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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 12301 | 2025-10-07 |
Benchmarking single-cell hashtag oligo demultiplexing methods
2023-Dec, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqad086
PMID:37829177
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研究论文 | 本研究对七种单细胞哈希寡核苷酸(HTO)解复用工具进行了性能评估和比较 | 首次使用遗传变异数据作为'地面真实值'来系统评估HTO解复用工具的性能 | 研究结果可能受限于所使用的特定数据集和实验条件 | 评估和比较单细胞HTO解复用方法的准确性和可靠性 | 七种HTO解复用工具(hashedDrops, HTODemux, GMM-Demux, demuxmix, deMULTIplex, BFF, HashSolo) | 单细胞测序数据分析 | NA | 单细胞RNA测序, 哈希寡核苷酸标记 | NA | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 12302 | 2025-10-07 |
Spatial transcriptomic interrogation of the murine bone marrow signaling landscape
2023-11-06, Bone research
IF:14.3Q1
DOI:10.1038/s41413-023-00298-1
PMID:37926705
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研究论文 | 本研究结合空间转录组学和单细胞RNA测序技术,探索小鼠骨髓中骨骼干细胞和祖细胞的信号调控网络 | 首次将空间转录组学应用于完全矿化组织,并开发结合空间和单细胞转录组学的分析方法 | 研究仅限于成年小鼠股骨组织,尚未验证于其他物种或病理条件 | 解析骨骼干细胞和祖细胞在骨髓微环境中的空间分布和调控机制 | 成年小鼠股骨中的骨骼干细胞和祖细胞及其微环境 | 空间转录组学 | 骨骼疾病 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序, 多重反卷积分析 | 预测建模流程 | 空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | 成年小鼠股骨样本 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 12303 | 2025-10-07 |
Elimination of senescent cells by treatment with Navitoclax/ABT263 reverses whole brain irradiation-induced blood-brain barrier disruption in the mouse brain
2023-10, GeroScience
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s11357-023-00870-x
PMID:37642933
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研究论文 | 本研究通过Navitoclax/ABT263清除衰老细胞,逆转全脑照射导致的小鼠血脑屏障破坏 | 首次证明清除衰老内皮细胞可逆转辐射引起的血脑屏障破坏 | 样本量有限,仅在小鼠模型中进行研究 | 探究全脑照射诱导内皮细胞衰老与血脑屏障破坏的因果关系 | 转基因p16-3MR小鼠 | 神经科学 | 脑转移瘤 | 双光子显微镜、成像流式细胞术、免疫标记、单细胞RNA测序 | 动物模型 | 图像、序列数据 | 转基因小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 12304 | 2025-10-07 |
Accelerated cerebromicrovascular senescence contributes to cognitive decline in a mouse model of paclitaxel (Taxol)-induced chemobrain
2023-07, Aging cell
IF:8.0Q1
DOI:10.1111/acel.13832
PMID:37243381
|
研究论文 | 本研究探讨了紫杉醇诱导的脑血管内皮细胞衰老在化疗脑认知功能下降中的作用机制 | 首次证明紫杉醇诱导的脑血管内皮细胞衰老是化疗脑的关键致病机制,并通过遗传和药理学方法清除衰老细胞逆转了认知功能障碍 | 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人类患者中验证 | 阐明紫杉醇诱导认知功能障碍的分子机制并探索潜在治疗策略 | 转基因p16-3MR小鼠 | 神经科学 | 化疗相关认知障碍 | 流式细胞术,单细胞转录组测序 | NA | 生理功能数据,分子生物学数据,行为学数据 | 转基因小鼠模型 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | NA |
| 12305 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA sequencing identifies senescent cerebromicrovascular endothelial cells in the aged mouse brain
2020-04, GeroScience
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s11357-020-00177-1
PMID:32236824
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术识别了老年小鼠大脑中的衰老脑血管内皮细胞 | 首次在野生型衰老小鼠模型中利用单细胞RNA测序技术识别和量化衰老的脑血管内皮细胞 | 研究仅限于小鼠模型,需要在其他物种和人类样本中验证 | 检测衰老小鼠大脑中衰老内皮细胞的存在并评估其比例 | 年轻(3月龄)和老年(28月龄)C57BL/6小鼠的脑血管内皮细胞和神经血管单元相关细胞 | 单细胞基因组学 | 血管性认知障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 4233个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 12306 | 2025-01-07 |
Integrative transcriptome analysis reveals Serpine2 promotes glomerular mesangial cell proliferation and extracellular matrix accumulation via activating ERK1/2 signalling pathway in diabetic nephropathy
2025-Feb, Diabetes, obesity & metabolism
DOI:10.1111/dom.16069
PMID:39557806
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研究论文 | 本文通过整合转录组分析揭示了Serpine2通过激活ERK1/2信号通路促进糖尿病肾病中肾小球系膜细胞增殖和细胞外基质积累的机制 | 首次通过整合批量数据集和单细胞转录组数据集,发现Serpine2在糖尿病肾病中的关键作用,并揭示了其通过ERK1/2信号通路调控的分子机制 | 研究主要基于动物模型和细胞模型,尚未在人类患者中进行验证 | 探索糖尿病肾病的发病机制,特别是Serpine2在其中的作用 | 糖尿病肾病模型中的肾小球系膜细胞和细胞外基质 | 生物信息学 | 糖尿病肾病 | 转录组分析、Western blotting、免疫荧光染色 | db/db小鼠模型、肾小球系膜细胞模型 | 转录组数据、蛋白质表达数据 | db/db小鼠和肾小球系膜细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 12307 | 2025-01-07 |
Targeting MAPK14 in microglial cells: neuroimmune implications of Panax ginseng in post-stroke inflammation
2025-Jan-06, The Journal of pharmacy and pharmacology
IF:2.8Q2
DOI:10.1093/jpp/rgae067
PMID:38902954
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研究论文 | 本研究探讨了人参和三七皂苷(PNS)通过分子机制减轻缺血性中风后的神经炎症损伤并促进神经修复 | 揭示了Ginsenoside-Rc通过调节MAPK14活性抑制神经炎症的创新机制 | 研究主要基于实验模型,尚未进行临床试验验证 | 阐明人参和三七皂苷在缺血性中风后神经炎症损伤中的作用及其分子机制 | 小胶质细胞和神经炎症反应 | 神经科学 | 中风 | 单细胞测序、转录组分析、基因集富集分析、加权基因共表达网络分析 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 12308 | 2025-01-07 |
A pan-immune panorama of bacterial pneumonia revealed by a large-scale single-cell transcriptome atlas
2025-Jan-06, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-024-02093-8
PMID:39757231
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研究论文 | 本文通过大规模单细胞转录组图谱揭示了细菌性肺炎的全免疫全景 | 首次使用单细胞RNA测序技术对444,146个支气管肺泡灌洗液细胞进行分析,揭示了细菌性肺炎中免疫反应的异质性及其与疾病严重程度的关系 | 样本量相对较小,仅包括74名个体,且未涵盖所有可能的细菌性肺炎亚型 | 深入了解细菌性肺炎的发病机制,寻找潜在的治疗靶点 | 74名个体,包括58名轻度(n=22)和重度(n=36)细菌性肺炎患者以及16名健康捐赠者 | 数字病理学 | 细菌性肺炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 444,146个支气管肺泡灌洗液细胞,来自74名个体 | NA | NA | NA | NA |
| 12309 | 2025-01-07 |
Single-cell RNA-sequencing and genome-wide Mendelian randomisation along with abundant machine learning methods identify a novel B cells signature in gastric cancer
2025-Jan-06, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-01759-1
PMID:39760915
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和全基因组孟德尔随机化结合多种机器学习方法,识别出胃癌中的一种新型B细胞特征 | 结合单细胞RNA测序、孟德尔随机化和机器学习方法,识别出胃癌中的新型B细胞特征,并发现NFKBIE作为潜在的生物标志物和治疗靶点 | 研究依赖于公开数据库的数据,可能存在样本选择偏差 | 识别胃癌中的新型B细胞特征,并探索其作为生物标志物和治疗靶点的潜力 | 胃癌患者的单细胞RNA测序数据和批量RNA测序数据 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、批量RNA测序、孟德尔随机化、机器学习 | 机器学习集成方法 | RNA测序数据 | 从GEO数据库获取的单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 12310 | 2025-01-07 |
Optimized methods for scRNA-seq and snRNA-seq of skeletal muscle stored in nucleic acid stabilizing preservative
2025-Jan-04, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-07445-2
PMID:39755918
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研究论文 | 本文开发了一种从保存在Allprotect®组织试剂中的人类骨骼肌中获取高质量细胞和细胞核的协议,用于单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单核RNA测序(snRNA-seq) | 开发了一种从存档组织中获取高质量单细胞基因组材料的新协议,解决了国际多中心研究和存档组织研究中新鲜起始材料的障碍 | 流式细胞仪分选虽然成功富集了更高质量的细胞和细胞核,但导致输入材料总体减少 | 优化从存档骨骼肌组织中获取高质量单细胞和单核RNA测序材料的方法 | 人类骨骼肌组织 | 单细胞测序 | NA | scRNA-seq, snRNA-seq | NA | RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 12311 | 2025-01-07 |
The molecular mechanism of gemcitabine in inhibiting the HIF-1α/VEGFB/FGF2/FGFR1 signaling pathway for ovarian cancer treatment
2025-Jan-03, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-024-01723-5
PMID:39752011
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研究论文 | 本研究通过分析卵巢癌单细胞RNA测序数据和吉西他滨治疗后的转录组数据,揭示了缺氧诱导因子1α(HIF-1α)在调节治疗过程中的关键作用 | 揭示了HIF-1α在吉西他滨治疗卵巢癌中的分子机制,特别是其通过调节VEGF-B表达抑制FGF2/FGFR1信号通路的角色 | 研究主要基于体外实验,需要进一步的体内实验验证 | 探索吉西他滨治疗卵巢癌的分子机制 | 卵巢癌细胞 | 分子生物学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),转录组分析 | NA | RNA测序数据,转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 12312 | 2025-01-07 |
Machine learning based identification of an amino acid metabolism related signature for predicting prognosis and immune microenvironment in pancreatic cancer
2025-Jan-03, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-024-13374-4
PMID:39754071
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研究论文 | 本研究通过整合10种机器学习算法,识别出与胰腺癌预后和免疫微环境相关的氨基酸代谢特征,并验证了其在不同队列中的有效性 | 结合10种机器学习方法,首次识别出基于4个基因的氨基酸代谢特征,并揭示了其与胰腺癌预后、免疫微环境及治疗反应的关联 | 研究依赖于机器学习算法的组合,可能存在模型选择和参数优化的局限性 | 探索氨基酸代谢特征在胰腺癌预后和免疫微环境中的作用 | 胰腺癌患者 | 机器学习 | 胰腺癌 | 机器学习算法、GSEA、TMB分析、药物敏感性分析、CIBERSORT、ssGSEA、单细胞转录组学、qPCR、免疫组化 | 多种机器学习算法组合 | 基因表达数据、单细胞转录组数据、临床数据 | 内部和外部队列的胰腺癌患者样本 | NA | NA | NA | NA |
| 12313 | 2025-01-07 |
Potential role of P4HB in the tumor microenvironment and its clinical prognostic value: a comprehensive pan-cancer analysis and experimental validation with a focus on KIRC
2025-Jan-03, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-024-03575-z
PMID:39754183
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研究论文 | 本文通过全面的泛癌分析和实验验证,探讨了P4HB在肿瘤微环境中的潜在作用及其在肾透明细胞癌(KIRC)中的临床预后价值 | 首次全面分析了P4HB在泛癌中的表达及其与肿瘤微环境的关系,并通过实验验证了P4HB在肾透明细胞癌中的致癌作用 | 研究主要基于TCGA和HPA数据库,实验验证仅限于肾透明细胞癌细胞,未涉及其他癌症类型 | 探讨P4HB在肿瘤微环境中的作用及其在肾透明细胞癌中的临床预后价值 | 泛癌数据及肾透明细胞癌细胞 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞测序、免疫细胞浸润分析、集落形成实验、伤口愈合实验 | NA | RNA和蛋白质表达数据 | TCGA数据库中的泛癌数据及肾透明细胞癌细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 12314 | 2025-01-07 |
The Kidney Precision Medicine Project and Single-Cell Biology of the Injured Proximal Tubule
2025-Jan, The American journal of pathology
DOI:10.1016/j.ajpath.2024.09.006
PMID:39332674
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序(scRNA-seq)在健康和疾病状态下近端小管亚型理解中的主要进展,并介绍了肾脏精准医学项目的scRNA-seq图谱中定义的主要细胞状态 | 通过整合肾脏精准医学项目与其他重要研究的scRNA-seq数据,明确了近端小管细胞在损伤和再生过程中的关键转录组标记 | 不同研究可能使用不同的命名法或聚类分辨率来定义细胞状态亚型,可能导致数据整合和比较的复杂性 | 理解近端小管细胞在损伤和再生过程中的关键转录组标记 | 近端小管细胞 | 精准医学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 12315 | 2025-01-07 |
Aspiration of acidified milk induces milk allergy by activating alveolar macrophages in mice
2025-Jan, Allergology international : official journal of the Japanese Society of Allergology
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.alit.2024.08.001
PMID:39209584
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研究论文 | 本研究通过开发一种新型小鼠模型,探讨了胃食管反流(GER)在牛奶过敏(CMA)发展中的潜在致病机制,并阐明了肺部先天免疫与CMA之间的免疫学联系 | 开发了一种利用天然抗原并遵循生理性气道致敏途径的新型小鼠模型,命名为酸化牛奶吸入诱导过敏模型,该模型可能更接近临床场景 | 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人体中验证 | 探讨胃食管反流在牛奶过敏发展中的作用及其免疫学机制 | 小鼠 | 免疫学 | 牛奶过敏 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 小鼠模型 | RNA测序数据 | 未明确提及具体样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 12316 | 2025-01-07 |
TPD52 as a Therapeutic Target Identified by Machine Learning Shapes the Immune Microenvironment in Breast Cancer
2025-Jan, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70333
PMID:39757112
|
研究论文 | 本研究利用机器学习方法探讨了肿瘤蛋白D52(TPD52)在乳腺癌中作为关键免疫调节因子的作用 | 通过机器学习方法识别TPD52作为乳腺癌免疫微环境的关键调节因子,并结合单细胞RNA测序和体外验证进行研究 | 未提及具体样本量,可能限制了结果的普适性 | 探讨TPD52在乳腺癌免疫微环境中的作用及其作为治疗靶点的潜力 | 乳腺癌及其免疫微环境 | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 12317 | 2025-01-07 |
Prognostic model based on M2 macrophage-related signatures for predicting outcomes, enhancing risk stratification, and providing therapeutic insights in diffuse large B-cell lymphoma
2024-Dec-30, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e41007
PMID:39759325
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研究论文 | 本研究提出了一种基于M2巨噬细胞相关基因的预测模型,用于对新诊断的弥漫大B细胞淋巴瘤(DLBCL)患者进行风险分层、预后预测和免疫特征评估 | 利用M2巨噬细胞相关基因构建预测模型,提供新的治疗选择和风险分层方法 | 研究依赖于公开数据库的数据,可能受到数据质量和样本量的限制 | 开发一种预测模型,用于DLBCL患者的风险分层和预后预测 | 新诊断的DLBCL患者 | 数字病理学 | 淋巴瘤 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | Cox回归, LASSO回归 | 基因表达数据, 临床信息 | 来自TCGA和GEO数据库的DLBCL患者数据 | NA | NA | NA | NA |
| 12318 | 2025-01-07 |
The network structural entropy for single-cell RNA sequencing data during skin aging
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae698
PMID:39757115
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序数据分析皮肤老化过程中的基因网络,引入网络结构熵来量化老化过程中基因网络的复杂性 | 引入网络结构熵来量化老化过程中基因网络的复杂性,并发现老化细胞中的整体网络结构熵增加 | 未提及具体局限性 | 理解老化过程中细胞功能变化的分子机制 | 单细胞RNA测序数据中的基因网络 | 生物信息学 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序 | 随机游走模型 | 基因表达数据 | 超过15,000个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 12319 | 2025-01-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals the changes of the pulmonary immune environment in rat after Siegesbeckia orientalis L. treatment
2024-Nov, Journal of pharmaceutical analysis
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.jpha.2024.101035
PMID:39759974
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术,揭示了东方泽兰治疗后大鼠肺部免疫环境的变化 | 使用单细胞RNA测序技术详细分析东方泽兰治疗对大鼠肺部免疫环境的影响 | NA | 研究东方泽兰治疗对大鼠肺部免疫环境的影响 | 大鼠肺部免疫环境 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 12320 | 2025-01-07 |
Single-cell and spatial transcriptomics analysis of non-small cell lung cancer
2024-May-23, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-48700-8
PMID:38782901
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研究论文 | 本研究通过单细胞和空间转录组学分析,探讨了非小细胞肺癌中的肿瘤生态系统,特别是髓系细胞的作用 | 揭示了肿瘤中抗炎性巨噬细胞与NK细胞/T细胞之间的反向关系,以及巨噬细胞在肿瘤中的转录重编程现象 | 样本量相对较小,仅包括25名未接受治疗的患者 | 研究非小细胞肺癌肿瘤生态系统中的免疫细胞类型及其作用 | 25名未接受治疗的腺癌和鳞状细胞癌患者 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | 单细胞数据, 空间转录组数据 | 约900,000个细胞,来自25名患者 | NA | NA | NA | NA |