单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1201	2025-08-08	Chevreul: an R bioconductor package for exploratory analysis of full-length single cell sequencing 2025, GigaByte (Hong Kong, China) DOI:10.46471/gigabyte.158 PMID:40761736	研究论文	介绍了一个名为Chevreul的开源R Bioconductor包和交互式R Shiny应用，用于处理和可视化单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据	Chevreul与其他scRNA-seq分析包的不同之处在于其易用性、分析全长RNA测序数据以获取外显子覆盖和转录本异构体推断的能力，以及对批次校正的支持	NA	开发一个工具，使没有编程经验的研究人员能够分析全长scRNA-seq数据	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	NA
1202	2025-08-08	Unraveling NK cell heterogeneity through single-cell sequencing: insights from physiological and tumor contexts for clinical applications 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1612352 PMID:40761786	review	本文综述了通过单细胞测序技术揭示自然杀伤细胞（NK细胞）异质性的研究进展及其在肿瘤免疫治疗中的潜在应用	利用单细胞测序技术高分辨率地解析NK细胞的异质性，为肿瘤免疫治疗提供更精确的信息	NA	探究NK细胞异质性的形成机制及其在肿瘤微环境中的作用，以优化基于NK细胞的个性化治疗策略	自然杀伤细胞（NK细胞）	肿瘤免疫学	肿瘤	单细胞测序	NA	基因表达谱	NA
1203	2025-08-08	Integrated multi-omics analysis and machine learning identify G protein-coupled receptor-related signatures for diagnosis and clinical benefits in soft tissue sarcoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1561227 PMID:40761790	研究论文	本研究通过整合多组学分析和机器学习方法，识别了G蛋白偶联受体相关特征，用于软组织肉瘤的诊断和临床获益预测	结合单细胞和批量RNA测序数据，开发了一个包含12种机器学习算法及其127种组合的新型框架，构建了GPR相关特征的诊断和预后模型	研究依赖于公共数据库数据，需要进一步实验验证	开发软组织肉瘤的诊断和预后预测工具	软组织肉瘤患者	机器学习	软组织肉瘤	单细胞RNA测序, 批量RNA测序	Stepglm+Enet, 多种机器学习算法组合	基因表达数据	基于TCGA和GEO数据库的数据集
1204	2025-08-08	Analysis of immune characteristics and inflammatory mechanisms in COPD patients: a multi-layered study combining bulk and single-cell transcriptome analysis and machine learning 2025, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2025.1592802 PMID:40761855	研究论文	本研究通过结合大量和单细胞转录组分析及机器学习，探讨了COPD患者炎症基因的潜在作用和机制	结合了批量转录组和单细胞转录组分析，利用机器学习构建COPD风险预测模型，并筛选了潜在的中药单体成分	研究依赖于公开数据库的数据，未进行实验验证	探讨COPD患者炎症基因的潜在作用和机制	COPD患者和正常个体的气道上皮组织	数字病理	慢性阻塞性肺疾病(COPD)	转录组分析、Lasso回归、随机森林算法、单细胞测序、分子对接、分子动力学模拟	Lasso回归、随机森林	转录组数据	未明确说明样本数量，数据来源于GEO数据库
1205	2025-08-08	WEST is an ensemble method for spatial transcriptomics analysis 2024-Nov-18, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100886 PMID:39515332	研究论文	提出了一种名为WEST的加权集成方法，用于提高空间转录组学数据分析的性能和鲁棒性	WEST方法利用集成技术改进了空间转录组学数据分析的准确性和灵活性，相比现有方法有显著提升	NA	改进空间转录组学数据分析的性能和鲁棒性	空间转录组学数据	生物信息学	NA	空间转录组学	集成方法	空间转录组学数据	合成数据集和真实数据集
1206	2025-08-08	Sensitive Multiplexed MicroRNA Spatial Profiling and Data Classification Framework Applied to Murine Breast Tumors 2024-08-06, Analytical chemistry IF:6.7Q1 DOI:10.1021/acs.analchem.4c01773 PMID:39044395	研究论文	本文介绍了一种高灵敏度的多重microRNA空间分析方法及其在小鼠乳腺肿瘤中的应用	开发了一种结合滚环扩增(RCA)和双扫描方法的高灵敏度空间检测技术，能够同时定量检测7种microRNA，并具有较大的动态范围(4个数量级)和极低的检测限(0.17 zeptomoles)	目前仅在小鼠乳腺肿瘤中进行了应用验证，尚未在人类临床样本中进行测试	开发高灵敏度的空间microRNA检测方法，以获取更多样本信息	小鼠乳腺肿瘤中的microRNA	数字病理学	乳腺癌	滚环扩增(RCA), 空间转录组学	NA	空间转录组数据	小鼠乳腺肿瘤样本(具体数量未明确说明)
1207	2025-08-08	Evaluation of nanoscale versus hybrid micro/nano surface topographies for endosseous implants 2024-01-01, Acta biomaterialia IF:9.4Q1 DOI:10.1016/j.actbio.2023.10.030 PMID:37918471	研究论文	研究纳米级与混合微/纳米级表面形貌对骨整合过程中细胞功能的影响	首次使用单细胞RNA测序技术鉴定体内植入物表面最早的细胞群，并发现纳米级表面通过影响骨祖细胞和免疫细胞（巨噬细胞）以表面特异性方式改变骨形成过程	研究主要关注短期（21天内）的骨整合效果，长期效果尚不明确	评估不同表面形貌对骨整合过程中细胞功能和组织反应的影响	间充质干细胞（MSCs）和骨髓来源巨噬细胞（BMMs）	生物材料	骨疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	体外和体内实验，具体样本数量未明确说明
1208	2025-08-08	Adult skin fibroblast state change in murine wound healing 2023-01-17, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-022-27152-4 PMID:36650180	研究论文	本研究通过分析小鼠皮肤伤口愈合过程中的单细胞RNA测序数据，探讨了成纤维细胞的异质性及其在伤口愈合中的作用	发现了一个特定的成纤维细胞亚群（cluster 3），该亚群在伤口皮肤中显著增加，并具有促进上皮间质转化（EMT）和血管生成的特征	研究仅基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探究皮肤伤口愈合过程中成纤维细胞的异质性及其功能	小鼠皮肤伤口愈合过程中的成纤维细胞	生物医学	伤口愈合	scRNA-seq	NA	基因表达数据	多个时间点（第2、4、7、14天）的小鼠皮肤样本
1209	2025-08-08	Integrated single-cell transcriptomics and epigenomics reveals strong germinal center-associated etiology of autoimmune risk loci 2021-Oct-15, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.abh3768 PMID:34623901	研究论文	通过单细胞转录组学和表观基因组学整合分析，揭示了生发中心在自身免疫风险位点中的重要作用	首次构建了人类扁桃体的单细胞转录组和表观基因组图谱，并揭示了生发中心相关细胞群在自身免疫遗传变异中的调控潜力	研究仅基于扁桃体组织，可能无法完全代表其他淋巴组织的特性	理解生发中心反应的基因调控原理及其在自身免疫疾病中的作用	人类扁桃体中的免疫细胞亚群	基因组学	自身免疫疾病	单细胞转录组学, 单细胞表观基因组学	NA	单细胞RNA测序数据, 表观遗传数据	人类扁桃体组织样本
1210	2025-08-07	Current concepts in the pathogenesis and clinical management of lymphangioleiomyomatosis 2025-Sep-01, Current opinion in pulmonary medicine IF:2.8Q2 DOI:10.1097/MCP.0000000000001185 PMID:40501369	综述	本文综述了淋巴管平滑肌瘤病（LAM）的发病机制和临床管理的最新进展，包括对激素途径、免疫系统相互作用、mTOR信号抑制及LAM微环境的理解，以及新型治疗方法的开发	探讨了LAM细胞的子宫起源、免疫逃逸机制、新一代mTOR通路阻断剂的应用，以及单细胞RNA测序和空间转录组学在LAM研究中的应用	NA	总结LAM的发病机制和临床管理的最新研究进展，探索新型诊断和治疗方法	淋巴管平滑肌瘤病（LAM）患者及其相关生物学机制	医学研究	淋巴管平滑肌瘤病	单细胞RNA测序、空间转录组学、人工智能	NA	生物标志物数据、转录组数据	NA
1211	2025-08-07	Single-cell transcriptomic analyses reveal cellular and molecular patterns of rose petal responses to gray mold infection 2025-Sep, Horticulture research IF:7.6Q1 DOI:10.1093/hr/uhaf152 PMID:40756631	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了玫瑰花瓣对灰霉病感染的细胞和分子响应模式	首次在单细胞水平上解析了玫瑰花瓣对灰霉病感染的防御机制，鉴定了7个不同的细胞群和多个关键基因	研究仅针对'Jumilia'玫瑰品种，结果可能不适用于其他玫瑰品种	探究玫瑰花瓣对灰霉病感染的防御机制	玫瑰花瓣细胞	植物病理学	灰霉病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量（玫瑰花瓣细胞）
1212	2025-08-07	Cellular senescence in renal ischemia-reperfusion injury 2025-Aug-05, Chinese medical journal IF:7.5Q1 DOI:10.1097/CM9.0000000000003698 PMID:40625295	综述	本文综述了肾缺血再灌注损伤（IRI）中的细胞衰老现象及其在急性肾损伤（AKI）向慢性肾病（CKD）转化中的关键作用	探讨了细胞衰老在IRI-AKI向慢性肾损伤转变中的核心机制，并讨论了针对细胞衰老的新兴疗法如senolytics和senomorphics	综述性质的文章，未涉及具体实验数据或样本量的限制	阐明细胞衰老在肾缺血再灌注损伤中的作用及其治疗潜力	肾缺血再灌注损伤（IRI）及其相关细胞衰老过程	病理学	肾病	单细胞测序技术、人工智能辅助药物筛选	NA	NA	NA
1213	2025-08-07	Decoding the immune microenvironment of secondary chronic myelomonocytic leukemia due to diffuse large B-cell lymphoma with CD19 CAR-T failure by single-cell RNA-sequencing 2025-Aug-05, Chinese medical journal IF:7.5Q1 DOI:10.1097/CM9.0000000000003690 PMID:40625291	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，解码了因CD19 CAR-T治疗失败导致的弥漫性大B细胞淋巴瘤继发慢性粒单核细胞白血病的免疫微环境	首次报道了CAR-T治疗后出现的一种新型继发肿瘤CMML，并详细描述了其免疫微环境特征	研究样本量较小，仅基于单个病例	阐明CAR-T治疗后继发肿瘤的发病机制并寻找潜在治疗靶点	CD19 CAR-T治疗失败的DLBCL患者继发CMML的骨髓样本	数字病理学	慢性粒单核细胞白血病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	1例患者的治疗前后骨髓样本
1214	2025-08-07	High-resolution spatial transcriptomics in fixed tissue using a cost-effective PCL-seq workflow 2025-Aug-05, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279906.124 PMID:40764053	研究论文	介绍了一种名为PCL-seq的空间转录组学技术，用于固定组织中的高分辨率基因表达分析	开发了光控DNA标记策略的空间索引方法PCL-seq，适用于冷冻和FFPE组织，并实现亚细胞分辨率	NA	开发一种成本效益高且通用的空间转录组学工作流程	小鼠胚胎冷冻和FFPE组织切片	空间转录组学	NA	PCL-seq（光解和连接测序）	NA	基因表达数据	小鼠胚胎冷冻和FFPE组织切片，检测到约170,000个UMIs和8,600个基因
1215	2025-08-07	Microneedle Delivery of Small Extracellular Vesicles From Young Blood to Treat Endothelial Senescence 2025-Aug-05, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.) DOI:10.1002/adma.202418352 PMID:40765122	研究论文	该研究探讨了年轻血液中的小细胞外囊泡（Y-sEVs）通过微针贴片递送对老年小鼠内皮细胞衰老的调节作用	首次使用微针贴片递送年轻血液中的小细胞外囊泡（Y-sEVs），并证明其能有效减轻老年小鼠的内皮细胞衰老和炎症	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证其效果	研究年轻血液中的小细胞外囊泡（Y-sEVs）对老年内皮细胞衰老的调节作用	老年小鼠（22-24个月大）的内皮细胞	生物医学工程	老年疾病	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据	老年小鼠（22-24个月大）
1216	2025-08-07	Identification of prognostic genes related to T cell proliferation in papillary thyroid cancer based on single-cell RNA sequencing and bulk RNA sequencing data 2025-Aug-02, Clinical and experimental medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10238-025-01826-5 PMID:40753315	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别了与甲状腺乳头状癌（PTC）中T细胞增殖相关的预后基因	首次结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别了KLRB1、TSHZ2和TRABD2A作为PTC的新型预后基因，并构建了风险模型	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到样本来源和数量的限制	探索T细胞增殖相关基因在PTC中的预后价值和潜在分子机制	甲状腺乳头状癌（PTC）患者	生物信息学	甲状腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）	Cox回归、机器学习算法	RNA测序数据	公共数据库中的PTC样本
1217	2025-08-07	Decoding Cellular Stress States for Toxicology Using Single-Cell Transcriptomics 2025-Aug-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.10.657506 PMID:40766395	研究论文	利用单细胞转录组学技术解码细胞应激状态，以应用于毒理学研究	使用TempO-LINC®平台生成单细胞转录组数据，详细分析多种应激反应通路，并揭示细胞亚群对化学物质的动态响应	研究仅针对HepaRG细胞，未涉及其他细胞类型或体内环境	解码细胞应激状态，以理解毒理学中的细胞适应性和终末转变	约40,000个暴露于不同化学物质的HepaRG细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组测序(SCTr)	NA	转录组数据	约40,000个HepaRG细胞
1218	2025-08-07	Multi-region spatial transcriptomics reveals region specific differences in response to amyloid beta (Aβ) plaque induced changes in Alzheimer's Disease (AD) 2025-Aug-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.31.667719 PMID:40766691	研究论文	本研究通过多区域空间转录组学技术，揭示了阿尔茨海默病中不同脑区对β-淀粉样蛋白斑块诱导变化的区域特异性差异	首次在多个脑区同时进行空间转录组学和Aβ免疫荧光染色分析，揭示了神经元亚型和分子机制在区域特异性差异中的作用	研究仅基于两名Braak III和Thal 4期AD患者的样本，样本量较小	探究阿尔茨海默病中不同脑区对Aβ斑块诱导变化的区域特异性差异的细胞和分子机制	阿尔茨海默病患者的内嗅皮层、枕颞皮层、背外侧前额叶皮层和纹状皮层	数字病理学	阿尔茨海默病	空间转录组学, 免疫荧光染色	NA	转录组数据, 图像数据	两名Braak III和Thal 4期AD患者的多个脑区样本
1219	2025-08-07	Macrophage activation determines muscle wasting in pancreatic cancer 2025-Aug, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03434-9 PMID:40442475	研究论文	该研究探讨了胰腺癌中巨噬细胞激活对肌肉消耗的影响	通过单细胞RNA测序分析，确定了CHI3L1和CHI3L3在巨噬细胞中的差异表达，揭示了它们在早期肌肉消耗中的作用	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	研究胰腺癌中非肿瘤微环境对恶病质的贡献	转基因Kras;Trp53;Pdx1-Cre (KPC) GEMM小鼠模型和C2C12成肌细胞	癌症研究	胰腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	转基因小鼠模型	基因表达数据	PBMC (29,615个细胞) 和 MDST (23,151个细胞)
1220	2025-08-07	Developing risk stratification strategies and biomarkers for recurrent hepatocellular carcinoma 2025-Aug, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70410 PMID:40741894	research paper	该研究旨在开发肝细胞癌（HCC）复发的风险分层策略和生物标志物	结合基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学生物标志物、液体活检技术以及AI驱动的组织学和放射组学分析，优化复发风险分层	传统临床和病理预测因子在准确识别高风险患者方面存在不足	提高肝细胞癌（HCC）复发的风险分层准确性并指导围手术期治疗	肝细胞癌（HCC）患者	digital pathology	liver cancer	genomic, transcriptomic, proteomic, metabolomic biomarkers, liquid biopsy, AI-driven histological and radiomic analyses, single-cell and spatial transcriptomics	NA	genomic, transcriptomic, proteomic, metabolomic data, histological and radiomic images	NA