1
DOI:10.1007/s12035-023-03806-w
PMID:38102515
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研究论文 | 该研究分析了肌萎缩侧索硬化症患者小胶质细胞的RNA测序，揭示了能量代谢的作用及潜在生物标志物 | 首次探讨了ALS患者非神经元细胞中差异表达基因的能量代谢功能及其与小胶质细胞的相互作用 | 本研究仅限于小样本规模，可能无法全面代表ALS的病理特征 | 研究ALS的发病机制、早期诊断及潜在治疗策略 | ALS患者的非神经元细胞、SOD1突变ALS小鼠的脑干及ALS患者的全血组织 | 数字病理学 | 肌萎缩侧索硬化症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 包括ALS患者和ALS小鼠的多个样本 |
| 12329 | 2024-08-05 |
Van Gogh-like 2 is essential for the architectural patterning of the mammalian biliary tree
2024-Jul, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2024.02.030
PMID:38460794
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研究论文 | 本文探讨了平面细胞极性在哺乳动物胆道结构模式中的作用 | 阐明了平面细胞极性蛋白VANGL2在胆管细胞间接触形成中的模式化作用 | 尚不清楚这些生化信号与胆管模式化之间的具体联系 | 定义胆管板从简单上皮细胞层过渡为复杂连接胆管的机制 | 胚胎小鼠肝脏中的双向表皮祖细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 组织器模型 | RNA数据 | 胚胎小鼠肝脏的单细胞样本 |
| 12330 | 2024-08-07 |
Response to Comment on Hu et al. Single-Cell Transcriptomics Reveals Novel Role of Microglia in Fibrovascular Membrane of Proliferative Diabetic Retinopathy. Diabetes 2022;71:762-773
2024-Jul-01, Diabetes
IF:6.2Q1
DOI:10.2337/dbi24-0024
PMID:38900952
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 12331 | 2024-08-04 |
scHolography: a computational method for single-cell spatial neighborhood reconstruction and analysis
2024-06-24, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03299-3
PMID:38915088
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为scHolography的方法，该方法用于重建单细胞空间邻域并进行分析 | 提出了一种基于机器学习的方法，用于重构单细胞的空间邻域并促进3D组织可视化 | NA | 旨在提高对组织复杂性，特别是在单细胞分辨率下的组织结构分析 | 研究对象包括人类和小鼠的空间转录组学数据 | 数字病理学 | 肿瘤免疫微环境 | 空间转录组测序和单细胞RNA测序 | 机器学习模型 | 基因组数据 | 人类和小鼠的数据集 |
| 12332 | 2024-08-05 |
MOXD1 is a lineage-specific gene and a tumor suppressor in neuroblastoma
2024-Jun-21, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.ado1583
PMID:38905335
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研究论文 | 本研究分析了神经母细胞瘤样本的RNA测序数据，以探讨MOXD1基因在肿瘤发展中的作用 | 发现MOXD1作为一种谱系特异性的肿瘤抑制基因，在神经母细胞瘤中具有重要作用 | 对早期肿瘤驱动事件的深入研究有限，模型缺乏 | 研究神经母细胞瘤的胚胎起源及早期肿瘤发展事件 | 人类神经母细胞瘤细胞及胎儿肾上腺的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 神经母细胞瘤 | RNA测序 | 斑马鱼，雏鸡，小鼠 | RNA测序数据 | 人类神经母细胞瘤样本和胎儿肾上腺细胞 |
| 12333 | 2024-08-04 |
Spatial transcriptomics analysis identifies a tumor-promoting function of the meningeal stroma in melanoma leptomeningeal disease
2024-Jun-18, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101606
PMID:38866016
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研究论文 | 该文章研究了脑膜病中的肿瘤微环境，揭示了脑膜基质在黑色素瘤脑膜病中的肿瘤促进作用 | 文章创新性地确定了脑膜基质在黑色素瘤脑膜病中的肿瘤促进作用，并提供了克服微环境介导的药物抵抗的机制 | 样本数量有限，仅包含两个患者的九个临床标本 | 探讨黑色素瘤脑膜病的肿瘤微环境及其与基质的相互作用 | 研究对象为黑色素瘤脑膜病及与之匹配的额外颅外转移组织 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 空间转录组学 | NA | 组织样本 | 两名患者的九个组织样本 |
| 12334 | 2024-08-04 |
Glycoengineering-based anti-PD-1-iRGD peptide conjugate boosts antitumor efficacy through T cell engagement
2024-Jun-18, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101590
PMID:38843844
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研究论文 | 该文章介绍了一种通过糖工程方法合成的抗PD-1-iRGD肽共轭物，能够增强抗肿瘤效能 | 通过双重靶向同时激活肿瘤细胞和PD-1 T细胞，实现肿瘤特异性T细胞激活和增殖，具有创新性 | 在研究中没有提及具体的临床应用或长期安全性评估 | 研究目标是提升肿瘤免疫治疗的效果 | 主要研究对象为抗PD-1-iRGD肽共轭物及其在小鼠模型中的应用 | 肿瘤学 | 癌症 | 糖工程 | NA | 流式细胞术和单细胞RNA-seq数据 | 在多个同系小鼠模型中进行了实验 |
| 12335 | 2024-08-04 |
Single-cell multiomics profiling reveals heterogeneous transcriptional programs and microenvironment in DSRCTs
2024-Jun-18, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101582
PMID:38781959
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研究论文 | 本研究揭示了DSRCT肿瘤细胞的异质转录程序和微环境特征 | 首次利用单细胞多组学分析展示了DSRCT细胞在转录程序上的多样性及其与微环境的关系 | 样本数量有限，仅研究了五位患者的12个样本，可能影响结果的广泛适用性 | 探讨DSRCT肿瘤细胞的转录程序多样性及其微环境影响 | 对DSRCT患者的肿瘤细胞进行单细胞多组学分析 | 数字病理学 | 肿瘤 | 单细胞多组学 | NA | 转录组数据 | 来自五位患者的12个肿瘤样本 |
| 12336 | 2024-08-04 |
Distinctive multicellular immunosuppressive hubs confer different intervention strategies for left- and right-sided colon cancers
2024-Jun-18, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101589
PMID:38806057
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研究论文 | 本文探讨了左侧和右侧结肠癌的免疫抑制特征和干预策略的差异 | 提出了左侧和右侧结肠癌特定的转录组表达元程序，揭示了其独特的细胞相互作用 | 研究可能未考虑所有潜在的肿瘤微环境因素的影响 | 研究左侧和右侧结肠癌在临床和分子特征上的差异 | 分析了来自105名结肠癌患者的426,863个单细胞转录组数据 | 数字病理学 | 结肠癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 来自105名结肠癌患者的426,863个单细胞 |
| 12337 | 2024-08-05 |
Venetoclax acts as an immunometabolic modulator to potentiate adoptive NK cell immunotherapy against leukemia
2024-Jun-18, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101580
PMID:38776913
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研究论文 | 这篇文章报告了venetoclax作为免疫代谢调节剂的作用，通过增强NK细胞对急性髓性白血病的细胞毒性来提升NK细胞免疫疗法的效果 | 发现venetoclax不仅抑制BCL-2，还能激活NK细胞并提高其对AML细胞的亲和力 | 未足够探讨venetoclax在不同类型肿瘤中的应用和长期效果 | 研究venetoclax如何通过调节NK细胞功能来增强癌症免疫疗法的效果 | NK细胞和急性髓性白血病(AML)细胞 | 数字病理学 | 急性髓性白血病 | bulk和单细胞RNA测序，亲和力测量和功能测试 | NA | 细胞 | NA |
| 12338 | 2024-08-05 |
scRank infers drug-responsive cell types from untreated scRNA-seq data using a target-perturbed gene regulatory network
2024-Jun-18, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101568
PMID:38754419
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研究论文 | 本文介绍了scRank，它通过未处理的单细胞转录组数据推断药物响应性细胞类型 | 创新性地采用目标扰动基因调控网络，通过 in silico 药物扰动排名药物响应性细胞群体 | 未提及具体的模型限制 | 旨在识别药物响应性细胞群体以阐明药物作用机制 | 药物响应性细胞类型以及其在不同疾病中的作用 | 数字病理学 | 脑瘤，重度抑郁障碍，心肌梗死 | 单细胞转录组测序 | NA | 未处理的单细胞转录组数据 | 模拟数据集和真实数据集，包括脑瘤和重度抑郁障碍的样本 |
| 12339 | 2024-08-05 |
Single-cell signatures identify microenvironment factors in tumors associated with patient outcomes
2024-Jun-17, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100799
PMID:38889686
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研究论文 | 本文介绍了一种工具scBeacon，通过单细胞RNA测序数据识别肿瘤微环境因素与患者结果的关系 | 创新点在于通过整合和聚类多个单细胞RNA测序数据集提取细胞类型特征，进而解构无关肿瘤数据集 | 本文未提及具体的局限性 | 研究肿瘤及其微环境在患者生存和治疗反应中的作用 | 重点研究TCGA（癌症基因组图谱）队列中的肿瘤样本 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | 多个单细胞RNA测序数据集 |
| 12340 | 2024-08-05 |
GENIX enables comparative network analysis of single-cell RNA sequencing to reveal signatures of therapeutic interventions
2024-Jun-17, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100794
PMID:38861988
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研究论文 | 该文章介绍了GENIX，这一计算框架超越了差异表达分析，能够构建基因关联网络并识别拓扑特征基因 | GENIX能够识别经典差异表达分析遗漏的特征基因，扩展了精准医疗中的目标基因发现范围 | 可能未提及具体的算法细节和真实数据集限制 | 研究单细胞RNA测序对治疗干预的细胞反应的理解 | 利用GENIX分析合成和实验数据集，包括从康复COVID-19患者的外周血单核细胞中分析流感疫苗诱导的免疫反应 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 网络模型 | 数据集 | 使用合成和实验数据集 |