单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1201	2025-05-10	SPACEL: deep learning-based characterization of spatial transcriptome architectures 2023-11-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43220-3 PMID:37990022	研究论文	介绍了一种基于深度学习的空间转录组架构表征工具SPACEL，用于分析空间转录组数据	SPACEL结合了多层感知机、图卷积网络和对抗学习算法，能够对多个ST切片进行联合分析并构建组织的3D架构	未提及具体的技术限制或应用范围限制	解决空间转录组数据中多个切片的联合分析和3D堆叠构建的挑战	空间转录组(ST)数据	数字病理学	NA	空间转录组技术	多层感知机(MLP)、图卷积网络(GCN)、对抗学习算法	空间转录组数据	模拟和真实ST数据集，来自多种组织和ST技术
1202	2025-05-10	Brain-to-gut trafficking of alpha-synuclein by CD11c+ cells in a mouse model of Parkinson's disease 2023-11-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43224-z PMID:37981650	研究论文	该研究通过小鼠模型揭示了帕金森病中α-突触核蛋白从大脑到肠道的运输机制	首次证明了CD11c+细胞在α-突触核蛋白从大脑到肠道运输中的作用，并发现肠道CD11c+细胞具有类似小胶质细胞的特性	研究仅使用雄性小鼠模型，未涉及雌性个体	探索帕金森病中α-突触核蛋白聚集体的传播机制	帕金森病小鼠模型中的α-突触核蛋白和CD11c+细胞	神经科学	帕金森病	免疫组织化学、单细胞RNA测序、光转换蛋白标记	PD小鼠模型	基因表达数据、图像数据	未明确说明小鼠数量
1203	2025-05-10	Simultaneous selection of nanobodies for accessible epitopes on immune cells in the tumor microenvironment 2023-11-17, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43038-z PMID:37978291	research paper	介绍了一种名为INSPIRE-seq的新方法，用于在复杂环境中筛选纳米抗体	提出INSPIRE-seq技术，能够并行富集穿透肿瘤微环境的免疫细胞结合纳米抗体	未明确提及具体样本量或实验规模的限制	开发用于发现治疗性生物制剂靶向分子的技术	肿瘤微环境中的免疫细胞	synthetic biology	肿瘤	next-generation sequencing, single-cell RNA sequencing, immunofluorescence, structural modeling and docking	NA	sequencing data, imaging data	NA
1204	2025-05-09	The pancreatic tumor microenvironment of treatment-naïve patients causes a functional shift in γδ T cells, impairing their anti-tumoral defense 2025-Dec, Oncoimmunology IF:6.5Q1 DOI:10.1080/2162402X.2025.2466301 PMID:39945298	研究论文	本研究探讨了胰腺导管腺癌（PDAC）微环境如何通过阻断细胞毒性功能阻碍γδ T细胞的抗肿瘤能力	揭示了PDAC微环境对γδ T细胞功能的抑制作用，并利用患者来源的类器官条件培养基验证了这一现象	研究仅针对未接受治疗的PDAC患者，可能无法反映治疗后的微环境变化	探索PDAC微环境对γδ T细胞抗肿瘤功能的影响	胰腺导管腺癌（PDAC）患者和健康个体的γδ T细胞	肿瘤免疫学	胰腺癌	流式细胞术、scRNA-seq分析	NA	流式细胞数据、scRNA-seq数据	未接受治疗的PDAC患者和健康个体的γδ T细胞
1205	2025-05-09	Key RNA-binding proteins in renal fibrosis: a comprehensive bioinformatics and machine learning framework for diagnostic and therapeutic insights 2025-Dec, Renal failure IF:3.0Q1 DOI:10.1080/0886022X.2025.2463560 PMID:39957043	研究论文	本研究通过生物信息学和机器学习方法识别并验证了与肾纤维化相关的关键RNA结合蛋白，为诊断和治疗提供了新的生物标志物和治疗靶点	首次整合生物信息学和机器学习方法识别肾纤维化中的关键RNA结合蛋白，并通过单细胞RNA测序和动物模型验证其功能	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅限于小鼠模型，需要进一步临床验证	探索肾纤维化的诊断和治疗新靶点	肾纤维化患者和小鼠模型	生物信息学	慢性肾病	RNA测序、单细胞RNA测序	lasso回归、logistic回归	基因表达数据	175例肾纤维化样本和99例正常肾脏样本
1206	2025-05-09	USP7 - A novel target for controlling periodontal inflammation through modulation of macrophage polarization 2025-Jun, Immunology letters IF:3.3Q3 DOI:10.1016/j.imlet.2025.106981 PMID:39946796	研究论文	研究USP7及其抑制剂P5091在牙周炎中调控巨噬细胞极化的作用	首次揭示USP7在牙周炎巨噬细胞极化中的调控作用，并发现其抑制剂P5091可能有助于预防牙周炎	研究主要基于小鼠模型和细胞实验，尚未进行人体临床试验	探究USP7在牙周炎中调控巨噬细胞极化的机制及其治疗潜力	牙周炎组织、RAW264.7细胞和小鼠模型	免疫学	牙周炎	单细胞RNA测序、qRT-PCR、Western blot	小鼠实验性牙周炎模型	基因表达数据、蛋白质数据	未明确说明样本数量
1207	2025-05-09	Knockdown TNF family prognosis index crucial gene PDE4B promoted PANoptosis of ovarian carcinoma cell:Based in vitro and in vivo experiments 2025-Jun, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102333 PMID:40245751	研究论文	通过体外和体内实验，研究PDE4B基因在卵巢癌细胞PANoptosis中的作用及其预后意义	首次构建了一个包含14个基因的预后模型，并验证了其在卵巢癌诊断和预后中的有效性	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	阐明卵巢癌的发病机制并开发新的预后和治疗策略	卵巢癌组织和正常卵巢组织	生物信息学	卵巢癌	转录组数据分析、单细胞测序、GSVA、WGCNA、GO富集分析、多变量Cox回归、LASSO分析	预后模型	转录组数据、单细胞测序数据	未明确说明具体样本数量，但使用了公开数据库中的大量数据
1208	2025-05-09	Hdac1 as an early determinant of intermediate-exhausted CD8+ T cell fate in chronic viral infection 2025-May-13, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2502256122 PMID:40333757	research paper	该研究探讨了组蛋白去乙酰化酶1（Hdac1）在慢性病毒感染中作为中间耗竭CD8+ T细胞命运早期决定因素的作用	揭示了Hdac1在抗原特异性T-int细胞形成中的特异性需求，以及其在调节T-int特征基因和防止过度激活耗竭程序中的双重功能	研究仅关注了Hdac1在慢性病毒感染中的作用，未涉及其他可能的疾病模型或条件	理解慢性病毒感染中CD8+ T细胞耗竭的分子机制	CD8+ T细胞在慢性病毒感染中的不同亚群	免疫学	慢性病毒感染	单细胞转录组学、染色质可及性分析	NA	转录组数据、染色质可及性数据	NA
1209	2025-05-09	Interferon-induced activation of dendritic cells and monocytes by yellow fever vaccination correlates with early antibody responses 2025-May-13, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2422236122 PMID:40333758	研究论文	研究黄热病疫苗接种后树突状细胞和单核细胞的干扰素诱导激活与早期抗体反应的关系	首次通过单细胞RNA测序揭示了黄热病疫苗接种后树突状细胞和单核细胞的激活状态及其与早期抗体反应的关联	研究仅关注了疫苗接种后的早期免疫反应，未涉及长期免疫保护机制	阐明黄热病疫苗接种后早期先天免疫事件与快速产生保护性免疫的关系	人类血液中的树突状细胞和单核细胞亚群	免疫学	黄热病	转录组分析、单细胞RNA测序、流式细胞术	NA	RNA测序数据、流式细胞数据	大量疫苗接种者的血液样本
1210	2025-05-09	Klf9 promotes the repair of myocardial infarction by regulating macrophage recruitment and polarization 2025-May-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.187072 PMID:40198141	研究论文	该研究揭示了Klf9通过调节巨噬细胞的招募和极化，促进心肌梗死后修复的机制	首次发现Klf9通过调控IFN-γ/STAT1信号通路影响巨噬细胞表型和功能，从而影响心肌梗死后修复	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究Klf9在心肌梗死后巨噬细胞表型和功能调控中的作用	心肌梗死小鼠模型中的巨噬细胞	心血管疾病	心肌梗死	单细胞RNA测序、流式细胞术	Klf9基因敲除小鼠模型	基因表达数据、细胞表型数据	野生型和Klf9敲除小鼠的心肌组织样本
1211	2025-05-09	The brain-body circuit mediates acute stress-induced antiinflammatory reflex in bacterial cystitis by suppressing ILC2 activation 2025-May-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.189362 PMID:40100274	research paper	该研究揭示了急性应激通过脑-体回路抑制ILC2细胞激活，从而在细菌性膀胱炎中产生抗炎反射的机制	首次发现急性应激通过PVN脑区神经元激活抑制ILC2细胞的促炎因子表达，阐明了脑-体回路在UTI治疗中的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床验证	探索心理应激与膀胱感染免疫调节的神经机制	小鼠UTI模型中的PVN脑区神经元和ILC2免疫细胞	神经免疫学	尿路感染	单细胞RNA测序	动物模型	基因表达数据	未明确说明小鼠数量
1212	2025-05-09	Cerulenin Partially Corrects the Disrupted Developmental Transcriptomic Signature in Huntington's Disease Striatal Medium Spiny Neurons 2025-May-08, Stem cells (Dayton, Ohio) DOI:10.1093/stmcls/sxaf029 PMID:40336225	研究论文	本研究探讨了亨廷顿病(HD)中突变HTT蛋白对纹状体中型多棘神经元(MSNs)发育的影响，并发现Cerulenin部分恢复了HD MSNs的DARPP-32水平和电活动	首次使用HD诱导多能干细胞(iPSC)模型模拟人类胎儿纹状体神经元发育轨迹，并发现Cerulenin对HD MSNs的潜在治疗作用	研究仅使用体外细胞模型，未进行动物或临床试验验证	探究突变HTT蛋白对MSN发育的影响并寻找潜在治疗分子	亨廷顿病(HD)患者的诱导多能干细胞(iPSC)分化的MSNs	神经退行性疾病研究	亨廷顿病	单细胞RNA测序	iPSC分化模型	基因表达数据	未明确说明样本数量，使用HD iPSC和同基因对照
1213	2025-05-09	Hepatic stellate cell heterogeneity: Functional aspects and therapeutic implications 2025-May-08, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001386 PMID:40338161	review	本文综述了肝星状细胞（HSCs）在健康和疾病肝脏中的异质性及其在纤维化、肝分区、功能、再生和癌症中的作用	整合单细胞测序、空间转录组学、临床前和临床数据，更新了对HSC异质性在肝脏稳态和疾病中作用的理解	NA	探讨HSC异质性在肝脏稳态和疾病中的作用及其治疗潜力	肝星状细胞（HSCs）及其与肝细胞、内皮细胞、巨噬细胞/单核细胞、T细胞和肿瘤细胞的相互作用	NA	肝病	单细胞测序、空间转录组学	NA	临床前数据、临床数据	NA
1214	2025-05-09	Single-Cell RNA Sequencing Reveals the Immune Landscape of Granulomatous Mastitis 2025-May-08, Inflammation IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s10753-025-02310-8 PMID:40338490	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示肉芽肿性乳腺炎的免疫图谱	首次使用单细胞RNA测序技术对肉芽肿性乳腺炎病变组织与正常乳腺组织进行比较分析，揭示了免疫细胞的浸润情况、免疫紊乱现象以及多种信号通路的异常激活	研究样本量未明确说明，可能影响结果的普遍性	探究肉芽肿性乳腺炎的免疫学特征和潜在发病机制	肉芽肿性乳腺炎病变组织和正常乳腺组织	数字病理学	乳腺炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA序列数据	NA
1215	2025-05-09	Splicing regulatory dynamics for precision analysis and treatment of heterogeneous leukemias 2025-May-07, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adr1471 PMID:40333990	research paper	该研究开发了一种名为OncoSplice的无监督计算工作流程，用于全面定义肿瘤分子景观，并在成人和儿童急性髓系白血病（AML）中识别了驱动遗传学的谱系	发现了超过十种先前未报告的AML分子亚型，并发现了一种主导的剪接亚型，该亚型部分模拟了突变剪接	研究主要集中在AML，未涉及其他类型的白血病或癌症	研究剪接调控在白血病中的动态变化，以进行精确分析和治疗	成人和儿童急性髓系白血病（AML）	computational biology	leukemia	long-read single-cell RNA sequencing	unsupervised computational workflow (OncoSplice)	RNA sequencing data	成人和儿童AML队列
1216	2025-05-09	Single-cell RNA Sequencing Analysis Reveals the Regulatory Functions of Copines Family Genes in Testicular Cancer Progression 2025-May-06, Endocrine, metabolic & immune disorders drug targets DOI:10.2174/0118715303375462250430055914 PMID:40337972	研究论文	本研究基于单细胞数据探讨了Copines家族基因在睾丸癌不同细胞亚群中的表达模式及调控功能	首次在单细胞水平上研究Copines家族基因在睾丸癌中的调控作用	NA	探究Copines家族基因在睾丸癌中的调控机制	睾丸癌细胞亚群	数字病理学	睾丸癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	NA
1217	2025-05-09	Fate mapping in mouse demonstrates early secretory differentiation directly from Lgr5+ intestinal stem cells 2025-May-05, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.12.023 PMID:39793582	research paper	该研究通过结合定量命运映射、数学建模和单细胞RNA测序，揭示了肠道上皮细胞更新的细胞水平机制	提出了基于两个循环群体的隐窝维持模型，并验证了干细胞区室在分泌和吸收谱系命运决定中的作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类或其他动物模型中验证	探究肠道上皮细胞更新的细胞水平机制及干细胞和前体细胞的行为如何确保组织维持	小鼠肠道上皮细胞，特别是Lgr5+肠道干细胞和转运扩增(TA)细胞	细胞生物学	NA	定量命运映射、数学建模、单细胞RNA测序	数学建模	单细胞RNA测序数据	三种互补的小鼠模型
1218	2025-05-09	Single-cell RNA-seq identifies protracted mouse germline X chromosome reactivation dynamics directed by a PRC2-dependent mechanism 2025-May-05, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.12.028 PMID:39798575	研究论文	通过单细胞RNA测序和染色质分析，研究了小鼠原始生殖细胞中X染色体再激活的动态过程及其机制	首次在单细胞水平上精确评估了X染色体再激活的动力学，并揭示了PRC2依赖的机制在促进女性减数分裂中的作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类或其他哺乳动物中验证	探究女性原始生殖细胞中X染色体再激活的分子机制及其与生殖细胞性别二态性的关系	小鼠胚胎中的原始生殖细胞（PGCs）和性腺生殖细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、染色质分析	NA	RNA-seq数据、染色质数据	从小鼠胚胎的E9.5到E16.5阶段的生殖细胞
1219	2025-05-09	Comparative spatial transcriptomics reveals root dryland adaptation mechanism in rice and HMGB1 as a key regulator 2025-May-05, Molecular plant IF:17.1Q1 DOI:10.1016/j.molp.2025.04.001 PMID:40195115	研究论文	本研究通过比较旱稻和灌溉稻的根系发育，揭示了旱稻适应旱地的分子和发育机制，并发现HMGB1作为关键调控因子促进旱稻根系伸长和增粗，从而增强抗旱性	首次通过空间转录组图谱比较旱稻和灌溉稻的根系发育，发现HMGB1作为关键调控因子促进旱稻根系伸长和增粗	研究仅关注了旱稻和灌溉稻的根系发育，未涉及其他可能的抗旱机制	揭示旱稻适应旱地的分子和发育机制，为培育抗旱水稻提供遗传资源	旱稻和灌溉稻的根系	植物分子生物学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	旱稻和灌溉稻的根系样本
1220	2025-05-09	Oligodendroglia vulnerability in the human dorsal striatum in Parkinson's disease 2025-May-05, Acta neuropathologica IF:9.3Q1 DOI:10.1007/s00401-025-02884-5 PMID:40323467	研究论文	该研究通过单核RNA测序和基于图像的空间转录组学技术，揭示了帕金森病中人类背侧纹状体少突胶质细胞的多样性和疾病影响	首次在帕金森病中系统性地描述了少突胶质细胞的亚类及其疾病相关变化，并发现了与疾病相关的四个特定细胞群体	研究样本量相对有限，且仅关注了背侧纹状体区域	阐明帕金森病中少突胶质细胞的多样性及其在疾病中的作用	人类尾状核和壳核(背侧纹状体)中的少突胶质细胞	神经科学	帕金森病	sn-RNA-seq, 空间转录组学, 免疫组织化学分析	NA	转录组数据, 图像数据	约200,000个少突胶质细胞核