单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1201	2025-07-22	Spatial proteomics and transcriptomics characterization of tissue and multiple cancer types including decalcified marrow 2025-Jan, Cancer biomarkers : section A of Disease markers IF:2.2Q3 DOI:10.1177/18758592241308757 PMID:40109220	研究论文	本研究通过优化空间生物学技术方法，包括开发适用于多种组织和肿瘤类型的分子和蛋白质友好型脱钙协议，以及构建多癌种组织微阵列（TMA），实现了对空间蛋白质组学和转录组学数据的系统性质量评估	开发了一种分子和蛋白质友好型脱钙协议，用于处理FFPE骨髓核心样本，以保留核酸用于有效的空间蛋白质组学和转录组学研究，并构建了多癌种组织微阵列（TMA）	研究中未提及样本量的具体数据，且可能受限于特定技术平台（如PhenoCycler-Fusion和Xenium）的可用性	优化空间生物学技术方法，解决各种组织和肿瘤类型的分析前挑战	多癌种组织微阵列（TMA）和FFPE骨髓核心样本	空间生物学	多癌种	PhenoCycler高多重免疫组化（IHC）、Xenium空间转录组学	NA	空间蛋白质组学和转录组学数据	NA
1202	2025-07-22	Comprehensive sequencing of the lung neuroimmune landscape in response to asthmatic induction 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1518771 PMID:40181989	研究论文	本文通过RNA测序技术研究了哮喘诱导对肺神经免疫转录组的影响	首次全面测序了哮喘诱导下肺神经免疫景观的变化，并揭示了基因在迷走神经节中的空间分布模式	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究哮喘诱导如何改变肺神经免疫转录组	小鼠迷走神经节和肺组织	生物医学	哮喘	RNA测序、单核RNA测序、空间RNA测序	NA	RNA测序数据	使用naïve小鼠和经链格孢菌诱导哮喘的小鼠
1203	2025-07-22	Spatial transcriptomic analysis drives PET imaging of tight junction protein expression in pancreatic cancer theranostics 2024-12-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54761-6 PMID:39737976	研究论文	本研究利用空间转录组学和蛋白质组学技术筛选胰腺导管腺癌（PDAC）的分子靶点，并开发了一种针对claudin-4的肽类分子成像剂	首次将空间转录组学和蛋白质组学应用于PDAC分子靶点的筛选，并开发了针对claudin-4的新型分子成像剂	研究仅基于人类手术样本，未涉及动物模型或临床试验验证	开发胰腺导管腺癌的分子成像靶点和诊断方法	胰腺导管腺癌（PDAC）组织和正常胰腺组织	数字病理学	胰腺癌	空间转录组学、蛋白质组学、PET成像	NA	转录组数据、蛋白质组数据、PET成像数据	人类手术样本（具体数量未提及）
1204	2025-07-22	Pulmonary fibroblast activation during Aspergillus fumigatus infection enhances lung defense via immunomodulation and tissue remodeling 2024-Dec-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.19.629499 PMID:39763713	研究论文	本研究探讨了肺成纤维细胞在烟曲霉感染期间的激活如何通过免疫调节和组织重塑增强肺部防御	揭示了肺成纤维细胞在烟曲霉感染中的新型保护作用及其通过免疫调节和增强ECM分泌能力限制肺部损伤的机制	研究未详细探讨成纤维细胞激活的具体分子机制及其在不同免疫状态下的长期影响	探究肺成纤维细胞在烟曲霉感染中的功能响应及其对宿主防御的作用	烟曲霉感染的肺成纤维细胞	免疫学	侵袭性曲霉病	细胞谱系追踪、靶向细胞消融、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	免疫正常和免疫抑制宿主的肺组织样本
1205	2025-07-22	BDNF augmentation reverses cranial radiation therapy-induced cognitive decline and neurodegenerative consequences 2024-12-18, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-024-01906-9 PMID:39696694	研究论文	研究探讨了利鲁唑（RZ）通过增加BDNF水平逆转颅脑放疗引起的认知功能下降和神经退行性后果的效果	首次证明RZ通过增加BDNF水平逆转放疗引起的认知功能障碍，并揭示了其神经保护机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体试验中验证	探索减轻颅脑放疗引起的认知功能障碍的治疗方法	接受颅脑放疗的小鼠模型	神经科学	脑癌	空间转录组学、双免疫荧光染色、生化评估	小鼠模型	基因表达数据、行为数据	接受9 Gy颅脑放疗的成年小鼠，部分接受RZ治疗（13 mg/kg，饮用水）6-7周
1206	2025-07-22	Molecular and spatial analysis of ganglion cells on retinal flatmounts: diversity, topography, and perivascularity 2024-Dec-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.15.628587 PMID:39763751	研究论文	本研究通过结合成像空间转录组学和免疫组化共染色技术，分析了视网膜神经节细胞（RGCs）在二维视网膜表面的空间分布及其与局部微环境的关系	首次系统地描述了45种小鼠RGC类型的空间分布特征，并发现部分RGC类型在血管周围富集，这些发现为理解视觉编码和神经退行性反应提供了新视角	研究主要基于小鼠模型，人类RGC的发现虽然相似但仍需进一步验证	探索视网膜神经节细胞类型的空间分布模式及其与局部微环境的关系	小鼠和人类的视网膜神经节细胞（RGCs）	神经科学	神经退行性疾病	成像空间转录组学（MERFISH）、免疫组化共染色	NA	图像、转录组数据	45种小鼠RGC类型及其人类同源细胞
1207	2025-07-22	Chemotherapy induces myeloid-driven spatially confined T cell exhaustion in ovarian cancer 2024-Dec-09, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2024.11.005 PMID:39658541	研究论文	本文通过空间和分子特征分析，揭示了化疗后高级别浆液性卵巢癌（HGSC）中免疫细胞状态的动态变化及骨髓细胞驱动的T细胞耗竭机制	发现了化疗诱导的骨髓细胞网络（Myelonets）通过NECTIN2-TIGIT信号通路驱动T细胞耗竭的空间机制，并验证了靶向该通路可增强免疫检查点阻断疗效	样本量相对有限（117例），且仅针对HGSC亚型	阐明化疗后卵巢癌微环境中免疫适应的空间生物学机制	117例化疗前后配对的HGSC组织样本	肿瘤免疫学	卵巢癌（高级别浆液性亚型）	单细胞转录组测序、空间转录组分析	患者来源的功能性免疫肿瘤学平台	单细胞RNA-seq数据、空间转录组数据	117例配对的化疗前后HGSC样本
1208	2025-07-22	Postischemic inactivation of HIF prolyl hydroxylases in endothelium promotes maladaptive kidney repair by inducing glycolysis 2024-Dec-02, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI176207 PMID:39621585	研究论文	本研究揭示了内皮细胞中的氧感应脯氨酰羟化酶（PHD）在缺血性急性肾损伤（AKI）后肾脏修复中的关键作用	发现了内皮PHD1、PHD2和PHD3同时失活而非仅PHD2失活会促进肾脏不良修复，并确定了MCT4抑制剂syrosingopine可恢复适应性修复	研究主要基于小鼠模型，人类肾脏数据仅作为观察性验证	探索缺血性AKI向CKD转变的内皮细胞机制	小鼠和人类肾脏内皮细胞	肾脏病理学	急性肾损伤和慢性肾病	scRNA-Seq分析	PHDTiEC小鼠模型	基因表达数据和病理学数据	小鼠模型和人类肾脏样本
1209	2025-07-22	VICTOR: Validation and inspection of cell type annotation through optimal regression 2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2024.08.028 PMID:39296808	研究论文	介绍了一种名为VICTOR的新方法，用于通过最优回归验证和检查单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释	VICTOR采用弹性网络正则化回归与最优阈值来评估细胞注释的置信度，在识别不准确注释方面表现优异	未提及具体局限性	提高单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的可靠性评估	单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	弹性网络正则化回归	单细胞RNA测序数据	多种单细胞数据集（包括平台内、跨平台、跨研究和跨组学设置）
1210	2025-07-22	Decoding the mosaic of inflammatory bowel disease: Illuminating insights with single-cell RNA technology 2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2024.07.011 PMID:39421242	综述	本文总结了单细胞RNA测序技术在炎症性肠病(IBD)研究中的重大进展，包括发病机制、诊断、治疗和预后	利用单细胞RNA测序技术(scRNA-seq)克服了传统批量RNA测序的局限性，提供了IBD患者个体细胞水平的全面转录组图谱	需要更多纵向研究、多种单细胞和空间转录组技术的整合，以及微生物单细胞RNA测序来阐明肠道微生物组在IBD中的作用	增强对炎症性肠病(IBD)的理解，包括发病机制、诊断、治疗和预后	炎症性肠病(IBD)患者，包括溃疡性结肠炎(UC)和克罗恩病(CD)	数字病理学	炎症性肠病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 单细胞蛋白质组学分析, T细胞受体库分析, 表观遗传分析	NA	RNA测序数据	NA
1211	2025-07-22	A temporal cortex cell atlas highlights gene expression dynamics during human brain maturation 2024-Dec, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-01990-6 PMID:39567748	研究论文	通过单核RNA测序构建了人类大脑颞叶的细胞亚型图谱，揭示了大脑成熟过程中的基因表达动态	首次结合儿科和成人样本，构建了包含75种细胞亚型的联合图谱，并利用空间转录组学验证	仅针对颞叶组织进行研究，未涵盖其他脑区	探索人类大脑成熟过程中的细胞类型特异性基因表达动态	人类颞叶组织样本（包括非洲血统样本）	单细胞转录组学	NA	单核RNA测序（snRNA-seq）、空间转录组学	NA	基因表达数据	包含儿科和成人颞叶组织样本（具体数量未明确说明）
1212	2025-07-22	Tumor Expression of CD83 Reduces Glioma Progression and Is Associated with Reduced Immunosuppression 2024-12-01, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0281 PMID:39601621	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析胶质瘤样本，发现CD83表达与肿瘤生长抑制及免疫微环境改善相关	首次揭示胶质瘤细胞中CD83表达通过调节T细胞功能抑制肿瘤进展的机制	尚未在人体临床试验中验证CD83过表达的治疗效果	探究CD83在胶质瘤免疫抑制微环境中的作用机制	人类和小鼠胶质瘤样本	肿瘤免疫学	胶质瘤	单细胞RNA测序	免疫活性小鼠模型	RNA测序数据	未明确说明样本数量的人类和小鼠胶质瘤样本
1213	2025-07-22	Physical inactivity exacerbates pathologic inflammatory signalling at the single cell level in patients with systemic lupus 2024-Dec, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105432 PMID:39531917	研究论文	本研究探讨了体力活动对系统性红斑狼疮(SLE)患者单细胞水平病理炎症信号的影响	首次在单细胞水平揭示了体力活动不足通过改变免疫细胞频率和转录谱加剧SLE患者病理炎症信号的机制	研究依赖于自我报告的体力活动数据，可能存在回忆偏倚	阐明体力活动改善SLE症状的分子机制	123名SLE患者的外周血单个核细胞(PBMC)	免疫学	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	123名SLE患者
1214	2025-07-22	Improved characterization of 3' single-cell RNA-seq libraries with paired-end avidity sequencing 2024-Dec, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqae175 PMID:39703419	研究论文	本文评估了Element Biosciences的'亲和碱基化学'DNA测序技术在单细胞RNA-seq库中的应用，特别是在通过引物测序和准确配对末端读段对齐方面的能力	使用'亲和碱基化学'DNA测序技术直接测序通过胸腺嘧啶均聚物，实现对多聚腺苷酸化位点的精确量化	与单端对齐相比，该方法并未一致提高读段映射率，且存在低水平的人工产物	改进3'单细胞RNA-seq库的表征，特别是多聚腺苷酸化位点的测量	单细胞RNA-seq库	基因组学	NA	单细胞RNA-seq, 亲和碱基化学DNA测序	NA	DNA序列数据	NA
1215	2025-07-22	Transiently increased coordination in gene regulation during cell phenotypic transitions 2024-Dec, PRX life DOI:10.1103/prxlife.2.043009 PMID:40585428	research paper	该研究通过分析单细胞RNA测序数据，探讨了细胞表型转变过程中基因表达簇的协调切换机制	研究发现细胞表型转变过程中，不同基因调控社区间的相互作用先增强后减弱，揭示了协调全局基因表达重编程的一般原则	研究仅分析了五种细胞转变过程，可能无法涵盖所有类型的表型转变	探究细胞表型转变过程中基因表达簇的协调切换机制	五种不同的细胞转变过程	基因组学	NA	单细胞RNA测序	过渡路径理论框架	基因表达数据	五种不同的细胞转变过程
1216	2025-07-22	OneSC: a computational platform for recapitulating cell state transitions 2024-11-28, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae703 PMID:39570626	research paper	介绍了一个名为OneSC的计算平台，用于模拟细胞状态转换	OneSC平台通过随机微分方程系统模拟细胞状态转换，优先生成布尔网络，能够忠实模拟细胞状态转换和终端细胞状态	NA	开发一个计算平台，用于模拟细胞状态转换，以支持发育生物学、癌症生物学和细胞命运工程的研究	小鼠骨髓祖细胞单细胞RNA测序数据集	computational biology	NA	scRNA-seq	布尔网络	单细胞RNA测序数据	NA
1217	2025-07-22	Human single cell RNA-sequencing reveals a targetable CD8+ exhausted T cell population that maintains mouse low-grade glioma growth 2024-11-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54569-4 PMID:39609412	研究论文	通过人类单细胞RNA测序发现一种可靶向的CD8+耗竭T细胞群，该细胞群维持小鼠低级别胶质瘤的生长	揭示了CD8+耗竭T细胞在低级别胶质瘤维持中的新功能，并证明免疫检查点抑制治疗通过抑制细胞因子介导的机制而非T细胞介导的细胞毒性来减缓肿瘤增殖	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证可能有限	探究低级别胶质瘤中CD8+耗竭T细胞的作用及其潜在治疗靶点	人类和小鼠的低级别胶质瘤组织	肿瘤免疫学	低级别胶质瘤	单细胞RNA测序	Nf1-OPG小鼠模型	RNA测序数据	多个单细胞RNA测序数据集和小鼠模型
1218	2025-07-22	Childhood-onset lupus nephritis is characterized by complex interactions between kidney stroma and infiltrating immune cells 2024-11-27, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adl1666 PMID:39602512	研究论文	本研究利用空间转录组学技术，构建了儿童期狼疮性肾炎（cLN）肾脏组织的单细胞分辨率空间图谱，揭示了肾脏基质与浸润免疫细胞之间的复杂相互作用	首次在单细胞分辨率下结合空间信息解析cLN肾脏组织的细胞互作网络，发现了免疫细胞在特定区域的定位模式以及基因表达的空间依赖性	样本量较小（8名cLN患者和4名对照），且未发现组织学评分与肾小球细胞转录特征之间的显著相关性	探究儿童期狼疮性肾炎的免疫发病机制	儿童期狼疮性肾炎患者的肾脏组织	数字病理学	狼疮性肾炎	空间转录组学	NA	空间转录组数据	8名cLN患者和4名对照个体的肾脏组织样本
1219	2025-07-22	Endogenous antigens shape the transcriptome and TCR repertoire in an autoimmune arthritis model 2024-Nov-26, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI174647 PMID:39589811	研究论文	本研究通过RNA测序和T细胞受体测序技术，探讨了自身免疫性关节炎模型中内源性抗原如何影响转录组和TCR库	揭示了Zap70信号通路缺陷如何导致自身反应性CD4+ T细胞的激活和持续存在，并发现内源性逆转录病毒通过破坏外周耐受促进自身免疫性关节炎的发展	研究仅在小鼠模型中进行，结果是否适用于人类自身免疫性疾病尚需验证	探究自身反应性CD4+ T细胞的发育机制及其在自身免疫性关节炎中的作用	BALB/c-Zap70*W163C (SKG)小鼠的naive CD4+ T细胞	免疫学	自身免疫性关节炎	bulk RNA-Seq, scRNA-Seq, scTCR-Seq	NA	基因表达数据, TCR序列数据	SKG小鼠的CD4+ T细胞
1220	2025-07-22	Cell-specific priors rescue differential gene expression in spatial spot-based technologies 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae621 PMID:39679437	研究论文	本文探讨了空间转录组学(ST)技术在差异表达基因(DEGs)识别中的性能问题，并提出了一种基于细胞类型特异性先验知识的基因选择方案	揭示了传统DEG算法在ST数据中的性能不足，并提出了一种新的基于细胞类型特异性先验知识的基因选择方法，显著提高了DEG的恢复率和可靠性	研究基于计算机模拟的ST数据，可能无法完全反映真实实验数据的复杂性	评估和改进空间转录组学数据中差异表达基因的识别方法	空间转录组学数据，特别是基于spot的平台(如Visium)生成的数据	生物信息学	NA	空间转录组学(ST)，Visium平台	NA	基因表达数据	基于计算机模拟的数据