单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1201	2025-05-02	Heterogenous cancer-associated fibroblasts related tumor microenvironment marked by CD10/KLF4/TIAM1 were identified in pancreatic adenocarcinoma by integrated transcriptomics 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1557698 PMID:40303408	研究论文	本研究通过整合转录组学方法，识别了胰腺导管腺癌(PDAC)中与异质性癌症相关成纤维细胞(CAFs)相关的肿瘤微环境(TME)亚型	首次识别了三种不同的CAF相关TME亚型(iCAF-rich、myCAF-rich和PSC-rich)，并发现这些亚型具有独特的基因表达谱和预后相关性	研究主要基于转录组数据，需要进一步实验验证CAF亚型的功能机制	探索PDAC肿瘤微环境中CAF亚型的组成、比例及其临床意义	胰腺导管腺癌(PDAC)的肿瘤微环境和癌症相关成纤维细胞(CAFs)	肿瘤微环境研究	胰腺癌	整合转录组学、多重免疫组化、空间转录组学	NA	转录组数据、空间转录组数据	未明确说明样本数量，但涉及多例PDAC患者样本
1202	2025-05-02	Decoding immune cell dynamics in ischemic stroke: insights from single-cell RNA sequencing analysis 2025, Frontiers in aging neuroscience IF:4.1Q2 DOI:10.3389/fnagi.2025.1549518 PMID:40303468	research paper	通过单细胞RNA测序分析解码缺血性中风中的免疫细胞动态	利用单细胞RNA测序技术揭示缺血性中风中的细胞类型和分子生物学过程，并预测细胞命运决定	样本量相对较小，仅分析了5,582个单细胞	研究缺血性中风的病理机制，特别是炎症过程中的吞噬作用	健康对照和缺血性中风患者的单细胞RNA测序数据	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	UMAP, iTALK	基因表达数据	5,582个单细胞（来自健康对照和缺血性中风患者）
1203	2025-05-02	Heterogeneity of Renal Endothelial Cells, Interact with Neighboring Cells, and Endothelial Injury in Chronic Kidney Disease: Mechanisms and Therapeutic Implications 2025, International journal of medical sciences IF:3.2Q1 DOI:10.7150/ijms.108299 PMID:40303495	综述	本文综述了慢性肾脏病（CKD）中肾内皮细胞的异质性及其与邻近细胞的相互作用，以及内皮损伤的机制和治疗策略	利用单细胞测序技术深入探讨了肾内皮细胞的异质性及其微环境影响，并讨论了新兴的治疗方法如抗炎治疗、基因治疗和生活方式调整	综述性质的文章，未涉及具体实验数据或样本研究	探讨慢性肾脏病中内皮细胞异质性、内皮损伤机制及治疗策略	肾内皮细胞及其与邻近细胞的相互作用	NA	慢性肾脏病	单细胞测序	NA	NA	NA
1204	2025-05-02	Comprehensive Characterization of the Oxidative Stress Profiles in Neonatal Necrotizing Enterocolitis 2025, International journal of medical sciences IF:3.2Q1 DOI:10.7150/ijms.109008 PMID:40303487	研究论文	本研究旨在描述坏死性小肠结肠炎（NEC）中氧化应激（OS）的特征，识别相关枢纽基因及机制，并探索潜在治疗药物	整合bulk-RNA测序和单细胞RNA测序数据集，系统阐明NEC和非NEC组织中不同细胞群OS功能差异，并发现10种潜在治疗药物及4种巨噬细胞亚型	枢纽基因具体名称未在摘要中列出，可能影响结果解读	探究NEC发病机制中氧化应激的免疫环境及治疗方法	坏死性小肠结肠炎（NEC）小鼠模型及人类组织样本	生物医学	坏死性小肠结肠炎	bulk-RNA测序, 单细胞RNA测序, 差异分析, 基因集富集分析, 免疫浸润分析, RT-qPCR, 免疫荧光染色	NEC小鼠模型	RNA测序数据	未明确说明样本数量（含小鼠模型和人类组织）
1205	2025-05-02	Integrative analysis of m6A-SNPs and single-cell RNA sequencing reveals key drivers of endocrine combined with CDK4/6 inhibitor therapy resistance in ER+ breast cancer 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1590363 PMID:40303916	research paper	该研究通过整合m6A-SNPs和单细胞RNA测序数据，探索了ER+乳腺癌对内分泌联合CDK4/6抑制剂治疗耐药的关键驱动因素	首次结合m6A-SNPs和单细胞RNA测序技术，揭示了FILIP1L和TOM1L1在ER+乳腺癌耐药性发展中的动态表达变化及其在PI3K-Akt和Wnt信号通路中的作用	研究样本量有限，且仅针对ER+乳腺癌，未涵盖其他亚型	探索ER+乳腺癌对内分泌联合CDK4/6抑制剂治疗耐药的分子机制	ER+乳腺癌患者	digital pathology	breast cancer	single-cell RNA sequencing, pseudotime trajectory analysis	NA	RNA-seq	未明确提及具体样本数量
1206	2025-05-02	Single-cell transcriptomic profiling of lung fibroblasts in a bleomycin-induced systemic sclerosis mouse model 2024-12-31, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2024.151017 PMID:39608052	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究系统性硬化症小鼠模型中肺成纤维细胞的作用	识别出两种不同的成纤维细胞亚群：nephronectin阳性(NPNT)和peptidase inhibitor 16阳性(PI16)细胞，并比较了皮下和气管内博来霉素诱导的小鼠模型	研究仅基于小鼠模型，结果可能无法完全适用于人类	探索系统性硬化症相关肺纤维化的分子机制	系统性硬化症小鼠模型中的肺成纤维细胞	数字病理学	系统性硬化症	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	博来霉素诱导的小鼠模型
1207	2025-05-02	Surface Molecular Markers for the Isolation of Viable Fibroblast Subpopulations in the Female Reproductive Tract: A Comprehensive Review 2024-Dec-30, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26010233 PMID:39796089	综述	本文综述了女性生殖道中成纤维细胞亚群的表面分子标记及其在选择性细胞分离中的潜在应用	利用单细胞RNA测序(scRNA-seq)和荧光激活细胞分选(FACS)技术，鉴定了女性生殖系统中多种成纤维细胞亚型及其特异性表面标记	成纤维细胞亚群的分子特征定义仍面临挑战	识别和表征成纤维细胞亚群及其特异性表面标记，探索其在临床应用中作为分子靶点的潜力	女性生殖系统中的成纤维细胞亚群	生物分子与医学研究	NA	scRNA-seq, FACS	NA	转录组数据	基于两千多篇研究文章的分析
1208	2025-05-02	Differential Expression of CXCL12 in Human and Mouse Hair: Androgens Induce CXCL12 in Human Dermal Papilla and Dermal Sheath Cup 2024-Dec-26, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26010095 PMID:39795953	research paper	研究揭示了CXCL12在人和小鼠毛发中的差异表达，以及雄激素如何诱导人类真皮乳头和真皮鞘杯细胞中CXCL12的表达	首次证明雄激素诱导的CXCL12对人类真皮乳头细胞和真皮鞘杯细胞的直接影响，并提出了通过抗体抑制CXCL12作为治疗雄性激素性脱发的潜在策略	研究主要基于体外实验和单细胞RNA测序数据，未涉及体内治疗效果的直接验证	探究CXCL12在人和小鼠毛发中的表达差异及其在雄性激素性脱发中的作用机制	人类和小鼠的真皮乳头细胞(DPCs)和真皮鞘杯细胞(DSCs)	分子生物学	雄性激素性脱发(AGA)	单细胞RNA测序、免疫组织化学、毛发器官培养	NA	RNA测序数据、免疫组织化学图像	人类和小鼠的皮肤样本
1209	2025-05-02	MPCD Index for Hepatocellular Carcinoma Patients Based on Mitochondrial Function and Cell Death Patterns 2024-Dec-26, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26010118 PMID:39795978	研究论文	本研究基于线粒体功能和细胞死亡模式，构建了一个肝细胞癌患者的MPCD指数，用于分类患者并研究其多组学特征、免疫微环境和药物敏感性	首次结合线粒体功能和程序性细胞死亡模式构建MPCDI指数，并发现其与免疫治疗反应和药物敏感性的关联	研究结果需要进一步临床验证，且样本来源仅限于公开数据库	探索肝细胞癌中线粒体功能与细胞死亡模式的关系，并开发新的预后标志物	肝细胞癌患者	生物信息学	肝细胞癌	scRNA-seq, RNA-seq	机器学习框架	单细胞数据和转录组数据	来自TCGA、GEO和ICGC数据库的数据
1210	2025-05-02	Advances in DNA/RNA Sequencing and Their Applications in Acute Myeloid Leukemia (AML) 2024-Dec-25, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26010071 PMID:39795930	综述	探讨DNA/RNA测序技术在急性髓系白血病（AML）中的最新进展及其临床应用潜力与限制	总结了DNA/RNA测序技术（如WGS、WES、RNA-Seq和scRNA-Seq）在AML分子机制研究中的关键作用，特别是发现驱动突变和白血病干细胞（LSCs）亚群	临床广泛应用受限于成本、数据复杂性和伦理问题	提升AML的诊断、预后评估和个性化治疗开发	急性髓系白血病（AML）及其分子特征	基因组学	急性髓系白血病	WGS, WES, RNA-Seq, scRNA-Seq	NA	基因组和转录组数据	NA
1211	2025-05-02	MICROGLIA AGING IN THE HIPPOCAMPUS ADVANCES THROUGH INTERMEDIATE STATES THAT DRIVE ACTIVATION AND COGNITIVE DECLINE 2024-Dec-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.09.588665 PMID:38645176	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和伪时间分析揭示了海马小胶质细胞在衰老过程中的转录异质性，并确定了小胶质细胞衰老的中间状态	发现了小胶质细胞衰老过程中的中间状态，并揭示了这些状态如何推动炎症激活和认知衰退	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探究小胶质细胞在衰老过程中的状态转变及其对神经炎症和认知功能的影响	小鼠海马小胶质细胞	神经科学	老年疾病	单细胞RNA-Seq, 伪时间分析	异时共生实验模型, 条件性基因敲除小鼠模型	转录组数据	成年小鼠生命周期中的海马小胶质细胞
1212	2025-05-02	Neutrophils with low production of reactive oxygen species are activated during immune priming and promote development of arthritis 2024-12, Redox biology IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.redox.2024.103401 PMID:39471640	研究论文	通过单细胞测序技术分析II型胶原诱导的关节炎模型中骨髓源性中性粒细胞的表型特征，揭示了ROS在免疫启动中的保护作用	首次系统鉴定了ROS调控下中性粒细胞的功能和炎症表型特征，并揭示了Ncf1缺陷中性粒细胞的代谢重编程机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类RA患者中验证	探究类风湿性关节炎(RA)发病机制并寻找新的治疗靶点	II型胶原诱导的关节炎(CIA)模型小鼠的骨髓源性中性粒细胞	免疫学	类风湿性关节炎	单细胞测序技术、代谢组学	CIA小鼠模型	单细胞转录组数据、代谢组数据	未明确说明具体样本数量，使用CIA模型小鼠
1213	2025-05-02	[Molecular mechanism of Xinyang Tablets in improving myocardial fibrosis in uremic cardiomyopathy based on single-cell sequencing technology] 2024-Dec, Zhongguo Zhong yao za zhi = Zhongguo zhongyao zazhi = China journal of Chinese materia medica DOI:10.19540/j.cnki.cjcmm.20240730.401 PMID:39805763	研究论文	本研究利用单细胞测序技术探讨了心阳片对尿毒症心肌病心肌纤维化的改善作用	首次在单细胞水平上揭示心阳片通过抑制内源性和外源性OPN改善心肌纤维化的分子机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体验证	探究心阳片改善尿毒症心肌病心肌纤维化的分子机制	尿毒症心肌病小鼠模型	单细胞测序	心血管疾病	单细胞测序(10×Genomics)	小鼠疾病模型(5/6肾切除诱导)	单细胞基因表达数据	三组小鼠(模型组、心阳片组和假手术组)
1214	2025-05-02	Supervised analysis of alternative polyadenylation from single-cell and spatial transcriptomics data with spvAPA 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae720 PMID:39799000	research paper	提出了一种名为spvAPA的监督分析框架，专门用于从单细胞和空间转录组数据中分析选择性多聚腺苷酸化(APA)	spvAPA框架整合了基因表达和APA模态，设计了基于加权最近邻的迭代插补方法来恢复缺失的APA特征，并采用基于稀疏偏最小二乘判别分析的监督特征选择方法识别区分细胞类型或空间形态的APA特征	未明确提及具体局限性	开发专门用于APA分析的监督分析框架，以发现传统基因表达分析中不可见的细胞亚群	单细胞和空间转录组数据中的选择性多聚腺苷酸化(APA)	生物信息学	NA	单细胞转录组测序、空间转录组测序	稀疏偏最小二乘判别分析	基因表达数据、APA数据	九个单细胞和空间转录组数据集
1215	2025-05-02	Integrating scRNA-seq and scATAC-seq with inter-type attention heterogeneous graph neural networks 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae711 PMID:39800872	研究论文	本文提出了一种名为scMI的异构图嵌入方法，用于整合单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据，通过跨模态关系学习将细胞和模态特征编码到共享潜在空间	设计了跨类型注意力机制，有效捕捉基因和峰之间的长程跨模态相互作用，不依赖motif数据库	未明确说明方法在特定细胞类型或组织中的适用性限制	开发单细胞多组学数据整合方法以提高下游任务性能	单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	异构图神经网络	单细胞多组学数据	未明确说明具体样本量
1216	2025-05-02	Deep learning in integrating spatial transcriptomics with other modalities 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae719 PMID:39800876	综述	本文系统回顾了深度学习在整合空间转录组学与其他模态数据中的应用	首次全面综述了深度学习在整合空间转录组学与其他模态数据中的方法与应用	未提及具体方法的性能比较或实验验证	促进开发更全面的多模态信息计算方法	空间转录组学数据与其他模态数据的整合方法	生物信息学	NA	空间转录组学、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、深度学习	深度学习(DL)	空间转录组学数据、组织学图像、染色质图像、scRNA-seq数据	NA
1217	2025-05-02	CellMsg: graph convolutional networks for ligand-receptor-mediated cell-cell communication analysis 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae716 PMID:39800874	研究论文	提出了一种名为CellMsg的计算框架，用于基于图卷积网络分析配体-受体介导的细胞间通讯	结合多模态特征和图卷积网络识别高置信度配体-受体相互作用，并采用三点估计法评估通讯强度	未提及具体样本量限制或数据类型的局限性	开发计算工具以解析细胞间通讯，特别是在肿瘤组织中的作用	配体-受体相互作用及细胞间通讯	生物信息学	黑色素瘤	单细胞RNA测序，分子对接	图卷积网络(GCN)	单细胞RNA-seq数据	NA
1218	2025-05-02	Single-cell transcriptional analysis of murine norovirus infection in a human intestinal cell line 2024-Nov-19, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.01617-24 PMID:39475272	研究论文	通过单细胞RNA测序分析小鼠诺如病毒在人类肠道细胞系中的感染情况	建立了表达小鼠诺如病毒受体的人类肠道细胞系，并首次在单细胞水平上解析了感染过程中的宿主反应	研究使用的是小鼠诺如病毒而非人类诺如病毒，结果可能不完全适用于人类病毒	探索诺如病毒感染的宿主细胞要求和复制机制	表达小鼠CD300lf受体的人类肠道细胞系(mCD300lf-hCaco2)和小鼠诺如病毒(MNV)	病毒学	急性胃肠炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	工程化的人类肠道细胞系
1219	2025-05-02	Spatial Transcriptomics of IPMN Reveals Divergent Indolent and Malignant Lineages 2024-Nov-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.29.620810 PMID:39554015	research paper	该研究通过空间转录组学技术揭示了胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤（IPMN）中惰性和恶性谱系的差异	利用数字空间RNA分析（DSP-RNA）技术，首次定义了IPMN的三种转录组状态，并与胰腺导管腺癌（PDAC）的风险相关联	样本量较小（仅10个IPMN标本），可能影响结果的普遍性	提高IPMN风险分类的准确性，改善患者管理策略	胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤（IPMN）	digital pathology	pancreatic cancer	digital spatial RNA profiling (DSP-RNA), Illumina sequencing	NA	RNA-seq数据	10个IPMN标本
1220	2025-05-02	Robust single nucleus RNA sequencing reveals depot-specific cell population dynamics in adipose tissue remodeling during obesity 2024-Aug-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.08.588525 PMID:38645263	研究论文	本文提出了一种稳健的单核RNA测序技术，用于研究肥胖期间脂肪组织重塑中的细胞群动态变化	开发了一种适用于多种组织类型的核分离技术，显著提高了snRNA-seq数据质量，并首次全面描述了肥胖期间脂肪组织重塑的细胞动态变化	未明确说明样本量是否足够大以覆盖所有可能的脂肪组织亚型	研究肥胖期间脂肪组织重塑的细胞机制	脂肪组织中的各种细胞类型	单细胞组学	肥胖	单核RNA测序(snRNA-seq), 批量核RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明具体样本数量，但涉及多种脂肪组织类型