单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27536 篇文献，本页显示第 12201 - 12220 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 12201 | 2024-08-05 |
scBSP: A fast and accurate tool for identifying spatially variable genes from spatial transcriptomic data
2024-May-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.06.592851
PMID:38765956
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研究论文 | 介绍了一种名为scBSP的工具，该工具用于从空间转录组数据中识别空间可变基因 | scBSP通过稀疏矩阵操作显著提高了计算效率，能够在短时间内处理大规模空间转录组数据 | NA | 提高从空间转录组数据中识别空间可变基因的效率和准确性 | 空间转录组数据中的空间可变基因 | 数字病理学 | NA | 空间转录组数据 | NA | 基因表达数据 | 处理了19,950个基因在181,367个点上的数据 |
| 12202 | 2024-08-04 |
Unraveling the genetic architecture of blood unfolded p-53 among non-demented elderlies: novel candidate genes for early Alzheimer's disease
2024-May-03, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-024-10363-6
PMID:38702606
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研究论文 | 本文探讨了与血液U-p53相关的遗传变异，以识别早期阿尔茨海默病相关的新基因。 | 首次通过GWAS研究血液U-p53，揭示了与早期阿尔茨海默病相关的新基因座和通路。 | 样本仅限于健康和轻度认知受损个体，可能限制了结果的广泛适用性。 | 旨在识别血液U-p53相关的遗传变异，以促进早期阿尔茨海默病的诊断。 | 研究对象为484名来自ADNI队列的健康与轻度认知受损个体。 | 遗传学 | 阿尔茨海默病 | 基因组关联研究（GWAS） | NA | 血液数据 | 484名健康和轻度认知受损个体 |
| 12203 | 2024-08-05 |
Methods to Enable Spatial Transcriptomics of Bone Tissues
2024-May-03, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/66850
PMID:38767376
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研究论文 | 本文描述了一种处理新鲜骨组织样本以生成空间转录组学数据的方法 | 提出了一种新方法，通过去钙处理保持组织形态学细节，成功生成高质量的空间转录组数据 | 该方法对硬组织的应用仍然面临挑战，可能不是所有硬组织样本均适用 | 研究空间转录组学在骨组织分析中的应用 | 新鲜获得的骨组织样本和来自组织库的甲醇包埋样本 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 空间转录组学 | NA | 组织样本 | 来自骨肉瘤的原发肿瘤和肺转移样本的组织库样本 |
| 12204 | 2024-08-05 |
Molecular mechanism of radiation tolerance in lung adenocarcinoma cells using single-cell RNA sequencing
2024-May, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.18378
PMID:38760895
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研究论文 | 本文探讨了肺腺癌细胞对放射治疗耐受性的分子机制。 | 识别了与放射耐受性相关的两个细胞亚群，并探讨了其基因突变的初步情况。 | 研究主要依赖公共数据库的数据，可能存在数据偏差。 | 探索肺腺癌放射耐受性的分子机制，以改善临床治疗效果。 | 聚焦于肺腺癌细胞及其亚群体对放射治疗的反应。 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | 使用多个公共数据库中的单细胞数据 |
| 12205 | 2024-08-07 |
PRPF19 could serve as a prognostic biomarker for patients with bladder cancer: A comprehensive analysis by integrating bulk and single-cell sequencing
2024-May, Asian journal of surgery
IF:3.5Q1
DOI:10.1016/j.asjsur.2024.01.064
PMID:38245411
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 12206 | 2024-08-05 |
DNA G-Quadruplex in NRP1 Promoter Facilitates SARS-CoV-2 Infection
2024-Apr-17, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms25084422
PMID:38674009
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研究论文 | 本文探讨了DNA G-四链体在NRP1启动子中的作用如何促进SARS-CoV-2感染。 | 揭示了G-四链体在SARS-CoV-2感染中的新机制，以及其对NRP1表达和病毒进入细胞的重要性。 | 未详细讨论G-四链体干预的潜在效果及其在不同细胞类型中的普适性。 | 研究G-四链体在宿主因子NRP1启动子中的作用及其对SARS-CoV-2感染的影响。 | 重点研究NRP1启动子中的G-四链体，并分析其对SARS-CoV-2感染的促进作用。 | 数字病理学 | NA | 生物信息学、生化分析和生物学测定 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 从人类支气管上皮细胞中获得的模拟SARS-CoV-2感染的单细胞数据 |
| 12207 | 2024-08-04 |
Upregulation of EMR1 (ADGRE1) by Tumor-Associated Macrophages Promotes Colon Cancer Progression by Activating the JAK2/STAT1,3 Signaling Pathway in Tumor Cells
2024-Apr-16, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms25084388
PMID:38673975
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研究论文 | 本研究探讨了肿瘤相关巨噬细胞如何通过激活JAK2/STAT1,3信号通路促进结肠癌的进展。 | 揭示了EMR1在结肠癌中的作用及其与巨噬细胞的信号相互作用的机制。 | 此研究未探讨其他可能的信号通路对结肠癌进展的影响。 | 研究EMR1及其与巨噬细胞的信号相互作用在结肠癌进展中的作用。 | 肿瘤相关巨噬细胞和结肠癌细胞。 | 数字病理学 | 结肠癌 | 空间转录组学 | NA | 组织样本 | pT3微卫星不稳定结肠癌组织 |
| 12208 | 2024-08-05 |
tauFisher accurately predicts circadian time from a single sample of bulk and single-cell transcriptomic data
2023-Nov-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.04.535473
PMID:37066246
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研究论文 | 本文介绍了tauFisher，这是一种能从单个转录组样本中准确预测生物钟时间的计算管道 | tauFisher通过寻找样本中节律基因之间的相关性，提供了一种新的方法来预测生物钟时间 | 未提及具体的局限性 | 本研究旨在提高对生物钟时间的预测，以促进生物钟医学和研究 | 研究对象是来自多个组织类型和实验设置的转录组数据 | 计算生物学 | NA | 转录组测序 | NA | 转录组数据 | 使用了来自多个组织类型的单个样本 |
| 12209 | 2024-08-05 |
Dendritic Cell Vaccination in Conjunction with a TLR Agonist Polarizes Interferon Immune Responses in Malignant Glioma Patients
2023-Sep-12, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-3287211/v1
PMID:37790490
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研究论文 | 该研究探讨了自体肿瘤溶解物脉冲树突细胞疫苗联合TLR激动剂的免疫疗法在恶性胶质瘤患者中的应用 | 创新点在于首次展示了ATL-DC与TLR激动剂联合使用能够诱导肿瘤患者的干扰素免疫反应的差异 | 研究样本量较小，仅限于23名患者，可能影响结果的普遍适用性 | 研究ATL-DC疫苗与TLR激动剂的最佳组合，评估其对高等级胶质瘤患者的免疫反应影响 | 研究对象为新诊断或复发的WHO三级和四级恶性胶质瘤患者 | 数字病理 | 恶性胶质瘤 | bulk RNAseq和cyTOF分析 | NA | 基因表达数据 | 23名恶性胶质瘤患者 |
| 12210 | 2024-08-04 |
Cis-regulatory control of transcriptional timing and noise in response to estrogen
2024-May-08, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2024.100542
PMID:38663407
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研究论文 | 该研究探讨了顺式调控元件在雌激素响应中的转录时间和噪音控制 | 首次结合使用单细胞RNA测序和机器学习方法，揭示了活跃增强子与基因转录时间和噪音之间的关系 | 对调控特性的综合理解仍不完全，可能需更深入的机制研究 | 研究雌激素对转录水平、时间动态和转录噪音的影响 | 单细胞RNA-seq技术下的雌激素处理细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA-seq | 机器学习 | 基因表达数据 | NA |
| 12211 | 2024-08-05 |
Unified cross-modality integration and analysis of T cell receptors and T cell transcriptomes by low-resource-aware representation learning
2024-May-08, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2024.100553
PMID:38688285
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研究论文 | 提出了UniTCR，一个新的低资源感知的多模态表示学习框架，用于统一跨模态集成。 | 该框架设计了双模态对比学习模块和单模态保留模块，有效地将每种模态嵌入共同的潜在空间。 | 未提及具体的限制条件 | 研究T细胞异质性，通过跨模态数据的整合推动免疫学研究。 | 研究对象为T细胞受体和T细胞转录组。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)和T细胞受体测序(TCR-seq) | 对比学习 | 多模态数据 | 多个配对的scRNA-seq/TCR-seq数据集 |
| 12212 | 2024-08-05 |
What are housekeeping genes?
2022-07, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1010295
PMID:35830477
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研究论文 | 本文探讨了家务基因的定义及其生物学和进化特征 | 提出了一个定量和实验支持的家务基因定义，并比较了不同物种间的基因稳定性和必要性 | 目前的实验支持有限，需更多研究验证基因的稳定表达与必要性之间的关系 | 旨在优化家务基因的定义并探讨其在不同生物体中的功能 | 分析人类和其他10种动物物种的家务基因数据集 | NA | NA | 基因组规模功能基因组筛选、批量及单细胞测序技术 | NA | 基因数据 | 来自多个数据集的人类基因及10种动物的基因列表 |
| 12213 | 2024-08-05 |
Diverse alterations associated with resistance to KRAS(G12C) inhibition
2021-11, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-021-04065-2
PMID:34759319
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研究论文 | 本研究评估了肺癌患者对KRAS(G12C)抑制剂的抵抗性及其相关的多样性改变 | 揭示了与KRAS(G12C)抑制剂治疗相关的多种基因改变及其抵抗机制 | 研究主要集中在少量样本，限制了结果的普遍适用性 | 探讨肺癌患者对KRAS(G12C)抑制剂的抵抗性及其遗传基础 | 评估43名接受sotorasib治疗的肺癌患者的前后处理样本 | 计算机视觉 | 肺癌 | NA | NA | 样本 | 43名患者的前后处理样本 |
| 12214 | 2024-08-04 |
Single-cell sequencing reveals distinct immune cell features in cutaneous lesions of pemphigus vulgaris and bullous pemphigoid
2024-Jun, Clinical immunology (Orlando, Fla.)
DOI:10.1016/j.clim.2024.110219
PMID:38631594
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序揭示了天疱疮和大疱性类天疱疮皮肤损伤中的免疫细胞特征 | 首次通过单细胞RNA测序和单细胞VDJ测序详细分析了BP和PV皮肤损伤中的免疫细胞组成和状态 | 对皮肤损伤中的免疫特征的认识仍然有限，可能需要更大的样本量和其他生物标志物的验证 | 探究BP和PV皮肤损伤中的免疫细胞特征和转录谱 | 大疱性类天疱疮和天疱疮患者的皮肤病变 | 数字病理学 | 大疱性类天疱疮，天疱疮 | 单细胞RNA测序，单细胞VDJ测序 | NA | 细胞转录组数据 | 涉及BP和PV患者的皮肤损伤样本 |
| 12215 | 2024-08-04 |
Cell-mediated cytotoxicity within CSF and brain parenchyma in spinal muscular atrophy unaltered by nusinersen treatment
2024-May-15, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-48195-3
PMID:38750052
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研究论文 | 这篇文章探讨了在脊髓性肌萎缩症(SMA)中细胞介导的细胞毒性及首个抗体nusinersen治疗的影响 | 该研究首次通过单细胞转录组学揭示了SMA患者脑脊液中的NK细胞和CD8+ T细胞扩张以及与疾病相关的细胞毒性特征 | 样本数量较小，且未能在nusinersen治疗后观察到具体的免疫反应变化 | 本研究旨在探索脊髓性肌萎缩症中的局部免疫反应及其对nusinersen治疗的影响 | 研究对象包括SMA患者和对照组的脑脊液样本 | 自然语言处理 | 脊髓性肌萎缩症 | 单细胞转录组学，多重免疫组织化学 | NA | 脑脊液样本 | SMA: N = 9 对照组: N = 9 |
| 12216 | 2024-08-05 |
Machine-learning developed an iron, copper, and sulfur-metabolism associated signature predicts lung adenocarcinoma prognosis and therapy response
2024-May-14, Respiratory research
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s12931-024-02839-6
PMID:38745285
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研究论文 | 本研究提出了一个与铁、铜和硫代谢相关的特征，可以预测肺腺癌的预后和治疗反应 | 首次将铁、铜和硫代谢相关基因结合在一起，构建预后特征，填补了以往研究的空白 | 未提及其他潜在影响因素和机制的详细探讨 | 探讨铁、铜和硫代谢在肺腺癌中的作用，并开发相关预后指标 | 1564名肺腺癌患者及1249名非小细胞肺癌(NCSLC)患者 | 机器学习 | 肺癌 | 机器学习方法 | 无监督集群分析 | 基因组数据 | 1564名肺腺癌患者、1249名非小细胞肺癌患者以及超过1万名其他癌症类型患者 |
| 12217 | 2024-08-05 |
Multi-omics integration of scRNA-seq time series data predicts new intervention points for Parkinson's disease
2024-05-14, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-61844-3
PMID:38744869
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研究论文 | 该研究通过分析时间序列的scRNA-seq数据揭示了帕金森病早期发展的新干预点 | 提出了一种基于非负矩阵三因子分解的新数据整合方法，整合不同的数据集与分子相互作用网络 | 研究主要依赖于文献支持的基因，未涵盖所有可能的PD相关基因 | 揭示帕金森病早期发展的关键基因和分子机制 | 来自患者来源的诱导多能干细胞分化获得的中脑多巴胺能神经元的时间序列scRNA-seq数据 | 数字病理学 | 帕金森病 | scRNA-seq | 非负矩阵三因子分解 | 基因表达数据 | 涉及来自患者的诱导多能干细胞分化的中脑多巴胺能神经元样本 |
| 12218 | 2024-08-04 |
Exploring the immune escape mechanisms in gastric cancer patients based on the deep AI algorithms and single-cell sequencing analysis
2024-May, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.18379
PMID:38752750
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研究论文 | 本研究旨在开发胃癌患者的预后模型，并探讨免疫逃逸机制 | 通过深度机器学习和单细胞测序分析，利用101种算法构建了预测模型，并识别了潜在靶向药物 | 尚未提及具体的研究限制 | 提升胃癌患者的临床管理和个性化治疗 | 胃癌患者及其免疫逃逸机制 | 计算机视觉 | 胃癌 | 单细胞测序分析 | 深度机器学习 | 基因组数据 | NA |
| 12219 | 2024-08-05 |
Single-cell atlas reveals the immunosuppressive microenvironment and Treg cells landscapes in recurrent Glioblastoma
2024-May, Cancer gene therapy
IF:4.8Q1
DOI:10.1038/s41417-024-00740-4
PMID:38429367
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研究论文 | 本研究揭示了复发性胶质母细胞瘤的免疫抑制性微环境及调节性T细胞的分布 | 首次在单细胞水平上分析复发性胶质母细胞瘤与脑脊液的免疫微环境，并发现S100A9作为潜在生物标志物 | 样本量较小，仅包含来自两名患者的四个临床样本 | 揭示复发性胶质母细胞瘤的免疫微环境及潜在脑脊液生物标志物 | 复发性胶质母细胞瘤与非恶性脑肿瘤患者的临床样本 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 临床样本 | 四个临床样本，来自两名患者 |
| 12220 | 2024-08-05 |
Direct programming of human pluripotent stem cells into endothelial progenitors with SOX17 and FGF2
2024-Apr-09, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2024.02.006
PMID:38518781
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研究论文 | 本文探讨了转录因子SOX17和FGF2在诱导人类多能干细胞转化为内皮前体的作用 | 发现SOX17的过表达能够显著提高CD34和血管内皮钙粘蛋白（VEC）阳性细胞的比例，从而揭示了SOX17在内皮前体分化中的新功能 | NA | 明确SOX17在内皮前体分化中的作用机制 | 人类多能干细胞及其衍生的内皮前体细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序、CRISPR-Cas13d | NA | 细胞 | 使用诱导的人类多能干细胞系进行实验 |