单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
12221	2024-08-04	Epigenetic landscape reveals MECOM as an endothelial lineage regulator 2023-04-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-38002-w PMID:37185814	研究论文	这篇文章系统地研究了内皮细胞谱系的表观遗传图谱，并确定MECOM作为内皮细胞谱系调节因子	文章创新性地识别了MECOM作为内皮细胞谱系的主要调节因子，并揭示了其在细胞身份基因调控中的作用	文章未提及具体的限制因素	研究内皮细胞谱系特化的表观遗传机制以促进心血管再生医学的进展	研究对象为来源于诱导多能干细胞的内皮细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序 (Single-cell RNA-Seq), Hi-C, DNase-Seq, ChIP-Seq, RNA-Seq	NA	基因组数据	使用了来自诱导多能干细胞的内皮细胞群体
12222	2024-08-05	Nociceptor neurons affect cancer immunosurveillance 2022-Nov, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-022-05374-w PMID:36323780	研究论文	本研究探讨了疼痛感知神经元对癌症免疫监视的影响	首次揭示了黑色素瘤细胞与痛觉神经元之间的相互作用及其对细胞免疫反应的影响	未能全面探索不同类型肿瘤对疼痛神经元的影响	研究痛觉神经元在肿瘤免疫监视中的作用	主要研究黑色素瘤细胞和肿瘤浸润的细胞	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	小鼠模型	生物样本	研究中使用了多种小鼠和黑色素瘤患者的活检样本
12223	2024-08-05	Fibroblast Heterogeneity in Healthy and Wounded Skin 2022-Jun-06, Cold Spring Harbor perspectives in biology IF:6.9Q1 DOI:10.1101/cshperspect.a041238 PMID:35667795	研究论文	本文讨论了健康和受伤皮肤中的成纤维细胞异质性。	利用单细胞测序技术，揭示了小鼠和人类皮肤中成纤维细胞的不同亚群体，并比较了其转录组特征。	未提及具体的局限性	研究成纤维细胞异质性对生理愈合及其在病理状态下的影响。	小鼠和人类的成纤维细胞。	数字病理	NA	单细胞测序	NA	细胞	使用了多种细胞群体，具体样本数量未提及
12224	2024-08-05	Systematic single-cell analysis provides new insights into heterogeneity and plasticity of the pancreas 2017-09, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2017.06.021 PMID:28951822	综述	该综述探讨了单细胞分析在胰腺细胞类型背景下的内源性β细胞再生机制的最新文献	介绍了单细胞技术如何提供胰腺内部细胞异质性的高分子分辨率	相关信息未指明具体的研究限制	旨在系统地表征和解开所有胰腺细胞类型的转录程序	关注胰腺中不同细胞类型的再生潜力	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序, 单细胞质谱细胞分析, 流式细胞术	NA	NA	NA
12225	2024-08-07	Alveolar macrophage-CD8 T cell interactions after acute lung allograft dysfunction: Insights from single-cell RNA sequencing 2024-Jul, The Journal of heart and lung transplantation : the official publication of the International Society for Heart Transplantation DOI:10.1016/j.healun.2024.03.003 PMID:38490571	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
12226	2024-08-04	Dynamic Single-Cell RNA-Seq reveals mechanism of Selinexor-Resistance in Chronic myeloid leukemia 2024-Jun-15, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.112212 PMID:38728882	研究论文	本研究揭示了慢性髓性白血病中Selinexor耐药的机制	首次通过动态单细胞RNA测序分析慢性髓性白血病中selinexor耐药相关的基因表达变化	本研究仅限于K562细胞系，可能无法完全代表所有CML中的耐药性	探讨慢性髓性白血病中selinexor的耐药机制	建立了对selinexor耐药的K562细胞系	数字病理学	慢性髓性白血病	动态单细胞RNA测序	NA	RNA	对亲本和耐药细胞群体进行了多样性分析
12227	2024-08-05	Heterogeneity of myeloid cells in common cancers: Single cell insights and targeting strategies 2024-Jun-15, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.112253 PMID:38735257	综述	本文全面概述了高发癌症中髓系细胞的异质性及其靶向策略	通过单细胞RNA测序技术，建立了新亚群体和靶点，提供了对髓系细胞异质性的深入理解	研究主要基于文献综述，缺乏实证研究数据支撑	理解髓系细胞在肿瘤微环境中的异质性及其潜在的靶向治疗策略	高发癌症中的髓系细胞亚群体及其功能	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
12228	2024-08-05	TM-Score predicts immunotherapy efficacy and improves the performance of the machine learning prognostic model in gastric cancer 2024-Jun-15, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.112224 PMID:38723370	研究论文	本研究提出了一种新颖的TM-Score评分，以预测胃癌患者的免疫治疗效果并提高机器学习预后模型的性能	研究结合肿瘤突变负担和主要组织相容性复合体相关中心基因建立了TM-Score，显示出优于传统预测指标的性能	研究的限制未在摘要中详细描述	优化与胃癌免疫治疗相关的患者筛选	胃癌患者	数字病理学	胃癌	RNA-seq和scRNA-seq	机器学习模型	基因表达数据	NA
12229	2024-08-05	Syngeneic murine models with distinct immune microenvironments represent subsets of human intrahepatic cholangiocarcinoma 2024-Jun, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2024.02.008 PMID:38458319	研究论文	本研究开发并表征了具有不同遗传驱动的免疫能力强的CCA小鼠模型，以探讨肿瘤基因组学、免疫生物学与治疗反应间的关联	建立了一种遗传小鼠模型以模拟人类肝内胆管癌，并展示了肿瘤基因型与免疫微环境表型之间的关联	研究没有详细说明样本的具体数量和来源	理解肿瘤基因型与肿瘤免疫微环境特征之间的关系	肝内胆管癌的免疫能力强的小鼠模型	数字病理学	NA	scRNA-seq，CITE-seq，整体外显子和大量RNA测序	小鼠模型	基因组数据，转录组数据	NA
12230	2024-08-05	Single-cell transcriptome atlas reveals somatic cell embryogenic differentiation features during regeneration 2024-May-31, Plant physiology IF:6.5Q1 DOI:10.1093/plphys/kiae107 PMID:38401160	研究论文	该文章研究了在植物再生过程中，体细胞胚胎发生中的细胞分化特征。	研究揭示了棉花体细胞胚胎发生中的标记基因调控模式，并识别出特定的细胞群体和新型基因。	研究主要集中在棉花样本上，可能不适用于其他植物类型的细胞分化研究。	探索植物再生过程中的体细胞全能性及其分化特征。	研究体细胞胚胎发生过程中的不同细胞群体和基因表达。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	样本包括了非胚胎性愈伤组织和初级胚胎性愈伤组织的异质细胞
12231	2024-08-05	Single-cell RNA sequencing reveals the expansion of circulating tissue-homing B cell subsets in secondary acute dengue viral infection 2024-May-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e30314 PMID:38818157	研究论文	本研究分析了登革病毒感染患者外周血中B细胞亚群的变化	首次揭示了二次登革病毒感染中循环组织归巢B细胞亚群的扩增	仅分析了来自登革病毒感染患者的外周血样本，不包括其他部位的B细胞	探讨组织归巢B细胞在登革病毒感染中的抗病毒免疫作用	登革病毒感染患者的B细胞亚群	数字病理学	登革热	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	文本	从登革病毒感染患者中获取的外周血样本
12232	2024-08-05	Advancing skeletal health and disease research with single-cell RNA sequencing 2024-May-30, Military Medical Research IF:16.7Q1 DOI:10.1186/s40779-024-00538-3 PMID:38816888	综述	本文综述了单细胞RNA测序在骨骼健康和疾病研究中的应用。	提供了一种获得高质量骨骼组织单细胞的简化方法，揭示了关节疾病的新见解。	在高度矿化的骨骼组织中，单细胞级别机制的研究面临技术挑战。	研究骨骼健康和疾病的细胞和分子层面的机制。	主要研究脊椎、关节、骨骼、肌肉和腱相关的疾病。	数字病理学	关节疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞数据	NA
12233	2024-08-05	An amphioxus neurula stage cell atlas supports a complex scenario for the emergence of vertebrate head mesoderm 2024-May-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-48774-4 PMID:38811547	研究论文	本研究构建了头索动物神经胚阶段的细胞图谱，以支持脊椎动物头部中胚层出现的复杂情境	通过使用scRNA-seq构建细胞图谱，验证了头索动物中存在的前脊板样区域，并支持了特定细胞群体的同源性	未明确说明研究的局限性	探讨脊椎动物形态创新的出现与新胚胎细胞种群的关系	头索动物的胚胎细胞群体	数字病理学	NA	scRNA-seq	NA	转录组数据	NA
12234	2024-08-04	Next-Generation Sequencing-Based Spatial Transcriptomics: A Perspective from Barcoding Chemistry 2024-May-27, JACS Au IF:8.5Q1 DOI:10.1021/jacsau.4c00118 PMID:38818076	评论	这篇文章探讨了基于下一代测序的空间转录组学方法及其条形码化学的进展	强调了空间条形码化学在空间转录组学中的重要性和创新应用	该文章未深入探讨特定实验结果或案例	旨在揭示细胞类型、位置及其相互作用相关的基因表达特征	关注空间转录组技术及其应用于生物学和医学研究	数字病理学	肿瘤	下一代测序	NA	转录组数据	NA
12235	2024-08-04	Single-cell sequencing technology in diabetic wound healing: New insights into the progenitors-based repair strategies 2024-May-26, World journal of stem cells IF:3.6Q3 DOI:10.4252/wjsc.v16.i5.462 PMID:38817326	研究论文	本文章集中于单细胞RNA测序技术在糖尿病伤口愈合中的应用，探讨基于祖细胞的修复策略	揭示了基于祖细胞的修复策略并强调了不同愈合相关细胞的生物行为和信号通路的变化	未提及具体的实验数据或样本分析	揭示糖尿病伤口愈合的复杂生物学并为干预提供新的目标	糖尿病伤口中的祖细胞及其在愈合过程中的角色	数字病理学	糖尿病相关疾病	单细胞RNA测序	NA	细胞和分子层面的数据	NA
12236	2024-08-04	SpaNCMG: improving spatial domains identification of spatial transcriptomics using neighborhood-complementary mixed-view graph convolutional network 2024-May-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae259 PMID:38811360	研究论文	本文提出了一种SpaNCMG算法，以提高空间转录组学中的空间域识别准确性	提出基于邻域互补混合视图图卷积网络的算法，有效整合KNN的局部信息与r半径的全局结构	处理高维数据时可能存在计算复杂度和噪声影响的挑战	旨在实现空间域的精确描述和定位	通过五个数据集与四个测序平台的应用测试算法性能	数字病理学	NA	KPCA	图卷积网络	转录组数据	五个数据集
12237	2024-08-04	COPD basal cells are primed towards secretory to multiciliated cell imbalance driving increased resilience to environmental stressors 2024-May-20, Thorax IF:9.0Q1 DOI:10.1136/thorax-2022-219958 PMID:38286613	研究论文	本文探讨了慢性阻塞性肺病(COPD)基底细胞的转变如何导致分泌细胞与多纤毛细胞之间的不平衡，从而增强对环境压力的抵御能力	本研究揭示了COPD不同阶段基底细胞基因改变对气管上皮细胞组成的影响及其在应对环境纳米颗粒中的作用	研究样本量有限，仅包括少数COPD和健康个体的细胞	研究COPD患者气管上皮细胞对环境纳米颗粒的反应机制	主要人类支气管上皮细胞(pHBECs)的不同COPD阶段和健康个体	数字病理学	慢性阻塞性肺病	单细胞转录组分析	NA	细胞文化	总样本量为11，包括4个COPD-IV, 3个COPD-II和4个健康个体
12238	2024-08-04	Understanding glioblastoma at the single-cell level: Recent advances and future challenges 2024-May, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3002640 PMID:38814900	研究论文	这篇文章讨论了胶质母细胞瘤在单细胞水平上的研究进展及面临的挑战	文章揭示了单细胞转录组学在研究胶质母细胞瘤的遗传和分子特征方面的新见解	挑战包括高成本、复杂的数据分析与解读，以及将研究成果转化为临床实践的困难	全面理解胶质母细胞瘤的细胞与分子异质性	胶质母细胞瘤的单细胞级别特征	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	NA	NA
12239	2024-08-04	Periportal macrophages protect against commensal-driven liver inflammation 2024-May, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07372-6 PMID:38658756	研究论文	本文研究了肝脏门静脉区域的巨噬细胞如何保护肝脏免受常驻细菌引发的炎症影响。	揭示了肝脏不同区域的免疫系统功能差异，并发现了由肠道微生物诱导的免疫抑制性巨噬细胞的特定亚群。	未明确指出研究的局限性	探讨肝脏门静脉区免疫抑制机制及其在慢性肝炎症中的作用。	功能性特异性巨噬细胞以及与肠道微生物的相互作用。	数字病理学	非酒精性脂肪性肝炎，原发性硬化性胆管炎	单细胞转录组学，体内成像	动物实验模型	NA	NA
12240	2024-08-04	Single-nucleotide variant calling in single-cell sequencing data with Monopogen 2024-May, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-01873-x PMID:37592035	研究论文	本文介绍了Monopogen，一种用来从单细胞测序数据中检测单核苷酸变异的计算工具。	Monopogen结合了群体遗传学、细胞谱系追踪和单细胞组学，能够识别与心肌细胞代谢水平和表观基因组程序相关的变异，并提高了体细胞SNV的检测。	NA	研究单细胞组学技术如何依赖于细胞的遗传背景进行转录和表观遗传特征的分子表征。	检测单细胞测序数据中的单核苷酸变异。	数字病理学	心血管疾病	单细胞测序	NA	基因组数据	能够识别10万个至300万个生殖系SNV